PacBio 2+3 ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಪರಿಹಾರ
ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಅಧ್ಯಯನ ವಿನ್ಯಾಸ:
ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು PacBio ನೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಮಾದರಿ
ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಮಾದರಿಗಳು (ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳು ಮತ್ತು ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕಾದ ಷರತ್ತುಗಳು) ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು NGS
● CCS ಮೋಡ್‌ನಲ್ಲಿ PacBio ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಹೈಫೈ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ
● ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಗಳ ಅನುಕ್ರಮ
● ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಉಲ್ಲೇಖದ ಜಿನೋಮ್ ಅಗತ್ಯವಿರುವುದಿಲ್ಲ; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇದನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು
● ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಜೀನ್ ಮತ್ತು ಐಸೊಫಾರ್ಮ್-ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ lncRNA, ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನಗಳು, ಪಾಲಿ-ಅಡೆನೈಲೇಷನ್ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ರಚನೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
ಅನುಕೂಲಗಳು
● ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ: HiFi ನಿಖರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಓದುತ್ತದೆ >99.9% (Q30), NGS ಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದು
● ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರತಿಗಳ ಅನುಕ್ರಮವು ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
● PacBio ಮತ್ತು NGS ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳ ಸಂಯೋಜನೆ: ಐಸೊಫಾರ್ಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವುದು, ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವಾಗ ಮರೆಮಾಚಬಹುದಾದ ಬದಲಾವಣೆಯನ್ನು ಅನಾವರಣಗೊಳಿಸುವುದು
● ವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ: 1100 PacBio ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಿದ ಮತ್ತು 2300 ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸುವ ದಾಖಲೆಯೊಂದಿಗೆ, ನಮ್ಮ ತಂಡವು ಪ್ರತಿ ಯೋಜನೆಗೆ ಅನುಭವದ ಸಂಪತ್ತನ್ನು ತರುತ್ತದೆ.
● ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲ: ನಮ್ಮ ಬದ್ಧತೆಯು 3-ತಿಂಗಳ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವಾ ಅವಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸುವುದನ್ನು ಮೀರಿ ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ನಾವು ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಫಾಲೋ-ಅಪ್, ಟ್ರಬಲ್‌ಶೂಟಿಂಗ್ ನೆರವು ಮತ್ತು ಪ್ರಶ್ನೋತ್ತರ ಅವಧಿಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತೇವೆ.
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
| ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಡೇಟಾವನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| PolyA ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ mRNA CCS ಲೈಬ್ರರಿ | PacBio ಸೀಕ್ವೆಲ್ II PacBio Revio | 20/40 ಜಿಬಿ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| ಪಾಲಿ ಎ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿದೆ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 | 6-10 ಜಿಬಿ | Q30≥85% |
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು
|
| Conc.(ng/μl) | ಮೊತ್ತ (μg) | ಶುದ್ಧತೆ | ಸಮಗ್ರತೆ |
| ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಲೈಬ್ರರಿ | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾಲಿನ್ಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲ. | ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ: RIN≥4.0; ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಗೆ: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಬೇಸ್‌ಲೈನ್ ಎತ್ತರವಿಲ್ಲ |
| PacBio ಲೈಬ್ರರಿ | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾಲಿನ್ಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲ. | ಸಸ್ಯಗಳು: RIN≥7.5 ಪ್ರಾಣಿಗಳು: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಬೇಸ್‌ಲೈನ್ ಎತ್ತರವಿಲ್ಲ |
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಗುಂಪು+ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಉದಾ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ಸಾಗಣೆ:
1. ಡ್ರೈ-ಐಸ್:ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
2. ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳು: ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಣಗಿಸಬಹುದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್®) ಮತ್ತು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ರವಾನಿಸಬಹುದು.
ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
ಪರ್ಯಾಯ ಪಾಲಿಡೆನಿಲೇಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (APA)
ಫ್ಯೂಷನ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಬೆಂಚ್ಮಾರ್ಕಿಂಗ್ ಯುನಿವರ್ಸಲ್ ಸಿಂಗಲ್-ಕಾಪಿ ಆರ್ಥೋಲಾಗ್ಸ್ (BUSCO) ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಕಾದಂಬರಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಕೋಡಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಭವಿಷ್ಯ (CDS) ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ
lncRNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: lncRNA ಮತ್ತು ಗುರಿಗಳ ಭವಿಷ್ಯ
ಮೈಕ್ರೋ ಸ್ಯಾಟಲೈಟ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (SSR)
ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲಿ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಸ್ಡ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳು (ಡಿಇಟಿ) ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ (DEGs) ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
DEG ಗಳು ಮತ್ತು DET ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ
BUSCO ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಪರ್ಯಾಯ ಪಾಲಿಡೆನಿಲೇಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (APA)
ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳು (DEG ಗಳು) ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳು (DETs9 ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಡಿಇಟಿ ಮತ್ತು ಡಿಇಜಿಗಳ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನ ಜಾಲಗಳು
BMKGene ನ PacBio 2+3 ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ mRNA ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಮೂಲಕ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಿ.
ಚಾವೊ, Q. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2019) 'ದ ಡೆವಲಪ್‌ಮೆಂಟಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಆಫ್ ದಿ ಪಾಪ್ಯುಲಸ್ ಸ್ಟೆಮ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್', ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್, 17(1), ಪುಟಗಳು. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ಡೆಂಗ್, ಎಚ್. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2022) 'ಆಕ್ಟಿನಿಡಿಯಾ ಲ್ಯಾಟಿಫೋಲಿಯಾ (ಆಸ್ಕಾರ್ಬೇಟ್-ರಿಚ್ ಫ್ರೂಟ್ ಕ್ರಾಪ್) ಮತ್ತು ಅಸೋಸಿಯೇಟೆಡ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮೆಕ್ಯಾನಿಸಂಸ್ ಆಫ್ ಫ್ರೂಟ್ ಡೆವಲಪ್‌ಮೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಪಕ್ವತೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಆಸ್ಕೋರ್ಬಿಕ್ ಆಮ್ಲದ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳು', ಇಂಟರ್ನ್ಯಾಷನಲ್ ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಸೈನ್ಸಸ್, 23(10), ಪು. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ಹುವಾ, X. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2022) 'ಪ್ಯಾರಿಸ್ ಪಾಲಿಫಿಲ್ಲಾದಲ್ಲಿ ಬಯೋಆಕ್ಟಿವ್ ಪಾಲಿಫಿಲಿನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿರುವ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಮಾರ್ಗದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಭವಿಷ್ಯ', ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿ 2022 5:1, 5(1), ಪುಟಗಳು. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ಲಿಯು, ಎಂ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಸಂಯೋಜಿತ PacBio Iso-Seq ಮತ್ತು Illumina RNA-Seq ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ Tuta absoluta (Meyrick) ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಮತ್ತು Cytochrome P450 ಜೀನ್‌ಗಳು', ಕೀಟಗಳು, 14(4), ಪು. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ವಾಂಗ್, ಲಿಜುನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2019) 'ರಿಕಿನಸ್ ಕಮ್ಯುನಿಸ್‌ನಲ್ಲಿ ರಿಕಿನೋಲಿಕ್ ಆಮ್ಲ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಉತ್ತಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಗಾಗಿ ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಪ್ಯಾಕ್‌ಬಯೋ ಏಕ-ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ನೈಜ-ಸಮಯದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಸಮೀಕ್ಷೆ', BMC ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್, 20(1), ಪುಟಗಳು. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
