Bmkcloud ಲಾಗ್ ಇನ್
1

ಉಲ್ಲೇಖದ ಜೀನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ mRNA-SEQ (NGS)

百迈客云网站 -11

ಉಲ್ಲೇಖದ ಜೀನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ mRNA-SEQ (NGS)

ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ ಜೀವನ ಮತ್ತು ಬೆಳೆ ವಿಜ್ಞಾನದಾದ್ಯಂತ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಹೊಸ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವುದು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಒಂದೇ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸುವಲ್ಲಿ ಇದರ ಶಕ್ತಿ ಇದೆ. ತುಲನಾತ್ಮಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಇದನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ರೂಪಾಂತರಿತ ರೂಪಗಳನ್ನು ಕಾಡು-ಪ್ರಕಾರಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸುವುದು ಅಥವಾ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದು ಮುಂತಾದ ವಿವಿಧ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು ಅಥವಾ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಬೆಳಕು ಚೆಲ್ಲುತ್ತದೆ. BMKCLOUD MRNA (ಉಲ್ಲೇಖ) ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ, ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (DEG), ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ರಚನೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು MRNA-SEQ (NGS) ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್‌ನ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಅನುಕೂಲತೆ ಮತ್ತು ಬಳಕೆದಾರ-ಸ್ನೇಹಪರತೆಯನ್ನು ಖಾತ್ರಿಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಬಳಕೆದಾರರು ತಮ್ಮ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ-ಸೆಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮೋಡಕ್ಕೆ ಅಪ್‌ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು, ಅಲ್ಲಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಸಮಗ್ರ, ಒಂದು-ನಿಲುಗಡೆ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪರಿಹಾರವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಇದು ಗ್ರಾಹಕರ ಅನುಭವಕ್ಕೆ ಆದ್ಯತೆ ನೀಡುತ್ತದೆ, ಬಳಕೆದಾರರ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅಗತ್ಯಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಬಳಕೆದಾರರು ನಿಯತಾಂಕಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಮಿಷನ್ ಅನ್ನು ಸ್ವತಃ ಸಲ್ಲಿಸಬಹುದು, ಸಂವಾದಾತ್ಮಕ ವರದಿಯನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಬಹುದು, ಡೇಟಾ/ರೇಖಾಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ: ಗುರಿ ಜೀನ್ ಆಯ್ಕೆ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್, ರೇಖಾಚಿತ್ರ, ಇತ್ಯಾದಿ.

ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆ
ಆಮದು ಅಗತ್ಯತೆ
ಮುಖ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಉಲ್ಲೇಖ
ಡೆಮೊ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು

ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆ

ಆಮದು ಅಗತ್ಯತೆ

ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್:ಇಲ್ಯುಮಿನಾ, ಎಂಜಿಐ
ಕಾರ್ಯತಂತ್ರ:ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ
ವಿನ್ಯಾಸ: ಪ್ಯಾರಿಡ್, ಕ್ಲೀನ್-ಡೇಟಾ.
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ಪ್ರಕಾರ:Fr- ಅನ್‌ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್, Fr-firststrand ಅಥವಾ Fr- ಸೆಕೆಂಡ್‌ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್
ಉದ್ದವನ್ನು ಓದಿ:150 ಬಿಪಿ
ಫೈಲ್ ಪ್ರಕಾರ:*. ಸಿಸ್ಟಮ್ ತಿನ್ನುವೆಥಿಯರ್ ಫೈಲ್ ಹೆಸರುಗಳ ಪ್ರಕಾರ .fastq ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಿ,ಉದಾ *_1.
ಮಾದರಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ:ಸಂಖ್ಯೆಯ ಮೇಲೆ ಯಾವುದೇ ನಿರ್ಬಂಧಗಳಿಲ್ಲಮಾದರಿಗಳ, ಆದರೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಸಮಯವು ಸಂಖ್ಯೆಯಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆಮಾದರಿಗಳು ಬೆಳೆಯುತ್ತವೆ.
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾ ಮೊತ್ತ:ಪ್ರತಿ ಸ್ಯಾಂಪಲ್‌ಗೆ 6 ಗ್ರಾಂ

ಮುಖ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
MRNA-SEQ ನ ಮುಖ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನಗಳು (ಉಲ್ಲೇಖ)ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಹೀಗಿದೆ:
1. ರಾವ್ಡಾಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ:
The ಕಡಿಮೆ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು, ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು,ಇತ್ಯಾದಿ;
• ಪರಿಕರಗಳು: ಮನೆಯೊಳಗಿನ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಹೊಂದಿದ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್;
2. ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಡೇಟಾದ ಜೋಡಣೆ:
The ಸ್ಪ್ಲೈಸ್-ಅರಿವಿನ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಓದುವಿಕೆಯನ್ನು ಜೋಡಿಸುವುದುಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್.
• ಪರಿಕರಗಳು:Hisat2, ಸ್ಯಾಮ್ಟೂಲ್ಸ್
3. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಗುಣಮಟ್ಟದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
Length ಉದ್ದದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಅನುಕ್ರಮ ಸ್ಯಾಚುರೇಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಿ;
• ಪರಿಕರಗಳು:ಸ್ಯಾಮ್ಟೂಲ್ಸ್;
4. ಅನುಕ್ರಮ ರಚನೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
• ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಜೀನ್ ರಚನೆ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್,ಕಾದಂಬರಿ ಜೀನ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ಇತ್ಯಾದಿ;
• ಪರಿಕರಗಳು:ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್‌ಟಿ, gffcompare, ಕಸ,ವಜ್ರ, ಮಧ್ಯಪ್ರೊತ್ಧ, ಮತ್ತುಹ್ಮಲ.
5. ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
Deg ಡಿಇಜಿ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್, ಸಹ-ಸಂಬಂಧದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕಪುಷ್ಟೀಕರಣ;
ವಿವಿಧ ದೃಶ್ಯೀಕರಣ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು;
Rಜೊತೆಸೆಗ್ಸೆಕ್, DESEQ2, ggplot2, Deತ
ಉಲ್ಲೇಖ
1. ಕಿಮ್, ಡೇಹ್ವಾನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. "ಗ್ರಾಫ್ ಆಧಾರಿತ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತುಹಿಸಾಟ್ 2 ಮತ್ತು ಹಿಸಾಟ್-ಜಿನೋಟೈಪ್ನೊಂದಿಗೆ ಜಿನೋಟೈಪಿಂಗ್. ”ಸ್ವಭಾವಜೈವಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ37 (2019): 907 - 915.
2. ಮೆಕೆನ್ನಾ, ಆರನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. “ಜೀನೋಮ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಟೂಲ್ಕಿಟ್: ಎಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಮ್ಯಾಪ್‌ರೆಡ್ಯೂಸ್ ಫ್ರೇಮ್‌ವರ್ಕ್ಡೇಟಾವನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವುದು. ”ಜಿನೋಮ್ ಸಂಶೋಧನೆ20 9 (2010): 1297-303.
3. ಲಿ, ಹೆಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. “ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ/ನಕ್ಷೆ ಸ್ವರೂಪ ಮತ್ತುಸ್ಯಾಮ್‌ಟೂಲ್ಸ್. ”ಜೈವಿಕ ಪರಿವರ್ತನೆ25 (2009): 2078 - 2079.
4. ಪೆರಿಯಾ, ಮಿಹೇಲಾ ಮತ್ತು ಇತರರು. “ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್‌ಟಿ ಸುಧಾರಿತತೆಯನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆಆರ್‌ಎನ್‌ಎ-ಸೆಕ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಪುನರ್ನಿರ್ಮಾಣ ಓದುತ್ತದೆ. ”ಸ್ವಭಾವಜೈವಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ33 (2015): 290-295.
5. ಲವ್, ಮೈಕೆಲ್ ಐ. ಮತ್ತು ಇತರರು. "ಪಟ್ಟು ಬದಲಾವಣೆಯ ಮಧ್ಯಮ ಅಂದಾಜು ಮತ್ತುDESEQ2 ನೊಂದಿಗೆ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ-ಸೆಕ್ ಡೇಟಾಗೆ ಪ್ರಸರಣ. ”ಜಿನೋಮ್ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ15 (2014): ಎನ್. ಪಾಗ್.
6. ಎಡ್ಡಿ, ಸೀನ್ ಆರ್ .. “ವೇಗವರ್ಧಿತ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್‌ಎಂಎಂ ಹುಡುಕಾಟಗಳು.”ಜಂಬದ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ7 (2011): ಎನ್. ಪಾಗ್.

ಉಲ್ಲೇಖ ಪಡೆಯಿರಿ

ನಿಮ್ಮ ಸಂದೇಶವನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಬರೆಯಿರಿ ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ನಮಗೆ ಕಳುಹಿಸಿ

ನಿಮ್ಮ ಸಂದೇಶವನ್ನು ನಮಗೆ ಕಳುಹಿಸಿ: