ಜೀನೋಮ್ ವಿಕಸನ
ಪಟ
ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ (ಕ್ಯಾರಸ್ಸಿಯಸ್ ura ರಾಟಸ್) ನ ವಿಕಸನೀಯ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಇತಿಹಾಸ
ಪ್ಯಾಕ್ಬಿಯೊ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ | ಬಯೋನಾನೊ ಜೀನೋಮ್ ನಕ್ಷೆ | ಹೈ-ಸಿ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ | ಆನುವಂಶಿಕ ನಕ್ಷೆ | GWAS | ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ
ಮುಖ್ಯಾಂಶಗಳು
1.ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಶ್ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೋಡಣೆ ಆವೃತ್ತಿಯೊಂದಿಗೆ ನವೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ, 95.75% ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು 50 ಸೂಡೊಕ್ರೊಮೋಸೋಮ್‌ಗಳಾಗಿ ಲಂಗರು ಹಾಕುತ್ತದೆ (ಸ್ಕ್ಯಾಫೋಲ್ಡ್ ಎನ್ 50 = 31.84 ಎಮ್ಬಿ). ಎರಡು ಸಬ್ಜೆನೊಮ್‌ಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಯಿತು.
2. ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಆಯ್ದ ಉಜ್ಜುವಿಕೆಯ ಜೆನೊಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು 201 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಸ್ಥಿತಿಸ್ಥಾಪಕ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, 390 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಅನಾವರಣಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಅದು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ.
ಸಾಕುಪ್ರಾಣಿಗಳ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ನಲ್ಲಿ ಡಾರ್ಸಲ್ ಫಿನ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಗ್ವಾಸ್ 378 ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ. ಟೈರೋಸಿನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೈನೇಸ್ ವರದಿಗಾರನನ್ನು ಪಾರದರ್ಶಕತೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಸಾಂದರ್ಭಿಕ ಜೀನ್ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ
ಹಿನ್ನೆಲೆ
ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ (ಕ್ಯಾರಸ್ಸಿಯಸ್ ura ರಾಟಸ್) ಪ್ರಾಚೀನ ಚೀನಾದ ಕ್ರೂಸಿಯನ್ ಕಾರ್ಪ್ನಿಂದ ಸಾಕು, ಇದನ್ನು ಪ್ರಮುಖ ಕೃಷಿ ಮೀನುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಅವರನ್ನು ಚಾರ್ಲ್ಸ್ ಡಾರ್ವಿನ್ ಅವರು "ಬಹುತೇಕ ಅನಂತ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಣ್ಣವನ್ನು ಹಾದುಹೋಗುತ್ತಾರೆ, ನಾವು ರಚನೆಯ ಅತ್ಯಂತ ಅಸಾಧಾರಣ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳನ್ನು ಭೇಟಿಯಾಗುತ್ತೇವೆ" ಎಂದು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಅತ್ಯಂತ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಯ ಸುದೀರ್ಘ ಇತಿಹಾಸ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಅನ್ನು ಮೀನು ಶರೀರಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸಕ್ಕೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಆನುವಂಶಿಕ ಮಾದರಿ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನಾಗಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ.
ಸಾಧನ
ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಶ್ ಜೀನೋಮ್
Jಪ್ಯಾಕ್ಬಿಯೊ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಜೋಡಿ-ಎಂಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಡೇಟಾದ ಮುಲಾಮು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಆರಂಭಿಕ 1.657 ಗ್ರಾಂ ಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ (ಕಾಂಟಿಗ್ ಎನ್ 50 = 474 ಕೆಬಿ). ಬಯೋನಾನೊ ಆಪ್ಟಿಕಲ್ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯನ್ನು 1.73 ಜಿಬಿ ಗಾತ್ರಕ್ಕೆ ಸರಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ (ಅಂದಾಜು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ: 1.8 ಜಿಬಿ). ಎಚ್‌ಐ-ಸಿ ಆಧಾರಿತ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸ್ಕ್ಯಾಫೋಲ್ಡ್ ಎನ್ 50 ಅನ್ನು 606 ಕೆಬಿಯಿಂದ 31.84 ಎಮ್‌ಬಿಗೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ಸುಧಾರಿಸಿದೆ ಮತ್ತು 95.75% (1.65 ಜಿಬಿ) ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಆಂಕರಿಂಗ್ ದರವನ್ನು ಆದೇಶಿಸಿತು. ಜೀನೋಮ್ 56,251 ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು 10,098 ಉದ್ದದ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, 50 ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ 38 ಸಂಭಾವ್ಯ ಸೆಂಟ್ರೊಮೆರಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು were ಹಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಅಂಜೂರ 1 ಚಿನ್ನದ ಮೀನು ಜೀನೋಮ್
Tಪ್ರಾಚೀನ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಘಟನೆಯಿಂದ ಉಂಟಾದ 50 ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ WO ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಸಬ್ಜೆನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಬಿನೆ ನಡುವೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಸಬ್ಜೆನೊಮ್ ಎ (Chra01 ~ a25), ಅಂದರೆ ಬಾರ್ಬಿನೆಗೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಸಬ್ಜೆನೊಮ್ ಬಿ (Chrb01 ~ b25) ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಕೃಷಿ ಮತ್ತು ಆಯ್ದ ಉಜ್ಜುವಿಕೆಗಳು
Aಒಟ್ಟು 16 ಕಾಡು ಪ್ರಕಾರದ ಕ್ರೂಸಿಯನ್ ಕಾರ್ಪ್ಸ್ ಮತ್ತು 185 ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಸರಾಸರಿ 12.5x ನ ಸರಾಸರಿ ಅನುಕ್ರಮದ ಆಳವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, 4.3 ಟೆರಾಬೇಸ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತವೆ. ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಪುನರ್ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಇತರ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ಗಳಿಗಿಂತ ಸಾಮಾನ್ಯ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮತ್ತು ಕ್ರೂಸಿಯನ್ ಕಾರ್ಪ್ ನಡುವಿನ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ದೃ confirmed ಪಡಿಸಿತು, ನಂತರದ ಎರಡು ವಂಶಾವಳಿಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ.
Lಮೇಲಿನ ನಾಲ್ಕು ಉಪ -ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಮೇಲೆ ಕೊಳೆತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ನಲ್ಲಿ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಬಲವಾದ ಕೃತಕ ಆಯ್ಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಆನುವಂಶಿಕ ಅಡಚಣೆಯ ಅಸ್ತಿತ್ವವನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಿತು. ವೆನ್ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮತ್ತು ಮೊಟ್ಟೆಯ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್‌ಗೆ ಕ್ರೂಸಿಯನ್ ಕಾರ್ಪ್ನಿಂದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್‌ಗೆ ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು (π) ಹೆಚ್ಚಿಸುವುದು ಅವುಗಳ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಆನುವಂಶಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ಗಮನಾರ್ಹ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. 25.2 ಎಂಬಿ ಮತ್ತು 946 ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ 50 ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ (33 ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮತ್ತು 16 ಕ್ರೂಸಿಯನ್ ಲದ್ದಿ). ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು 201 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಿಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತಾ, 393 ಜೀನ್‌ಗಳು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್‌ನ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿವೆ. ಈ ಜೀನ್‌ಗಳು ಕಡಿಮೆ-ವೈವಿಧ್ಯತೆಯಿಂದ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ, ಇದು ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್‌ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರಮುಖ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ.
ಅಂಜೂರ 3 ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ-ಸಂಬಂಧಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸಾಕು ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮೇಲೆ ಜಿಡಬ್ಲ್ಯೂಎಗಳು
Dಓರ್ಸಲ್ ಫಿನ್ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣವಾಗಿದ್ದು, ವೆನ್ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಅನ್ನು ಮೊಟ್ಟೆಯ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ. 96 ವೆನ್ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ ಮತ್ತು 87 ಮೊಟ್ಟೆಯ ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ನಲ್ಲಿ ಡಾರ್ಸಲ್ ಫಿನ್ನ ಜಿಡಬ್ಲ್ಯೂಎಗಳು 13 ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ ಹರಡಿರುವ 378 ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು ಮತ್ತು ಉಪಜನಕಗಳ ನಡುವೆ ಈ ಜೀನ್‌ಗಳ ಅಸಮ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಯಿತು. ಈ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಕುರಿತಾದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು “ಸೆಲ್ ಸರ್ಫೇಸ್ ರಿಸೆಪ್ಟರ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್”, “ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋರ್ಟೇಶನ್”, “ಅಸ್ಥಿಪಂಜರದ ವ್ಯವಸ್ಥೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ”, ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸಿದೆ.
ಅಂಜೂರ 4 ಸಾಕು ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ನಲ್ಲಿ ಡಾರ್ಸಲ್ ಫಿನ್ನ ಜಿಡಬ್ಲ್ಯೂಎಎಸ್
Iಪಾರದರ್ಶಕ ಪ್ರಮಾಣದ-ಸಂಬಂಧಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ n GWAS, ಒಂದೇ ಬಲವಾದ ಸಂಘದ ಶಿಖರವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು. ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದರಲ್ಲಿ ಟೈರೋಸಿನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೈನೇಸ್ ಗ್ರಾಹಕವನ್ನು ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಅಂಜೂರ 5 ಪಾರದರ್ಶಕ ಪ್ರಮಾಣದ-ಸಂಬಂಧಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ GWAS
ಉಲ್ಲೇಖ
Cಕೋಳಿ ಡಿ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಗೋಲ್ಡ್ ಫಿಷ್ (ಕ್ಯಾರಸ್ಸಿಯಸ್ ura ರಾಟಸ್) ನ ವಿಕಸನೀಯ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಇತಿಹಾಸ. ಪಿಎನ್‌ಎಗಳು (2020)
ಸುದ್ದಿ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳೊಂದಿಗೆ ಇತ್ತೀಚಿನ ಯಶಸ್ವಿ ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವುದು, ಕಾದಂಬರಿ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಧನೆಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅಧ್ಯಯನದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಪ್ರಮುಖ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಗುರಿಗಳು.
ಪೋಸ್ಟ್ ಸಮಯ: ಜನವರಿ -04-2022