ಡಿ ನೋವೋ ಫಂಗಲ್ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
BMKGENE ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಬಹುಮುಖ ಪರಿಹಾರಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಸಂಶೋಧನೆ ಅಗತ್ಯತೆಗಳು ಮತ್ತು ಅಪೇಕ್ಷಿತ ಜೀನೋಮ್ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯನ್ನು ಪೂರೈಸುತ್ತದೆ. ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಓದುವ ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದರಿಂದ ಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಅಥವಾ ಪ್ಯಾಕ್‌ಬಿಯೊವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಿರು-ಓದುವಿಕೆ ಮತ್ತು ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಉದ್ದವಾದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಶಿಲೀಂಧ್ರ ಜೀನೋಮ್‌ಗಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಹೈ-ಸಿ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವುದು ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಸಂಪೂರ್ಣ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
ಜೀನೋಮ್ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯ ಅಪೇಕ್ಷಿತ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಮೂರು ಸಂಭವನೀಯ ಆಯ್ಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ:
● ಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ ಆಯ್ಕೆ: Illumina NovaSeq PE150 ಜೊತೆಗೆ ಕಿರು-ಓದುವ ಅನುಕ್ರಮ.
● ಫಂಗಲ್ ಫೈನ್ ಜೀನೋಮ್ ಆಯ್ಕೆ:
ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ PE150.
ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: PacBio Revio (HiFi ಓದುತ್ತದೆ) ಅಥವಾ Nanopore PromethION 48.
● ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಫಂಗಲ್ ಜೀನೋಮ್:
ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ PE150.
ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: PacBio Revio (HiFi ಓದುತ್ತದೆ) ಅಥವಾ Nanopore PromethION 48.
ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಾಂಟಿಗ್ ಆಂಕರಿಂಗ್.
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
●ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಗಳು ಲಭ್ಯವಿದೆ: ವಿಭಿನ್ನ ಸಂಶೋಧನಾ ಗುರಿಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಯ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳಿಗಾಗಿ
●ಸಂಪೂರ್ಣ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ:ಇದು ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಬಹು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಂಶಗಳ ಭವಿಷ್ಯ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಕಾಂಟಿಗ್ ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
●ವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ: 12,000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುವುದರೊಂದಿಗೆ, ನಾವು ಒಂದು ದಶಕದ ಅನುಭವ, ಹೆಚ್ಚು ನುರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ತಂಡ, ಸಮಗ್ರ ವಿಷಯ ಮತ್ತು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ತರುತ್ತೇವೆ.
●ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲ:ನಮ್ಮ ಬದ್ಧತೆಯು 3-ತಿಂಗಳ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವಾ ಅವಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸುವುದನ್ನು ಮೀರಿ ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ನಾವು ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಫಾಲೋ-ಅಪ್, ಟ್ರಬಲ್‌ಶೂಟಿಂಗ್ ನೆರವು ಮತ್ತು ಪ್ರಶ್ನೋತ್ತರ ಅವಧಿಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತೇವೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಸೇವೆ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| ಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 100x | Q30≥85% |
| ಉತ್ತಮ ಜಿನೋಮ್ | ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 50 x ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: PacBio HiFi 30x ಅಥವಾ Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio ಏಕಕೋಶೀಯ) contig N50 ≥2Mb (ONT ಏಕಕೋಶೀಯ) contig N50 ≥500kb (ಇತರರು) |
| ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ | ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 50 x ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: PacBio HiFi 30x ಅಥವಾ Nanopore 100x ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ 100x | ಕಾಂಟಿಗ್ ಆಂಕರಿಂಗ್ ಅನುಪಾತ>90%
|
ಸೇವಾ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
| ಏಕಾಗ್ರತೆ (ng/µL) | ಒಟ್ಟು ಮೊತ್ತ (µg) | ಪರಿಮಾಣ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ನ್ಯಾನೋಪೋರ್ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ಇಲ್ಯುಮಿನಾ | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ಏಕಕೋಶೀಯ ಶಿಲೀಂಧ್ರ: ≥3.5x1010 ಜೀವಕೋಶಗಳು
ಮ್ಯಾಕ್ರೋ ಫಂಗಸ್: ≥10 ಗ್ರಾಂ
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ:
- ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
- ಜೀನೋಮ್ ಅಂದಾಜು: ಗಾತ್ರ, ಹೆಟೆರೋಜೈಗೋಸಿಟಿ, ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಂಶಗಳು
ಫೈನ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:
- ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
- ಡಿ ನೋವೊಅಸೆಂಬ್ಲಿ
- ಜೀನೋಮ್ ಕಾಂಪೊನೆಂಟ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್: CDS ಮತ್ತು ಬಹು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಂಶಗಳ ಭವಿಷ್ಯ
- ಬಹು ಸಾಮಾನ್ಯ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳು (GO, KEGG, ಇತ್ಯಾದಿ) ಮತ್ತು ಸುಧಾರಿತ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ (CARD, VFDB, ಇತ್ಯಾದಿ) ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ
ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:
- ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ.
- ಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಆಂಕರ್ ಮಾಡುವ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್, ಆರ್ಡರ್ ಮತ್ತು ಓರಿಯಂಟಿಂಗ್
- HI-C ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ: ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಮತ್ತು ಶಾಖ ನಕ್ಷೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ
ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ: ಕೆ-ಮರ್ ವಿತರಣೆ
ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: ಜೀನ್ ಹೋಮೋಲಾಜಸ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ (NR ಡೇಟಾಬೇಸ್)
ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ (GO)
BMKGene ನ ಫಂಗಲ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಮೂಲಕ ಪ್ರಗತಿಯನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಿ.
ಹಾವೊ, ಜೆ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಮುಳುಗಿದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಔಷಧೀಯ ಮಶ್ರೂಮ್ ಇನೊನೊಟಸ್ ಓಬ್ಲಿಕ್ವಸ್‌ನ ಸಂಯೋಜಿತ ಓಮಿಕ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್',BMC ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್, 24(1), ಪುಟಗಳು. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
ಲು, ಎಲ್. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಗೋಧಿ ಚೂಪಾದ ಕಣ್ಣುಗುಡ್ಡೆಯ ರೋಗಕಾರಕ ರೈಝೋಕ್ಟೋನಿಯಾ ಸೆರಿಯಾಲಿಸ್‌ನ ವಿಕಸನ ಮತ್ತು ರೋಗಕಾರಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ದಿ ಕ್ರಾಪ್ ಜರ್ನಲ್, 11(2), ಪುಟಗಳು. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
ಜಾಂಗ್, ಎಚ್. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಟರ್ಫ್‌ಗ್ರಾಸ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಡಾಲರ್ ಸ್ಪಾಟ್ ಅನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುವ ನಾಲ್ಕು ಕ್ಲಾರಿರೀಡಿಯಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಜೀನೋಮ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು',ಸಸ್ಯ ರೋಗ, 107(3), ಪುಟಗಳು. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ಜಾಂಗ್, SS ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ತಿನ್ನಬಹುದಾದ ಮಶ್ರೂಮ್ ಗ್ರಿಫೋಲಾ ಫ್ರಾಂಡೋಸಾದಲ್ಲಿ ಟೆಟ್ರಾಪೋಲಾರ್ ಮ್ಯಾಟಿಂಗ್ ಸಿಸ್ಟಮ್‌ನ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಎವಿಡೆನ್ಸ್',ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಫಂಗಿ, 9(10), ಪು. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
