ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ mRNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಉಲ್ಲೇಖ ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಡಿ ನೊವೊ ಆಯ್ಕೆಗಳು ಲಭ್ಯವಿದೆ)
ಈ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ NGS RNA-Seq ಡೇಟಾವನ್ನು ಇನ್‌ಪುಟ್‌ನಂತೆ ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಡೌನ್‌ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಿಂದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ ಆದರೆ ಇವುಗಳಿಗೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿಲ್ಲ: ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ,ಡಿ ನೋವೋಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸೈಟ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ, ವೇರಿಯಬಲ್ ಸ್ಪ್ಲಿಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಫಂಕ್ಷನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
ದೀರ್ಘ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಆರ್ಎನ್ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಲಾಂಗ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎಗಳು (ಎಲ್‌ಎನ್‌ಸಿಆರ್‌ಎನ್‌ಎ) 200 ಎನ್‌ಟಿಗಿಂತ ಉದ್ದವಿರುವ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಪ್ರತಿಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಘಟನೆ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರಗಳನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ನಮ್ಮ ತಿಳುವಳಿಕೆ lncRNA ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ಸ್ಥಾನಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನಿರ್ಣಾಯಕ ನಿಯಂತ್ರಕ ಕಾರ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ lncRNA ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡಿವೆ. ಈ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ mRNA ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ನಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳ ಜೊತೆಗೆ lncRNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
16S/18S/ITS ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಅನುಕ್ರಮ
ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮೈಕ್ರೋಬಿಯಲ್ ಡೈವರ್ಸಿಟಿ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಮೈಕ್ರೋಬಿಯಲ್ ಡೈವರ್ಸಿಟಿ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ವರ್ಷಗಳ ಅನುಭವದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಪ್ರಮಾಣೀಕೃತ ಮೂಲ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಪ್ರಸ್ತುತ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮುಖ್ಯವಾಹಿನಿಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ವಿಷಯವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ವರದಿಯು ಶ್ರೀಮಂತ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರವಾಗಿದ್ದು, ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ವೈಯಕ್ತಿಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಾಡುವ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಗ್ರಾಹಕೀಕರಣ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕಾಗಿ ಫ್ಲೈನಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಮಾರ್ಪಡಿಸಬಹುದು.
ಶಾಟ್ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಶಾಟ್ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಮಿಶ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಸ್ತುಗಳಿಂದ NGS ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಜಾತಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ, ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆ, ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧದ ಜಾಲಗಳ ಕುರಿತು ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
NGS-WGS ವೇರಿಯಂಟ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್
NGS-WGS ವೇರಿಯಂಟ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಒಂದು ಸಮಗ್ರ ರೂಪಾಂತರ ಪತ್ತೆ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಆಗಿದ್ದು ಅದು ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ, ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ SNP ಮತ್ತು InDel ಪತ್ತೆಗಾಗಿ GATK ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಭ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ರಚನಾತ್ಮಕ ರೂಪಾಂತರದ ಕರೆಗಾಗಿ Manta ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ.
ಜಿನೋಮ್ ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡಿ (GWAS)
GWAS ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಎಂಬುದು ಡೌನ್‌ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಾಗಿದ್ದು ಅದು ಹಿಂದೆ ರಚಿಸಲಾದ VCF ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಸಮೂಹಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಇನ್‌ಪುಟ್‌ನಂತೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, GWAS ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಸಂಕೀರ್ಣ ಮಾನವ ರೋಗಗಳು ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಣಿಗಳಲ್ಲಿನ ಸಂಕೀರ್ಣ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸುವಲ್ಲಿ ಇದು ನಿರ್ಣಾಯಕ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತದೆ.
ಬೃಹತ್ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (BSA)
BSA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಿಂದ ತೀವ್ರವಾದ ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುತ್ತದೆ. ಪೂಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವಿನ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಈ ವಿಧಾನವು ಗುರಿ ಜೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ನಿಕಟವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತುಗಳನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಮಾರ್ಕರ್-ನೆರವಿನ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.
ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್
ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ BMKGENE ನ ಆನುವಂಶಿಕ ವಿಕಸನ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕ ಅನುಭವವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಟ್ರೀ ನಿರ್ಮಾಣ, ಲಿಂಕ್ ಅಸಮತೋಲನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ, ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ, ರಕ್ತಸಂಬಂಧ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
