ಬೃಹತ್ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೇವಾ ಅನುಕೂಲಗಳು
ಟಕಗಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, ದಿ ಪ್ಲಾಂಟ್ ಜರ್ನಲ್, 2013
Raction ನಿಖರವಾದ ಸ್ಥಳೀಕರಣ: ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು 30+30 ರಿಂದ 200+200 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಲ್ಕ್‌ಗಳನ್ನು ಬೆರೆಸುವುದು; ಸಮಾನಾರ್ಥಕವಲ್ಲದ ಮ್ಯುಟಾಟಂಟ್ಸ್ ಆಧಾರಿತ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶದ ಮುನ್ಸೂಚನೆ.
● ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಎನ್ಆರ್, ಸ್ವಿಸ್ಪ್ರೊಟ್, ಜಿಒ, ಕೆಗ್, ಕಾಗ್, ಕಾಗ್, ಇತ್ಯಾದಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಆಳವಾದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್ ಕಾರ್ಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ.
● ವೇಗದ ವಹಿವಾಟು ಸಮಯ: 45 ಕೆಲಸದ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ಷಿಪ್ರ ಜೀನ್ ಸ್ಥಳೀಕರಣ.
Experience ವ್ಯಾಪಕ ಅನುಭವ: ಕ್ರಾಪ್ಸ್, ಅಕ್ವಾಟಿಕ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು, ಅರಣ್ಯ, ಹೂವುಗಳು, ಹಣ್ಣುಗಳು ಮುಂತಾದ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಸಾವಿರಾರು ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಸ್ಥಳೀಕರಣದಲ್ಲಿ ಬಿಎಂಕೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
ಜನಸಂಖ್ಯೆ:
ಎದುರಾಳಿ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪೋಷಕರ ಸಂತತಿಯನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವುದು.
ಉದಾ. ಎಫ್ 2 ಸಂತತಿ, ಬ್ಯಾಕ್‌ಕ್ರಾಸಿಂಗ್ (ಕ್ರಿ.ಪೂ.), ಪುನರ್ಸಂಯೋಜಕ ಇನ್ಬ್ರೆಡ್ ಲೈನ್ (ಆರ್‌ಐಎಲ್)
ಬೆನ್ನೆಲುಬು
ಗುಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗಾಗಿ: 30 ರಿಂದ 50 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು (ಕನಿಷ್ಠ 20)/ಬೃಹತ್
ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಟ್ರಾಟಿಸ್ಗಾಗಿ: ಇಡೀ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ವಿಪರೀತ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಟಾಪ್ 5% ರಿಂದ 10% ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು (ಕನಿಷ್ಠ 30+30).
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳ
ಕನಿಷ್ಠ 20x/ಪೋಷಕರು ಮತ್ತು 1x/ಸಂತತಿಯ ವ್ಯಕ್ತಿ (ಉದಾ. 30+30 ವ್ಯಕ್ತಿಯ ಸಂತತಿಯ ಮಿಶ್ರಣ ಪೂಲ್ಗಾಗಿ, ಅನುಕ್ರಮ ಆಳಕ್ಕೆ 30x ಆಗಿರುತ್ತದೆ)
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
● ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ರೆಸಾಗಿಂಗ್
ಡೇಟಾ ಸಂಸ್ಕರಣೆ
● SNP/INDEL ಕರೆ
● ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶ ತಪಾಸಣೆ
● ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್ ಕಾರ್ಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು:
| ಜಿಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿ | ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿ |
| ಏಕಾಗ್ರತೆ: ≥30 ng/μl | ಸಸ್ಯಗಳು: 1-2 ಗ್ರಾಂ |
| ಮೊತ್ತ: ≥2 μg (ವೊಲ್ಯಮ್ ≥15 μL) | ಪ್ರಾಣಿಗಳು: 0.5-1 ಗ್ರಾಂ |
| ಶುದ್ಧತೆ: ಒಡಿ 260/280 = 1.6-2.5 | ಸಂಪೂರ್ಣ ರಕ್ತ: 1.5 ಮಿಲಿ |
ಸೇವೆಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಆರ್ಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ದತ್ತಾಂಶಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
1. ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಯೂಕ್ಲಿಡಿಯನ್ ದೂರ (ಇಡಿ) ಯಲ್ಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಬೇಸ್. ಕೆಳಗಿನ ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ
ಎಕ್ಸ್-ಆಕ್ಸಿಸ್: ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಸಂಖ್ಯೆ; ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಚುಕ್ಕೆ ಎಸ್‌ಎನ್‌ಪಿಯ ಇಡಿ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಕಪ್ಪು ರೇಖೆಯು ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ಇಡಿ ಮೌಲ್ಯಕ್ಕೆ ಅನುರೂಪವಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಇಡಿ ಮೌಲ್ಯವು ಸೈಟ್ ಮತ್ತು ಫಿನೋಟೈಪ್ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚು ಮಹತ್ವದ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ರೆಡ್ ಡ್ಯಾಶ್ ಲೈನ್ ಮಹತ್ವದ ಸಂಘದ ಮಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.
.
ಎಕ್ಸ್-ಆಕ್ಸಿಸ್: ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಸಂಖ್ಯೆ; ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಚುಕ್ಕೆ ಎಸ್‌ಎನ್‌ಪಿ-ಇಂಡೆಕ್ಸ್ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಕಪ್ಪು ರೇಖೆಯು ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ಎಸ್‌ಎನ್‌ಪಿ-ಇಂಡೆಕ್ಸ್ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮೌಲ್ಯವು ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ, ಸಂಘವು ಹೆಚ್ಚು ಮಹತ್ವದ್ದಾಗಿದೆ.
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣ ಲೊಕಸ್ ಎಫ್‌ಎನ್‌ಎಲ್ 7.1 ಸೌತೆಕಾಯಿಯಲ್ಲಿ ಹಣ್ಣಿನ ಕುತ್ತಿಗೆ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ತಡವಾದ ಭ್ರೂಣಜನಕ ಹೇರಳವಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಸಸ್ಯ ಜೈವಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಜರ್ನಲ್, 2020
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಪೋಷಕರು (ಜಿನ್ 5-508, ವೈಎನ್): 34 × ಮತ್ತು 20 for ಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ರೆಸಿಲಿಂಗ್.
ಡಿಎನ್‌ಎ ಪೂಲ್‌ಗಳು (50 ಉದ್ದ-ಕುತ್ತಿಗೆ ಮತ್ತು 50 ಶಾರ್ಟ್-ನೆಕ್ಡ್): 61 × ಮತ್ತು 52 for ಗೆ ರೆಸ್ಯೂಸಿಂಗ್
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ದೀರ್ಘ-ಕುತ್ತಿಗೆ ಸೌತೆಕಾಯಿ ರೇಖೆಯನ್ನು ಜಿನ್ 5-508 ಮತ್ತು ಶಾರ್ಟ್-ನೆಕ್ ವೈಎನ್ ಅನ್ನು ದಾಟುವ ಮೂಲಕ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು (ಎಫ್ 2 ಮತ್ತು ಎಫ್ 2: 3) ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎರಡು ಡಿಎನ್‌ಎ ಪೂಲ್‌ಗಳನ್ನು 50 ಎಕ್ಸ್‌ಟ್ರೀಮ್ ಲಾಂಗ್-ನೆಕ್ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ಮತ್ತು 50 ವಿಪರೀತ ಶಾರ್ಟ್-ನೆಕ್ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ನಿರ್ಮಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ ಕ್ಯೂಟಿಎಲ್ ಅನ್ನು ಸಿಎಚ್‌ಆರ್‌07 ನಲ್ಲಿ ಬಿಎಸ್ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಕ್ಯೂಟಿಎಲ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಗುರುತಿಸಿದೆ. ಉತ್ತಮ-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್, ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ ಮತ್ತು ಜೀವಾಂತರ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಂದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಸಂಕುಚಿತಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು ಕುತ್ತಿಗೆ-ಉದ್ದವಾದ ಸಿಎಸ್‌ಎಫ್‌ಎನ್‌ಎಲ್ 7.1 ಅನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ, CSFNL7.1 ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿನ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಂ ಅನುಗುಣವಾದ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಎಫ್‌ಎನ್‌ಎಲ್ 7.1 ಲೋಕಸ್ ಭಾರತದಿಂದ ಹುಟ್ಟುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸಿದೆ.
 ಸೌತೆಕಾಯಿ ಕುತ್ತಿಗೆ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಿಎಸ್ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಕ್ಯೂಟಿಎಲ್-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ |  ಸೌತೆಕಾಯಿ ಕುತ್ತಿಗೆ-ಉದ್ದದ QTL ನ LOD ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳು Chr07 ನಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ |
ಕ್ಸು, ಎಕ್ಸ್., ಮತ್ತು ಇತರರು. "ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣ ಲೊಕಸ್ ಎಫ್‌ಎನ್‌ಎಲ್ 7.1 ಸೌತೆಕಾಯಿಯಲ್ಲಿ ಹಣ್ಣಿನ ಕುತ್ತಿಗೆ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ತಡವಾದ ಭ್ರೂಣಜನಕ ಹೇರಳವಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ." ಸಸ್ಯ ಜೈವಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಜರ್ನಲ್ 18.7 (2020).
