BMKMANU S1000 ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ
BMKMANU S1000 ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ತಾಂತ್ರಿಕ ಯೋಜನೆ
ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್: 5 µM
● ಸ್ಪಾಟ್ ವ್ಯಾಸ: 2.5 µM
● ತಾಣಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ: ಸರಿಸುಮಾರು 2 ಮಿಲಿಯನ್
● 3 ಸಂಭವನೀಯ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಏರಿಯಾ ಸ್ವರೂಪಗಳು: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ಅಥವಾ 15 mm * 20 mm
● ಪ್ರತಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಮಣಿಯನ್ನು 4 ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ:
mRNA ಪ್ರೈಮಿಂಗ್ ಮತ್ತು cDNA ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಪಾಲಿ(dT) ಬಾಲ
ವರ್ಧನೆ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಸರಿಪಡಿಸಲು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (UMI).
ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಬಾರ್ಕೋಡ್
ಭಾಗಶಃ ರೀಡ್ 1 ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ರೈಮರ್‌ನ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್
● H&E ಮತ್ತು ವಿಭಾಗಗಳ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಕಲೆ
● ಬಳಸಲು ಸಾಧ್ಯತೆಕೋಶ ವಿಭಜನೆ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ: ಪ್ರತಿ ಕೋಶದ ಗಡಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಕೋಶಕ್ಕೆ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ನಿಯೋಜಿಸಲು H&E ಸ್ಟೈನಿಂಗ್, ಫ್ಲೋರೊಸೆಂಟ್ ಸ್ಟೇನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮದ ಏಕೀಕರಣ.
BMKMANU S1000 ನ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು
●ಉಪ-ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್: ಪ್ರತಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶವು 2.5 µm ವ್ಯಾಸವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ > 2 ಮಿಲಿಯನ್ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಸ್ಪಾಟ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಸ್ಪಾಟ್ ಕೇಂದ್ರಗಳ ನಡುವೆ 5 µm ಅಂತರವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಉಪ-ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ನೊಂದಿಗೆ (5 µm) ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
●ಬಹು ಹಂತದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:ಸೂಕ್ತವಾದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ನಲ್ಲಿ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಅಂಗಾಂಶ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು 100 μm ನಿಂದ 5 μm ವರೆಗಿನ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಬಹು-ಹಂತದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
●“ಒಂದು ಸ್ಲೈಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಮೂರು” ಸೆಲ್ ಸೆಗ್ಮೆಂಟೇಶನ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆ:ಒಂದೇ ಸ್ಲೈಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಫ್ಲೋರೊಸೆನ್ಸ್ ಸ್ಟೈನಿಂಗ್, ಹೆಚ್&ಇ ಸ್ಟೈನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಿ, ನಮ್ಮ "ತ್ರೀ-ಇನ್-ಒನ್" ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ನಂತರದ ಸೆಲ್-ಆಧಾರಿತ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೊಮಿಕ್ಸ್‌ಗಾಗಿ ಕೋಶದ ಗಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡುತ್ತದೆ.
●ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ: NGS ಮತ್ತು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮ ಎರಡೂ ಲಭ್ಯವಿದೆ.
●1-8 ಸಕ್ರಿಯ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಪ್ರದೇಶದ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ವಿನ್ಯಾಸ: ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶದ ಗಾತ್ರವು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, 3 ಸ್ವರೂಪಗಳನ್ನು ಬಳಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ಮತ್ತು 15 mm * 20 mm)
●ಏಕ-ನಿಲುಗಡೆ ಸೇವೆ: ಇದು ಕ್ರಯೋ-ಸೆಕ್ಷನ್, ಸ್ಟೈನಿಂಗ್, ಟಿಶ್ಯೂ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್, ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಬಾರ್‌ಕೋಡಿಂಗ್, ಲೈಬ್ರರಿ ತಯಾರಿ, ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಭವ ಮತ್ತು ಕೌಶಲ್ಯ ಆಧಾರಿತ ಹಂತಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ.
●ಸಮಗ್ರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಬಳಕೆದಾರ ಸ್ನೇಹಿ ದೃಶ್ಯೀಕರಣ:ಪ್ಯಾಕೇಜ್ 29 ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಮತ್ತು 100+ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಕೋಶ ವಿಭಜನೆ ಮತ್ತು ಸ್ಪಾಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಲು ಇನ್‌ಹೌಸ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಬಳಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ.
●ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ದೃಶ್ಯೀಕರಣ: ವಿವಿಧ ಸಂಶೋಧನಾ ವಿನಂತಿಗಳಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿದೆ
●ಹೆಚ್ಚು ನುರಿತ ತಾಂತ್ರಿಕ ತಂಡ: ಮಾನವ, ಇಲಿ, ಸಸ್ತನಿ, ಮೀನು ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ 250 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಅಂಗಾಂಶ ಪ್ರಕಾರಗಳು ಮತ್ತು 100+ ಜಾತಿಗಳಲ್ಲಿ ಅನುಭವದೊಂದಿಗೆ.
●ಸಂಪೂರ್ಣ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ನೈಜ-ಸಮಯದ ನವೀಕರಣಗಳು: ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಪ್ರಗತಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ನಿಯಂತ್ರಣದೊಂದಿಗೆ.
●ಏಕ-ಕೋಶ mRNA ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಐಚ್ಛಿಕ ಜಂಟಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
|
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
| ಗ್ರಂಥಾಲಯ |
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ
| ಡೇಟಾವನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| OCT-ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಕ್ರಯೋ ಮಾದರಿಗಳು, ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ 3 ಬ್ಲಾಕ್‌ಗಳು | S1000 cDNA ಲೈಬ್ರರಿ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 (ಇತರ ವೇದಿಕೆಗಳು ಲಭ್ಯವಿದೆ) | 100 uM ಗೆ 100K PE ಓದುತ್ತದೆ (60-150 ಜಿಬಿ) | RIN>7 |
ಮಾದರಿ ತಯಾರಿಕೆಯ ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮತ್ತು ಸೇವೆಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಕುರಿತು ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿವರಗಳಿಗಾಗಿ, ದಯವಿಟ್ಟು a ರೊಂದಿಗೆ ಮಾತನಾಡಲು ಹಿಂಜರಿಯಬೇಡಿBMKGENE ತಜ್ಞ
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ ತಯಾರಿಕೆಯ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಉನ್ನತ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದೆಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಆರಂಭಿಕ ಬೃಹತ್ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಟಿಶ್ಯೂ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಹಂತದಲ್ಲಿ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಕಲೆ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಎಮ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಬಿಡುಗಡೆಗೆ ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯತೆಯ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದುವಂತೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಪ್ಟಿಮೈಸ್ಡ್ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ನಂತರ ಲೈಬ್ರರಿ ನಿರ್ಮಾಣದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
ಸಂಪೂರ್ಣ ಸೇವಾ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ನೈಜ-ಸಮಯದ ನವೀಕರಣಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ಲೈಂಟ್ ದೃಢೀಕರಣಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾಶೀಲ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಲೂಪ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ಸುಗಮ ಯೋಜನೆಯ ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಖಾತ್ರಿಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
BMKMANU S1000 ನಿಂದ ರಚಿಸಲಾದ ಡೇಟಾವನ್ನು "BSTMatrix" ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಬಳಸಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು BMKGENE ನಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ, ಜೀನ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಅಲ್ಲಿಂದ, ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಆಂತರಿಕ-ಮಾದರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಅಂತರ-ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರಮಾಣಿತ ವರದಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
● ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ:
ಡೇಟಾ ಔಟ್‌ಪುಟ್ ಮತ್ತು ಗುಣಮಟ್ಟದ ಸ್ಕೋರ್ ವಿತರಣೆ
ಪ್ರತಿ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಜೀನ್ ಪತ್ತೆ
ಅಂಗಾಂಶ ವ್ಯಾಪ್ತಿ
● ಆಂತರಿಕ ಮಾದರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಜೀನ್ ಶ್ರೀಮಂತಿಕೆ
ಕಡಿಮೆ ಆಯಾಮದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸೇರಿದಂತೆ ಸ್ಪಾಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್
ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ
● ಅಂತರ ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಎರಡೂ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ (ಉದಾ. ರೋಗಗ್ರಸ್ತ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣ) ಮತ್ತು ಮರು-ಗುಂಪುಗಳಿಂದ ಕಲೆಗಳ ಮರು-ಸಂಯೋಜನೆ
ಪ್ರತಿ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ಗೆ ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ
ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ
ಗುಂಪುಗಳ ನಡುವೆ ಒಂದೇ ಕ್ಲಸ್ಟರ್‌ನ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ
ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, BMKGENE ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ “BSTViewer” ಒಂದು ಬಳಕೆದಾರ ಸ್ನೇಹಿ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಪಾಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
BMKGene ಬಳಕೆದಾರ ಸ್ನೇಹಿ ದೃಶ್ಯೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ
ಬಹು-ಹಂತದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ನಲ್ಲಿ BSTViewer ಸ್ಪಾಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್
BSTCellViewer: ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮತ್ತು ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ಕೋಶ ವಿಭಜನೆ
ಆಂತರಿಕ ಮಾದರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸ್ಪಾಟ್ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್:
ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ವಿತರಣೆ:
ಅಂತರ ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಎರಡೂ ಗುಂಪುಗಳಿಂದ ಡೇಟಾ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಮರು-ಕ್ಲಸ್ಟರ್:
ಹೊಸ ಸಮೂಹಗಳ ಮಾರ್ಕರ್ ಜೀನ್‌ಗಳು:
ಈ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗೊಳಿಸಿದ ಪ್ರಕಟಣೆಯಲ್ಲಿ BMKManu S1000 ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದೊಂದಿಗೆ BMKGene ನ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಿ:
ಹಾಡು, X. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನವು ಟೊಮ್ಯಾಟೊ ಕ್ಯಾಲಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಚಿಗುರಿನ ಪುನರುತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುವಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಬೆಳಕಿನ-ಪ್ರೇರಿತ ಕ್ಲೋರೆಂಚೈಮಾ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ಯುನೈಟೆಡ್ ಸ್ಟೇಟ್ಸ್ ಆಫ್ ಅಮೇರಿಕಾದ ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಅಕಾಡೆಮಿ ಆಫ್ ಸೈನ್ಸಸ್ ನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು, 120(38), ಪು. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
ನೀವು, ವೈ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಧಾನಗಳ ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಹೋಲಿಕೆ',bioRxiv, ಪು. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
