លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
គ្រោងការណ៍បច្ចេកទេស
ភាពឯកោនៃស្នូលត្រូវបានសម្រេចដោយ 10× Genomics Chromium™ ដែលមានប្រព័ន្ធមីក្រូហ្វ្លុយឌីកចំនួនប្រាំបីឆានែលជាមួយនឹងការឆ្លងកាត់ទ្វេ។ នៅក្នុងប្រព័ន្ធនេះ អង្កាំជែលដែលមានបាកូដ និងសារធាតុ primer អង់ស៊ីម និងស្នូលតែមួយត្រូវបានខ្ចប់នៅក្នុងដំណក់ប្រេងទំហំ nanoliter បង្កើត Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ។ នៅពេលដែល GEM ត្រូវបានបង្កើតឡើង កោសិកា និងការបញ្ចេញបាកូដត្រូវបានអនុវត្តនៅក្នុង GEM នីមួយៗ។ mRNA ត្រូវបានចម្លងបញ្ច្រាសទៅជាម៉ូលេគុល cDNA ជាមួយនឹង 10× barcodes និង UMI ដែលជាកម្មវត្ថុនៃការសាងសង់បណ្ណាល័យតាមលំដាប់លំដោយ។
លក្ខណៈពិសេស
● ការរៀបចំការព្យួរស្នូលតែមួយពីជាលិកាដែលកក
● ការបង្កើត Gel Bead-in-Emulsion (GEM) បន្តដោយការសំយោគ cDNA
● អង្កាំនីមួយៗនៅក្នុង GEM ត្រូវបានផ្ទុកដោយសារធាតុ primers ដែលមាន 4 ផ្នែក៖
កន្ទុយ poly(dT) សម្រាប់ mRNA priming និងការសំយោគ cDNA,
ឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលតែមួយគត់ (UMI) ដើម្បីកែលំអភាពលំអៀង
លេខកូដ 10x
ការចងលំដាប់នៃការអានដោយផ្នែក 1 primer sequencing
គុណសម្បត្តិ
លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ ជៀសផុតពីដែនកំណត់នៃលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យ៖
● ការប្រើប្រាស់សំណាកដែលបង្កក ហើយមិនត្រឹមតែកំណត់ចំពោះសំណាកស្រស់ប៉ុណ្ណោះទេ
● ភាពតានតឹងទាបនៃកោសិកាដែលបង្កក បើប្រៀបធៀបទៅនឹងការព្យាបាលដោយអង់ស៊ីមនៃកោសិកាស្រស់ ដែលឆ្លុះបញ្ចាំងនៅក្នុងទិន្នន័យប្រតិចារិកក្នុងទម្រង់នៃហ្សែនដែលបង្កភាពតានតឹងតិច
● មិនត្រូវការការដកកោសិកាឈាមក្រហមចេញជាមុនទេ។
● អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាគ្មានដែនកំណត់
● អារេដ៏ធំនៃគំរូដែលមានសិទ្ធិសម្រាប់ការវិភាគ រួមទាំងប្រភេទជាលិកាដែលស្មុគស្មាញ និងផុយស្រួយ ដែលងាយនឹងមានការគៀបកោសិកា ឬការបំផ្លាញកំឡុងពេលបំបែកជាលិកា
គំរូដែលមិនអាចត្រូវបានវិភាគដោយលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយ និងមានលក្ខណៈគ្រប់គ្រាន់សម្រាប់លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ៖
| កោសិកា / ជាលិកា | ហេតុផល |
| ជាលិកាដែលកកមិនស្រស់ | មិនអាចទទួលបានអង្គការស្រស់ ឬរក្សាទុកយូរ |
| កោសិកាសាច់ដុំ Megakaryocyte ខ្លាញ់… | អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាធំពេកក្នុងការបញ្ចូលឧបករណ៍ |
| ថ្លើម… | ផុយស្រួយពេកក្នុងការបំបែក មិនអាចបែងចែកកោសិកាតែមួយបានទេ។ |
| កោសិកាណឺរ៉ូន ខួរក្បាល… | កាន់តែមានភាពរសើប ងាយស្រួលក្នុងការតានតឹង នឹងផ្លាស់ប្តូរលទ្ធផលតាមលំដាប់លំដោយ |
| លំពែង ក្រពេញទីរ៉ូអ៊ីត… | សំបូរទៅដោយអង់ស៊ីម endogenous ដែលប៉ះពាល់ដល់ការផលិតកោសិកាតែមួយ |
ស្នូលតែមួយទល់នឹងកោសិកាតែមួយ
| ស្នូលតែមួយ | កោសិកាតែមួយ |
| អង្កត់ផ្ចិតកោសិកាគ្មានដែនកំណត់ | អង្កត់ផ្ចិតកោសិកា: 10-40 μm |
| សម្ភារៈអាចជាជាលិកាកក | សម្ភារៈត្រូវតែជាជាលិកាស្រស់ |
| ភាពតានតឹងទាបនៃកោសិកាទឹកកក | ការព្យាបាលដោយអង់ស៊ីមអាចបណ្តាលឱ្យមានប្រតិកម្មស្ត្រេសកោសិកា |
| មិនចាំបាច់យកកោសិកាឈាមក្រហមចេញទេ។ | កោសិកាឈាមក្រហមត្រូវតែយកចេញ |
| នុយក្លេអ៊ែរបង្ហាញព័ត៌មានជីវសាស្ត្រ | កោសិកាទាំងមូលបង្ហាញពីព័ត៌មានជីវសាស្រ្ត |
លក្ខណៈបច្ចេកទេស
| តម្រូវការគំរូ | បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| ជាលិកាសត្វ≥ 200 មីលីក្រាម ជាលិការុក្ខជាតិ ≥ 400 មីលីក្រាម | បណ្ណាល័យ 10x Genomics sn cDNA | Illumina PE150 | 100K PE អានក្នុងមួយក្រឡា (100-200 Gb) | 700-1200 nuclei/μl និងភាពសុចរិតនៃស្នូលត្រូវបានអង្កេតនៅក្រោមមីក្រូទស្សន៍ |
សម្រាប់ព័ត៌មានលម្អិតបន្ថែមអំពីការណែនាំអំពីការរៀបចំគំរូ និងដំណើរការការងារសេវាកម្ម សូមនិយាយដោយសេរីទៅកាន់ កអ្នកជំនាញ BMKGENE
លំហូរការងារសេវាកម្ម
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
● ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព៖ ចំនួនកោសិកា ការរកឃើញហ្សែន ការកំណត់អត្តសញ្ញាណត្រឹមត្រូវនៃកោសិកា ម៉ូលេគុល RNA និងបរិមាណកន្សោម
● ការវិភាគគំរូខាងក្នុង៖
ការចង្កោមក្រឡា និងចំណារពន្យល់ចង្កោម
ការវិភាគការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណនៃ DEGs នៅក្នុងចង្កោម
ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងក្រុម DEGs
● ការវិភាគក្រុមអន្តរក្រុម៖
ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃទិន្នន័យ
ការវិភាគការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ DEGs ជាក្រុម
ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងក្រុម DEGs
● ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់៖
ការវិភាគវដ្តកោសិកា
ការវិភាគពេលវេលា
ការវិភាគទំនាក់ទំនងកោសិកា (CellPhoneDB)
ការវិភាគការបង្កើនហ្សែនកំណត់ (GSEA)
ការវិភាគគំរូខាងក្នុង
ការដាក់ជាក្រុមកោសិកា៖
ការវិភាគការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ចង្កោម DEGs
ការវិភាគអន្តរក្រុម
ការវិភាគការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល៖ ក្រុម DEGs
ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់៖
ការវិភាគពេលវេលាក្លែងក្លាយ៖
ការវិភាគវដ្តកោសិកា៖
ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មតម្រៀប RNA ស្នូលតែមួយរបស់ BMKGene ដោយ 10X Chromium នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសទាំងនេះ៖
លោក Wang, L. et al ។ (ឆ្នាំ 2021) 'ការវិភាគការចម្លងកោសិកាតែមួយបង្ហាញពីទិដ្ឋភាពនៃភាពស៊ាំនៃសួតក្នុងភាពធ្ងន់ធ្ងរនៃជំងឺហឺតដែលធន់នឹងស្តេរ៉ូអ៊ីត',ដំណើរការនៃបណ្ឌិត្យសភាវិទ្យាសាស្ត្រជាតិនៃសហរដ្ឋអាមេរិក, 118(2), ទំ។ e2005590118។ doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al ។ (2022) 'បណ្តាញនិយតកម្មសកលសម្រាប់ការបញ្ចេញហ្សែនដែលគ្រប់គ្រងដោយភាពមិនប្រក្រតី និងសញ្ញានៃការរំលាយអាហារខុសប្រក្រតីនៅក្នុងកោសិកាភាពស៊ាំក្នុងមីក្រូបរិស្ថាននៃជំងឺផ្នូរ និងជំងឺក្រពេញទីរ៉ូអ៊ីតរបស់ Hashimoto',ព្រំដែននៅក្នុង Immunology, 13, ទំ។ 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX។
Tian, H. et al ។ (2023) 'ការចម្លងកោសិកាតែមួយបង្ហាញពីភាពតំណពូជ និងការឆ្លើយតបនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំនៃ leukocytes បន្ទាប់ពីការចាក់វ៉ាក់សាំងជាមួយ Edwardsiella tarda អសកម្មនៅក្នុង flounder (Paralichthys olivaceus)',វារីវប្បកម្ម, 566, ទំ។ 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al ។ (ឆ្នាំ 2023) 'ការព្យាបាលដោយប្រើរូបភាពធ្វើអោយប្រសើរឡើងនូវលទ្ធផលនៃសារធាតុទប់ស្កាត់ភាពស៊ាំតាមរយៈការផ្លាស់ប្តូរភាពស៊ាំប្រឆាំងនឹងដុំសាច់នៅក្នុងអ្នកជំងឺដែលមានជំងឺមហារីកក្រពះ',មហារីកក្រពះ, 26(5), ទំព័រ 798–813 ។ doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS ។
