ការកាត់បន្ថយតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS)
ការកាត់បន្ថយតំណាង Bisulfite Sequencing (RRBS) បានលេចចេញជាជម្រើសដ៏មានប្រសិទ្ធភាព និងសន្សំសំចៃចំពោះ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) នៅក្នុងការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ។ ខណៈពេលដែល WGBS ផ្តល់នូវការយល់ដឹងដ៏ទូលំទូលាយដោយការពិនិត្យមើលហ្សែនទាំងមូលក្នុងដំណោះស្រាយមូលដ្ឋានតែមួយ ការចំណាយខ្ពស់របស់វាអាចជាកត្តាកំណត់។ RRBS ជាយុទ្ធសាស្ត្រកាត់បន្ថយបញ្ហាប្រឈមនេះដោយជ្រើសរើសវិភាគផ្នែកតំណាងនៃហ្សែន។ វិធីសាស្រ្តនេះពឹងផ្អែកលើការពង្រឹងតំបន់ដែលសំបូរទៅដោយកោះ CpG ដោយការបោសសំអាត MspI អមដោយការជ្រើសរើសទំហំនៃបំណែក 200-500/600 bps ។ អាស្រ័យហេតុនេះ មានតែតំបន់ដែលនៅជិតកោះ CpG ប៉ុណ្ណោះដែលត្រូវបានបន្តបន្ទាប់គ្នា ចំណែកតំបន់ដែលមានកោះ CpG ឆ្ងាយមិនត្រូវបានរាប់បញ្ចូលពីការវិភាគ។ ដំណើរការនេះ រួមផ្សំជាមួយនឹងការបន្តបន្ទាប់គ្នា bisulfite អនុញ្ញាតឱ្យមានការរកឃើញនូវដំណោះស្រាយខ្ពស់នៃ DNA methylation ហើយវិធីសាស្រ្តបន្តបន្ទាប់គ្នា PE150 ផ្តោតជាពិសេសទៅលើផ្នែកចុងនៃសិលាចារឹកជាជាងផ្នែកកណ្តាល បង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃទម្រង់ methylation ។ RRBS គឺជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបាន ដែលអាចឱ្យការស្រាវជ្រាវ DNA methylation ប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាព និងជំរុញចំណេះដឹងអំពីយន្តការអេពីដេហ្សែន។
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● ទាមទារហ្សែនយោង។
● Lambda DNA ត្រូវបានប្រើដើម្បីតាមដានប្រសិទ្ធភាពនៃការបំប្លែង bisulfite ។
● ប្រសិទ្ធភាពនៃការរំលាយអាហារ MspI ក៏ត្រូវបានត្រួតពិនិត្យផងដែរ។
● ការរំលាយអង់ស៊ីមពីរដងសម្រាប់គំរូរុក្ខជាតិ។
● តម្រៀបនៅលើ Illumina NovaSeq ។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●ជម្មើសជំនួស WGBS ដែលមានប្រសិទ្ធភាព និងចំណាយតិច៖ អនុញ្ញាតឱ្យការវិភាគត្រូវបានអនុវត្តក្នុងការចំណាយទាប និងជាមួយនឹងតម្រូវការគំរូទាប។
●វេទិកាពេញលេញ៖ផ្តល់សេវាកម្មដ៏ល្អឥតខ្ចោះតែម្តង ចាប់ពីដំណើរការគំរូ ការសាងសង់បណ្ណាល័យ និងលំដាប់លំដោយរហូតដល់ការវិភាគជីវព័ត៌មាន។
●ជំនាញទូលំទូលាយ៖ ជាមួយនឹងគម្រោងលំដាប់លំដោយ RRBS ត្រូវបានបញ្ចប់ដោយជោគជ័យលើប្រភេទសត្វចម្រុះ BMKGENE នាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាងមួយទសវត្សរ៍ ក្រុមវិភាគដែលមានជំនាញខ្ពស់ ខ្លឹមសារដ៏ទូលំទូលាយ និងការគាំទ្រក្រោយការលក់ដ៏ល្អ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្រ្តលំដាប់ | ទិន្នផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| MspI រំលាយ និងបណ្ណាល័យ Bisulfite ព្យាបាល | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% ការបំប្លែង Bisulfite > 99% ប្រសិទ្ធភាពកាត់ MspI > 95% |
តម្រូវការគំរូ
| ការប្រមូលផ្តុំ (ng / μL) | បរិមាណសរុប (µg) |
| |
| DNA ហ្សែន | ≥ ៣០ | ≥ ១ | ការរិចរិលឬការចម្លងរោគមានកំណត់ |
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
● ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពលំដាប់ឆៅ;
● ការធ្វើផែនទីដើម្បីយោងហ្សែន;
● ការរកឃើញមូលដ្ឋាន methylated 5mC និងការកំណត់អត្តសញ្ញាណគំនូរ;
● ការវិភាគនៃការចែកចាយមេទីល និងការប្រៀបធៀបគំរូ;
● ការវិភាគនៃតំបន់មេទីលឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DMRs);
● ចំណារពន្យល់មុខងារនៃហ្សែនដែលទាក់ទងនឹង DMRs ។
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព៖ ប្រសិទ្ធភាពនៃការរំលាយអាហារ (ក្នុងផែនទីហ្សែន)
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព៖ ការបំប្លែង bisulfite (នៅក្នុងការទាញយកព័ត៌មានមេទីល)
ផែនទីមេទីលៈ 5mC ការចែកចាយហ្សែនមេទីល
ការប្រៀបធៀបគំរូ៖ ការវិភាគសមាសធាតុចម្បង
ការវិភាគតំបន់មេទីលឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DMRs)៖ ផែនទីកំដៅ
ស្វែងរកភាពជឿនលឿននៃការស្រាវជ្រាវដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មតម្រៀបហ្សែនប៊ីស៊ុលហ្វីតទាំងមូលរបស់ BMKGene តាមរយៈបណ្តុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ។
Li, Z. et al ។ (2022) 'ការសរសេរកម្មវិធីឡើងវិញនូវភាពស្មោះត្រង់ខ្ពស់ចូលទៅក្នុងកោសិកាដូច Leydig ដោយការធ្វើឱ្យសកម្ម CRISPR និងកត្តា paracrine',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179។
Tian, H. et al ។ (2023) 'ការវិភាគមេទីល DNA ទូលំទូលាយនៃហ្សែននៃសមាសភាពរាងកាយនៅក្នុងកូនភ្លោះ monozygotic របស់ចិន',ទិនានុប្បវត្តិអឺរ៉ុបនៃការស៊ើបអង្កេតគ្លីនិក, 53(11), ទំ។ e14055 ។ doi: 10.1111/ECI.14055 ។
Wu, Y. et al ។ (2022) 'DNA methylation និងសមាមាត្រចង្កេះទៅត្រគាក៖ ការសិក្សាសមាគមជុំវិញអេពីណូមនៅក្នុងកូនភ្លោះ monozygotic របស់ចិន',ទិនានុប្បវត្តិនៃការស៊ើបអង្កេត Endocrinological, 45(12), ទំព័រ 2365–2376 ។ doi: 10.1007/S40618-022-01878-4 ។
