-
លំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ
ការអភិវឌ្ឍន៍នៃការចាប់យកកោសិកាតែមួយ និងបច្ចេកទេសសាងសង់បណ្ណាល័យផ្ទាល់ខ្លួន គួបផ្សំនឹងការបញ្ជូនបន្តតាមលំដាប់លំដោយខ្ពស់ បានធ្វើបដិវត្តការសិក្សាអំពីការបញ្ចេញហ្សែននៅកម្រិតកោសិកា។ របកគំហើញនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងទូលំទូលាយបន្ថែមទៀតនៃចំនួនកោសិកាស្មុគស្មាញ ដោយយកឈ្នះលើដែនកំណត់ដែលទាក់ទងនឹងការបញ្ចេញហ្សែនជាមធ្យមលើកោសិកាទាំងអស់ និងរក្សាភាពខុសធម្មតាពិតប្រាកដនៅក្នុងចំនួនប្រជាជនទាំងនេះ។ ខណៈពេលដែលលំដាប់ RNA កោសិកាតែមួយ (scRNA-seq) មានគុណសម្បត្តិដែលមិនអាចប្រកែកបាន វាបានជួបប្រទះបញ្ហាប្រឈមនៅក្នុងជាលិកាមួយចំនួន ដែលការបង្កើតការព្យួរកោសិកាតែមួយបង្ហាញពីការលំបាក និងត្រូវការគំរូថ្មីៗ។ នៅ BMKGene យើងដោះស្រាយឧបសគ្គនេះដោយផ្តល់ជូននូវលំដាប់ RNA ស្នូលតែមួយ (snRNA-seq) ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា 10X Genomics Chromium ដ៏ទំនើប។ វិធីសាស្រ្តនេះពង្រីកវិសាលគមនៃសំណាកគំរូដែលអាចកែប្រែបានចំពោះការវិភាគប្រតិចារិកនៅកម្រិតកោសិកាតែមួយ។
ភាពឯកោនៃស្នូលត្រូវបានសម្រេចតាមរយៈបន្ទះឈីប 10X Genomics Chromium ប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិត ដែលបង្ហាញនូវប្រព័ន្ធមីក្រូហ្វ្លុយឌីកចំនួនប្រាំបីឆានែលជាមួយនឹងការឆ្លងកាត់ពីរដង។ នៅក្នុងប្រព័ន្ធនេះ អង្កាំជែលដែលបញ្ចូលបាកូដ សារធាតុ primers អង់ស៊ីម និងស្នូលតែមួយត្រូវបានខ្ចប់នៅក្នុងដំណក់ប្រេងទំហំ nanoliter បង្កើតជា Gel Bead-in-Emulsion (GEM)។ បន្ទាប់ពីការបង្កើត GEM កោសិកា និងការបញ្ចេញបាកូដកើតឡើងនៅក្នុង GEM នីមួយៗ។ ក្រោយមក ម៉ូលេគុល mRNA ឆ្លងកាត់ការចម្លងបញ្ច្រាសទៅក្នុង cDNAs ដោយបញ្ចូលលេខកូដ 10X និងឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលពិសេស (UMIs)។ បន្ទាប់មក cDNAs ទាំងនេះត្រូវបានទទួលរងនូវការសាងសង់បណ្ណាល័យតាមលំដាប់លំដោយ ដែលជួយសម្រួលដល់ការរុករកដ៏រឹងមាំ និងទូលំទូលាយនៃទម្រង់កន្សោមហ្សែននៅកម្រិតកោសិកាតែមួយ។
វេទិកា៖ 10 × Genomics Chromium និង Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics គឺជាបច្ចេកវិទ្យាទំនើបមួយដែលអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវស៊ើបអង្កេតគំរូនៃការបញ្ចេញហ្សែននៅក្នុងជាលិកាខណៈពេលដែលរក្សាបរិបទទំហំរបស់វា។ វេទិកាដ៏មានអានុភាពមួយនៅក្នុងដែននេះគឺ 10x Genomics Visium គួបផ្សំជាមួយនឹងលំដាប់ Illumina ។ គោលការណ៍នៃ 10X Visium ស្ថិតនៅលើបន្ទះឈីបឯកទេសមួយដែលមានតំបន់ចាប់យកដែលបានកំណត់ដែលផ្នែកជាលិកាត្រូវបានដាក់។ កន្លែងចាប់យកនេះមានកន្លែងដាក់បាកូដ ដែលនីមួយៗត្រូវគ្នាទៅនឹងទីតាំងលំហតែមួយគត់នៅក្នុងជាលិកា។ បន្ទាប់មក ម៉ូលេគុល RNA ដែលចាប់យកពីជាលិកាត្រូវបានដាក់ស្លាកជាមួយឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលពិសេស (UMIs) កំឡុងពេលដំណើរការចម្លងបញ្ច្រាស។ ចំណុច និង UMIs ដែលមានបាកូដទាំងនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការគូសផែនទីលំហជាក់លាក់ និងបរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែននៅកម្រិតដំណោះស្រាយកោសិកាតែមួយ។ ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃគំរូបាកូដតាមលំហ និង UMIs ធានានូវភាពត្រឹមត្រូវ និងជាក់លាក់នៃទិន្នន័យដែលបានបង្កើត។ ដោយប្រើបច្ចេកវិទ្យា Spatial Transcriptomics នេះ អ្នកស្រាវជ្រាវអាចទទួលបានការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីការរៀបចំលំហនៃកោសិកា និងអន្តរកម្មម៉ូលេគុលដ៏ស្មុគស្មាញដែលកើតឡើងនៅក្នុងជាលិកា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានចំពោះយន្តការដែលស្ថិតនៅក្រោមដំណើរការជីវសាស្ត្រក្នុងវិស័យជាច្រើន រួមទាំងជំងឺមហារីកវិទ្យា សរសៃប្រសាទ ជីវវិទ្យាអភិវឌ្ឍន៍ ភាពស៊ាំ។ និងការសិក្សារុក្ខសាស្ត្រ។
វេទិកា៖ 10X Genomics Visium និង Illumina NovaSeq
-
ប្រវែងពេញ mRNA Sequencing-Nanopore
ខណៈពេលដែលការចាត់ថ្នាក់ mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS គឺជាឧបករណ៍ចម្រុះសម្រាប់កំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែន ការពឹងផ្អែករបស់វាលើការអានខ្លីៗដាក់កម្រិតលើប្រសិទ្ធភាពរបស់វាក្នុងការវិភាគ transcriptomic ស្មុគ្រស្មាញ។ ម៉្យាងវិញទៀត ការដាក់តាមលំដាប់លំដោយ nanopore ប្រើបច្ចេកវិទ្យាអានវែង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានលំដាប់នៃ mRNA transcripts ប្រវែងពេញ។ វិធីសាស្រ្តនេះជួយសម្រួលដល់ការរុករកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃការភ្ជាប់ជំនួស ការបញ្ចូលហ្សែន ការពង្រីកពហុភាព និងបរិមាណនៃ mRNA isoforms ។
Nanopore sequencing ដែលជាវិធីសាស្រ្តមួយដែលពឹងផ្អែកលើ nanopore ម៉ូលេគុលតែមួយនៃសញ្ញាអគ្គិសនីក្នុងពេលជាក់ស្តែង ផ្តល់លទ្ធផលក្នុងពេលវេលាជាក់ស្តែង។ ដឹកនាំដោយប្រូតេអ៊ីនម៉ូតូ ខ្សែ DNA ពីរខ្សែភ្ជាប់ទៅនឹងប្រូតេអ៊ីន nanopore ដែលបានបង្កប់នៅក្នុង biofilm មួយដោយរំងាប់អារម្មណ៍នៅពេលវាឆ្លងកាត់ឆានែល nanopore ក្រោមភាពខុសគ្នានៃវ៉ុល។ សញ្ញាអគ្គិសនីប្លែកៗដែលបង្កើតដោយមូលដ្ឋានផ្សេងគ្នានៅលើខ្សែ DNA ត្រូវបានរកឃើញ និងចាត់ថ្នាក់តាមពេលវេលាជាក់ស្តែង ដែលជួយសម្រួលដល់ការតម្រៀបនុយក្លេអូទីតត្រឹមត្រូវ និងបន្ត។ វិធីសាស្រ្តប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតនេះយកឈ្នះលើដែនកំណត់នៃការអានខ្លីៗ និងផ្តល់នូវវេទិកាថាមវន្តសម្រាប់ការវិភាគហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រួមទាំងការសិក្សា transcriptomic ដ៏ស្មុគស្មាញ ជាមួយនឹងលទ្ធផលភ្លាមៗ។
វេទិកា៖ Nanopore PromethION ៤៨
-
លំដាប់ mRNA ប្រវែងពេញ - PacBio
ខណៈពេលដែលការចាត់ថ្នាក់ mRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ NGS គឺជាឧបករណ៍ចម្រុះសម្រាប់កំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែន ការពឹងផ្អែករបស់វាលើការអានខ្លីៗដាក់កម្រិតលើការប្រើប្រាស់របស់វានៅក្នុងការវិភាគ transcriptomic ដ៏ស្មុគស្មាញ។ ម៉្យាងវិញទៀត PacBio sequencing (Iso-Seq) ប្រើប្រាស់បច្ចេកវិជ្ជាអានវែង ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានលំដាប់នៃប្រតិចារឹក mRNA ប្រវែងពេញ។ វិធីសាស្រ្តនេះជួយសម្រួលដល់ការរុករកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃការភ្ជាប់ជំនួស ការបញ្ចូលហ្សែន និង poly-adenylation ។ ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ មានជម្រើសផ្សេងទៀតសម្រាប់ការកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញហ្សែនដោយសារតែចំនួនទិន្នន័យខ្ពស់ដែលត្រូវការ។ បច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ PacBio ពឹងផ្អែកលើការចាត់ថ្នាក់តាមពេលវេលាជាក់ស្តែង (SMRT) ម៉ូលេគុលតែមួយ ដែលផ្តល់នូវអត្ថប្រយោជន៍ដាច់ដោយឡែកក្នុងការចាប់យកប្រតិចារិក mRNA ប្រវែងពេញ។ វិធីសាស្រ្តប្រកបដោយភាពច្នៃប្រឌិតនេះពាក់ព័ន្ធនឹងការប្រើប្រាស់ឧបករណ៍រលករបៀបសូន្យ (ZMWs) និងអណ្តូងមីក្រូហ្វាបិច ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការសង្កេតពេលវេលាជាក់ស្តែងនៃសកម្មភាព DNA polymerase កំឡុងពេលបន្តបន្ទាប់គ្នា។ នៅក្នុង ZMWs ទាំងនេះ DNA polymerase របស់ PacBio សំយោគបណ្តុំនៃ DNA ដែលបំពេញបន្ថែមដោយបង្កើតការអានដ៏វែងដែលលាតសន្ធឹងទាំងមូលនៃប្រតិចារឹក mRNA ។ ប្រតិបត្តិការ PacBio នៅក្នុងរបៀប Circular Consensus sequencing (CCS) ធ្វើអោយប្រសើរឡើងនូវភាពត្រឹមត្រូវដោយការធ្វើលំដាប់នៃម៉ូលេគុលដូចគ្នាម្តងហើយម្តងទៀត។ ការអាន HiFi ដែលបានបង្កើតមានភាពត្រឹមត្រូវអាចប្រៀបធៀបទៅនឹង NGS ដែលរួមចំណែកបន្ថែមទៀតដល់ការវិភាគដ៏ទូលំទូលាយ និងគួរឱ្យទុកចិត្តនៃលក្ខណៈពិសេស transcriptomic ស្មុគស្មាញ។
វេទិកា៖ PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA sequencing ដែលជាបច្ចេកវិជ្ជាចម្រុះ ផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការធ្វើទម្រង់យ៉ាងទូលំទូលាយនៃប្រតិចារិក mRNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។ ជាមួយនឹងកម្មវិធីដ៏ធំទូលាយរបស់វា ឧបករណ៍ដ៏ទំនើបនេះបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ mRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគ្រស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន ដែលបង្កឱ្យមានការចង់ដឹងចង់ឃើញអំពីសក្តានុពលរបស់វាក្នុងវិស័យផ្សេងៗ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
mRNA Sequencing-NGS ផ្អែកលើការមិនយោង
mRNA sequencing ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រតិចារឹក mRNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។ បច្ចេកវិទ្យាដ៏ទំនើបនេះបម្រើជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាព ដោយបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ mRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNAs) គឺវែងជាង 200 nucleotides ដែលមានសក្តានុពលសរសេរកូដតិចតួចបំផុត និងជាធាតុសំខាន់នៅក្នុង RNA ដែលមិនសរសេរកូដ។ ត្រូវបានរកឃើញនៅក្នុងស្នូល និង cytoplasm RNAs ទាំងនេះដើរតួយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការគ្រប់គ្រង epigenetic, transcriptional និង post-transcriptional ដោយបញ្ជាក់ពីសារៈសំខាន់របស់ពួកគេក្នុងការរៀបចំដំណើរការកោសិកា និងម៉ូលេគុល។ LncRNA sequencing គឺជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាពមួយក្នុងការបែងចែកកោសិកា កោសិកា Ontogenesis និងជំងឺរបស់មនុស្ស។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
លំដាប់ RNA តូច-Illumina
ម៉ូលេគុល RNA តូច (sRNA) រួមមាន microRNAs (miRNAs) អន្តរកម្ម RNAs តូច (siRNAs) និង piwi-interacting RNAs (piRNAs)។ ក្នុងចំណោមទាំងនេះ miRNAs ប្រហែល 18-25 nucleotides វែងគឺគួរឱ្យកត់សម្គាល់ជាពិសេសសម្រាប់តួនាទីនិយតកម្មសំខាន់របស់ពួកគេនៅក្នុងដំណើរការកោសិកាផ្សេងៗ។ ជាមួយនឹងទម្រង់កន្សោមជាក់លាក់នៃជាលិកា និងដំណាក់កាលជាក់លាក់ miRNAs បង្ហាញពីការអភិរក្សខ្ពស់នៅទូទាំងប្រភេទផ្សេងៗគ្នា។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Circular RNA sequencing (circRNA-seq) គឺដើម្បីបង្ហាញ និងវិភាគ RNAs រាងជារង្វង់ ដែលជាថ្នាក់នៃម៉ូលេគុល RNA ដែលបង្កើតជារង្វិលជុំបិទជិត ដោយសារតែព្រឹត្តិការណ៍ដែលមិនមែនជា canonical splicing ដែលផ្តល់ RNA នេះជាមួយនឹងស្ថេរភាពកើនឡើង។ ខណៈពេលដែល circRNAs មួយចំនួនត្រូវបានបង្ហាញថាដើរតួជាអេប៉ុង microRNA ចាប់យក microRNAs និងរារាំងពួកគេពីការគ្រប់គ្រង mRNAs គោលដៅរបស់ពួកគេ នោះ circRNAs ផ្សេងទៀតអាចមានអន្តរកម្មជាមួយប្រូតេអ៊ីន កែប្រែការបញ្ចេញហ្សែន ឬមានតួនាទីនៅក្នុងដំណើរការកោសិកា។ ការវិភាគកន្សោម circRNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីតួនាទីនិយតកម្មនៃម៉ូលេគុលទាំងនេះ និងសារៈសំខាន់របស់វានៅក្នុងដំណើរការកោសិកាផ្សេងៗ ដំណាក់កាលអភិវឌ្ឍន៍ និងលក្ខខណ្ឌជំងឺ ដែលរួមចំណែកដល់ការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីភាពស្មុគស្មាញនៃបទប្បញ្ញត្តិ RNA នៅក្នុងបរិបទនៃការបញ្ចេញហ្សែន។
-
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូល - អ៊ីលមីណា
លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងមូលផ្តល់នូវវិធីសាស្រ្តដ៏ទូលំទូលាយមួយក្នុងការរៀបចំទម្រង់ម៉ូលេគុល RNA ចម្រុះ ដែលរួមបញ្ចូលការសរសេរកូដ (mRNA) និង RNAs ដែលមិនសរសេរកូដ (lncRNA, circRNA និង miRNA) ។ បច្ចេកទេសនេះចាប់យកប្រតិចារិកទាំងមូលនៃកោសិកាជាក់លាក់នៅពេលណាមួយ ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការយល់ដឹងទូលំទូលាយអំពីដំណើរការកោសិកា។ ត្រូវបានគេស្គាល់ផងដែរថាជា "លំដាប់ RNA សរុប" វាមានគោលបំណងបង្ហាញបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដ៏ស្មុគស្មាញនៅកម្រិតប្រតិចារិក អនុញ្ញាតឱ្យមានការវិភាគស៊ីជម្រៅដូចជា RNA endogenous (ceRNA) និងការវិភាគ RNA រួមគ្នា។ នេះជាជំហានដំបូងឆ្ពោះទៅរកការកំណត់លក្ខណៈមុខងារ ជាពិសេសក្នុងការស្រាយបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិដែលពាក់ព័ន្ធនឹងអន្តរកម្ម ceRNA ដែលមានមូលដ្ឋានលើ circRNA-miRNA-mRNA ។
