-
លំដាប់មេតាណុល -NGS
metagenome គឺជាការប្រមូលផ្តុំនៃសម្ភារៈហ្សែនសរុបនៃសហគមន៍ចម្រុះនៃសារពាង្គកាយ ដូចជា បរិស្ថាន និងមេតាហ្សែនរបស់មនុស្ស។ វាមានហ្សែននៃអតិសុខុមប្រាណដែលអាចដាំដុះបាន និងមិនអាចដាំដុះបាន។ ការដាក់តាមលំដាប់លំដោយដោយកាំភ្លើងខ្លីជាមួយ NGS អនុញ្ញាតឱ្យការសិក្សាអំពីទេសភាពហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញទាំងនេះដែលបានបង្កប់នៅក្នុងគំរូបរិស្ថានដោយផ្តល់នូវច្រើនជាងការធ្វើទម្រង់តាមបែបពន្ធុវិទ្យា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងយ៉ាងទូលំទូលាយអំពីភាពចម្រុះនៃប្រភេទសត្វ សក្ដានុពលភាពសម្បូរបែប និងរចនាសម្ព័ន្ធចំនួនប្រជាជនស្មុគស្មាញ។ លើសពីការសិក្សាតាមបែបពន្ធុវិទ្យា មេតាណូមិកកាំភ្លើងបាញ់ក៏ផ្តល់នូវទស្សនវិស័យមុខងារហ្សែនដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការរុករកហ្សែនដែលបានអ៊ិនកូដ និងតួនាទីរបស់ពួកគេនៅក្នុងដំណើរការអេកូឡូស៊ី។ ជាចុងក្រោយ ការបង្កើតបណ្តាញទំនាក់ទំនងគ្នារវាងធាតុហ្សែន និងកត្តាបរិស្ថាន រួមចំណែកដល់ការយល់ដឹងរួមនៃអន្តរកម្មដ៏ស្មុគស្មាញរវាងសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ និងផ្ទៃខាងក្រោយអេកូឡូស៊ីរបស់ពួកគេ។ សរុបសេចក្តីមក លំដាប់មេតាហ្សែនឈរជាឧបករណ៍សំខាន់មួយសម្រាប់ដោះស្រាយភាពស្មុគ្រស្មាញហ្សែននៃសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណចម្រុះ ដោយបំភ្លឺទំនាក់ទំនងចម្រុះរវាងពន្ធុវិទ្យា និងបរិស្ថាននៅក្នុងប្រព័ន្ធអេកូស្មុគ្រស្មាញទាំងនេះ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq និង DNBSEQ-T7
-
លំដាប់មេតាណម -TGS
metagenome គឺជាការប្រមូលផ្តុំនៃសម្ភារៈហ្សែននៃសហគមន៍ចម្រុះនៃសារពាង្គកាយដូចជា បរិស្ថាន និងមេតាហ្សែនរបស់មនុស្ស។ វាមានហ្សែននៃអតិសុខុមប្រាណដែលអាចដាំដុះបាន និងមិនអាចដាំដុះបាន។ លំដាប់នៃមេតាណមអាចឱ្យការសិក្សាអំពីទេសភាពហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញទាំងនេះដែលបានបង្កប់នៅក្នុងគំរូអេកូឡូស៊ី ដោយផ្តល់នូវច្រើនជាងការធ្វើទម្រង់ពន្ធដារ។ វាក៏ផ្តល់ជូននូវទស្សនវិស័យពន្ធុវិទ្យាមុខងារដោយការរុករកហ្សែនដែលបានអ៊ិនកូដ និងតួនាទីរបស់ពួកគេនៅក្នុងដំណើរការបរិស្ថាន។ ខណៈពេលដែលកាំភ្លើងបាញ់តាមបែបប្រពៃណីជាមួយនឹងលំដាប់ Illumina ត្រូវបានគេប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាអំពីមេតាណុល ការមកដល់នៃ Nanopore និង PacBio លំដាប់ដែលបានអានយូរបានផ្លាស់ប្តូរវាល។ បច្ចេកវិជ្ជា Nanopore និង PacBio បង្កើនការវិភាគជីវព័ត៌មាននៅខាងក្រោម ពិសេសការជួបប្រជុំមេតាហ្សែន ដែលធានាបាននូវការជួបប្រជុំជាបន្តបន្ទាប់បន្ថែមទៀត។ របាយការណ៍បង្ហាញថា metagenomics ដែលមានមូលដ្ឋានលើ Nanopore និង PacBio បានបង្កើតដោយជោគជ័យនូវហ្សែនបាក់តេរីពេញលេញ និងបិទពីមីក្រូជីវសាស្រ្តស្មុគស្មាញ (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020)។ ការរួមបញ្ចូលការអាន Nanopore ជាមួយការអាន Illumina ផ្តល់នូវវិធីសាស្រ្តយុទ្ធសាស្រ្តសម្រាប់ការកែកំហុស ដោយកាត់បន្ថយភាពសុក្រិតទាបរបស់ Nanopore ។ ការរួមបញ្ចូលគ្នាដ៏ស៊ីសង្វាក់គ្នានេះបង្កើនភាពខ្លាំងនៃវេទិកាលំដាប់នីមួយៗ ដោយផ្តល់នូវដំណោះស្រាយដ៏រឹងមាំមួយដើម្បីយកឈ្នះលើដែនកំណត់ដែលមានសក្តានុពល និងជំរុញភាពជាក់លាក់ និងភាពជឿជាក់នៃការវិភាគមេតាណុល។
វេទិកា៖ Nanopore PromethION 48, Illumia និង PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
ហ្សែន 16S និង 18S rRNA រួមជាមួយនឹងតំបន់ Internal Transcribed Spacer (ITS) បម្រើជាសញ្ញាសម្គាល់ស្នាមម្រាមដៃម៉ូលេគុលសំខាន់ ដោយសារការរួមបញ្ចូលគ្នានៃតំបន់អភិរក្សខ្ពស់ និងអថេរខ្ពស់ ដែលធ្វើឱ្យពួកវាជាឧបករណ៍ដែលមិនអាចកាត់ថ្លៃបានសម្រាប់កំណត់លក្ខណៈនៃសារពាង្គកាយ prokaryotic និង eukaryotic ។ ការពង្រីក និងបន្តបន្ទាប់គ្នានៃតំបន់ទាំងនេះ ផ្តល់នូវវិធីសាស្រ្តដែលមិនមានភាពឯកោសម្រាប់ការស៊ើបអង្កេតសមាសភាពអតិសុខុមប្រាណ និងភាពចម្រុះនៅទូទាំងប្រព័ន្ធអេកូឡូស៊ីផ្សេងៗ។ ខណៈពេលដែលការចាត់ថ្នាក់ Illumina ជាធម្មតាកំណត់គោលដៅតំបន់អថេរខ្លីដូចជា V3-V4 នៃ 16S និង ITS1 វាត្រូវបានបង្ហាញថា ចំណារពន្យល់បែបពន្ធុវិទ្យាល្អជាងគឺអាចសម្រេចបានដោយការតម្រៀបប្រវែងពេញនៃ 16S, 18S និង ITS ។ វិធីសាស្រ្តដ៏ទូលំទូលាយនេះបណ្តាលឱ្យមានភាគរយខ្ពស់នៃលំដាប់ដែលបានចាត់ថ្នាក់យ៉ាងត្រឹមត្រូវ ដោយសម្រេចបាននូវកម្រិតនៃដំណោះស្រាយដែលពង្រីកដល់ការកំណត់ប្រភេទសត្វ។ វេទិកាលំដាប់តែមួយម៉ូលេគុលពេលវេលាពិត (SMRT) របស់ PacBio មានភាពលេចធ្លោដោយផ្តល់នូវការអានវែង (HiFi) ដែលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់ដែលគ្របដណ្តប់អំព្លីកុនប្រវែងពេញ ដែលប្រកួតប្រជែងនឹងភាពជាក់លាក់នៃលំដាប់ Illumina ។ សមត្ថភាពនេះអនុញ្ញាតឱ្យអ្នកស្រាវជ្រាវទទួលបានអត្ថប្រយោជន៍ដែលមិនអាចប្រៀបផ្ទឹមបាន - ទិដ្ឋភាពបែប Panoramic នៃទិដ្ឋភាពហ្សែន។ ការគ្របដណ្ដប់ដែលបានពង្រីកបានបង្កើនយ៉ាងខ្លាំងនូវដំណោះស្រាយនៅក្នុងចំណារពន្យល់អំពីប្រភេទសត្វ ជាពិសេសនៅក្នុងសហគមន៍បាក់តេរី ឬផ្សិត ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការយល់ដឹងកាន់តែស៊ីជម្រៅអំពីភាពស្មុគ្រស្មាញនៃចំនួនអតិសុខុមប្រាណ។
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ការដាក់តាមលំដាប់លំដោយ amplicon ជាមួយបច្ចេកវិទ្យា Illumina កំណត់គោលដៅជាក់លាក់ 16S, 18S, និង ITS ហ្សែនសម្គាល់ គឺជាវិធីសាស្ត្រដ៏មានអានុភាពមួយសម្រាប់ស្រាយចម្ងល់ phylogeny, taxonomy និងប្រភេទសត្វដែលមានច្រើនក្រៃលែងនៅក្នុងសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណ។ វិធីសាស្រ្តនេះពាក់ព័ន្ធនឹងការដាក់តាមលំដាប់នៃតំបន់អថេរខ្ពស់នៃសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនថែរក្សាផ្ទះ។ ដើមឡើយត្រូវបានណែនាំជាស្នាមម្រាមដៃម៉ូលេគុលដោយWoeses et alក្នុងឆ្នាំ 1977 បច្ចេកទេសនេះបានផ្លាស់ប្តូរទម្រង់ microbiome ដោយបើកការវិភាគដោយគ្មានភាពឯកោ។ តាមរយៈការចាត់ថ្នាក់នៃ 16S (bacteria), 18S (ផ្សិត) និង Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi) អ្នកស្រាវជ្រាវអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណមិនត្រឹមតែប្រភេទសត្វដ៏សម្បូរបែបប៉ុណ្ណោះទេ ប៉ុន្តែក៏មានប្រភេទសត្វកម្រ និងមិនស្គាល់អត្តសញ្ញាណផងដែរ។ ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយជាឧបករណ៍សំខាន់ លំដាប់ amplicon បានក្លាយជាឧបករណ៍មួយក្នុងការស្វែងយល់ពីសមាសធាតុអតិសុខុមប្រាណឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៅទូទាំងបរិយាកាសចម្រុះ រួមទាំងមាត់របស់មនុស្ស ពោះវៀន លាមក និងលើសពីនេះ។
-
ការបន្តពូជបាក់តេរី និងផ្សិតទាំងមូលឡើងវិញ
គម្រោងបន្តបន្ទាប់គ្នានៃហ្សែនបាក់តេរី និងផ្សិតទាំងមូលគឺជាកត្តាសំខាន់សម្រាប់ការជំរុញហ្សែនអតិសុខុមប្រាណដោយការអនុញ្ញាតឱ្យបញ្ចប់និងការប្រៀបធៀបហ្សែនអតិសុខុមប្រាណ។ នេះជួយសម្រួលវិស្វកម្ម fermentation ការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពនៃដំណើរការឧស្សាហកម្ម និងការរុករកផ្លូវមេតាប៉ូលីសបន្ទាប់បន្សំ។ លើសពីនេះ ការបន្តពូជផ្សិត និងបាក់តេរីគឺមានសារៈសំខាន់សម្រាប់ការយល់ដឹងពីការសម្របខ្លួនទៅនឹងបរិស្ថាន ការធ្វើឱ្យមានភាពប្រសើរឡើង និងការបង្ហាញពីសក្ដានុពលនៃការវិវត្តន៍ហ្សែន ជាមួយនឹងផលប៉ះពាល់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងវេជ្ជសាស្ត្រ កសិកម្ម និងវិទ្យាសាស្ត្របរិស្ថាន។
-
លំដាប់ Prokaryotic RNA
លំដាប់ RNA ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រតិចារិក RNA ទាំងអស់នៅក្នុងកោសិកាក្រោមលក្ខខណ្ឌជាក់លាក់។ បច្ចេកវិទ្យាដ៏ទំនើបនេះបម្រើជាឧបករណ៍ដ៏មានអានុភាព ដោយបង្ហាញទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ រចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលទាក់ទងនឹងដំណើរការជីវសាស្ត្រចម្រុះ។ ត្រូវបានអនុម័តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការស្រាវជ្រាវជាមូលដ្ឋាន ការវិភាគគ្លីនិក និងការអភិវឌ្ឍន៍ថ្នាំ លំដាប់ RNA ផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីភាពស្មុគ្រស្មាញនៃសក្ដានុពលកោសិកា និងបទប្បញ្ញត្តិហ្សែន។ ដំណើរការគំរូ RNA prokaryotic របស់យើងត្រូវបានកែសម្រួលសម្រាប់ប្រតិចារិក prokaryotic ពាក់ព័ន្ធនឹងការបន្ថយ rRNA និងការរៀបចំបណ្ណាល័យទិសដៅ។
វេទិកា៖ Illumina NovaSeq
-
លំដាប់ Metatranscriptome
ការប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាលំដាប់លំដោយ Illumina សេវាកម្មលំដាប់លំដោយរបស់ BMKGENE បង្ហាញពីការបង្ហាញហ្សែនថាមវន្តនៃអារេចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ លាតសន្ធឹង eukaryotes ទៅ prokaryotes និងមេរោគ នៅក្នុងបរិយាកាសធម្មជាតិដូចជាដី ទឹក សមុទ្រ លាមក និងពោះវៀន។ សេវាកម្មដ៏ទូលំទូលាយរបស់យើងផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់អ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងការស្វែងយល់ពីទម្រង់នៃការបញ្ចេញហ្សែនពេញលេញរបស់សហគមន៍អតិសុខុមប្រាណដ៏ស្មុគស្មាញ។ លើសពីការវិភាគតាមបែបពន្ធុវិទ្យា សេវាកម្មតម្រៀបមេតាត្រានស្គ្រីបរបស់យើងជួយសម្រួលដល់ការរុករកចូលទៅក្នុងការពង្រឹងមុខងារ ដោយបញ្ចេញពន្លឺលើហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល និងតួនាទីរបស់វា។ ស្វែងយល់ពីការយល់ដឹងអំពីជីវសាស្រ្តជាច្រើន នៅពេលអ្នករុករកទេសភាពដ៏ស្មុគស្មាញនៃការបញ្ចេញមតិហ្សែន ភាពចម្រុះបែបពន្ធុវិទ្យា និងសក្ដានុពលនៃមុខងារនៅក្នុងទីផ្សារបរិស្ថានចម្រុះទាំងនេះ។
-
សន្និបាតហ្សែនផ្សិត De novo
BMKGENE ផ្តល់នូវដំណោះស្រាយច្រើនយ៉ាងសម្រាប់ហ្សែនផ្សិត ដែលបំពេញតម្រូវការស្រាវជ្រាវចម្រុះ និងភាពពេញលេញនៃហ្សែនដែលចង់បាន។ ការប្រើប្រាស់លំដាប់ Illumina អានខ្លីតែម្នាក់ឯងអនុញ្ញាតឱ្យបង្កើតហ្សែនពង្រាង។ ការអានខ្លីៗ និងអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរដោយប្រើ Nanopore ឬ Pacbio ត្រូវបានផ្សំសម្រាប់ហ្សែនផ្សិតដែលចម្រាញ់ជាងមុន ជាមួយនឹងទំនាក់ទំនងយូរជាងនេះ។ ជាងនេះទៅទៀត ការរួមបញ្ចូលលំដាប់ Hi-C ពង្រឹងសមត្ថភាពបន្ថែមទៀត ដោយអនុញ្ញាតឱ្យសម្រេចបាននូវហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូមពេញលេញ។
-
De novo Bacterial Genome Assembly
យើងផ្តល់សេវាកម្មដំឡើងហ្សែនបាក់តេរីពេញលេញ ធានា 0 ចន្លោះ។ នេះអាចធ្វើទៅបានដោយការរួមបញ្ចូលបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយដែលបានអានយូរ ដូចជា Nanopore និង PacBio សម្រាប់ការផ្គុំ និងការអានលំដាប់លំដោយខ្លីជាមួយ Illumina សម្រាប់ការផ្ទៀងផ្ទាត់ការជួបប្រជុំគ្នា និងការកែកំហុសនៃការអាន ONT ។ សេវាកម្មរបស់យើងផ្តល់នូវលំហូរការងារជីវព័ត៌មានពេញលេញពីការជួបប្រជុំ ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការវិភាគជីវព័ត៌មានកម្រិតខ្ពស់ ដោយបំពេញគោលដៅស្រាវជ្រាវជាក់លាក់។ សេវាកម្មនេះអនុញ្ញាតឱ្យមានការអភិវឌ្ឍន៍ហ្សែនយោងច្បាស់លាស់សម្រាប់ការសិក្សាហ្សែន និងហ្សែនផ្សេងៗ។ លើសពីនេះ វាបង្កើតជាមូលដ្ឋានសម្រាប់កម្មវិធីដូចជា ការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពសំពាធ វិស្វកម្មហ្សែន និងការអភិវឌ្ឍន៍បច្ចេកវិទ្យាអតិសុខុមប្រាណ ដែលធានាបាននូវទិន្នន័យហ្សែនដែលអាចទុកចិត្តបាន និងគ្មានគម្លាត មានសារៈសំខាន់សម្រាប់ការជំរុញការយល់ដឹងផ្នែកវិទ្យាសាស្ត្រ និងការច្នៃប្រឌិតជីវបច្ចេកវិទ្យា។
