-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
វេទិកា Amplicon (16S/18S/ITS) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយមានបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំក្នុងការវិភាគគម្រោងភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ ដែលមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានស្តង់ដារ និងការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួន៖ ការវិភាគជាមូលដ្ឋានគ្របដណ្តប់ខ្លឹមសារនៃការវិភាគសំខាន់ៗនៃការស្រាវជ្រាវអតិសុខុមប្រាណបច្ចុប្បន្ន ខ្លឹមសារនៃការវិភាគគឺសម្បូរបែប និងទូលំទូលាយ។ និងលទ្ធផលនៃការវិភាគត្រូវបានបង្ហាញក្នុងទម្រង់នៃរបាយការណ៍គម្រោង។ ខ្លឹមសារនៃការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនមានភាពចម្រុះ។ គំរូអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយប៉ារ៉ាម៉ែត្រអាចត្រូវបានកំណត់ដោយភាពបត់បែនយោងទៅតាមរបាយការណ៍ការវិភាគជាមូលដ្ឋាន និងគោលបំណងស្រាវជ្រាវ ដើម្បីសម្រេចបាននូវតម្រូវការផ្ទាល់ខ្លួន។ ប្រព័ន្ធប្រតិបត្តិការ Windows សាមញ្ញ និងលឿន។
-
PacBio-ប្រតិចារឹកប្រវែងពេញ (មិនយោង)
ដោយយកទិន្នន័យលំដាប់លំដោយរបស់ Pacific Biosciences (PacBio) Isoform ជាការបញ្ចូល កម្មវិធីនេះអាចកំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ប្រតិចារិកពេញប្រវែង (ដោយមិនចាំបាច់ជួបប្រជុំគ្នា)។ តាមរយៈការគូសផែនទីលំដាប់លំដោយប្រវែងពេញលេញប្រឆាំងនឹងហ្សែនយោង ប្រតិចារិកអាចត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរដោយហ្សែនដែលគេស្គាល់ ប្រតិចារិក តំបន់សរសេរកូដ។ ការវិភាគរួមគ្នាជាមួយទិន្នន័យលំដាប់ប្រតិចារិក NGS អនុញ្ញាតឱ្យមានចំណារពន្យល់កាន់តែទូលំទូលាយ និងបរិមាណត្រឹមត្រូវជាងមុននៅក្នុងការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតប្រតិចារិក ដែលភាគច្រើនផ្តល់អត្ថប្រយោជន៍យ៉ាងច្រើនដល់កន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែលខាងក្រោម និងការវិភាគមុខងារ។
-
កញ្ចប់ឧបករណ៍
BMKCloud គឺជាវេទិកាជីវព័ត៌មានឈានមុខគេដែលផ្តល់នូវដំណោះស្រាយតែមួយគត់សម្រាប់កម្មវិធីហ្សែន ដែលត្រូវបានជឿទុកចិត្តយ៉ាងទូលំទូលាយដោយអ្នកស្រាវជ្រាវក្នុងវិស័យផ្សេងៗរួមទាំងផ្នែកវេជ្ជសាស្ត្រ កសិកម្ម បរិស្ថាន។ ធនធានកុំព្យូទ័រ មូលដ្ឋានទិន្នន័យសាធារណៈ វគ្គសិក្សាតាមអ៊ីនធឺណិត ជីវព័ត៌មាន។ ឧបករណ៍ហ្សែន, ncRNA, ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យ, ការជួបប្រជុំគ្នា, ការតម្រឹម, ការទាញយកទិន្នន័យ, ការផ្លាស់ប្តូរ, ស្ថិតិ, ម៉ាស៊ីនបង្កើតតួលេខ, ការវិភាគលំដាប់។ល។
-
RNA តូច
RNAs តូចគឺជាប្រភេទនៃ RNA ដែលមិនសរសេរកូដខ្លីដែលមានប្រវែងជាមធ្យម 18-30 nt រួមទាំង miRNA, siRNA និង piRNA ។ RNAs តូចៗទាំងនេះត្រូវបានរាយការណ៍យ៉ាងច្រើនថាមានជាប់ពាក់ព័ន្ធក្នុងដំណើរការជីវសាស្រ្តផ្សេងៗដូចជាការបំផ្លាញ mRNA ការរារាំងការបកប្រែ ការបង្កើត heterochromatin ជាដើម។ ការវិភាគតាមលំដាប់នៃ SmallRNA ត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងការសិក្សាលើការអភិវឌ្ឍន៍សត្វ/រុក្ខជាតិ ជំងឺ មេរោគ។ល។ វេទិកាការវិភាគតាមលំដាប់មានការវិភាគស្តង់ដារ និងការជីកយករ៉ែទិន្នន័យកម្រិតខ្ពស់។ ផ្អែកលើទិន្នន័យ RNA-seq ការវិភាគស្តង់ដារអាចសម្រេចបាននូវការកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងការព្យាករណ៍ miRNA ការព្យាករណ៍ហ្សែនគោលដៅ miRNA ចំណារពន្យល់ និងការវិភាគការបញ្ចេញមតិ។ ការវិភាគកម្រិតខ្ពស់អាចឱ្យការស្វែងរក និងការទាញយក miRNA ផ្ទាល់ខ្លួន ការបង្កើតដ្យាក្រាម Venn, miRNA និងការកសាងបណ្តាញហ្សែនគោលដៅ។
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS គឺជាវេទិកាវិភាគលំដាប់ហ្សែនទាំងមូល ដែលត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយផ្អែកលើបទពិសោធន៍ដ៏សម្បូរបែបនៅក្នុង Biomarker Technologies។ វេទិកាងាយស្រួលប្រើនេះអនុញ្ញាតឱ្យដាក់បញ្ជូនយ៉ាងរហ័សនៃលំហូរការងារវិភាគរួមបញ្ចូលគ្នាដោយគ្រាន់តែកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រមូលដ្ឋានមួយចំនួន ដែលសាកសមសម្រាប់ទិន្នន័យលំដាប់ DNA ដែលបង្កើតចេញពីវេទិកា Illumina និងវេទិកាលំដាប់ BGI ។ វេទិកានេះត្រូវបានដាក់ឱ្យប្រើប្រាស់នៅលើម៉ាស៊ីនមេកុំព្យូទ័រដែលមានដំណើរការខ្ពស់ ដែលផ្តល់សិទ្ធិអំណាចដល់ការវិភាគទិន្នន័យប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់ក្នុងរយៈពេលកំណត់។ ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យផ្ទាល់ខ្លួនអាចរកបានដោយផ្អែកលើការវិភាគស្តង់ដារ រួមទាំងសំណួរហ្សែនដែលផ្លាស់ប្តូរ ការរចនាបឋម PCR ជាដើម។
-
mRNA(យោង)
ប្រតិចារិកគឺជាតំណភ្ជាប់រវាងព័ត៌មានហ្សែនហ្សែន និងប្រូតេអូមនៃមុខងារជីវសាស្ត្រ។ បទប្បញ្ញត្តិកម្រិតប្រតិចារិកគឺសំខាន់បំផុត និងជារបៀបបទប្បញ្ញត្តិដែលត្រូវបានសិក្សាយ៉ាងទូលំទូលាយបំផុតនៃសារពាង្គកាយ។ ការធ្វើប្រតិចារិកតាមលំដាប់លំដោយអាចតម្រៀបប្រតិចារិកនៅចំណុចណាមួយក្នុងពេល ឬស្ថិតក្រោមលក្ខខណ្ឌណាមួយ ដោយមានដំណោះស្រាយត្រឹមត្រូវចំពោះនុយក្លេអូទីតតែមួយ។ វាអាចឆ្លុះបញ្ចាំងយ៉ាងស្វាហាប់អំពីកម្រិតនៃការចម្លងហ្សែន កំណត់អត្តសញ្ញាណ និងកំណត់បរិមាណនៃប្រតិចារឹកដ៏កម្រ និងធម្មតាក្នុងពេលដំណាលគ្នា និងផ្តល់ព័ត៌មានរចនាសម្ព័ន្ធនៃ គំរូប្រតិចារឹកជាក់លាក់។
នាពេលបច្ចុប្បន្ននេះ បច្ចេកវិជ្ជា transcriptome sequencing ត្រូវបានប្រើប្រាស់យ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងវិស័យកសិកម្ម វេជ្ជសាស្ត្រ និងផ្នែកស្រាវជ្រាវផ្សេងទៀត រួមទាំងបទប្បញ្ញត្តិនៃការអភិវឌ្ឍន៍សត្វ និងរុក្ខជាតិ ការបន្សាំបរិស្ថាន អន្តរកម្មនៃប្រព័ន្ធភាពស៊ាំ ការធ្វើមូលដ្ឋានីយកម្មហ្សែន ប្រភេទសត្វ ការវិវត្តន៍ហ្សែន និងការរកឃើញដុំសាច់ និងការរកឃើញជំងឺហ្សែន។
-
Metagenomics (NGS)
វេទិកាវិភាគនេះត្រូវបានរចនាឡើងសម្រាប់ការវិភាគទិន្នន័យមេតាណមនៃកាំភ្លើងខ្លីដោយផ្អែកលើបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំ។ វាមានដំណើរការការងាររួមបញ្ចូលគ្នាដែលមានការវិភាគមេតាណូមិកដែលត្រូវការជាទូទៅ រួមទាំងដំណើរការទិន្នន័យ ការសិក្សាកម្រិតប្រភេទ ការសិក្សាកម្រិតមុខងារហ្សែន ការបំប្លែងមេតាហ្សែន។ ការកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រ ការបង្កើតតួលេខផ្ទាល់ខ្លួន។ល។
-
LncRNA
RNAs ដែលមិនសរសេរកូដវែង (lncRNA) គឺជាប្រភេទនៃប្រតិចារិកដែលមានប្រវែងវែងជាង 200 nt ដែលមិនអាចសរសេរកូដប្រូតេអ៊ីនបាន។ ភ័ស្តុតាងប្រមូលផ្តុំបង្ហាញថាភាគច្រើននៃ lncRNAs ទំនងជាមានមុខងារ។ បច្ចេកវិជ្ជានៃការរៀបចំលំដាប់លំដោយកម្រិតខ្ពស់ និងឧបករណ៍វិភាគជីវព័ត៌មានផ្តល់អំណាចឱ្យយើងបង្ហាញលំដាប់លំដោយ lncRNA និងព័ត៌មានកំណត់ទីតាំងកាន់តែមានប្រសិទ្ធភាព និងនាំឱ្យយើងរកឃើញ lncRNAs ជាមួយនឹងមុខងារបទប្បញ្ញត្តិសំខាន់ៗ។ BMKCloud មានមោទនភាពក្នុងការផ្តល់ជូនអតិថិជនរបស់យើងនូវវេទិកាវិភាគលំដាប់ lncRNA ដើម្បីសម្រេចបាននូវការវិភាគ lncRNA លឿន គួរឱ្យទុកចិត្ត និងអាចបត់បែនបាន។
-
GWAS
ការសិក្សាអំពីសមាគមទូទាំងហ្សែន (GWAS) មានគោលបំណងកំណត់អត្តសញ្ញាណការប្រែប្រួលហ្សែន (ហ្សែន) ដែលទាក់ទងនឹងលក្ខណៈជាក់លាក់ (phenotype) ។ ការសិក្សារបស់ GWA ស៊ើបអង្កេតសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនឆ្លងកាត់ហ្សែនទាំងមូលនៃបុគ្គលមួយចំនួនធំ និងព្យាករណ៍ពីសមាគមហ្សែន-ភីណូទីប ដោយការវិភាគស្ថិតិនៅកម្រិតប្រជាជន។ ការបន្តហ្សែនទាំងមូលអាចរកឃើញនូវការប្រែប្រួលហ្សែនទាំងអស់។ ការភ្ជាប់ជាមួយទិន្នន័យ phenotypic GWAS អាចត្រូវបានដំណើរការដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ SNPs, QTLs ដែលទាក់ទងនឹង phenotype និងហ្សែនបេក្ខជន ដែលគាំទ្រយ៉ាងខ្លាំងដល់ការបង្កាត់ពូជសត្វ/រុក្ខជាតិទំនើប។ SLAF គឺជាយុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀបហ្សែនសាមញ្ញដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯង ដែលរកឃើញសញ្ញាសម្គាល់ដែលចែកចាយទូទាំងហ្សែនគឺ SNP ។ SNPs ទាំងនេះ ជាសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនម៉ូលេគុល អាចត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការសិក្សាអំពីទំនាក់ទំនងជាមួយនឹងលក្ខណៈគោលដៅ។ វាគឺជាយុទ្ធសាស្ត្រដ៏មានប្រសិទ្ធភាពក្នុងការកំណត់អត្តសញ្ញាណលក្ខណៈស្មុគស្មាញដែលទាក់ទងនឹងការប្រែប្រួលហ្សែន។
-
Nanopore ប្រតិចារិកប្រវែងពេញ
isoforms ជំនួសដ៏ស្មុគស្មាញ និងអថេរនៅក្នុងសារពាង្គកាយគឺជាយន្តការហ្សែនដ៏សំខាន់សម្រាប់ការគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែន និងភាពសម្បូរបែបនៃប្រូតេអ៊ីន។ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណត្រឹមត្រូវនៃរចនាសម្ព័ន្ធប្រតិចារិកគឺជាមូលដ្ឋានសម្រាប់ការសិក្សាស៊ីជម្រៅនៃទម្រង់បទប្បញ្ញត្តិនៃការបញ្ចេញហ្សែន។ វេទិកាលំដាប់ Nanopore បាននាំមកនូវការសិក្សា transcriptomic ដោយជោគជ័យដល់កម្រិត isoform ។ វេទិកាវិភាគនេះត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីវិភាគទិន្នន័យ RNA-Seq ដែលបង្កើតនៅលើវេទិកា Nanopore ដោយផ្អែកលើហ្សែនយោង ដែលសម្រេចបាននូវការវិភាគគុណភាព និងបរិមាណទាំងកម្រិតហ្សែន និងកម្រិតប្រតិចារិក។
-
រង្វង់-RNA
Circular RNA (circRNA) គឺជាប្រភេទ RNA ដែលមិនសរសេរកូដ ដែលថ្មីៗនេះត្រូវបានគេរកឃើញថាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងបណ្តាញបទប្បញ្ញត្តិពាក់ព័ន្ធនឹងការអភិវឌ្ឍន៍ ភាពធន់នឹងបរិស្ថាន។ល។ ខុសពីម៉ូលេគុល RNA លីនេអ៊ែរ ឧទាហរណ៍ mRNA, lncRNA, 3′ និង 5′ ចុងបញ្ចប់នៃ circRNA ត្រូវបានភ្ជាប់ជាមួយគ្នាដើម្បីបង្កើតជារចនាសម្ព័ន្ធរាងជារង្វង់ដែលជួយសង្រ្គោះពួកគេពីការរំលាយអាហាររបស់ exonuclease និងមានស្ថេរភាពជាងភាគច្រើននៃ RNA លីនេអ៊ែរ។ CircRNA ត្រូវបានគេរកឃើញថាមានមុខងារចម្រុះក្នុងការគ្រប់គ្រងការបញ្ចេញហ្សែន។ CircRNA អាចដំណើរការជា ceRNA ដែលភ្ជាប់ miRNA ប្រកួតប្រជែង ដែលគេស្គាល់ថាជា miRNA អេប៉ុង។ វេទិកាការវិភាគលំដាប់ CircRNA ផ្តល់អំណាចដល់រចនាសម្ព័ន្ធ circRNA និងការវិភាគការបញ្ចេញមតិ ការព្យាករណ៍គោលដៅ និងការវិភាគរួមគ្នាជាមួយប្រភេទផ្សេងទៀតនៃម៉ូលេគុល RNA
-
ប៊ីអេសអេ
វេទិកាវិភាគ Segregant ភាគច្រើនមានការវិភាគស្តង់ដារមួយជំហាន និងការវិភាគកម្រិតខ្ពស់ជាមួយនឹងការកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រផ្ទាល់ខ្លួន។ BSA គឺជាបច្ចេកទេសមួយដែលត្រូវបានប្រើប្រាស់ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ phenotype ដែលជាប់ទាក់ទងនឹងសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែន។ ដំណើរការការងារចម្បងរបស់ BSA មាន៖ 1. ការជ្រើសរើសក្រុមបុគ្គលពីរក្រុមដែលមាន phenotypes ប្រឆាំងខ្លាំង។ 2. រួមបញ្ចូល DNA, RNA ឬ SLAF-seq (បង្កើតឡើងដោយ Biomarker) នៃបុគ្គលទាំងអស់ដើម្បីបង្កើត DNA ភាគច្រើនពីរ។ 3. កំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ឌីផេរ៉ង់ស្យែលប្រឆាំងនឹងហ្សែនយោង ឬនៅចន្លោះ 4. ព្យាករណ៍តំបន់ដែលភ្ជាប់បេក្ខជនដោយ ED និង SNP-index algorithm; 5. ការវិភាគមុខងារ និងការបង្កើនហ្សែននៅក្នុងតំបន់បេក្ខជន។
-
អំភ្លីខុន (16S/18S/ITS)
វេទិកា Amplicon (16S/18S/ITS) ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយមានបទពិសោធន៍ជាច្រើនឆ្នាំក្នុងការវិភាគគម្រោងភាពចម្រុះនៃអតិសុខុមប្រាណ ដែលមានការវិភាគជាមូលដ្ឋានស្តង់ដារ និងការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួន៖ ការវិភាគជាមូលដ្ឋានគ្របដណ្តប់ខ្លឹមសារនៃការវិភាគសំខាន់ៗនៃការស្រាវជ្រាវអតិសុខុមប្រាណបច្ចុប្បន្ន ខ្លឹមសារនៃការវិភាគគឺសម្បូរបែប និងទូលំទូលាយ។ និងលទ្ធផលនៃការវិភាគត្រូវបានបង្ហាញក្នុងទម្រង់នៃរបាយការណ៍គម្រោង។ ខ្លឹមសារនៃការវិភាគផ្ទាល់ខ្លួនមានភាពចម្រុះ។ គំរូអាចត្រូវបានជ្រើសរើស ហើយប៉ារ៉ាម៉ែត្រអាចត្រូវបានកំណត់ដោយភាពបត់បែនយោងទៅតាមរបាយការណ៍ការវិភាគជាមូលដ្ឋាន និងគោលបំណងស្រាវជ្រាវ ដើម្បីសម្រេចបាននូវតម្រូវការផ្ទាល់ខ្លួន។ ប្រព័ន្ធប្រតិបត្តិការ Windows សាមញ្ញ និងលឿន។
