លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វទាំងមូល
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● ការរៀបចំបណ្ណាល័យអាចមានលក្ខណៈស្តង់ដារ ឬមិនមាន PCR
● មាននៅក្នុងវេទិកាលំដាប់ 4៖ Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ឬ PacBio Revio ។
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានផ្តោតលើការរកឃើញវ៉ារ្យ៉ង់៖ SNP, InDel, SV និង CNV
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●ជំនាញទូលំទូលាយ និងការបោះពុម្ពកំណត់ត្រា៖ បទពិសោធន៍ប្រមូលផ្ដុំនៅក្នុងលំដាប់ហ្សែនសម្រាប់ជាង 1000 ប្រភេទបានបណ្តាលឱ្យមានករណីដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយជាង 1000 ដែលមានកត្តាផលប៉ះពាល់លើសពី 5000 ។
●ការវិភាគជីវព័ត៌មានវិទ្យាដ៏ទូលំទូលាយ៖ រួមទាំងការហៅបំរែបំរួល និងការពន្យល់មុខងារ។
● ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងពង្រីកលើសពីការបញ្ចប់គម្រោង ជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
●ចំណារពន្យល់ទូលំទូលាយ៖ យើងប្រើមូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើន ដើម្បីកត់ចំណាំមុខងារហ្សែនជាមួយនឹងការប្រែប្រួលដែលបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងអនុវត្តការវិភាគការពង្រឹងដែលត្រូវគ្នា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីគម្រោងស្រាវជ្រាវជាច្រើន។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| វ៉ារ្យ៉ង់ដែលត្រូវកំណត់អត្តសញ្ញាណ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ជម្រៅដែលបានណែនាំ |
| SNP និង InDel | Illumina NovaSeq PE150 ឬ MGI T7 | 10x |
| SV និង CNV (មិនសូវត្រឹមត្រូវ) | 30x | |
| SV និង CNV (កាន់តែត្រឹមត្រូវ) | ណាណូប៉ឺ ព្រំ P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV និង CNV | PacBio Revio | 10x |
តម្រូវការគំរូ
| ជាលិកាឬអាស៊ីត nucleic ចម្រាញ់ | Illumina / MGI | ណាណូប៉ូរ | PacBio
| ||
| វីស៊ីរ៉ាសត្វ | 0.5-1 ក្រាម។ | ≥ 3.5 ក្រាម។
| ≥ 3.5 ក្រាម។
| ||
| សាច់ដុំសត្វ | ≥ 5 ក្រាម។
| ≥ 5 ក្រាម។
| |||
| ឈាមថនិកសត្វ | 1.5 មីលីលីត្រ | ≥ 0.5 មីលីលីត្រ
| ≥ 5 មីលីលីត្រ
| ||
| បសុបក្សី/ឈាមត្រី | ≥ 0.1 មីលីលីត្រ
| ≥ 0.5 មីលីលីត្រ
| |||
| រុក្ខជាតិ - ស្លឹកស្រស់ | 1-2 ក្រាម។ | ≥ 2 ក្រាម។
| ≥ 5 ក្រាម។
| ||
| កោសិកាវប្បធម៌ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| ជាលិកាទន់សត្វល្អិត/បុគ្គល | 0.5-1 ក្រាម។ | ≥ 1 ក្រាម។
| ≥ 3 ក្រាម។
| ||
| ស្រង់ចេញ DNA
| កំហាប់៖ ≥ 1 ng / µL បរិមាណ: ≥ 30 ng មានកំណត់ ឬគ្មានការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ
| ការប្រមូលផ្តុំ ចំនួនទឹកប្រាក់
OD260/280
OD260/230
មានកំណត់ ឬគ្មានការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ
| ≥ 40 ng / µL 4 µg / កោសិកាលំហូរ / គំរូ
១.៧-២.២
≥1.5 | ការប្រមូលផ្តុំ ចំនួនទឹកប្រាក់
OD260/280
OD260/230
មានកំណត់ ឬគ្មានការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ | ≥ 50 ng / µL 10 μg / កោសិកាលំហូរ / គំរូ
១.៧-២.២
1.8-2.5 |
| ការរៀបចំបណ្ណាល័យគ្មាន PCR៖ កំហាប់≥ 40 ng / µL បរិមាណ≥ 500 ng | |||||
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការទាញយក DNA
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
ការផ្តល់ទិន្នន័យ
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
- ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
- ស្ថិតិនៃការតម្រឹមទៅហ្សែនយោង
- ការកំណត់អត្តសញ្ញាណវ៉ារ្យ៉ង់៖ SNP, InDel, SV និង CNV
- ចំណារពន្យល់មុខងារនៃវ៉ារ្យ៉ង់
ស្ថិតិនៃការតម្រឹមទៅហ្សែនយោង - ការចែកចាយជម្រៅតាមលំដាប់លំដោយ
ការហៅ SNP ក្នុងចំណោមគំរូជាច្រើន។
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ InDel - ស្ថិតិនៃប្រវែង InDel នៅក្នុងតំបន់ CDS និងតំបន់ទាំងមូលនៃហ្សែន
ការចែកចាយវ៉ារ្យ៉ង់នៅទូទាំងហ្សែន - គ្រោង Circos
ចំណារពន្យល់មុខងារនៃហ្សែនជាមួយនឹងវ៉ារ្យ៉ង់ដែលបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ - ហ្សែន Ontology
Chai, Q. et al ។ (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 កំណត់សារធាតុពណ៌នៃផ្កាផ្កា តាមរយៈការគ្រប់គ្រងការប្រមូលផ្តុំ anthocyanin នៅក្នុងកប្បាស', Plant Biotechnology Journal, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965 ។
Cheng, H. et al ។ (2023) 'ហ្សែន Hevea brasiliensis កម្រិតក្រូម៉ូសូមផ្តល់ឧបករណ៍ថ្មីសម្រាប់ការបង្កាត់ពូជដែលជំនួយដោយហ្សែន និងទីតាំងដ៏មានតម្លៃដើម្បីបង្កើនទិន្នផលកៅស៊ូ', Plant Biotechnology Journal, 21(5), ទំព័រ 1058–1072។ doi: 10.1111/PBI.14018 ។
Li, A. et al ។ (2021) 'Genome of the estuarine oyster ផ្តល់ការយល់ដឹងអំពីផលប៉ះពាល់អាកាសធាតុ និងប្លាស្ទិកដែលអាចសម្របបាន', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), ទំព័រ 1–12។ doi: 10.1038/s42003-021-02823-6 ។
Zeng, T. et al ។ (2022) 'ការវិភាគនៃការផ្លាស់ប្តូរហ្សែន និងមេទីលឡេសនៅក្នុងមាន់ជនជាតិដើមចិនតាមពេលវេលាផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីការអភិរក្សប្រភេទសត្វ', Communications Biology, 5(1), ទំព័រ 1-12។ doi: 10.1038/s42003-022-03907-7 ។
