Exclusive Agency for Korea

BMKCloud ចូល

ផលិតផល

លំដាប់ហ្សែនរបស់រុក្ខជាតិ/សត្វ De Novo

រូបភាពពិសេសរបស់ Plant/Animal De Novo Genome Sequencing

ដឺណូវ៉ូsequencing សំដៅលើការសាងសង់ហ្សែនទាំងមូលរបស់ប្រភេទសត្វដោយប្រើបច្ចេកវិជ្ជាលំដាប់លំដោយក្នុងករណីដែលគ្មានហ្សែនយោង។ ការណែនាំ និងការទទួលយកយ៉ាងទូលំទូលាយនៃលំដាប់ជំនាន់ទី 3 ដែលមានការអានយូរជាងនេះ បានពង្រឹងការប្រមូលផ្តុំហ្សែនដោយបង្កើនភាពត្រួតស៊ីគ្នារវាងការអាន។ ភាពប្រសើរឡើងនេះគឺពាក់ព័ន្ធជាពិសេសនៅពេលដោះស្រាយជាមួយហ្សែនដែលមានបញ្ហាដូចជា អ្នកដែលបង្ហាញពី heterozygosity ខ្ពស់ សមាមាត្រខ្ពស់នៃតំបន់ច្រំដែល polyploids និងតំបន់ដែលមានធាតុច្រំដែល មាតិកា GC មិនធម្មតា ឬភាពស្មុគស្មាញខ្ពស់ដែលជាធម្មតាត្រូវបានផ្គុំមិនសូវល្អដោយប្រើលំដាប់លំដោយខ្លីៗ។ តែម្នាក់ឯង។

ដំណោះស្រាយតែមួយគត់របស់យើងផ្តល់នូវសេវាកម្មលំដាប់លំដោយរួមបញ្ចូលគ្នា និងការវិភាគជីវព័ត៌មានដែលផ្តល់នូវហ្សែនដែលភ្ជាប់មកជាមួយ de novo ដែលមានគុណភាពខ្ពស់។ ការស្ទាបស្ទង់ហ្សែនដំបូងជាមួយ Illumina ផ្តល់នូវការប៉ាន់ប្រមាណនៃទំហំហ្សែន និងភាពស្មុគស្មាញ ហើយព័ត៌មាននេះត្រូវបានប្រើដើម្បីណែនាំជំហានបន្ទាប់នៃការអានលំដាប់លំដោយយូរជាមួយ PacBio HiFi អមដោយដឺណូវ៉ូការជួបប្រជុំគ្នានៃ contigs ។ ការប្រើប្រាស់ជាបន្តបន្ទាប់នៃការជួបប្រជុំគ្នា HiC អនុញ្ញាតឱ្យយុថ្កានៃ contigs ទៅ genome, ទទួលបានការជួបប្រជុំគ្នាកម្រិតក្រូម៉ូសូម។ ជាចុងក្រោយ ហ្សែនត្រូវបានកត់ចំណាំដោយការទស្សន៍ទាយហ្សែន និងដោយការចាត់ថ្នាក់ហ្សែនដែលបានសម្តែង ដោយងាកទៅរកប្រតិចារិកជាមួយនឹងការអានខ្លី និងវែង។

ទាក់ទងមកយើងខ្ញុំ

ព័ត៌មានលម្អិតអំពីសេវាកម្ម

ជីវព័ត៌មានវិទ្យា

លទ្ធផលសាកល្បង

ការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេស

លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម

● ការរួមបញ្ចូលនៃសេវាកម្មលំដាប់លំដោយ និងព័ត៌មានជីវសាស្រ្តជាច្រើននៅក្នុងដំណោះស្រាយតែមួយ៖

ការស្ទង់មតិហ្សែនជាមួយ Illumina ដើម្បីប៉ាន់ប្រមាណទំហំហ្សែន និងណែនាំជំហានជាបន្តបន្ទាប់។

អានលំដាប់លំដោយសម្រាប់ដឺណូវ៉ូការជួបប្រជុំគ្នានៃ contigs;

លំដាប់ Hi-C សម្រាប់យុថ្កាក្រូម៉ូសូម;

លំដាប់ mRNA សម្រាប់ចំណារពន្យល់នៃហ្សែន;

សុពលភាពនៃសន្និបាត។

● សេវាកម្មសមរម្យសម្រាប់ការបង្កើតហ្សែនប្រលោមលោក ឬការកែលម្អហ្សែនយោងដែលមានស្រាប់សម្រាប់ប្រភេទដែលចាប់អារម្មណ៍។

អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម

1 ការអភិវឌ្ឍន៍នៃលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា-in-de-novo-genome-assembly

ការអភិវឌ្ឍន៍វេទិកាលំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យាក្នុងដឺណូវ៉ូការប្រមូលផ្តុំហ្សែន

(Amarasinghe SL et al ។ ,ជីវវិទ្យាហ្សែនឆ្នាំ ២០២០)

●ជំនាញទូលំទូលាយ និងការបោះពុម្ពកំណត់ត្រា៖ BMKGene បានប្រមូលនូវបទពិសោធន៍ដ៏ធំនៅក្នុងការប្រមូលផ្តុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់នៃប្រភេទសត្វចម្រុះ រួមទាំងហ្សែន diploid និងហ្សែនស្មុគស្មាញខ្ពស់នៃប្រភេទ polyploid និង allopolyploid ។ ចាប់តាំងពីឆ្នាំ 2018 មក ពួកយើងបានចូលរួមចំណែកលើសការបោះពុម្ពផ្សាយដែលមានឥទ្ធិពលខ្ពស់ចំនួន 300 ហើយ 20+ នៃពួកគេត្រូវបានបោះពុម្ពនៅក្នុង Nature Genetics.

● ដំណោះស្រាយតែមួយ៖ វិធីសាស្រ្តរួមបញ្ចូលគ្នារបស់យើងរួមបញ្ចូលគ្នានូវបច្ចេកវិជ្ជាបន្តបន្ទាប់គ្នាជាច្រើន និងការវិភាគជីវព័ត៌មានទៅក្នុងលំហូរការងារដ៏ស្អិតរមួត ដោយផ្តល់នូវហ្សែនដែលបានប្រមូលផ្តុំគុណភាពខ្ពស់។

●តម្រូវតាមតម្រូវការរបស់អ្នក។៖ លំហូរការងារសេវាកម្មរបស់យើងគឺអាចប្ដូរតាមបំណងបាន ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការសម្របខ្លួនសម្រាប់ហ្សែនដែលមានលក្ខណៈពិសេសចម្រុះ និងតម្រូវការស្រាវជ្រាវជាក់លាក់។ នេះរាប់បញ្ចូលទាំងការទទួលហ្សែនយក្ស ហ្សែន polyploid ហ្សែនតំណពូជខ្ពស់ និងច្រើនទៀត។

●ក្រុមការងារជីវព័ត៌មានវិទ្យា និងមន្ទីរពិសោធន៍ដែលមានជំនាញខ្ពស់។៖ ជាមួយនឹងបទពិសោធន៍ដ៏អស្ចារ្យទាំងនៅក្នុងផ្នែកពិសោធន៍ និងជីវព័ត៌មានផ្នែកខាងមុខនៃការប្រមូលផ្តុំហ្សែនដ៏ស្មុគស្មាញ និងស៊េរីនៃប៉ាតង់ និងការរក្សាសិទ្ធិផ្នែកទន់។

●ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងពង្រីកលើសពីការបញ្ចប់គម្រោង ជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។

លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម

ការស្ទង់មតិហ្សែន

ការប្រមូលផ្តុំហ្សែន

កម្រិតក្រូម៉ូសូម

ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែន

50X Illumina NovaSeq PE150

30X PacBio CCS HiFi អាន

100X Hi-C

RNA-seq Illumina PE150 10 Gb

(ស្រេចចិត្ត)

ប្រវែងពេញ RNA-seq PacBio 40 Gb ឬ

Nanopor 12 Gb

តម្រូវការសេវាកម្ម

សម្រាប់ការស្ទាបស្ទង់ហ្សែន សភាហ្សែន និង Hi-C Assembly៖

ជាលិកាឬអាស៊ីត nucleic ចម្រាញ់	ការស្ទង់មតិហ្សែន	Genome Assembly ជាមួយ PacBio	សន្និបាត Hi-C
វីស៊ីរ៉ាសត្វ	0.5-1 ក្រាម។	≥ 3.5 ក្រាម។	≥2 ក្រាម។
សាច់ដុំសត្វ	0.5-1 ក្រាម។	≥ 5 ក្រាម។	≥2 ក្រាម។
ឈាមថនិកសត្វ	1.5 មីលីលីត្រ	≥ 5 មីលីលីត្រ	≥ 2 មីលីលីត្រ
បសុបក្សី/ឈាមត្រី	1.5 មីលីលីត្រ	≥ 0.5 មីលីលីត្រ	≥ 2 មីលីលីត្រ
រុក្ខជាតិ - ស្លឹកស្រស់	1-2 ក្រាម។	≥ 5 ក្រាម។	≥ 4 ក្រាម។
កោសិកាវប្បធម៌		≥ 1x10⁸	≥ 1x10⁷
សត្វល្អិត	0.5-1 ក្រាម។	≥ 3 ក្រាម។	≥ 2 ក្រាម។
ស្រង់ចេញ DNA	ការផ្តោតអារម្មណ៍៖ ≥1 ng / µL បរិមាណ ≥ 30 ng មានកំណត់ ឬគ្មានការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ	កំហាប់៖ ≥ 50 ng / µL បរិមាណ: 10 µg / កោសិកាលំហូរ / គំរូ OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការរិចរិល ឬការចម្លងរោគ	-

សម្រាប់ចំណារពន្យល់ Genome ជាមួយ transcriptomics៖

ជាលិកាឬអាស៊ីត nucleic ចម្រាញ់	ប្រតិចារិក Illumina	ប្រតិចារិក PacBio	ប្រតិចារិក Nanopore
រុក្ខជាតិ - ឫស / ដើម / ផ្កា	450 មីលីក្រាម	600 មីលីក្រាម
រុក្ខជាតិ - ស្លឹក / គ្រាប់	300 មីលីក្រាម	300 មីលីក្រាម
រុក្ខជាតិ - ផ្លែឈើ	1.2 ក្រាម។	1.2 ក្រាម។
បេះដូង/ពោះវៀនសត្វ	300 មីលីក្រាម	300 មីលីក្រាម
សរសៃប្រសាទសត្វ/ខួរក្បាល	240 មីលីក្រាម	240 មីលីក្រាម
សាច់ដុំសត្វ	450 មីលីក្រាម	450 មីលីក្រាម
ឆ្អឹងសត្វ/សក់/ស្បែក	1 ក្រាម។	1 ក្រាម។
Arthropod - សត្វល្អិត	6	6
Arthropod - Crustacea	300 មីលីក្រាម	300 មីលីក្រាម
ឈាមទាំងមូល	1 បំពង់	1 បំពង់
ដកស្រង់ RNA	កំហាប់៖ ≥ 20 ng / µL បរិមាណ ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 រិន≥ ៦ 5≥28S/18S≥1	កំហាប់៖ ≥ 100 ng / µL បរិមាណ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 រិន≥ ៨ 5≥28S/18S≥1	កំហាប់៖ ≥ 100 ng / µL បរិមាណ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 រិន≥ 7.5 5≥28S/18S≥1

ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ

កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)

(សម្រាប់គំរូភាគច្រើន យើងណែនាំកុំឱ្យរក្សាទុកក្នុងអេតាណុល។ )

ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ គំរូត្រូវតែដាក់ស្លាកយ៉ាងច្បាស់ និងដូចគ្នាបេះបិទទៅនឹងទម្រង់ព័ត៌មានគំរូដែលបានដាក់ជូន។

ការដឹកជញ្ជូន៖ ទឹកកកស្ងួត៖ គំរូត្រូវវេចខ្ចប់ក្នុងថង់ជាមុន ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។

លំហូរការងារ

លំហូរការងារសេវាកម្ម

ការរចនាពិសោធន៍

ការចែកចាយគំរូ

ការទាញយក DNA

ការសាងសង់បណ្ណាល័យ

លំដាប់

ការវិភាគទិន្នន័យ

សេវាកម្មក្រោយពេលលក់

មុន៖ លំដាប់ Exome ទាំងមូលរបស់មនុស្ស

បន្ទាប់៖ សន្និបាតហ្សែនផ្អែកលើ Hi-C

ការវិភាគជីវព័ត៌មានពេញលេញ បំបែកជា ៤ ជំហាន៖

1) ការស្ទង់មតិហ្សែនដោយផ្អែកលើការវិភាគ k-mer ជាមួយ NGS អានថា:

ការប៉ាន់ស្មានទំហំហ្សែន

ការប៉ាន់ស្មាននៃ heterozygosity

ការប៉ាន់ស្មាននៃតំបន់ដដែលៗ

2) Genome Assembly ជាមួយ PacBio HiFi៖

ដឺណូវ៉ូការជួបប្រជុំគ្នា។

ការវាយតម្លៃសភា៖ រួមទាំងការវិភាគ BUSCO សម្រាប់ភាពពេញលេញនៃហ្សែន និងការធ្វើផែនទីត្រឡប់មកវិញនៃ NGS និង PacBio HiFi អាន

3) ការជួបប្រជុំគ្នា Hi-C:

បណ្ណាល័យ Hi-C QC៖ ការប៉ាន់ស្មាននៃអន្តរកម្ម Hi-C ត្រឹមត្រូវ។

ការជួបប្រជុំគ្នា Hi-C៖ ការដាក់ចង្កោមនៃ contigs ជាក្រុម បន្តដោយលំដាប់ contig នៅក្នុងក្រុមនីមួយៗ និងកំណត់ទិសដៅ contig

ការវាយតម្លៃ Hi-C

៤) ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែន៖

ការព្យាករណ៍ RNA ដែលមិនសរសេរកូដ

ការកំណត់អត្តសញ្ញាណលំដាប់ដដែលៗ (ការបញ្ជូនបន្ត និងការធ្វើម្តងទៀត)

ការព្យាករណ៍ហ្សែន

§ដឺណូវ៉ូ៖ ab initio algorithms

§ ផ្អែកលើភាពស្រដៀងគ្នា

§ ផ្អែកលើប្រតិចារិក ដោយមានអានវែង និងខ្លី៖ អានគឺដឺណូវ៉ូប្រមូលផ្តុំ ឬគូសផែនទីទៅនឹងហ្សែនពង្រាង

§ ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែនដែលបានព្យាករណ៍ជាមួយនឹងមូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើន។

1) ការស្ទង់មតិហ្សែន- ការវិភាគ k-mer

2) សភាហ្សែន

2) Genome Assembly - PacBio HiFi អានផែនទីដើម្បីពង្រាងសន្និបាត

2) Hi-C Assembly - ការប៉ាន់ស្មាននៃគូអន្តរកម្មត្រឹមត្រូវ Hi-C

3) ការវាយតម្លៃក្រោយការជួបប្រជុំគ្នា Hi-C

4) ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែន - ការរួមបញ្ចូលហ្សែនដែលបានព្យាករណ៍

4) ចំណារពន្យល់ហ្សែន - ចំណារពន្យល់ហ្សែនព្យាករណ៍

ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មដំឡើងហ្សែនរបស់ BMKGene តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ៖

Li, C. et al ។ (2021) 'លំដាប់ហ្សែនបង្ហាញពីផ្លូវបែកខ្ញែកជាសកល និងណែនាំការសម្របខ្លួននៃហ្សែនបញ្ចូលគ្នានៅក្នុងការវិវត្តន៍សេះសមុទ្រ', Nature Communications, 12(1)។ doi: 10.1038/S41467-021-21379-X ។

Li, Y. et al ។ (2023) 'ការផ្លាស់ប្តូរក្រូម៉ូសូមខ្នាតធំនាំទៅរកការផ្លាស់ប្តូរកន្សោមកម្រិតហ្សែន ការបន្សាំបរិស្ថាន និងការបញ្ជាក់នៅក្នុងហ្គេយ៉ាល់ (បូស ផ្នែកខាងមុខ)', ជីវវិទ្យាម៉ូលេគុល និងការវិវត្តន៍, 40(1)។ doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006 ។

Tian, T. et al ។ (2023) 'ការប្រមូលផ្តុំហ្សែន និងការបែងចែកហ្សែននៃពូជពោតដែលធន់នឹងគ្រោះរាំងស្ងួតដ៏លេចធ្លោ', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ទំព័រ 496–506។ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y ។

លោក Zhang, F. et al ។ (2023) 'ការលាតត្រដាងការវិវត្តនៃជីវសំយោគអាល់កាឡូអ៊ីតត្រូពិន ដោយការវិភាគហ្សែនពីរនៅក្នុងគ្រួសារ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ទំព័រ 1–18។ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4 ។

ករណីសិក្សាដែលមានបញ្ហា៖

ការផ្គុំ Telomere ទៅ telomere:Fu, A. et al ។ (2023) 'ការប្រមូលផ្តុំហ្សែន Telomere-to-telomere នៃផ្លែ Melon ជូរចត់ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) បង្ហាញពីការអភិវឌ្ឍន៍ផ្លែឈើ សមាសភាព និងលក្ខណៈហ្សែនទុំ', ការស្រាវជ្រាវសាកវប្បកម្ម, 10(1)។ doi: 10.1093/HR/UHAC228។

ការផ្គុំ Haplotype៖Hu, W. et al ។ (2021) 'ហ្សែនដែលកំណត់ដោយ Allle បង្ហាញពីភាពខុសគ្នានៃ biallelic កំឡុងពេលការវិវត្តន៍ដំឡូងមី', Molecular Plant, 14(6), ទំព័រ 851–854។ doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009 ។

ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនយក្ស៖Yuan, J. et al ។ (2022) 'មូលដ្ឋានហ្សែននៃ giga-chromosomes និង giga-genome នៃដើមឈើ peony Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), ទំព័រ 1–16។ doi: 10.1038/s41467-022-35063-1 ។

ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនប៉ូលីផូដ៖Zhang, Q. et al ។ (2022) 'ការយល់ដឹងអំពីហ្សែនទៅនឹងការកាត់បន្ថយក្រូម៉ូសូមថ្មីៗនៃអំពៅ autopolyploid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), ទំព័រ 885–896។ doi: 10.1038/s41588-022-01084-1 ។