PacBio 2+3 ដំណោះស្រាយ mRNA ប្រវែងពេញ
លក្ខណៈពិសេស
● ការរចនាការសិក្សា៖
គំរូរួមបញ្ចូលគ្នាតាមលំដាប់លំដោយជាមួយ PacBio ដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoforms ប្រតិចារិក
គំរូដាច់ដោយឡែក (ចម្លង និងលក្ខខណ្ឌដែលត្រូវធ្វើតេស្ត) តាមលំដាប់លំដោយNGS ដើម្បីកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញមតិប្រតិចារិក
● ការដាក់លំដាប់ PacBio នៅក្នុងរបៀប CCS បង្កើតការអាន HiFi
● លំដាប់នៃប្រតិចារិកពេញប្រវែង
● ការវិភាគមិនត្រូវការហ្សែនយោងទេ។ ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ វាអាចត្រូវបានប្រើប្រាស់
● ការវិភាគជីវព័ត៌មានរួមបញ្ចូលមិនត្រឹមតែការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិតហ្សែន និងអ៊ីសូហ្វមប៉ុណ្ណោះទេ ថែមទាំងការវិភាគនៃ lncRNA ការលាយហ្សែន ប៉ូលី-អេឌីនីឡេល និងរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន
គុណសម្បត្តិ
● ភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់។៖ HiFi អានដោយភាពត្រឹមត្រូវ> 99.9% (Q30) ប្រៀបធៀបទៅនឹង NGS
● ការវិភាគការផ្សាភ្ជាប់ជំនួស៖ ការដាក់លំដាប់ប្រតិចារិកទាំងអស់អាចឱ្យការកំណត់អត្តសញ្ញាណ isoform និងលក្ខណៈ។
● ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃកម្លាំង PacBio និង NGS៖ បើកដំណើរការបរិមាណនៃការបញ្ចេញមតិនៅកម្រិត isoform បង្ហាញការផ្លាស់ប្តូរដែលអាចបិទបាំងនៅពេលវិភាគកន្សោមហ្សែនទាំងមូល
● ជំនាញទូលំទូលាយ: ជាមួយនឹងកំណត់ត្រាបទនៃការបញ្ចប់គម្រោងប្រតិចារិកប្រវែងពេញលេញជាង 1100 PacBio និងដំណើរការគំរូជាង 2300 ក្រុមរបស់យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាច្រើនដល់គ្រប់គម្រោង។
● ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងលើសពីការបញ្ចប់គម្រោងជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
តម្រូវការគំរូ និងការដឹកជញ្ជូន
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| បណ្ណាល័យ mRNA CCS ដែលសំបូរទៅដោយ PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A សំបូរទៅដោយ | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
នុយក្លេអូទីត
|
| Conc.(ng/μl) | បរិមាណ (μg) | ភាពបរិសុទ្ធ | សុចរិតភាព |
| បណ្ណាល័យ Illumina | ≥ ១០ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | សម្រាប់រុក្ខជាតិ៖ RIN≥4.0; សម្រាប់សត្វ: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; កម្រិតកម្រិត ឬគ្មានកម្រិតមូលដ្ឋាន |
| បណ្ណាល័យ PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 មានកំណត់ ឬគ្មានការចម្លងរោគ DNA បង្ហាញនៅលើជែល។ | រុក្ខជាតិ៖ RIN≥7.5 សត្វ៖ RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; កម្រិតកម្រិត ឬគ្មានកម្រិតមូលដ្ឋាន |
ការដឹកជញ្ជូនគំរូដែលបានណែនាំ
កុងតឺន័រ: បំពង់ centrifuge 2 មីលីលីត្រ (ក្រដាសសំណប៉ាហាំងមិនត្រូវបានណែនាំទេ)
ការដាក់ស្លាកគំរូ៖ ក្រុម + ចម្លងឧទាហរណ៍ A1, A2, A3; B1, B2, B3 ។
ការដឹកជញ្ជូន៖
1. ទឹកកកស្ងួត:គំរូត្រូវខ្ចប់ក្នុងថង់ ហើយកប់ក្នុងទឹកកកស្ងួត។
2. បំពង់ RNAstable: សំណាក RNA អាចត្រូវបានស្ងួតនៅក្នុងបំពង់ស្ថេរភាព RNA (ឧ. RNAstable®) និងដឹកជញ្ជូនក្នុងសីតុណ្ហភាពបន្ទប់។
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
ការវិភាគ Polyadenylation ជំនួស (APA)
ការវិភាគប្រតិចារឹកលាយ
ការវិភាគជំនួស
ការវិភាគការធ្វើការប្រៀបធៀបជាសាកលដែលចម្លងតាមអូតូឡូក (BUSCO)
ការវិភាគប្រតិចារិកប្រលោមលោក៖ ការព្យាករណ៍នៃលំដាប់កូដ (CDS) និងចំណារពន្យល់មុខងារ
ការវិភាគ lncRNA: ការព្យាករណ៍នៃ lncRNA និងគោលដៅ
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណ MicroSatelite (SSR)
ការវិភាគប្រតិចារិកដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DETs)
ការវិភាគហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs)
ចំណារពន្យល់មុខងារនៃ DEGs និង DETs
ការវិភាគ BUSCO
ការវិភាគជំនួស
ការវិភាគ Polyadenylation ជំនួស (APA)
ហ្សែនដែលបង្ហាញដោយឌីផេរ៉ង់ស្យែល (DEGs) និងប្រតិចារិក (ការវិភាគ DETs9
បណ្តាញអន្តរកម្មប្រូតេអ៊ីន - ប្រូតេអ៊ីននៃ DETs និង DEGs
ស្វែងរកភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយ PacBio 2+3 របស់ BMKGene's mRNA full-length sequencing តាមរយៈការប្រមូលផ្ដុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ។
Chao, Q. et al ។ (2019) 'សក្ដានុពលនៃការអភិវឌ្ឍន៍នៃប្រតិចារិកដើម Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), ទំព័រ 206–219។ doi: 10.1111/PBI.12958 ។
Deng, H. et al ។ (2022) 'ការផ្លាស់ប្តូរថាមវន្តនៅក្នុងមាតិកាអាស៊ីត Ascorbic កំឡុងពេលការអភិវឌ្ឍន៍ផ្លែឈើ និងការទុំនៃ Actinidia latifolia (ដំណាំផ្លែឈើសម្បូរដោយ Ascorbate) និងយន្តការម៉ូលេគុលដែលពាក់ព័ន្ធ', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1 ។
Hua, X. et al ។ (2022) 'ការទស្សន៍ទាយប្រកបដោយប្រសិទ្ធភាពនៃហ្សែនផ្លូវជីវសំយោគដែលពាក់ព័ន្ធនឹងសារធាតុ polyphyllins bioactive នៅក្នុង Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), ទំព័រ 1–10។ doi: 10.1038/s42003-022-03000-z។
Liu, M. et al ។ (2023) 'ការរួមបញ្ចូលគ្នារវាង PacBio Iso-Seq និង Illumina RNA-Seq ការវិភាគនៃ Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome និង Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al ។ (2019) 'ការស្ទង់មតិនៃភាពស្មុគស្មាញនៃប្រតិចារិកដោយប្រើការវិភាគតាមពេលវេលាជាក់ស្តែងតែមួយរបស់ PacBio រួមបញ្ចូលគ្នាជាមួយនឹងលំដាប់ Illumina RNA សម្រាប់ការយល់ដឹងកាន់តែច្បាស់អំពីជីវគីមីនៃអាស៊ីត ricinoleic នៅក្នុង Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), ទំព័រ 1-17។ doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/រូបភាព/7.
