BMKCloud ចូល
ចេក

MRNA-SEQ (NGS) ជាមួយហ្សែនយោង

百迈客云网站 -11

MRNA-SEQ (NGS) ជាមួយហ្សែនយោង

RNA-SEQ គឺជាឧបករណ៍ស្តង់ដារមួយនៅទូទាំងវិទ្យាសាស្ត្រជីវិតនិងដំណាំដែលបានភ្ជាប់គម្លាតរវាងហ្សែននិងប្រូតេអ៊ីន។ ភាពរឹងមាំរបស់វាស្ថិតនៅក្នុងការរកឃើញប្រតិចារិកថ្មីនិងកំណត់បរិមាណនៃការបញ្ចេញមតិរបស់ពួកគេនៅក្នុងការអះអាងមួយ។ វាត្រូវបានគេប្រើយ៉ាងទូលំទូលាយសម្រាប់ការសិក្សាប្រតិចារឹកប្រៀបធៀបការប្រៀបធៀបពន្លឺនៅលើហ្សែនដែលទាក់ទងនឹងចរិតលក្ខណៈផ្សេងៗឬផែនធ័រដូចជាប្រៀបធៀបការផ្លាស់ប្តូរប្រភេទសត្វព្រៃឬបង្ហាញពីការបញ្ចេញហ្សែន។ MRNA (សេចក្តីយោង) អ្នកប្រើប្រាស់អាចផ្ទុកទិន្នន័យ RNA-SEQ របស់ពួកគេទៅពពកដែលកម្មវិធីផ្តល់ជូននូវដំណោះស្រាយវិភាគជីវៈជីវភាពដែលមានលក្ខណៈទូលំទូលាយមួយ។ លើសពីនេះទៀតវាផ្តល់មូលនិធិដល់បទពិសោធន៍អតិថិជនផ្តល់ជូនប្រតិបត្តិការផ្ទាល់ខ្លួនដែលត្រូវនឹងតម្រូវការជាក់លាក់របស់អ្នកប្រើប្រាស់។ អ្នកប្រើប្រាស់អាចកំណត់ប៉ារ៉ាម៉ែត្រនិងបញ្ជូនបេសេសេសសារបំពង់ចេញដោយខ្លួនឯងពិនិត្យមើលរបាយការណ៍អន្តរកម្មមើលទិន្នន័យ / ដ្យាក្រាមនិងរ៉ែទិន្នន័យពេញលេញដូចជា: ឯកសារជ្រើសរើសហ្សែនគោលដៅចង្កោមមុខងារ។ ល។

លទ្ធផលនៃការបង្ហាញ
ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យ
តម្រូវការនាំចូល
ការវិភាគសំខាន់ៗ
ឯកសារយោង
លទ្ធផលនៃការបង្ហាញ

ការជីកយករ៉ែទិន្នន័យ

តម្រូវការនាំចូល

វេទិកា:លីមីណា, MGI
យុទ្ធសាស្ត្រ:rna-seq
តមរបថតឹម: paried, សាច់ស្អាត។
ប្រភេទបណ្ណាល័យប្រភេទ:Fr-Untraded, Fr-Firststrand ឬ Fr-Somplasent
ប្រវែងអាន:150 ប៊ីភី
ប្រភេទឯកសារ:* .Fastk, * .fQ, * .fastq.gz ឬ * .fq.gz ។ ប្រព័ន្ធនឹងភ្ជាប់ឯកសារ .Fastrq ដោយស្វ័យប្រវត្តិយោងទៅតាមឈ្មោះឯកសារឧទាហរណ៍ * _1.1.FRFATE បានភ្ជាប់ជាមួយ * ._ 2. 2.Fastk ។
ចំនួនគំរូ:មិនមានការរឹតត្បិតលើចំនួននេះទេនៃគំរូប៉ុន្តែពេលវេលាវិភាគនឹងកើនឡើងនៅពេលចំនួននៃការគំរូរីកចម្រើន។
ចំនួនទិន្នន័យដែលបានណែនាំ:6 ក្រាមក្នុងគំរូ

ការវិភាគសំខាន់ៗ
ការវិភាគសំខាន់ៗនិងឧបករណ៍ជីវគីមាលានៃ MRNA-SEQ (សេចក្តីយោង)បំពង់បង្ហូរប្រេងមានដូចខាងក្រោម:
1 ។ ការគ្រប់គ្រងគុណភាព Rawdata:
ការយកចេញនៃលំដាប់ដែលមានគុណភាពទាបលំដាប់អាដាប់ធ័រ,ល;
ឧបករណ៍: នៅក្នុងបំពង់បង្ហូរប្រេងក្នុងផ្ទះ។
2 ។ ការតម្រឹមទិន្នន័យទៅហ្សែនយោង:
តម្រឹមអានជាមួយក្បួនដោះស្រាយដែលអាចដឹងច្បាស់ប្រឆាំងនឹងឯកសារហ្សែនយោង។
ឧបករណ៍:hisat2, Samtools
3 ។ ការវិភាគគុណភាពបណ្ណាល័យ:
•បញ្ចូលការវិភាគប្រវែងការវិភាគតត្ថាសាិភាពលំដាប់។ ល។
ឧបករណ៍:Samtools;
4 ។ ការវិភាគរចនាសម្ព័ន្ធលំដាប់:
ការវិភាគការបែកខ្ចាត់ខ្ចាយជំនួសការបង្កើនប្រសិទ្ធិភាពរចនាសម្ព័ន្ធហ្សែន,ការព្យាករណ៍ហ្សែនប្រលោមលោក។ ល។
ឧបករណ៍:ខ្សែអក្សរ, gffcompare, gatk,បេរច, COXCANCONCANហើយហាប់រសយនាយ.
5 ។ ការវិភាគការបញ្ចេញមតិឌីផេរ៉ង់ស្យែល:
•ការបញ្ចាំងអង់ដឺការវិភាគសហទំនាក់ទំនងមានមុខងារការធ្វើឱ្យប្រសើរឡើង;
លទ្ធផលដែលមើលឃើញផ្សេងៗ;
Rចាមយយsegseq, deseq2, ggplot2, Dexseq
ឯកសារយោង
1 ។ គីម, Daehwan et al ។ ការតម្រឹមក្រាហ្វិចដែលមានមូលដ្ឋានលើក្រាហ្វិចនិងgrostyping ជាមួយ hisat2 និង hiat-genotype "។ធម្ផចាតិជីវបច្ចេកវិទ្យា37 (2019): 907 - 915 ។
2 ។ ម៉ាកខេនណា, អេរ៉ុន et al ។ "ឧបករណ៍វិភាគហ្សែន: កក្របខ័ណ្ឌ MapReduce សម្រាប់វិភាគឌីអិនអេជំនាន់បន្តបន្ទាប់ទិន្នន័យលំដាប់លំដោយ។ "ការស្រាវជ្រាវហ្សែន20 9 (ឆ្នាំ 2010): 1297-303 ។
3 ។ លី, ហេង et al ។ "ការតម្រឹមលំដាប់ / ផែនទីតម្រឹមតាមលំដាប់លំដោយនិងsamtools ។ជីវវិទ្យាព័ត៌មានវិទ្យា25 (2009): 2078 - 2079 ។
4 ។ Perţea, Mihaela et al ។ "ខ្សែអក្សរអនុញ្ញាតឱ្យប្រសើរឡើងការកសាងឡើងវិញនូវប្រតិចារិកចេញពី RNA-Seq អាន។ធម្ផចាតិជីវបច្ចេកវិទ្យា33 (ឆ្នាំ 2015): 290-295 ។
5 ។ ស្នេហា, Michael I. et al ។ "ការប៉ាន់ស្មានកម្រិតមធ្យមនៃការផ្លាស់ប្តូរផ្នត់និងការបែកខ្ចាត់ខ្ចាយសម្រាប់ទិន្នន័យ RNA-SEQ ជាមួយ DOSEQ2 ។ហ្សូនចីវវិត្យា15 (ឆ្នាំ 2014): n ។ pag ។
6 ។ អេឌីឌីស៊ារ៉េ .. "ការពន្លឿនទម្រង់ HMM ស្វែងរក។ "ផាប ជីវវិទ្យាកុំព្យូទ័រ7 (ឆ្នាំ 2011): N ។ pag ។

ទទួលបានការដកស្រង់មួយ

សរសេរសាររបស់អ្នកនៅទីនេះហើយផ្ញើវាមកយើង

ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង: