ការវិវត្តនៃហ្សែន, PANGENOME
តើ Pan-genome ជាអ្វី?
ភ័ស្តុតាងដែលប្រមូលបានបង្ហាញថា ភាពខុសគ្នារវាងប្រភេទផ្សេងៗគ្នានៃប្រភេទសត្វអាចមានទំហំធំ។ ហ្សែនតែមួយគឺនៅឆ្ងាយពីគ្រប់គ្រាន់ដើម្បីទទួលបានរូបភាពទាំងមូលនៃព័ត៌មានហ្សែននៃប្រភេទសត្វតែមួយ។ គោលបំណងនៃការសិក្សា Pan-genome គឺដើម្បីទទួលបានក្រាហ្វហ្សែនដ៏ទូលំទូលាយនៃប្រភេទសត្វមួយ និងឌិកូដទំនាក់ទំនងរវាងលក្ខណៈ និងកូដហ្សែន ដោយធ្វើការប្រមូលផ្តុំហ្សែនណូវ៉ូនៃប្រភេទជាច្រើន ដែលអនុញ្ញាតឱ្យមានការជីកយករ៉ែកាន់តែស៊ីជម្រៅ និងទូលំទូលាយនៃការប្រែប្រួល។
និន្នាការនៃការសិក្សា Pan-genome
រូបភាពទី 1 និន្នាការនៃឯកសារស្រាវជ្រាវដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយរបស់ Pan-genome ។
ចំណាំ៖ តួលេខនេះបង្ហាញពីលទ្ធផលនៃការយក "pan-genome" ជាពាក្យគន្លឹះដើម្បីស្វែងរកចំណងជើងនៃអត្ថបទដែលបានបោះពុម្ពនៅក្នុងទស្សនាវដ្តីស៊េរី Nature, Cell និង Science
ក. ការអានពីគំរូជាច្រើនត្រូវបានតម្រឹមទៅឯកសារយោង ហើយអ្វីដែលមិនតម្រឹមគ្នាត្រូវបានប្រមូលផ្តុំទៅជាប្រលោមលោក។ ដោយបន្ថែមទំនាក់ទំនងប្រលោមលោកទាំងនេះទៅលំដាប់នៃសេចក្តីយោងដើម សេចក្តីយោង pangenome អាចត្រូវបានសាងសង់។ តំបន់ដែលអាចប្រើប្រាស់បានត្រូវបានកំណត់ដោយផ្អែកលើការគូសផែនទីការអានទាំងអស់ត្រឡប់ទៅ pangenome ។
ខ. ការជួបប្រជុំគ្នា de novo នៃ genomes នៃ accession ច្រើនអនុញ្ញាតឱ្យវិធីសាស្រ្តតម្រឹមហ្សែនទាំងមូលដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណតំបន់ genomic dispensable ។
គ. ក្រាហ្វហ្សែន pan-genome អាចត្រូវបានសាងសង់ពីការតម្រឹមហ្សែនទាំងមូល ឬដោយការផ្គុំក្រាហ្វ de novo ដែលរក្សាទុកព័ត៌មានបំរែបំរួលនៃតំបន់ដែលអាចប្រើប្រាស់បានយ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាពជាផ្លូវតែមួយគត់តាមរយៈក្រាហ្វ។
តើធ្វើដូចម្តេចដើម្បីសាងសង់ហ្សែន Pan-genome?
រូបភាពទី 2 ការប្រៀបធៀបវិធីសាស្រ្ត pan-genome១
ក. ការអានពីគំរូជាច្រើនត្រូវបានតម្រឹមទៅឯកសារយោង ហើយអ្វីដែលមិនតម្រឹមគ្នាត្រូវបានប្រមូលផ្តុំទៅជាប្រលោមលោក។ ដោយបន្ថែមទំនាក់ទំនងប្រលោមលោកទាំងនេះទៅលំដាប់នៃសេចក្តីយោងដើម សេចក្តីយោង pangenome អាចត្រូវបានសាងសង់។ តំបន់ដែលអាចប្រើប្រាស់បានត្រូវបានកំណត់ដោយផ្អែកលើការគូសផែនទីការអានទាំងអស់ត្រឡប់ទៅ pangenome ។
ខ. ការជួបប្រជុំគ្នា de novo នៃ genomes នៃ accession ច្រើនអនុញ្ញាតឱ្យវិធីសាស្រ្តតម្រឹមហ្សែនទាំងមូលដើម្បីកំណត់អត្តសញ្ញាណតំបន់ genomic dispensable ។
គ. ក្រាហ្វហ្សែន pan-genome អាចត្រូវបានសាងសង់ពីការតម្រឹមហ្សែនទាំងមូល ឬដោយការផ្គុំក្រាហ្វ de novo ដែលរក្សាទុកព័ត៌មានបំរែបំរួលនៃតំបន់ដែលអាចប្រើប្រាស់បានយ៉ាងមានប្រសិទ្ធភាពជាផ្លូវតែមួយគត់តាមរយៈក្រាហ្វ។
Pan-genomes ដែលបានចេញផ្សាយថ្មីៗនេះ
● ពូជពង្ស រំលោភសេពសន្ថវៈ២
● ហ្សែន Pan-Pomato 3
● Rice Pan -genome៤
● ផ្កាឈូករ័ត្ន Pan-genome៥
● សណ្តែកសៀង Pan-genome 6
● Rice Pan-genome៧
● Barley Pan-genome៨
● ស្រូវសាលី Pan-genome៩
● Sorghum Pan-genome១០
● Phytoplankton Pan-genome១១
ឯកសារយោង
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes គឺជាឯកសារយោងថ្មី។ រុក្ខជាតិណាត។ ឆ្នាំ 2020;6(8):914-920។ doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al ។ ហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់ចំនួនប្រាំបីបង្ហាញពីស្ថាបត្យកម្ម pan-genome និងភាពខុសគ្នានៃ ecotype នៃ Brassica napus ។ រុក្ខជាតិណាត។ ឆ្នាំ 2020; 6(1):34-45។ doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al ។ ហ្សែនប៉េងប៉ោះបញ្ចេញហ្សែនថ្មី និងអាល់ឡែលដ៏កម្រដែលគ្រប់គ្រងរសជាតិផ្លែឈើ។ ណាត ហ្សេន។ ឆ្នាំ 2019;51(6):1044-1051។ doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al ។ ការវិភាគហ្សែនហ្សែនបង្ហាញពីវិសាលភាពនៃបំរែបំរួលហ្សែននៅក្នុងដំណាំដាំដុះ និងស្រូវព្រៃ [ការកែតម្រូវដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយលេចឡើងនៅក្នុង Nat Genet ។ សីហា 2018;50(8):1196]។ ណាត ហ្សេន។ ឆ្នាំ 2018;50(2):278-284។ doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al ។ ការវិភាគហ្សែនផ្កាឈូករ័ត្នបង្ហាញថាការបង្កាត់បានផ្លាស់ប្តូរមាតិកាហ្សែននិងភាពធន់នឹងជំងឺ។ រុក្ខជាតិណាត។ ឆ្នាំ 2019;5(1):54-62។ doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al ។ Pan-Genome នៃព្រៃ និងសណ្តែកបណ្តុះ។ ក្រឡា។ 2020;182(1):162-176.e13. doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al ។ ការវិភាគហ្សែននៃហ្សែនចំនួន 33 នៃប្រភេទស្រូវចម្រុះបង្ហាញពីការប្រែប្រួលហ្សែនដែលលាក់កំបាំង [បោះពុម្ពលើអ៊ីនធឺណិតមុនការបោះពុម្ពឆ្នាំ 2021 ថ្ងៃទី 25 ខែឧសភា]។ ក្រឡា។ 2021;S0092-8674(21)00581-X។ doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al ។ barley pan-genome បង្ហាញពីកេរដំណែលលាក់កំបាំងនៃការបង្កាត់ពូជ។ ធម្មជាតិ។ 2020; 588(7837): 284-289។ doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al ។ ហ្សែនស្រូវសាលីជាច្រើនបង្ហាញពីការប្រែប្រួលជាសកលក្នុងការបង្កាត់ពូជទំនើប។ ធម្មជាតិ។ 2020; 588(7837): 277-283។ doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al ។ បំរែបំរួលយ៉ាងទូលំទូលាយនៅក្នុងហ្សែន pan-genome នៃ sorghum ដាំដុះ និងព្រៃ [បានបោះពុម្ពផ្សាយតាមអ៊ីនធឺណិតមុនការបោះពុម្ពឆ្នាំ 2021 ថ្ងៃទី 20 ខែឧសភា]។ រុក្ខជាតិណាត។ 2021;10.1038 / s41477-021-00925-x ។ doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al ។ Phytoplankton pangenome បង្ហាញពីការផ្ទេរហ្សែនផ្ដេក prokaryotic យ៉ាងទូលំទូលាយនៃមុខងារចម្រុះ។ Sci Adv. ឆ្នាំ 2020; 6(18): eaba0111។ ចេញផ្សាយ ថ្ងៃទី 29 ខែមេសា ឆ្នាំ 2020។ doi:10.1126/sciadv.aba0111
ពេលវេលាផ្សាយ៖ មករា-០៤-២០២២