ហ្សែនមនុស្ស
ហ្សែនធម្មជាតិ
លំដាប់លំដោយអានវែងកំណត់ការពង្រីក GGC ម្តងទៀតនៅក្នុង NOTCH2NLC ដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងជំងឺដាក់បញ្ចូលក្នុងប្រព័ន្ធសរសៃប្រសាទ
ONT បន្តបន្ទាប់គ្នា | អ៊ីលីណា | លំដាប់ exome ទាំងមូល | CRISPR-Cas9 ONT ការកំណត់គោលដៅ | RNA-seq | ONT 5mC ការហៅ methylation
រំលេច
1. តាមការវិភាគតំណភ្ជាប់លើគ្រួសារ NIID ដ៏ធំមួយ តំបន់ដែលជាប់ទាក់ទងគ្នាពីរត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ។
2.ONT-based long-read sequencing and Cas-9 mediated enrichment លំដាប់ ONT បានរកឃើញមូលហេតុហ្សែនសក្តានុពលនៃ NIID, GGC ការពង្រីកម្តងទៀតនៅក្នុង 5′ UTR នៃ NOTCH2NLC ។ ការសិក្សានេះបានរាយការណ៍ពីការពង្រីកឡើងវិញនៅក្នុងហ្សែនជាក់លាក់របស់មនុស្សជាលើកដំបូងដែលវិវត្តន៍តាមរយៈការចម្លងតាមផ្នែក។
3.RNA sequencing បង្ហាញប្រតិចារិក antisense មិនធម្មតានៅដើមដំបូង ឬនៅក្នុងតំបន់ពង្រីក GGC ម្តងទៀតក្នុង NOTCH2NLC ។
ផ្ទៃខាងក្រោយ
Nជម្ងឺការដាក់បញ្ចូលក្នុងប្រព័ន្ធនុយក្លេអ៊ែរអឺរ៉ូ (NIID) គឺជាជំងឺប្រព័ន្ធប្រសាទដែលរីកចម្រើន និងធ្ងន់ធ្ងរ ដែលត្រូវបានកំណត់ដោយវត្តមានរបស់ eosinophilic hyaline intranuclear រួមបញ្ចូលនៅក្នុងប្រព័ន្ធសរសៃប្រសាទកណ្តាល និងគ្រឿងកុំព្យូទ័រ។ ការបង្ហាញគ្លីនិកអថេរខ្ពស់របស់វាបង្កើនការលំបាកយ៉ាងខ្លាំងក្នុងការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យរហូតដល់ការណែនាំនៃការធ្វើកោសល្យវិច័យស្បែក។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ វិធីសាស្ត្រដែលមានមូលដ្ឋានលើ histopathology នៅតែទទួលរងពីការធ្វើរោគវិនិច្ឆ័យខុស ដែលកំពុងទាមទារឱ្យមានការយល់ដឹងអំពីហ្សែននៃ NIID ។
សមិទ្ធិផល
ការវិភាគតំណ
Sការអានលំដាប់លំដោយផ្អែកលើហ្សែនទាំងមូល (WGS) និងលំដាប់ exome ទាំងមូល (WES) ត្រូវបានអនុវត្តនៅលើគ្រួសារ NIID ដ៏ធំមួយ (សមាជិក 13 នាក់ដែលរងផលប៉ះពាល់ និង 7 សមាជិកដែលមិនរងផលប៉ះពាល់) ។ ការវិភាគតំណភ្ជាប់នៅលើ SNPs ដែលស្រង់ចេញពីទិន្នន័យទាំងនេះបានបង្ហាញឱ្យឃើញតែតំបន់តភ្ជាប់ពីរប៉ុណ្ណោះ៖ តំបន់ 3.5 Mb នៅ 1p36.31-p36.22 (អតិបរមា LOD=2.32) និងតំបន់ 58.1 Mb នៅ 1p22.1-q21.3 (អតិបរមា LOD: 4.21 ) ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ គ្មាន SNPs ឬ CNVs បង្កជំងឺត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណនៅក្នុងតំបន់ដែលភ្ជាប់ទាំងនេះទេ។
GGC ការពង្រីកម្តងទៀតនៅក្នុង NOTCH2NLC
Nលំដាប់ដែលមានមូលដ្ឋានលើ anopore ត្រូវបានដំណើរការលើសមាជិកដែលរងផលប៉ះពាល់ចំនួន 13 នាក់ និងសមាជិកដែលមិនរងផលប៉ះពាល់ចំនួន 4 នាក់មកពី 8 គ្រួសារ (សមាជិកដែលរងផលប៉ះពាល់ផ្សេងទៀតត្រូវបានបន្តដោយ Pacbio long read sequencing platform ។) ទិន្នន័យដែលបានអានយូរបានបង្ហាញពីជំងឺដែលទាក់ទងនឹងការពង្រីកឡើងវិញនៃ GGC នៅក្នុង 5′ UTR នៃផែនទីហ្សែន NOTCH2NLC ទៅ 58.1 Mb តំបន់ដែលបានភ្ជាប់ (រូបភាពទី 1) ។ ការពង្រីកម្តងទៀតទាំងនេះក៏ត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណផងដែរនៅក្នុងករណី NIID ទាំង 40 ដែលត្រូវបានធ្វើតេស្តដោយ RP-PCR ។
Cas-9 ការកំណត់គោលដៅសម្រុះសម្រួលនៅលើវេទិកា nanopore ត្រូវបានគេប្រើប្រាស់ដើម្បីសម្រេចបាននូវការអានកាន់តែខ្ពស់នៅលើ NOTCH2NLC ម្តងទៀត (100 X-1,795 X) ។ លំដាប់នៃការយល់ស្របទាំងនេះបានយល់ស្របយ៉ាងល្អជាមួយនឹងការរកឃើញពីមុនលើការពង្រីកម្តងទៀតរបស់ GGC ។ ជាងនេះទៅទៀត {(GGA)n (GGC)n}n ដដែលៗត្រូវបានគេកំណត់ថាជាសញ្ញាសម្គាល់ហ្សែនដ៏មានសក្តានុពលសម្រាប់ phenotype ដែលលេចធ្លោ (រូបភាពទី 2)។
រូបភាពទី 1. ជំងឺដែលជាប់ទាក់ទងនឹងការពង្រីកឡើងវិញដែលបានកំណត់នៅលើ exon 1 នៃ NOTCH2NLC isoforms ។
រូបភាពទី 2. លំដាប់នៃការយល់ស្របនៃ NPTCH2NLC កើតឡើងម្តងទៀតចំពោះអ្នកជំងឺ NIID ដែលមាន (*) ឬគ្មាន phenotype លេចធ្លោ
Nហ្សែន OTCH2NL គឺជាហ្សែនជាក់លាក់របស់មនុស្ស ដែលត្រូវបានគេជឿថាដើរតួនាទីយ៉ាងសំខាន់ក្នុងការវិវត្តន៍ខួរក្បាលរបស់មនុស្ស និងជំងឺសរសៃប្រសាទ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ហ្សែនដែលទាក់ទង NOTCH2 ចំនួនបី (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB និង NOTCH2NLC) ដែលមានអត្តសញ្ញាណលំដាប់ > 99.1% មិនត្រូវបានដោះស្រាយរហូតដល់ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនមនុស្សចុងក្រោយបង្អស់។ ការសំយោគដោយគ្មានការសំយោគ និងអានជាលំដាប់នៅលើវេទិកា nanopore បានបង្ហាញពីគុណសម្បត្តិគួរឱ្យកត់សម្គាល់ក្នុងការដោះស្រាយតំបន់នៃភាពស្រដៀងគ្នាខ្ពស់ និង (GGC)n ធ្វើម្តងទៀតជាមួយនឹង 100% GC-rich ។
GGC ការពង្រីកម្តងទៀតនៅក្នុង NOTCH2NLC
Tលំដាប់ ranscriptome ត្រូវបានដំណើរការលើសមាជិក 2 នាក់ដែលរងផលប៉ះពាល់ និង 2 សមាជិកដែលមិនរងផលប៉ះពាល់។ ជម្រៅនៃការអានធម្មតាត្រូវបានគណនាតាមន័យ និង antisense strands នៅផ្នែកខាងលើនៃ exons ដំបូងនៃ NOTCH2NL paralogs ។ ប្រតិចារិកប្រឆាំងនឹងអារម្មណ៍មិនធម្មតាត្រូវបានរកឃើញតែនៅក្នុងករណីដែលរងផលប៉ះពាល់ដែលអង្គុយនៅដើមដំបូង ឬនៅខាងក្នុងតំបន់ពង្រីកម្តងទៀត (កំពូលពណ៌ស្វាយនៅក្នុង F1-14 និង F1-16 នៅក្នុងរូបភាពទី 3)។ លើសពីនេះទៀត 54 DEGs ត្រូវបានគេកំណត់អត្តសញ្ញាណ ហើយទាំងអស់ត្រូវបានពង្រឹងនៅក្នុងលក្ខខណ្ឌ GO និង MPO ដែលទាក់ទងនឹងមុខងារសរសៃប្រសាទ។
រូបភាពទី 3. ជម្រៅអានធម្មតានៅលើចរន្តនៃ exon ដំបូងនៃ NOTCH2NLC នៅក្នុងករណីដែលមិនប៉ះពាល់ (ខាងលើ) និងករណីដែលរងផលប៉ះពាល់ (ខាងក្រោម)។
បច្ចេកវិទ្យា
បច្ចេកវិទ្យា Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Nanopore sequencing សម្គាល់ខ្លួនវាពីវេទិកាលំដាប់ផ្សេងទៀត ដែលក្នុងនោះ nucleotides ត្រូវបានអានដោយផ្ទាល់ដោយគ្មានដំណើរការសំយោគ DNA ។ នៅពេលដែល DNA ខ្សែតែមួយឆ្លងកាត់រន្ធប្រូតេអ៊ីនទំហំណាណូ (nanopore) នុយក្លេអូទីតផ្សេងគ្នាបង្កើតចរន្តអ៊ីយ៉ុងខុសៗគ្នា ដែលអាចចាប់យក និងផ្ទេរទៅជាលំដាប់នៃមូលដ្ឋាន។ វេទិកាលំដាប់ ONT ខ្លួនវាមិនបង្ហាញដែនកំណត់បច្ចេកទេសជាក់ស្តែងលើរយៈពេលនៃការអាន DNA ទេ។ ដូច្នេះ ការអានជ្រុលវែង (ULRs) អាចរកបានសម្រាប់ការផ្គុំហ្សែនដែលមានគុណភាពខ្ពស់។ ជាងនេះទៅទៀត ការអានដ៏វែងឆ្ងាយទាំងនេះ ដែលវែងល្មមអាចឆ្លងកាត់លក្ខណៈពិសេសលំដាប់ស្មុគស្មាញ ឬការប្រែប្រួលរចនាសម្ព័ន្ធ ជួយយកឈ្នះលើដែនកំណត់នៃការអានលំដាប់លំដោយខ្លីនៅទីនេះ។
លំដាប់ណាណូប៉ូ
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណបំរែបំរួលរចនាសម្ព័ន្ធ (SV)
Sការធ្វើសំយោគដោយគ្មានការសំយោគព័ត៌មានមេទីល DNA ដែលបានរក្សាទុកយ៉ាងច្រើននៅលើគំរូ។ មេទីល A, T, C និង G បង្កើតចរន្តអ៊ីយ៉ុងដាច់ដោយឡែកពីវត្ថុដែលគ្មានមេទីល ដែលអាចត្រូវបានអានដោយផ្ទាល់ដោយវេទិកា។ Nanopore sequencing ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតទម្រង់ហ្សែនទាំងមូលនៃទាំង 5mC និង 6mA នៅដំណោះស្រាយនុយក្លេអូទីតតែមួយ។
ឯកសារយោង
Jun Sone, et ។ អាល់ លំដាប់លំដោយអានវែងកំណត់ការពង្រីកម្តងទៀតរបស់ GGC នៅក្នុង NOTCH2NLC ដែលត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងជំងឺដាក់បញ្ចូលក្នុងប្រព័ន្ធសរសៃប្រសាទ។ ហ្សែនធម្មជាតិ (2019)
បច្ចេកវិជ្ជា និងចំណុចសំខាន់ៗ មានគោលបំណងចែករំលែកកម្មវិធីដែលទទួលបានជោគជ័យថ្មីៗបំផុតនៃបច្ចេកវិជ្ជាតម្រៀបតាមលំដាប់លំដោយខ្ពស់ផ្សេងៗគ្នានៅក្នុងសង្វៀនស្រាវជ្រាវផ្សេងៗ ក៏ដូចជាគំនិតល្អៗក្នុងការរចនាពិសោធន៍ និងការរុករកទិន្នន័យ។
ពេលវេលាផ្សាយ៖ មករា-០៦-២០២២