TRUEMENING TONEOME
ការត្រួតពិនិត្យភាពទូទៅរបស់ SARS-Cov-2 មិនមានបំរែបំរែបំរែបំរែបំរែបំរាស់ NSP1 ដែលបង្ហាញពីប្រភេទការឆ្លើយតបដែលរំខាន
ណាណូប៉ូឡូ | លីលីណា | ការគិតឡើងវិញយ៉ាងខ្លាំងបំផុត | ក្រុមហ៊ុន Meetagenomics | RNA-SEQ | របមុល
បច្ចេកវិទ្យាជីវឧស្ម័នបានផ្តល់ការគាំទ្រផ្នែកបច្ចេកទេសលើលំដាប់គំរូនៃការសិក្សានេះ។
គំនួសពណ៌
លំដាប់ទី 1 នៃ Genome-2 និងការវិភាគ Phylngetic កំណត់ការផ្លាស់ប្តូរការផ្លាស់ប្តូរចរន្តឡើងវិញចំនួន 35 រួមមាន 31 SNPS និង 4 លានដុល្លារ។
2- ការធ្វើបទពិសោធជាមួយ Phenotypes គ្លីនិកចំនួន 117 បង្ហាញពីសក្តានុពល
ការផ្លាស់ប្តូរសំខាន់សំខាន់ៗ។
δ500-532ក្នុងតំបន់កូដ NSP1 ទាក់ទងនឹងជំងឺមហារីកទាប
3. ផ្ទុកនិងសេរ៉ូម iFN-β។
4.virol ឯកញីដែលមានភាពឯកោជាមួយនឹងការផ្លាស់ប្តូរការផ្លាស់ប្តូរδ500-532ទាបជាង IFN-i
ការឆ្លើយតបនៅក្នុងកោសិកាដែលមានមេរោគ។
ការរចនាពិសោធន៍
សមិទ្ធិផល
1 ។ CovID-19 ការឃ្លាំមើលរោគរាតត្បាតនិងហ្សែនហ្សែន
ទិន្នន័យគ្លីនិកត្រូវបានប្រមូលនៅខេត្តស៊ីឈួនប្រទេសចិនឆ្លងកាត់ការផ្ទុះឡើងចាប់ពីថ្ងៃទី 22 ខែមករាឆ្នាំ 2020 ដល់ថ្ងៃទី 20 ខែកុម្ភៈឆ្នាំ 2020 ។ ដើមទុន។ ករណីដែលបានបញ្ជាក់នៅស៊ីឈួនបានកើនឡើងយ៉ាងខ្លាំងដោយឡើងដល់ថ្ងៃទី 30 ខែមករា។ ដូចគ្នានេះផងដែរទិន្នន័យបានគាំទ្រថាការឃ្លាតឆ្ងាយក្នុងសង្គមអាចជាកត្តាសំខាន់ក្នុងការការពារការរីករាលដាលមេរោគ។
រូបភាពទី 1 ការសិក្សាអំពីរោគរាតត្បាតរបស់ Covid-19 នៅខេត្តស៊ីឈួនប្រទេសចិន
2 សំណង់សំណង់និងអត្តសញ្ញាណវ៉ារ្យ៉ង់ SARS-2
ជាមួយនឹងការពូល Plimx PCrc អមដោយ Nanopore បានបន្ត, សរុប 310 ជិត - ឬផ្នែកខ្លះ - jumeomes ពេញលេញពីអ្នកជំងឺ 248 នាក់ត្រូវបានបង្កើតឡើងដោយប្រហាក់ប្រហែល។ 80% នៃចៃដន្យដែលគ្របដណ្ដប់ដោយ 10 អាន (ជម្រៅមធ្យម: 0.39 ម៉ែត្រអានក្នុងគំរូមួយ) ។
រូបភាពទី 2 ភាពញឹកញាប់នៃវ៉ារ្យ៉ង់នីមួយៗនៅក្នុងស៊ីឈួនខូខូ
SNP សរុបចំនួន 104 SNPS និងស្ត្រីចំនួន 18 រូបត្រូវបានកំណត់អត្តសញ្ញាណពីហ្សែន SARS-Cov-2 ដែលក្នុងនោះ 31 SNPS និង 4 សម្តេចដៃត្រូវបានគេស្គាល់ថាជាវ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗ។ ដោយប្រៀបធៀបវាដោយមានសំណាកចំនួន 169 ពីវ៉ូហាននិងមានលំដាប់ថ្នាក់អតិបរមាចំនួន 81.391 ដែលមានគុណភាពខ្ពស់នៅ Gisaid មានចំនួន 29 ក្នុងចំណោម 35 នៃ 35 នៃ 35 នៃ 35 Verts បានរកឃើញនៅទ្វីបផ្សេងទៀត។ គួរកត់សម្គាល់ថាវ៉ារ្យ៉ង់បួនប្រភេទរួមមានδ500-532 Z18108AT, δ729-737និង T13243C ត្រូវបានរកឃើញតែនៅស៊ីឈួននិង Wuhan និងអវត្តមាននៅក្នុងទិន្នន័យរបស់ Gisaid ដែលបង្ហាញថាវ៉ារ្យ៉ង់ទាំងនេះទំនងជាត្រូវបានគេគិតថាមិនមាន កំណត់ត្រាធ្វើដំណើររបស់អ្នកជំងឺ។
ការវិភាគវិវត្តជាមួយនឹងវិធីសាស្រ្តនៃការវិវត្ត (MOLE) អតិបរមានិងវិធីសាស្រ្តម៉ូលេគុល Bayesian ត្រូវបានដំណើរការលើវីរុសថ្មីចំនួន 88 Sfrom Sichuan និង 250 Genomes បានព្យាបាលពីតំបន់ផ្សេងទៀត។ ហ្សែនដែលមានδ500-532 (ការលុបក្នុងតំបន់កូដ NSP1) ត្រូវបានរកឃើញត្រូវបានគេរាយការណ៍ថាបានចែកចាយនៅស្រាល ៗ នៅក្នុងមែកធាង phylogenetic ។ ការវិភាគរបស់ Haplotype លើវ៉ារ្យ៉ង់របស់ NSP1 បានកំណត់អត្តសញ្ញាណចំនួន 5 ក្នុងចំណោមពួកគេមកពីទីក្រុងជាច្រើន។ លទ្ធផលទាំងនេះបានបង្ហាញថាδ500-532បានកើតឡើងនៅតាមទីក្រុងជាច្រើនហើយអាចត្រូវបាននាំចូលច្រើនដងពី Wuhan ។
រូបភាពទី 2 វ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗនិងការវិភាគ phylogenetic ក្នុងហ្សែនអេសអេស -2 -2
3 ។ សមាគមវ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗដែលមានផលប៉ះពាល់គ្លីនិក
Pherotypes គ្លីនិកត្រូវបានផ្សារភ្ជាប់ជាមួយនឹងភាពធ្ងន់ធ្ងររបស់ CoviD-19 ដែល Phenotypes ដែលទាក់ទងនឹង 19 ត្រូវបានចាត់ថ្នាក់ទៅជាលក្ខណៈធ្ងន់ធ្ងរនិងមិនធ្ងន់ធ្ងរ។ ទំនាក់ទំនងរវាងចរិតទាំងនេះនិងវ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនចំនួន 35 បានធ្វើឱ្យមានភាពវៃឆ្លាតក្នុងការតំរែតំរង់ឧបករណ៍កំដៅ។ ការវិភាគដែលមានចំណាត់ថ្នាក់ដូច GSEA ដែលបានចាត់ចំណាត់ថ្នាក់ដែលបានបង្ហាញថាδ500-532មានទំនាក់ទំនងគ្នាយ៉ាងអវិជ្ជមានជាមួយ ESR, Serum Ife, IFCD3 + កោសិកា CD8 + T រាប់នៅក្នុងឈាម។ លើសពីនេះទៅទៀតការធ្វើតេស្ត QPCR បានបង្ហាញថាអ្នកជំងឺដែលឆ្លងវីរុសδ500-532មានតម្លៃ CT ខ្ពស់បំផុតពោលគឺបន្ទុកមេរោគទាបបំផុត។
រូបភាពទី 3 ការផ្សារភ្ជាប់គ្នានៃវ៉ារ្យ៉ង់ហ្សែនដែលកើតឡើងដដែលៗជាមួយនឹងរោគសាស្ត្រគ្លីនិក
4 ។ សុពលភាពស្តីពីការផ្លាស់ប្តូរមេរោគ Phenotypes គ្លីនិក
ដើម្បីយល់ពីផលប៉ះពាល់នៃδ500-532លើមុខងាររបស់ NSP1 កោសិកា Hek239t ត្រូវបានបញ្ជូនដោយប្រើប្លាស្មាបង្ហាញប្រវែងពេញ WT NSP1 និងទម្រង់ដាច់ដោយឡែកជាមួយនឹងការលុប។ ទម្រង់ប្រតិចារិកនៃកោសិកា Hek239t ដែលបានព្យាបាលនីមួយៗត្រូវបានដំណើរការសម្រាប់ការវិភាគ PCA ដោយបង្ហាញថាការផ្លាស់ប្តូរការផ្លាស់ប្តូរការផ្លាស់ប្តូរកាន់តែខិតជិតហើយគឺខុសគ្នាឆ្ងាយពី WT NSP1 ។ ហ្សែនដែលត្រូវបានកំណត់យ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងការផ្លាស់ប្តូរនេះត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរឡើងនៅក្នុងដំណើរការ "Peptore BioSynthiost", "ជីវឧស្ម័នស្មុគស្មាញ", "។
រូបភាពទី 4 ។ ការវិភាគប្រតិចារិកនៅលើកោសិកា Hek239t បានផ្ទេរដោយ WT NSP1 ហើយថាការលុប
ផលប៉ះពាល់នៃការលុបនៅលើការឆ្លើយតប IFN-1 ក៏ត្រូវបានសាកល្បងនៅក្នុងការសិក្សាអំពីការសិក្សាហួសកំរិតផងដែរ។ ការច្រានចោលដែលបានសាកល្បងទាំងអស់ត្រូវបានបង្ហាញដើម្បីកាត់បន្ថយការកើនឡើង IFN-1 ដែលបានផ្ទេរកោសិកា Hek239t និង A549 ទាំងកម្រិតប្រតិកម្មប្រតិចារឹកនិងកម្រិតប្រូតេអ៊ីន។ អ្វីដែលគួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍នោះគឺហ្សែនដែលមានកំណត់យ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងការលុប "ការឆ្លើយតបរបស់មេធាវីការពារក្តី" ចំពោះវីរុស "" "បទបញ្ជារបស់ហ្សែនវីរុស" "បទបញ្ជានៃការចម្លងដោយអក្សរប៉ូលីលិន II" និង "ឆ្លើយតបនឹងប្រភេទខ្ញុំបានធ្វើឱ្យទាន់សម័យ" ។
រូបភាពទី 5 បទប្បញ្ញត្តិធ្លាក់ចុះនៃផ្លូវដែលមានសញ្ញាδ500-532 Mutant
នៅក្នុងការសិក្សានេះផលប៉ះពាល់នៃការលុបទាំងនេះលើវីរុសត្រូវបានបញ្ជាក់បន្ថែមដោយការសិក្សាការឆ្លងមេរោគវីរុស។ វីរុសដែលមានការបះបោរមួយចំនួនត្រូវបានដាច់ឆ្ងាយពីគំរូគ្លីនិកហើយឆ្លងមេរោគកោសិកា Calu-3 ។ លទ្ធផលលម្អិតស្តីពីការសិក្សាការឆ្លងមេរោគវីរុសអាចត្រូវបានអាននៅក្នុងក្រដាស។
ដូយៈ10.1016 / j.chom.2021.01.01.015
ឯកសារយោង
លីន j, តាំងស៊ី, យាយហ, et al ។ ការត្រួតពិនិត្យហ្សែន -22 មិនមានវ៉ារ្យ៉ង់ដែលបានលុប NSP1 ដែលបង្ហាញពីប្រភេទដែលខ្ញុំបានចូលមើលការឆ្លើយតបបានធ្វើឱ្យឃើញការឆ្លើយតប [J] ។ ម៉ាស៊ីនត្រជាក់និងមីស៊ីលឆ្នាំ 2021 ។
ព័ត៌មាននិងគំនួសពណ៌ មានគោលបំណងចែករំលែកករណីជោគជ័យចុងក្រោយបំផុតជាមួយបច្ចេកវិទ្យាជីវឧស្ម័នចាប់យកសមិទ្ធិផលវិទ្យាសាស្ត្រប្រលោមលោកក៏ដូចជាបច្ចេកទេសលេចធ្លោដែលបានអនុវត្តក្នុងកំឡុងពេលសិក្សា។
ពេលវេលាក្រោយ: មករា - 06-2022