សន្និបាតហ្សែនផ្អែកលើ Hi-C
Hi-C គឺជាវិធីសាស្រ្តដែលត្រូវបានរចនាឡើងដើម្បីចាប់យកការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធក្រូម៉ូសូមដោយរួមបញ្ចូលគ្នានូវអន្តរកម្មដែលមានមូលដ្ឋានលើ probing និងលំដាប់ឆ្លងកាត់កម្រិតខ្ពស់។ អាំងតង់ស៊ីតេនៃអន្តរកម្មទាំងនេះត្រូវបានគេជឿថាមានទំនាក់ទំនងអវិជ្ជមានជាមួយនឹងចម្ងាយរាងកាយនៅលើក្រូម៉ូសូម។ ដូច្នេះ ទិន្នន័យ Hi-C ត្រូវបានប្រើដើម្បីណែនាំការចង្កោម លំដាប់ និងការតំរង់ទិសនៃលំដាប់ដែលបានជួបប្រជុំគ្នានៅក្នុងហ្សែនពង្រាងមួយ ហើយបោះយុថ្កាវាទៅលើចំនួនជាក់លាក់នៃក្រូម៉ូសូម។ បច្ចេកវិទ្យានេះផ្តល់អំណាចដល់ការប្រមូលផ្តុំហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូម ក្នុងករណីដែលគ្មានផែនទីហ្សែនផ្អែកលើចំនួនប្រជាជន។ រាល់ហ្សែននីមួយៗត្រូវការ Hi-C ។
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● តម្រៀបនៅលើ Illumina NovaSeq ជាមួយ PE150។
● សេវាកម្មទាមទារសំណាកជាលិកាជំនួសឱ្យអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីកដែលបានស្រង់ចេញ ដើម្បីភ្ជាប់ទំនាក់ទំនងជាមួយសារធាតុ formaldehyde និងរក្សាទុកអន្តរកម្ម DNA-ប្រូតេអ៊ីន។
● ការពិសោធន៍ Hi-C ពាក់ព័ន្ធនឹងការរឹតបន្តឹង និងការជួសជុលចុងស្អិតជាមួយនឹង biotin អមដោយការបង្វែរការបញ្ចប់ដោយលទ្ធផល ខណៈពេលដែលរក្សាអន្តរកម្ម។ បន្ទាប់មក DNA ត្រូវបានទាញចុះក្រោមជាមួយនឹងអង្កាំ streptavidin និងបន្សុតសម្រាប់ការរៀបចំបណ្ណាល័យជាបន្តបន្ទាប់។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
ទិដ្ឋភាពទូទៅនៃ Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al ។ ,វិទ្យាសាស្ត្រឆ្នាំ ២០០៩)
●ការលុបបំបាត់តម្រូវការសម្រាប់ទិន្នន័យចំនួនប្រជាជនហ្សែន៖Hi-C ជំនួសព័ត៌មានសំខាន់ៗដែលត្រូវការសម្រាប់ការបោះយុថ្កា contig ។
●ដង់ស៊ីតេខ្ពស់៖នាំឱ្យសមាមាត្រយុថ្កា contig ខ្ពស់លើសពី 90% ។
●កំណត់ត្រាជំនាញ និងការបោះពុម្ពផ្សាយយ៉ាងទូលំទូលាយ៖BMKGene មានបទពិសោធន៍យ៉ាងច្រើនជាមួយនឹងករណី Hi-C Genome Assembly ច្រើនជាង 2000 ពីប្រភេទផ្សេងៗគ្នា 1000 និងប៉ាតង់ផ្សេងៗ។ ករណីដែលបានបោះពុម្ពផ្សាយជាង 200 មានកត្តាផលប៉ះពាល់លើស 2000 ។
●ក្រុមជីវព័ត៌មានវិទ្យាដែលមានជំនាញខ្ពស់៖ជាមួយនឹងប៉ាតង់ក្នុងស្រុក និងការរក្សាសិទ្ធិផ្នែកទន់សម្រាប់ការពិសោធន៍ Hi-C និងការវិភាគទិន្នន័យ កម្មវិធីទិន្នន័យដែលមើលឃើញដែលបង្កើតដោយខ្លួនឯងអាចឱ្យការផ្លាស់ទីប្លុកដោយដៃ បញ្ច្រាស ដកហូត និងធ្វើឡើងវិញ។
●ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងពង្រីកលើសពីការបញ្ចប់គម្រោង ជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
●ចំណារពន្យល់ទូលំទូលាយ៖ យើងប្រើមូលដ្ឋានទិន្នន័យច្រើន ដើម្បីកត់ចំណាំមុខងារហ្សែនជាមួយនឹងការប្រែប្រួលដែលបានកំណត់អត្តសញ្ញាណ និងអនុវត្តការវិភាគការពង្រឹងដែលត្រូវគ្នា ដោយផ្តល់នូវការយល់ដឹងអំពីគម្រោងស្រាវជ្រាវជាច្រើន។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| ការរៀបចំបណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប | ទិន្នផលទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| បណ្ណាល័យ Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
តម្រូវការគំរូ
| ជាលិកា | ចំនួនទឹកប្រាក់ដែលត្រូវការ |
| វីស៊ីរ៉ាសត្វ | ≥ 2 ក្រាម។ |
| សាច់ដុំសត្វ | |
| ឈាមថនិកសត្វ | ≥ 2 មីលីលីត្រ |
| បសុបក្សី/ឈាមត្រី | |
| រុក្ខជាតិ - ស្លឹកស្រស់ | ≥ 3 ក្រាម។ |
| កោសិកាវប្បធម៌ | ≥ 1x107 |
| សត្វល្អិត | ≥ 2 ក្រាម។ |
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការរចនាពិសោធន៍
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
1) ទិន្នន័យ QC
2) បណ្ណាល័យ Hi-C QC: ការប៉ាន់ស្មាននៃអន្តរកម្ម Hi-C ត្រឹមត្រូវ។
3) ការជួបប្រជុំគ្នា Hi-C៖ ការដាក់ចង្កោមនៃ contigs ជាក្រុម បន្តដោយលំដាប់ contig នៅក្នុងក្រុមនីមួយៗ និងកំណត់ទិសដៅ contig
4) ការវាយតម្លៃ Hi-C
Hi-C Library QC - ការប៉ាន់ស្មាននៃគូអន្តរកម្មត្រឹមត្រូវ Hi-C
Hi-C Assembly - ស្ថិតិ
ការវាយតម្លៃក្រោយការជួបប្រជុំគ្នា - ផែនទីកំដៅនៃអាំងតង់ស៊ីតេសញ្ញារវាងធុងសំរាម
ស្វែងរកភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មដំឡើង Hi-C របស់ BMKGene តាមរយៈបណ្តុំនៃការបោះពុម្ពដែលបានរៀបចំ។
Tian, T. et al ។ (2023) 'ការប្រមូលផ្តុំហ្សែន និងការបែងចែកហ្សែននៃពូជពោតដែលធន់នឹងគ្រោះរាំងស្ងួតដ៏លេចធ្លោ', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ទំព័រ 496–506។ doi: 10.1038/s41588-023-01297-y ។
Wang, ZL et al ។ (ឆ្នាំ 2020) 'ការជួបប្រជុំខ្នាតក្រូម៉ូសូមនៃពូជឃ្មុំអាស៊ី Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX។
លោក Zhang, F. et al ។ (2023) 'ការលាតត្រដាងការវិវត្តនៃជីវសំយោគអាល់កាឡូអ៊ីតត្រូពិន ដោយការវិភាគហ្សែនពីរនៅក្នុងគ្រួសារ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ទំព័រ 1–18។ doi: 10.1038/s41467-023-37133-4 ។
Zhang, X. et al ។ (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp ផ្តល់ការយល់ដឹងអំពី Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), ទំព័រ 875-889.e17។ doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
