សន្និបាតហ្សែនផ្សិត De novo
BMKGENE ផ្តល់នូវដំណោះស្រាយច្រើនយ៉ាងសម្រាប់ហ្សែនផ្សិត ដែលបំពេញតម្រូវការស្រាវជ្រាវចម្រុះ និងភាពពេញលេញនៃហ្សែនដែលចង់បាន។ ការប្រើប្រាស់លំដាប់ Illumina អានខ្លីតែម្នាក់ឯងអនុញ្ញាតឱ្យបង្កើតហ្សែនពង្រាង។ ការអានខ្លីៗ និងអានបន្តបន្ទាប់គ្នាយូរដោយប្រើ Nanopore ឬ Pacbio ត្រូវបានផ្សំសម្រាប់ហ្សែនផ្សិតដែលចម្រាញ់ជាងមុន ជាមួយនឹងទំនាក់ទំនងយូរជាងនេះ។ ជាងនេះទៅទៀត ការរួមបញ្ចូលលំដាប់ Hi-C ពង្រឹងសមត្ថភាពបន្ថែមទៀត ដោយអនុញ្ញាតឱ្យសម្រេចបាននូវហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូមពេញលេញ។
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
ជាមួយនឹងជម្រើសបីដែលអាចជ្រើសរើសបាន អាស្រ័យលើកម្រិតដែលចង់បាននៃភាពពេញលេញនៃហ្សែន៖
● Draft Genome Option៖ លំដាប់លំដោយខ្លីជាមួយ Illumina NovaSeq PE150។
● ជម្រើសហ្សែនដ៏ល្អរបស់ផ្សិត៖
ការស្ទាបស្ទង់ហ្សែន៖ Illumina NovaSeq PE150 ។
Genome Assembly៖ PacBio Revio (HiFi អាន) ឬ Nanopore PromethION 48 ។
● ហ្សែនផ្សិតកម្រិតក្រូម៉ូសូម៖
ការស្ទាបស្ទង់ហ្សែន៖ Illumina NovaSeq PE150 ។
Genome Assembly៖ PacBio Revio (HiFi អាន) ឬ Nanopore PromethION 48 ។
Contig យុថ្កាជាមួយនឹងការជួបប្រជុំគ្នា Hi-C ។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●យុទ្ធសាស្ត្របន្តបន្ទាប់គ្នាច្រើនដែលអាចប្រើបាន៖ សម្រាប់គោលដៅស្រាវជ្រាវផ្សេងៗគ្នា និងតម្រូវការនៃភាពពេញលេញនៃហ្សែន
●ដំណើរការការងារជីវព័ត៌មានវិទ្យាពេញលេញ៖នេះរួមបញ្ចូលទាំងការផ្គុំហ្សែន និងការព្យាករណ៍នៃធាតុហ្សែនជាច្រើន ចំណារពន្យល់អំពីហ្សែនមុខងារ និងការដាក់យុថ្កាជាប់គ្នា។
●ជំនាញទូលំទូលាយ៖ ជាមួយនឹងការប្រមូលផ្តុំអតិសុខុមប្រាណជាង 12,000 ហ្សែន យើងនាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាងមួយទសវត្សរ៍ ក្រុមវិភាគដែលមានជំនាញខ្ពស់ ខ្លឹមសារដ៏ទូលំទូលាយ និងការគាំទ្រក្រោយការលក់ដ៏ល្អ។
●ការគាំទ្រក្រោយការលក់៖ការប្តេជ្ញាចិត្តរបស់យើងពង្រីកលើសពីការបញ្ចប់គម្រោង ជាមួយនឹងរយៈពេលសេវាកម្មក្រោយការលក់រយៈពេល 3 ខែ។ ក្នុងអំឡុងពេលនេះ យើងផ្តល់ជូននូវការតាមដានគម្រោង ជំនួយដោះស្រាយបញ្ហា និងវគ្គ Q&A ដើម្បីដោះស្រាយរាល់សំណួរដែលទាក់ទងនឹងលទ្ធផល។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| សេវាកម្ម | យុទ្ធសាស្រ្តលំដាប់ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| ពង្រាងហ្សែន | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| ហ្សែនល្អ | ការស្ទង់មតិហ្សែន៖ Illumina PE150 50 x ការជួបប្រជុំគ្នា៖ PacBio HiFi 30x ឬ Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (ផ្សេងទៀត) |
| ហ្សែនកម្រិតក្រូម៉ូសូម | ការស្ទង់មតិហ្សែន៖ Illumina PE150 50 x ការជួបប្រជុំគ្នា៖ PacBio HiFi 30x ឬ Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | សមាមាត្រយុថ្កាជាប់គ្នា> 90%
|
តម្រូវការសេវាកម្ម
| ការប្រមូលផ្តុំ (ng / μL) | បរិមាណសរុប (µg) | បរិមាណ (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥២ | ≥20 | ១.៧-២.២ | ≥1.6 |
| ណាណូប៉ូរ | ≥40 | ≥២ | ≥20 | ១.៧-២.២ | 1.0-3.0 |
| អ៊ីលលូណា | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ផ្សិត Unicellular៖ ≥3.5x1010 កោសិកា
ផ្សិតម៉ាក្រូ៖ ≥10 ក្រាម។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
ការស្ទង់មតិហ្សែន៖
- គ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យតាមលំដាប់លំដោយ
- ការប៉ាន់ប្រមាណហ្សែន៖ ទំហំ, heterozygosity, ធាតុច្រំដែល
សន្និបាតហ្សែនល្អ៖
- ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យជាលំដាប់
- ដឺណូវ៉ូសន្និបាត
- ការវិភាគសមាសធាតុហ្សែន៖ ការព្យាករណ៍នៃ CDS និងធាតុហ្សែនច្រើន។
- ចំណារពន្យល់មុខងារជាមួយមូលដ្ឋានទិន្នន័យទូទៅជាច្រើន (GO, KEGG ។ល។) និងមូលដ្ឋានទិន្នន័យកម្រិតខ្ពស់ (CARD, VFDB ។ល។)
សន្និបាត Hi-C៖
- ការវាយតម្លៃបណ្ណាល័យ Hi-C ។
- Contigs បោះយុថ្កា ចង្កោម តម្រៀប និងតម្រង់ទិស
- ការវាយតម្លៃនៃសន្និបាត HI-C៖ ផ្អែកលើហ្សែនយោង និងផែនទីកំដៅ
ការស្ទង់មតិហ្សែន៖ ការចែកចាយ k-mer
ការផ្គុំហ្សែន៖ ចំណារពន្យល់ស្រដៀងគ្នានៃហ្សែន (មូលដ្ឋានទិន្នន័យ NR)
ការផ្គុំហ្សែន៖ ចំណារពន្យល់ហ្សែនមុខងារ (GO)
ស្វែងរកភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មដំឡើងហ្សែនផ្សិតរបស់ BMKGene តាមរយៈបណ្តុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ។
Hao, J. et al ។ (2023) 'ការបញ្ចូលទម្រង់ omic រួមបញ្ចូលគ្នានៃផ្សិតឱសថ Inonotus obliquus នៅក្រោមលក្ខខណ្ឌលិចទឹក',ហ្សែន BMC, ២៤(១), ទំព័រ ១–១២។ doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al ។ (2023) 'ការបន្តពូជហ្សែនបង្ហាញពីការវិវត្តន៍ និងយន្តការបង្កជំងឺនៃគ្រាប់ស្រូវសាលី ភ្នាក់ងារបង្កជំងឺ Rhizoctonia cerealis',ទិនានុប្បវត្តិដំណាំ, ១១(២) ទំព័រ ៤០៥–៤១៦។ doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024 ។
Zhang, H. et al ។ (2023) 'ធនធានហ្សែនសម្រាប់ប្រភេទ Clarireedia បួនប្រភេទដែលបង្កឱ្យមានចំណុចប្រាក់ដុល្លារនៅលើស្មៅចម្រុះ',ជំងឺរុក្ខជាតិ, 107(3), ទំព័រ 929–934 ។ doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al ។ (2023) 'ភស្តុតាងហ្សែន និងម៉ូលេគុលនៃប្រព័ន្ធមិត្តរួម Tetrapolar នៅក្នុងផ្សិតដែលអាចបរិភោគបាន Grifola frondosa',ទិនានុប្បវត្តិនៃផ្សិត, 9(10), ទំ។ 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
