BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome គ្រោងការណ៍បច្ចេកទេស
លក្ខណៈពិសេស
● ដំណោះស្រាយ៖ 5 µM
● Spot Diameter: 2.5 µM
● ចំនួនកន្លែង៖ ប្រហែល 2 លានកន្លែង
● ទម្រង់ផ្ទៃចាប់យក 3 ដែលអាចធ្វើទៅបាន៖ 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ឬ 15 mm * 20 mm
● គ្រាប់បាកូដនីមួយៗត្រូវបានផ្ទុកដោយសារធាតុ primers ដែលមាន 4 ផ្នែក៖
កន្ទុយ poly(dT) សម្រាប់ការដាក់បឋម mRNA និងការសំយោគ cDNA
ឧបករណ៍កំណត់អត្តសញ្ញាណម៉ូលេគុលតែមួយគត់ (UMI) ដើម្បីកែលំអភាពលំអៀង
បាកូដលំហ
ការចងលំដាប់នៃការអានដោយផ្នែក 1 primer sequencing
● H&E និងស្នាមប្រឡាក់ fluorescent នៃផ្នែក
● លទ្ធភាពក្នុងការប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យាការបែងចែកកោសិកា៖ ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃស្នាមប្រឡាក់ H&E ស្នាមប្រឡាក់ fluorescent និងលំដាប់ RNA ដើម្បីកំណត់ព្រំដែននៃកោសិកានីមួយៗ និងកំណត់កន្សោមហ្សែនឱ្យបានត្រឹមត្រូវទៅកោសិកានីមួយៗ។
គុណសម្បត្តិរបស់ BMKMANU S1000
●ដំណោះស្រាយកោសិការង៖ តំបន់ចាប់យកនីមួយៗមាន > 2 លាន spatial Barcoded Spots ដែលមានអង្កត់ផ្ចិត 2.5 µm និងគម្លាត 5 µm រវាងចំណុចកណ្តាល ដែលអនុញ្ញាតអោយធ្វើការវិភាគ spatial transcriptome ជាមួយនឹងដំណោះស្រាយ sub-cellular (5 µm)។
●ការវិភាគដំណោះស្រាយច្រើនកម្រិត៖ការវិភាគពហុកម្រិតដែលអាចបត់បែនបានចាប់ពី 100 μm ដល់ 5 μm ដើម្បីដោះស្រាយលក្ខណៈពិសេសនៃជាលិកាចម្រុះក្នុងដំណោះស្រាយដ៏ល្អប្រសើរ។
●លទ្ធភាពក្នុងការប្រើប្រាស់បច្ចេកវិទ្យា “បីក្នុងមួយស្លាយ”៖ការរួមបញ្ចូលគ្នានៃស្នាមប្រឡាក់ fluorescence, H&E staining និង RNA sequencing នៅលើស្លាយតែមួយ ក្បួនដោះស្រាយការវិភាគ "three-in-one" របស់យើងផ្តល់អំណាចដល់ការកំណត់ព្រំដែនកោសិកាសម្រាប់ការចម្លងតាមកោសិកាជាបន្តបន្ទាប់។
●ឆបគ្នាជាមួយវេទិកាលំដាប់លំដោយច្រើន។៖ ទាំង NGS និងលំដាប់អានវែងមាន។
●ការរចនាដែលអាចបត់បែនបាននៃតំបន់ចាប់យកសកម្ម 1-8៖ ទំហំផ្ទៃថតគឺអាចបត់បែនបាន ដោយអាចប្រើបាន 3 ទម្រង់ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm និង 15 mm * 20 mm)
●សេវាច្រកចេញចូលតែមួយ៖ វារួមបញ្ចូលនូវបទពិសោធន៍ និងជំហានផ្អែកលើជំនាញទាំងអស់ រួមទាំងការកាត់ផ្នែក cryo, ស្នាមប្រឡាក់, ការបង្កើនប្រសិទ្ធភាពជាលិកា, ការសរសេររបារទំហំ, ការរៀបចំបណ្ណាល័យ, លំដាប់លំដោយ និងជីវព័ត៌មានវិទ្យា។
●ជីវព័ត៌មានវិទ្យាដ៏ទូលំទូលាយ និងការមើលឃើញលទ្ធផលដែលងាយស្រួលប្រើសម្រាប់អ្នកប្រើប្រាស់៖កញ្ចប់រួមបញ្ចូលការវិភាគចំនួន 29 និង 100+ តួលេខដែលមានគុណភាពខ្ពស់ រួមផ្សំជាមួយនឹងការប្រើប្រាស់កម្មវិធីដែលបានបង្កើតនៅក្នុងផ្ទះ ដើម្បីមើលឃើញ និងកំណត់ការបំបែកកោសិកា និងការចង្កោមកន្លែង។
●ការវិភាគទិន្នន័យផ្ទាល់ខ្លួន និងការមើលឃើញ៖ មានសម្រាប់សំណើស្រាវជ្រាវផ្សេងៗគ្នា
●ក្រុមបច្ចេកទេសដែលមានជំនាញខ្ពស់។៖ ជាមួយនឹងបទពិសោធន៍ជាង 250 ប្រភេទជាលិកា និង 100+ ប្រភេទរួមទាំងមនុស្ស កណ្តុរ ថនិកសត្វ ត្រី និងរុក្ខជាតិ។
●ការធ្វើបច្ចុប្បន្នភាពតាមពេលវេលាជាក់ស្តែងលើគម្រោងទាំងមូល៖ ជាមួយនឹងការគ្រប់គ្រងពេញលេញនៃដំណើរការពិសោធន៍។
●ការវិភាគរួមស្រេចចិត្តជាមួយនឹងការបន្ត mRNA កោសិកាតែមួយ
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
|
គំរូ តម្រូវការ
| បណ្ណាល័យ |
យុទ្ធសាស្ត្រតម្រៀប
| ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ | ការត្រួតពិនិត្យគុណភាព |
| សំណាក cryo ដែលបានបង្កប់ OCT, 3 ប្លុកក្នុងមួយសំណាក | បណ្ណាល័យ S1000 cDNA | Illumina PE150 (វេទិកាផ្សេងទៀតមាន) | 100K PE អានក្នុង 100 uM (60-150 Gb) | RIN> ៧ |
សម្រាប់ព័ត៌មានលម្អិតបន្ថែមអំពីការណែនាំអំពីការរៀបចំគំរូ និងដំណើរការការងារសេវាកម្ម សូមនិយាយដោយសេរីទៅកាន់ កអ្នកជំនាញ BMKGENE
លំហូរការងារសេវាកម្ម
នៅក្នុងដំណាក់កាលនៃការរៀបចំគំរូ ការសាកល្បងទាញយក RNA ភាគច្រើនត្រូវបានអនុវត្ត ដើម្បីធានាថា RNA ដែលមានគុណភាពខ្ពស់អាចទទួលបាន។ នៅក្នុងដំណាក់កាលបង្កើនប្រសិទ្ធភាពជាលិកា ផ្នែកត្រូវបានប្រឡាក់ និងមើលឃើញ ហើយលក្ខខណ្ឌ permeabilization សម្រាប់ការបញ្ចេញ mRNA ពីជាលិកាត្រូវបានធ្វើឱ្យប្រសើរ។ បន្ទាប់មក ពិធីការដែលបានធ្វើឱ្យប្រសើរគឺត្រូវបានអនុវត្តកំឡុងពេលសាងសង់បណ្ណាល័យ បន្តដោយការចាត់ថ្នាក់ និងការវិភាគទិន្នន័យ។
លំហូរការងារនៃសេវាកម្មពេញលេញពាក់ព័ន្ធនឹងការធ្វើបច្ចុប្បន្នភាពតាមពេលវេលាជាក់ស្តែង និងការបញ្ជាក់របស់អតិថិជន ដើម្បីរក្សាបាននូវការឆ្លើយតបមតិត្រឡប់ ដោយធានាបាននូវការអនុវត្តគម្រោងដោយរលូន។
ទិន្នន័យដែលបង្កើតដោយ BMKMANU S1000 ត្រូវបានវិភាគដោយប្រើកម្មវិធី “BSTMatrix” ដែលត្រូវបានរចនាឡើងដោយឯករាជ្យដោយ BMKGENE បង្កើត Gene Expression Matrix ។ ពីទីនោះ របាយការណ៍ស្ដង់ដារមួយត្រូវបានបង្កើត ដែលរួមបញ្ចូលការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យ ការវិភាគគំរូខាងក្នុង និងការវិភាគអន្តរក្រុម។
● ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យ៖
លទ្ធផលទិន្នន័យ និងការចែកចាយពិន្ទុគុណភាព
ការរកឃើញហ្សែនក្នុងមួយកន្លែង
ការគ្របដណ្តប់ជាលិកា
● ការវិភាគគំរូខាងក្នុង៖
ភាពសម្បូរបែបនៃហ្សែន
ការដាក់ចង្កោមចំណុច រួមទាំងការវិភាគវិមាត្រកាត់បន្ថយ
ការវិភាគកន្សោមឌីផេរ៉ង់ស្យែលរវាងក្រុម៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
● ការវិភាគអន្តរក្រុម៖
ការបញ្ចូលគ្នាឡើងវិញនៃចំណុចពីគំរូទាំងពីរ (ឧ. ជំងឺ និងការគ្រប់គ្រង) និងចង្កោមឡើងវិញ
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែនសម្គាល់សម្រាប់ចង្កោមនីមួយៗ
ចំណារពន្យល់មុខងារ និងការពង្រឹងហ្សែនសញ្ញាសម្គាល់
ការបង្ហាញឌីផេរ៉ង់ស្យែលនៃចង្កោមដូចគ្នារវាងក្រុម
លើសពីនេះទៀត BMKGENE បានបង្កើត "BSTViewer" គឺជាឧបករណ៍ងាយស្រួលប្រើដែលអាចឱ្យអ្នកប្រើប្រាស់មើលឃើញការបង្ហាញហ្សែន និងការចង្កោមកន្លែងនៅកម្រិតភាពច្បាស់ខុសៗគ្នា។
BMKGene បានបង្កើតកម្មវិធីសម្រាប់ការមើលឃើញដែលងាយស្រួលប្រើ
ការដាក់ចង្កោមកន្លែង BSTViewer នៅកម្រិតគុណភាពបង្ហាញច្រើន។
BSTcellViewer៖ ការបំបែកក្រឡាដោយស្វ័យប្រវត្តិ និងដោយដៃ
ការវិភាគគំរូខាងក្នុង
ចង្កោមចំណុច៖
ការកំណត់អត្តសញ្ញាណហ្សែន និងការបែងចែកលំហ៖
ការវិភាគអន្តរក្រុម
ការរួមបញ្ចូលទិន្នន័យពីក្រុមទាំងពីរ និងក្រុមឡើងវិញ៖
ហ្សែនសម្គាល់នៃក្រុមថ្មី៖
ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្ម spatial transcriptomics របស់ BMKGene ជាមួយនឹងបច្ចេកវិទ្យា BMKManu S1000 នៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយពិសេសនេះ៖
ចម្រៀង, X. et al ។ (2023) 'spatial transcriptomics បង្ហាញពីកោសិកា chlorenchyma ដែលបង្កដោយពន្លឺ ដែលពាក់ព័ន្ធនឹងការលើកកម្ពស់ការបង្កើតពន្លកនៅក្នុង callus ប៉េងប៉ោះ',ដំណើរការនៃបណ្ឌិត្យសភាវិទ្យាសាស្ត្រជាតិនៃសហរដ្ឋអាមេរិក, 120(38), ទំ។ e2310163120។ doi: 10.1073/pnas.2310163120
អ្នក, Y. et al ។ (2023) 'ការប្រៀបធៀបជាប្រព័ន្ធនៃវិធីសាស្រ្ត transcriptomic spatial ផ្អែកលើលំដាប់លំដោយ',bioRxiv, ទំ។ 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744 ។
