16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● វេទិកាលំដាប់លំដោយ៖ PacBio Revio
● របៀបតម្រៀប៖ CCS (អាន HiFi)
● ការពង្រីកតំបន់គោលដៅ អមដោយការភ្ជាប់គ្នានៃ amplicons មុនពេលការរៀបចំបណ្ណាល័យកណ្តឹង HiFi SMRT
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●ដំណោះស្រាយពន្ធដារខ្ពស់៖ Than short-amplicon លំដាប់លំដោយ,អនុញ្ញាតឱ្យអត្រាការចាត់ថ្នាក់ OTU ខ្ពស់ជាងនៅកម្រិតប្រភេទសត្វ។
●ការហៅមូលដ្ឋានដែលមានភាពត្រឹមត្រូវខ្ពស់។៖ ការតម្រៀបរបៀប PacBio CCS (HiFi អាន)។
●គ្មានភាពឯកោ៖ ការកំណត់អត្តសញ្ញាណយ៉ាងឆាប់រហ័សនៃសមាសធាតុអតិសុខុមប្រាណនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន។
●អនុវត្តយ៉ាងទូលំទូលាយ៖ ការសិក្សាសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណចម្រុះ។
●ការវិភាគជីវព័ត៌មានដ៏ទូលំទូលាយ៖ កញ្ចប់ QIIME2 ចុងក្រោយបង្អស់ (ការយល់ដឹងអំពីបរិមាណចូលទៅក្នុងបរិស្ថានវិទ្យាអតិសុខុមប្រាណ) ជាមួយនឹងការវិភាគចម្រុះទាក់ទងនឹងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ ចំណារពន្យល់ OTU/ASV ។
●ជំនាញទូលំទូលាយ៖ ជាមួយនឹងគម្រោងលំដាប់ amplicon រាប់ពាន់ដែលធ្វើឡើងជារៀងរាល់ឆ្នាំ BMKGENE នាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាងមួយទសវត្សរ៍ ក្រុមវិភាគដែលមានជំនាញខ្ពស់ ខ្លឹមសារដ៏ទូលំទូលាយ និងការគាំទ្រក្រោយការលក់ដ៏ល្អ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្រ្តលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ |
| អំពិល | PacBio Revio | ស្លាក 10/30/50 K (CCS) |
តម្រូវការគំរូ
| ការប្រមូលផ្តុំ (ng / μL) | បរិមាណសរុប (µg) | បរិមាណ (µL) |
| ≥៥ | ≥0.3 | ≥20 |
ការចែកចាយគំរូដែលបានណែនាំ
បង្កកសំណាកក្នុងអាសូតរាវរយៈពេល 3-4 ម៉ោង ហើយរក្សាទុកក្នុងអាសូតរាវ ឬ -80 ដឺក្រេ ដល់ការកក់រយៈពេលយូរ។ ការដឹកជញ្ជូនគំរូជាមួយទឹកកកស្ងួតត្រូវបានទាមទារ។
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
●ការគ្រប់គ្រងគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● ចំណារពន្យល់ OTU
● ការវិភាគភាពចម្រុះអាល់ហ្វា៖ សន្ទស្សន៍ជាច្រើន រួមមាន Shannon, Simpson និង ACE។
● ការវិភាគភាពចម្រុះបេតា
● ការវិភាគអន្តរក្រុម
●ការវិភាគទំនាក់ទំនង៖ រវាងកត្តាបរិស្ថាន និងសមាសភាព OUT និងភាពចម្រុះ
●16S ការព្យាករណ៍ហ្សែនមុខងារ
អ៊ីស្តូក្រាមនៃការចែកចាយពន្ធដារ
ការចែកចាយសហគមន៍ដើមឈើ phylogenetic
ការវិភាគភាពចម្រុះអាល់ហ្វា៖ អេ.ស៊ី
សន្ទស្សន៍
ការវិភាគភាពចម្រុះបេតា៖ PCoA
ការវិភាគក្រុម៖ ANOVA
ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មតម្រៀប amplicon របស់ BMKGene ជាមួយ PacBio តាមរយៈបណ្តុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ។
Gao, X. and Wang, H. (2023) 'ការវិភាគប្រៀបធៀបនៃទម្រង់បាក់តេរី Rumen និងមុខងារកំឡុងពេលសម្របខ្លួនទៅនឹងបាតុភូតផ្សេងៗគ្នា (Regreen vs. Grassy) នៅក្នុង Alpine Merino Sheep ជាមួយនឹងដំណាក់កាលលូតលាស់ពីរនៅលើវាលស្មៅ Alpine', Fermentation, 9( 1), ទំ។ 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al ។ (2023) 'ការចាប់យករូបធាតុងងឹតនៃអតិសុខុមប្រាណនៅក្នុងដីវាលខ្សាច់ដោយប្រើ culturomics-based metaagenomics និងការវិភាគដែលមានគុណភាពបង្ហាញខ្ពស់', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), ទំព័រ 1–14។ doi: 10.1038/s41522-023-00439-8 ។
Mu, L. et al ។ (2022) 'ឥទ្ធិពលនៃអំបិលអាស៊ីតខ្លាញ់លើលក្ខណៈនៃការ fermentation ភាពចម្រុះនៃបាក់តេរី និងស្ថេរភាព aerobic នៃ silage ចម្រុះដែលបានរៀបចំជាមួយ alfalfa ចំបើងស្រូវ និងកន្ទក់ស្រូវសាលី', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), ទំព័រ 1475– ១៤៨៧. doi: 10.1002/JSFA.11482។
Yang, J. et al ។ (2023) 'អន្តរកម្មរវាង Oxidative Stress Biomarkers និង Gut Microbiota នៅក្នុងឥទ្ធិពលប្រឆាំងអុកស៊ីតកម្មនៃការដកស្រង់ចេញពី Sonchus brachyotus DC ។ នៅក្នុង ភាពតានតឹងអុកស៊ីតកម្មពោះវៀនដែលបង្កដោយ Oxazolone នៅក្នុងមនុស្សពេញវ័យ Zebrafish', សារធាតុប្រឆាំងអុកស៊ីតកម្ម 2023, លេខ។ 12, ទំព័រ 192, 12(1), ទំ។ 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192។
