16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
លក្ខណៈពិសេសសេវាកម្ម
● វេទិកាលំដាប់លំដោយ៖ Illumina NovaSeq ។
● ការពង្រីកតំបន់ខ្លីនៃ 16S, 18S និង ITS ក្នុងចំណោមគោលដៅពង្រីកផ្សេងទៀត។
● ជម្រើសដែលអាចបត់បែនបាននៃ amplicon ។
● បទពិសោធន៍គម្រោងពីមុនជាមួយនឹងគោលដៅពង្រីកច្រើន។
អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម
●គ្មានភាពឯកោ៖ការកំណត់អត្តសញ្ញាណយ៉ាងឆាប់រហ័សនៃសមាសភាពអតិសុខុមប្រាណនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន។
●គុណភាពបង្ហាញខ្ពស់។៖ នៅក្នុងសមាសធាតុដែលមានបរិមាណតិចនៅក្នុងគំរូបរិស្ថាន។
●អាចអនុវត្តបានយ៉ាងទូលំទូលាយ៖ ការសិក្សាសហគមន៍អតិសុខុមប្រាណចម្រុះ។
●ការវិភាគជីវព័ត៌មានដ៏ទូលំទូលាយ៖ កញ្ចប់ QIIME2 ចុងក្រោយបង្អស់ (ការយល់ដឹងអំពីបរិមាណចូលទៅក្នុងបរិស្ថានវិទ្យាអតិសុខុមប្រាណ) ជាមួយនឹងការវិភាគចម្រុះទាក់ទងនឹងមូលដ្ឋានទិន្នន័យ ចំណារពន្យល់ OTU/ASV ។
●ជំនាញទូលំទូលាយ៖ ជាមួយនឹងគម្រោងលំដាប់ amplicon ចំនួន 150,000 ដែលធ្វើឡើងជារៀងរាល់ឆ្នាំ BMKGENE នាំមកនូវបទពិសោធន៍ជាងមួយទសវត្សរ៍ ក្រុមវិភាគដែលមានជំនាញខ្ពស់ ខ្លឹមសារដ៏ទូលំទូលាយ និងការគាំទ្រក្រោយការលក់ដ៏ល្អ។
លក្ខណៈបច្ចេកទេសនៃសេវាកម្ម
| បណ្ណាល័យ | យុទ្ធសាស្រ្តលំដាប់ | ទិន្នន័យដែលបានណែនាំ |
| អំពិល | Illumina PE250 | ស្លាក 50/100/300K (អានគូ) |
តម្រូវការសេវាកម្ម
| ការប្រមូលផ្តុំ (ng / μL) | ចំនួនសរុប (ng) | បរិមាណ (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● ដី/ភក់: 1-2g
● មាតិកាពោះវៀន-សត្វ: 0.5-2g
● មាតិកាពោះវៀន-សត្វល្អិត៖ 0.1-0.25 ក្រាម។
● ផ្ទៃរុក្ខជាតិ (ដីល្បាប់បន្ថែម): 0.1-0.5g
● ទំពាំងបាយជូរ fermentation enriched sediment): 0.1-0.5g
● លាមក (សត្វធំ): 0.5-2g
● លាមក (កណ្ដុរ): 3-5grains
● ទឹករំអិលសួត៖ ក្រដាសតម្រង
● Vaginal swab: 5-6 swabs
● ថង់ស្បែក/ប្រដាប់បន្តពូជ/ទឹកមាត់/ជាលិកាទន់មាត់/បំពង់ករមាត់/រន្ធគូថ៖ 2-3 swabs
● អតិសុខុមប្រាណលើផ្ទៃ៖ ក្រដាសតម្រង
● Waterbody/air/biofilm៖ ក្រដាសតម្រង
● Endophytes: 1-2g
● បន្ទះធ្មេញ៖ 0.5-1g
លំហូរការងារសេវាកម្ម
ការចែកចាយគំរូ
ការសាងសង់បណ្ណាល័យ
លំដាប់
ការវិភាគទិន្នន័យ
សេវាកម្មក្រោយពេលលក់
រួមបញ្ចូលការវិភាគដូចខាងក្រោមៈ
- ការត្រួតពិនិត្យគុណភាពទិន្នន័យឆៅ
- OTU clustering / De-noise (ASV)
- ចំណារពន្យល់ OTU
- ការវិភាគភាពចម្រុះអាល់ហ្វា៖ សន្ទស្សន៍ជាច្រើន រួមទាំង Shannon, Simpson និង ACE ។
- ការវិភាគភាពចម្រុះបេតា
- ការវិភាគអន្តរក្រុម
- ការវិភាគទំនាក់ទំនង៖ រវាងកត្តាបរិស្ថាន និងសមាសភាព OUT និងភាពចម្រុះ
- ការព្យាករណ៍ហ្សែនមុខងារ 16S
អ៊ីស្តូក្រាមនៃការចែកចាយពន្ធដារ
ផែនទីកំដៅចង្កោមភាពសំបូរបែបតាមនិទ្ទេស
ការវិភាគភាពចម្រុះអាល់ហ្វា៖ ខ្សែកោងកម្រ
ការវិភាគភាពចម្រុះបេតា៖ NMDS
ការវិភាគក្រុម៖ ការរកឃើញជីវម៉ាក LEFSE
ស្វែងយល់ពីភាពជឿនលឿនដែលសម្របសម្រួលដោយសេវាកម្មតម្រៀប amplicon របស់ BMKGene ជាមួយ Illumina តាមរយៈបណ្តុំនៃការបោះពុម្ពផ្សាយ។
ដុង, C. et al ។ (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL។
Li, Y. et al ។ (2023) 'ការប្តូរសរីរាង្គបាក់តេរីសំយោគសម្រាប់ការព្យាបាល Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis ក្នុងសត្វកណ្តុរ', Microbiome, 11(1), ទំព័រ 1-14។ doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) 'មីក្រូជីវឧស្ម័ននៃធូលីខ្យល់ដែលប្រមូលបានក្នុងអំឡុងពេលការពិសោធន៍ទ្រទ្រង់ជីវិតជីវរ៉ែបិទមូលដ្ឋាន "Lunar Palace 365"', មីក្រូជីវគីមីបរិស្ថាន, 17(1), ទំព័រ។ ១–២០។ doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/រូបភាព/8.
យិន, S. et al ។ (2022) 'ភាពសម្បូរបែបអាស្រ័យទៅលើចំណីនៃហ្សែនមុខងារដែលទាក់ទងនឹងការផ្លាស់ប្តូរអាសូតដែលបានគ្រប់គ្រងការបាត់បង់អាសូតនៅក្នុងជីកំប៉ុស', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
