Ерекше локусты күшейтілген фрагмент тізбегі (SLAF-кезегі)
Жұмыс барысы
Техникалық схема
Қызмет мүмкіндіктері
● PE150 көмегімен NovaSeq жүйесінде секвенирлеу.
● 1000-нан астам үлгіні біріктіруге мүмкіндік беретін қос штрих-кодпен кітапхананы дайындау.
● Бұл әдісті сілтеме геномымен немесе онсыз, әр жағдай үшін әртүрлі биоинформатикалық құбырлар арқылы пайдалануға болады:
Анықтамалық геноммен: SNP және InDel ашылуы
Анықтамалық геномсыз: үлгіні кластерлеу және SNP ашу
● ішіндекремнийдеДизайн алдындағы кезеңде геном бойынша SLAF тегтерінің біркелкі таралуын тудыратындарды табу үшін бірнеше шектеу ферменттерінің комбинациялары тексеріледі.
● Алдын ала эксперимент барысында 9 SLAF кітапханасын жасау үшін үш фермент комбинациясы 3 үлгіде сыналады және бұл ақпарат жоба үшін оңтайлы шектеу ферменттерінің комбинациясын таңдау үшін пайдаланылады.
Қызметтің артықшылықтары
●Жоғары генетикалық маркердің ашылуы: Өтімділігі жоғары қос штрих-код жүйесін біріктіру үлкен популяцияларды бір уақытта ретке келтіруге мүмкіндік береді, ал локусқа тән күшейту тег нөмірлерінің әртүрлі зерттеу сұрақтарының әртүрлі талаптарына сәйкес келуін қамтамасыз ете отырып, тиімділікті арттырады.
● Геномға төмен тәуелділік: Оны анықтамалық геномы бар немесе онсыз түрлерге қолдануға болады.
●Икемді схема дизайны: Бір ферментті, қос ферментті, көп ферментті ас қорытуды және ферменттердің әртүрлі түрлерін әртүрлі зерттеу мақсаттарына немесе түрлерін қанағаттандыру үшін таңдауға болады. Theкремнийдеоңтайлы фермент дизайнын қамтамасыз ету үшін алдын ала жобалау жүргізіледі.
● Ферменттік ас қорытудағы жоғары тиімділік: өткізгіштігікремнийдеалдын ала жобалау және алдын ала эксперимент хромосомадағы SLAF тегтерінің біркелкі таралуымен (1 SLAF тегі/4Кб) және қайталанатын реттіліктің төмендеуімен (<5%) оңтайлы дизайнды қамтамасыз етті.
●Кең тәжірибе: Біздің команда өсімдіктерді, сүтқоректілерді, құстарды, жәндіктерді және су ағзаларын қоса алғанда, жүздеген түрлер бойынша 5000-нан астам SLAF-Seq жобаларын жабу тәжірибесімен әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
● Өздігінен әзірленген биоинформатикалық жұмыс процесі: BMKGENE соңғы нәтиженің сенімділігі мен дәлдігін қамтамасыз ету үшін SLAF-Seq үшін біріктірілген биоинформатикалық жұмыс процесін әзірледі.
Қызмет сипаттамалары
| Талдау түрі | Ұсынылатын популяция масштабы | Тізбектеу стратегиясы | |
| Тегтер реттілігінің тереңдігі | Тег нөмірі | ||
| Генетикалық карталар | 2 ата-ана және >150 ұрпақ | Ата-аналар: 20x WGS Ұрпақтар: 10x | Геном мөлшері: <400 Мб: WGS ұсынылады <1Гб: 100K тегтер 1-2Гб:: 200K тегтер >2Гб: 300K тегтер Ең көбі 500 мың тег |
| Геномдық қауымдастықтың зерттеулері (GWAS) | ≥200 үлгі | 10x | |
| Генетикалық эволюция | ≥30 үлгі, әр топшадан >10 үлгі бар | 10x | |
Қызметке қойылатын талаптар
Концентрация ≥ 5 нг/мкл
Жалпы сомасы ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Агароза гелі: деградация немесе ластану жоқ немесе шектеулі
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі
(Үлгілердің көпшілігі үшін этанолда сақтамауды ұсынамыз)
Үлгілерді таңбалау: Үлгілер нақты таңбалануы және ұсынылған үлгі ақпаратының пішінімен бірдей болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
Қызметтің жұмыс процесі
QC үлгісі
Пилоттық эксперимент
SLAF эксперименті
Кітапханаға дайындық
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
- Деректерді реттілік QC
- SLAF тегтерін әзірлеу
Анықтамалық геномға салыстыру
Анықтамалық геномсыз: кластерлеу
- SLAF тегтерін талдау.: статистика, геном бойынша таралуы
- Маркерді ашу: SNP, InDel, SNV, түйіндемені шақыру және аннотация
SLAF тегтерінің хромосомаларға таралуы:
Хромосомаларда SNP-тің таралуы:
SNP аннотациясы
| Жыл | Журнал | IF | Тақырып | Қолданбалар |
| 2022 | Табиғат коммуникациялары | 17,694 | Ағаш пионының гига-хромосомалары мен гига-геномының геномдық негізі Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Жаңа фитолог | 7.433 | Үй шаруашылығының іздері агрономиялық маңызы бар геномдық аймақтарды бекітеді соя бұршақтары | SLAF-GWAS |
| 2022 | Advanced Research журналы | 12.822 | Gossypium barbadense-тің G. hirsutum ішіне геномдық жасанды интрогрессиялары мақта талшығының сапасы мен шығымдылығын бір мезгілде жақсарту үшін жоғары локустарды анықтау қасиеттер | SLAF-эволюциялық генетика |
| 2019 | Молекулярлық өсімдік | 10.81 | Популяциялық геномдық талдау және Де Ново ассамблеясы арамшөптердің шығу тегін көрсетеді Күріш эволюциялық ойын ретінде | SLAF-эволюциялық генетика |
| 2019 | Табиғат генетикасы | 31.616 | Кәдімгі тұқы, Cyprinus carpio балығының геномдық тізбегі және генетикалық әртүрлілігі | SLAF-Linkage картасы |
| 2014 | Табиғат генетикасы | 25.455 | Өсірілген жержаңғақ геномы бұршақ дақылдарының кариотиптері, полиплоидтары туралы түсінік береді. эволюциясы және өсімдік шаруашылығы. | SLAF-Linkage картасы |
| 2022 | Өсімдік биотехнологиясы журналы | 9.803 | ST1 идентификациясы тұқым морфологиясының автостоппен айналысатын таңдауын көрсетеді және сояны қолға үйрету кезіндегі май мөлшері | SLAF-Маркердің дамуы |
| 2022 | Молекулалық ғылымдардың халықаралық журналы | 6.208 | Бидай-Леймус моллис 2Ns (2D) үшін идентификация және ДНҚ маркерін әзірлеу Дисомдық хромосомаларды алмастыру | SLAF-Маркердің дамуы |
| Жыл | Журнал | IF | Тақырып | Қолданбалар |
| 2023 | Өсімдіктанудағы шекаралар | 6,735 | Pyrus pyrifolia жемісінің пісуі кезіндегі қант құрамының QTL картасы және транскриптомдық талдауы | Генетикалық карта |
| 2022 | Өсімдік биотехнологиясы журналы | 8.154 | ST1 идентификациясы сояны қолға үйрету кезінде тұқымның морфологиясы мен май құрамының автостоппен жүруімен байланысты таңдауды көрсетеді.
| SNP қоңырауы |
| 2022 | Өсімдіктанудағы шекаралар | 6,623 | Құрғақшылық ортадағы қабықсыз фенотиптердің кең геномдық ассоциациясының картасы.
| GWAS |
