-
Құралдар жинағы
BMKCloud – геномдық бағдарламаларға арналған бір терезе шешімін ұсынатын жетекші биоақпараттық платформа, оған медициналық, ауылшаруашылық, экологиялық және т.б. сияқты әртүрлі саладағы зерттеушілер үлкен сенім артады. BMKCloud интеграцияланған, сенімді және тиімді қызметтерді, соның ішінде биоинформатикалық талдау платформалары мен құралдарын ұсынуға ұмтылады. , есептеу ресурстары, жалпыға қолжетімді деректер базасы, биоинформатикалық онлайн курстар және т.б.. BMKCloud гендік аннотацияны қоса алғанда, жиі қолданылатын әртүрлі биоинформатикалық құралдарға ие. эволюциялық генетикалық құралдар, ncRNA, деректер сапасын бақылау, құрастыру, теңестіру, деректерді алу, мутациялар, статистика, фигуралар генераторы, реттілік талдауы және т.б.
-
De novo Бактериялық геномдық Ассамблея
Біз 0 бос орынға кепілдік беретін толық бактериялық геномды құрастыру қызметін ұсынамыз. Бұл құрастыруға арналған Nanopore және PacBio сияқты ұзақ оқылатын секвенирлеу технологияларын біріктіру және жинақты тексеру және ONT оқуларының қателерін түзету үшін Illumina бағдарламасымен қысқа оқу ретін біріктіру арқылы мүмкін болады. Біздің қызметіміз жинақтаудан, функционалды аннотациядан және кеңейтілген биоинформатикалық талдаудан толық биоинформатикалық жұмыс процесін қамтамасыз етеді, нақты зерттеу мақсаттарын орындайды. Бұл қызмет әртүрлі генетикалық және геномдық зерттеулер үшін нақты анықтамалық геномдарды жасауға мүмкіндік береді. Сонымен қатар, ол ғылыми түсініктер мен биотехнологиялық инновацияларды ілгерілету үшін маңызды сенімді және бос геномдық деректерді қамтамасыз ететін штаммдарды оңтайландыру, гендік инженерия және микробтық технологияны әзірлеу сияқты қолданбаларға негіз болады.
-
шағын РНҚ
Кішкентай РНҚ - миРНҚ, сиРНҚ және пиРНҚ қоса алғанда, орташа ұзындығы 18-30 нт болатын қысқа кодталмаған РНҚ түрі. Бұл шағын РНҚ-лар мРНҚ ыдырауы, трансляцияның тежелуі, гетерохроматиннің түзілуі және т.б. сияқты әртүрлі биологиялық процестерге қатысатыны туралы хабарланған. SmallRNA секвенирлеу талдауы жануарлар/өсімдіктердің дамуы, ауру, вирус және т.б. зерттеулерде кеңінен қолданылды. Шағын РНҚ секвенирлеуді талдау платформасы стандартты талдаудан және кеңейтілген деректерді өңдеуден тұрады. RNA-seq деректері негізінде стандартты талдау миРНҚ сәйкестендіру және болжау, miRNA мақсатты генін болжау, аннотация және экспрессиялық талдауға қол жеткізе алады. Жетілдірілген талдау теңшелген miRNA іздеу және алу, Венн диаграммасын құру, miRNA және мақсатты ген желісін құруға мүмкіндік береді.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS – биомаркер технологияларындағы бай тәжірибе негізінде жасалған геномды қайта секвенирлеуді талдаудың тұтас платформасы. Бұл пайдалану оңай платформа Illumina платформасынан және BGI секвенирлеу платформасынан жасалған ДНҚ секвенирлеу деректеріне сәйкес келетін бірнеше негізгі параметрді орнату арқылы біріктірілген талдау жұмыс процесін жылдам жіберуге мүмкіндік береді. Бұл платформа өте шектеулі уақыт ішінде жоғары тиімді деректерді талдау мүмкіндігін беретін жоғары өнімді есептеу серверінде орналастырылған. Дербестендірілген деректерді өңдеу стандартты талдау негізінде қол жетімді, соның ішінде мутацияланған ген сұрауы, ПТР праймер дизайны және т.б.
-
мРНҚ(анықтама)
Транскриптом – геномдық генетикалық ақпарат пен биологиялық функцияның протеомы арасындағы байланыс. Транскрипциялық деңгейдің реттелуі – организмдердің ең маңызды және ең көп зерттелген реттеу режимі. Транскриптомды секвенирлеу транскриптомды уақыттың кез келген нүктесінде немесе кез келген жағдайда, бір нуклеотидке дәлдікпен ажырата алады. Ол геннің транскрипциясының деңгейін динамикалық түрде көрсете алады, сирек және қалыпты транскрипттерді бір уақытта анықтап, сандық түрде анықтай алады, сондай-ақ құрылымдық ақпаратты бере алады. арнайы транскрипттердің үлгісі.
Қазіргі уақытта транскриптомды секвенирлеу технологиясы агрономияда, медицинада және басқа зерттеу салаларында, соның ішінде жануарлар мен өсімдіктердің дамуын реттеу, қоршаған ортаға бейімделу, иммундық өзара әрекеттесу, гендердің локализациясы, түрлердің генетикалық эволюциясы және ісік пен генетикалық ауруларды анықтауда кеңінен қолданылады.
-
Метагеномика (NGS)
Бұл талдау платформасы көп жылдық тәжірибе негізінде шолақ мылтық метагеномдық деректерді талдауға арналған. Ол деректерді өңдеу, түр деңгейіндегі зерттеулер, гендік функция деңгейін зерттеу, метагеномды байланыстыру және т.б. қоса алғанда, әр түрлі қажетті метагеномикалық талдауларды қамтитын біріктірілген жұмыс процесінен тұрады. Бұған қоса, ген мен түр сұрауын қоса, стандартты талдау жұмыс процесінде теңшелген деректерді өңдеу құралдары қол жетімді. , параметрді орнату, жекелендірілген фигураны құру және т.б.
-
LncRNA
Ұзын кодталмаған РНҚ (lncRNA) – белоктарды кодтай алмайтын ұзындығы 200 нт-тен асатын транскрипттердің бір түрі. Жинақталған дәлелдер lncRNA-лардың көпшілігінің функционалды болуы мүмкін екенін көрсетеді. Жоғары өнімді секвенирлеу технологиялары мен биоинформатикалық талдау құралдары бізге lncRNA тізбегін және ақпаратты орналастыруды тиімдірек ашуға мүмкіндік береді және маңызды реттеуші функциялары бар lncRNA-ларды табуға жетелейді. BMKCloud жылдам, сенімді және икемді lncRNA талдауына қол жеткізу үшін тұтынушыларымызға lncRNA реттілігін талдау платформасын ұсынуды мақтан тұтады.
-
GWAS
Геномдық қауымдастықты зерттеу (GWAS) нақты белгілермен (фенотип) байланысты генетикалық нұсқаларды (генотип) анықтауға бағытталған. GWA зерттеулері генетикалық маркерлердің көптеген жеке тұлғалардың бүкіл геномын кесіп өтуін зерттейді және популяция деңгейінде статистикалық талдау арқылы генотип-фенотиптік бірлестіктерді болжайды. Тұтас геномды қайта секвенирлеу барлық генетикалық нұсқаларды ашуы мүмкін. Фенотиптік деректермен байланыстыра отырып, GWAS фенотипке қатысты SNPs, QTL және кандидат гендерін анықтау үшін өңделуі мүмкін, бұл қазіргі заманғы жануарлар/өсімдіктердің асыл тұқымдылығын қуаттайды. SLAF - геномға таралған SNP маркерлерін ашатын геномды секвенирлеудің өздігінен әзірленген оңайлатылған стратегиясы. Бұл SNP молекулалық-генетикалық маркерлер ретінде мақсатты белгілермен ассоциацияны зерттеу үшін өңделуі мүмкін. Бұл генетикалық вариациялармен байланысты күрделі белгілерді анықтаудағы үнемді стратегия.
-
Нанопора Толық ұзындықтағы транскриптомия
Организмдердегі күрделі және ауыспалы альтернативті изоформалар гендердің экспрессиясын және ақуыздың әртүрлілігін реттеудің маңызды генетикалық механизмдері болып табылады. Транскрипт құрылымдарын дәл анықтау ген экспрессиясының реттелу заңдылықтарын терең зерттеудің негізі болып табылады. Nanopore секвенирлеу платформасы транскриптомиялық зерттеуді изоформа деңгейіне сәтті жеткізді. Бұл талдау платформасы ген деңгейінде де, транскрипттер деңгейінде де сапалы және сандық талдауларға қол жеткізетін анықтамалық геном негізінде Nanopore платформасында жасалған RNA-Seq деректерін талдауға арналған.
-
цирк-РНҚ
Циркулярлы РНҚ (циркРНҚ) – кодталмаған РНҚ түрі, олар жақында дамуға, қоршаған ортаға төзімділікке және т.б. қатысатын реттеуші желілерде маңызды рөл атқаратыны анықталды. Сызықтық РНҚ молекулаларынан, мысалы, mRNA, lncRNA, 3′ және 5′ циркРНҚ-ның ұштары бір-бірімен қосылып, оларды экзонуклеазаның қорытылуынан сақтайтын және тұрақтырақ дөңгелек құрылымды құрайды. сызықтық РНҚ-ның көпшілігіне қарағанда. ЦиркРНҚ-ның ген экспрессиясын реттеуде әртүрлі қызметтері бар екені анықталды. CircRNA миРНҚ жөке деп аталатын миРНҚ-ны бәсекеге қабілетті байланыстыратын ceRNA қызметін атқара алады. CircRNA секвенирленген талдау платформасы circRNA құрылымы мен экспрессиясын талдауға, мақсатты болжауға және РНҚ молекулаларының басқа түрлерімен бірлескен талдауға мүмкіндік береді.
-
BSA
Жаппай бөлектелген талдау платформасы бір қадамдық стандартты талдаудан және теңшелген параметр параметрі бар кеңейтілген талдаудан тұрады. BSA - фенотиппен байланысты генетикалық маркерлерді жылдам анықтау үшін қолданылатын әдіс. BSA-ның негізгі жұмыс процесі мыналарды қамтиды: 1. фенотиптері өте қарама-қайшы жеке тұлғалардың екі тобын таңдау; 2. ДНҚ-ның екі негізгі бөлігін қалыптастыру үшін барлық даралардың ДНҚ, РНҚ немесе SLAF-секвін (биомаркер әзірлеген) біріктіру; 3. анықтамалық геномға қарсы немесе олардың арасындағы дифференциалдық тізбектерді анықтау, 4. ED және SNP-индекс алгоритмі бойынша үміткер байланысты аймақтарды болжау; 5. Үміткер аймақтардағы гендер бойынша функционалды талдау және байыту және т.б. Генетикалық маркерлік скринингті және праймер дизайнын қоса алғанда, деректерде анағұрлым жетілдірілген өндіру мүмкіндігі бар.
-
Ампликон (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) платформасы стандартталған негізгі талдау мен жекелендірілген талдауды қамтитын микробтардың әртүрлілігін жобалық талдаудағы көп жылдық тәжірибесімен әзірленген: негізгі талдау ағымдағы микробтық зерттеулердің негізгі талдау мазмұнын қамтиды, талдау мазмұны бай және жан-жақты, және талдау нәтижелері жобалық есептер түрінде ұсынылады; Жекелендірілген талдаудың мазмұны әртүрлі. Жеке талаптарды жүзеге асыру үшін негізгі талдау есебіне және зерттеу мақсатына сәйкес үлгілерді таңдауға және параметрлерді икемді түрде орнатуға болады. Windows операциялық жүйесі, қарапайым және жылдам.
-
Эволюциялық генетика
Эволюциялық генетика – SNP, InDels, SV және CNV сияқты генетикалық вариацияларға негізделген жеке адамдардың үлкен тобының ішіндегі эволюцияның терең түсіндірмесін ұсынуға арналған кешенді секвенирлеу қызметі. Бұл қызмет популяция құрылымын, генетикалық әртүрлілікті және филогенетикалық қарым-қатынастарды бағалауды қоса алғанда, популяциялардың эволюциялық ауысулары мен генетикалық сипаттамаларын анықтау үшін қажетті барлық маңызды талдауларды қамтиды. Сонымен қатар, ол популяцияның тиімді мөлшерін және дивергенция уақытын бағалауға мүмкіндік беретін гендер ағыны бойынша зерттеулерді зерттейді. Эволюциялық генетикалық зерттеулер түрлердің шығу тегі мен бейімделулері туралы құнды түсініктер береді.
BMKGENE-де біз үлкен популяциялар бойынша эволюциялық генетикалық зерттеулерді жүргізудің екі әдісін ұсынамыз: толық геномды секвенирлеуді (WGS) қолдану немесе қысқартылған өкілдік геномды секвенирлеу әдісін таңдау, үйде әзірленген ерекше локусты күшейтілген фрагмент (SLAF). WGS кішірек геномдарға сай болса да, SLAF секвенирлеу шығындарын тиімді азайта отырып, ұзағырақ геномы бар үлкен популяцияларды зерттеу үшін үнемді балама ретінде пайда болады.
