-
Hi-C негізіндегі хроматин әрекеттесуі
Hi-C - жақындыққа негізделген өзара әрекеттесулерді және жоғары өткізу қабілеттілігін секвенирлеуді біріктіру арқылы геномдық конфигурацияны түсіруге арналған әдіс. Әдіс хроматинді формальдегидпен айқастыруға негізделген, содан кейін ковалентті байланысқан фрагменттер ғана байлау өнімдерін түзетін жолмен қорыту және қайта байлау. Бұл байлау өнімдерін секвенирлеу арқылы геномның 3D ұйымын зерттеуге болады. Hi-C геномның жеңіл оралған бөліктерінің (А бөлімдері, эухроматин) және транскрипциялық белсенді болуы ықтималдығы жоғарырақ және тығызырақ оралған аймақтардың (В бөлімдері, гетерохроматин) таралуын зерттеуге мүмкіндік береді. Hi-C сонымен қатар топологиялық байланысқан домендерді (TADs), геномның бүктелген құрылымдары бар және ұқсас экспрессия үлгілеріне ие аймақтарын анықтау үшін және хроматин ілмектерін, ақуыздармен біріктірілген ДНҚ аймақтарын анықтау үшін пайдаланылуы мүмкін. реттеуші элементтермен жиі байытылған. BMKGene компаниясының Hi-C секвенирлеу қызметі зерттеушілерге геномиканың кеңістіктік өлшемдерін зерттеуге мүмкіндік береді, геномды реттеуді және оның денсаулық пен аурудағы салдарын түсінудің жаңа жолдарын ашады.
-
Хроматиндік иммунопреципитация реттілігі (ChIP-секв)
Хроматиндік иммунопреципитация (CHIP) – ДНҚ-байланыстырушы ақуыздарды және олардың сәйкес геномикалық нысандарын селективті байыту үшін антиденелерді пайдаланатын әдіс. Оның NGS-пен интеграциясы гистон модификациясымен, транскрипция факторларымен және басқа ДНҚ-байланыстырушы ақуыздармен байланысты ДНҚ нысандарының геномдық профилін жасауға мүмкіндік береді. Бұл динамикалық тәсіл әртүрлі жасуша түрлері, тіндері немесе жағдайлары бойынша байланысу орындарын салыстыруға мүмкіндік береді. ChIP-Seq қолданбалары транскрипциялық реттеу мен даму жолдарын зерттеуден ауру механизмдерін түсіндіруге дейін, оны геномдық реттеу ландшафттарын түсіну және терапевтік түсініктерді жетілдіру үшін таптырмас құрал етеді.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Тұтас геномдық бисульфитті секвенирлеу (WGBS)
Тұтас геномды бисульфиттік секвенирлеу (WGBS) ДНҚ метилденуін терең зерттеудің алтын стандартты әдістемесі болып табылады, әсіресе гендер экспрессиясының және жасушалық белсенділіктің негізгі реттеушісі цитозиндегі (5-mC) бесінші позиция. WGBS негізінде жатқан принцип метилденген цитозиндерді өзгеріссіз қалдыра отырып, метилденбеген цитозиндердің урацилге (C-ден U) айналуын индукциялайтын бисульфитті өңдеуді қамтиды. Бұл әдіс зерттеушілерге метиломды жан-жақты зерттеуге және әртүрлі жағдайлармен, әсіресе қатерлі ісікпен байланысты қалыптан тыс метилдену үлгілерін ашуға мүмкіндік беретін бір негізді ажыратымдылықты ұсынады. WGBS қолдану арқылы ғалымдар әртүрлі биологиялық процестер мен аурулардың негізінде жатқан эпигенетикалық механизмдер туралы нюансты түсінуді қамтамасыз ете отырып, геномдық метилдену ландшафттары туралы теңдесі жоқ түсініктерге қол жеткізе алады.
-
Жоғары өткізу қабілеттілігі бар Транспозаға қол жетімді хроматинді талдау (ATAC-seq)
ATAC-seq – геном бойынша хроматиннің қолжетімділігін талдау үшін пайдаланылатын жоғары өнімді секвенирлеу әдісі. Оны қолдану ген экспрессиясын жаһандық эпигенетикалық бақылаудың күрделі механизмдерін тереңірек түсінуге мүмкіндік береді. Әдіс секвенирлеу адапторларын кірістіру арқылы ашық хроматин аймақтарын бір уақытта фрагменттеу және белгілеу үшін гиперактивті Tn5 транспозасын пайдаланады. Кейінгі ПТР күшейту нақты кеңістік-уақыт жағдайында ашық хроматин аймақтарын жан-жақты анықтауға мүмкіндік беретін секвенирлеу кітапханасын құруға әкеледі. ATAC-seq транскрипция факторын байланыстыру орындарына немесе нақты гистонмен модификацияланған аймақтарға ғана бағытталған әдістерге қарағанда, қолжетімді хроматин пейзаждарының тұтас көрінісін қамтамасыз етеді. Осы ашық хроматин аймақтарын секвенирлеу арқылы ATAC-seq геном бойынша ген экспрессиясының динамикалық модуляциясы туралы құнды түсініктерді ұсына отырып, белсенді реттеуші реттіліктер мен ықтимал транскрипция факторын байланыстыру учаскелеріне көбірек бейім аймақтарды ашады.
-
Қысқартылған өкілдік бисульфит реттілігі (RRBS)
Қысқартылған өкілдік бисульфит секвенциясы (RRBS) ДНҚ метилдену зерттеулерінде толық геномдық бисульфит секвенциясына (WGBS) үнемді және тиімді балама ретінде пайда болды. WGBS бір базалық рұқсатта бүкіл геномды зерттеу арқылы жан-жақты түсініктерді қамтамасыз еткенімен, оның жоғары құны шектеуші фактор болуы мүмкін. RRBS геномның репрезентативті бөлігін іріктеп талдау арқылы бұл мәселені стратегиялық түрде жеңілдетеді. Бұл әдістеме CpG аралдарына бай аймақтарды MspI бөлінісі арқылы байытуға, содан кейін 200-500/600 бит/с фрагменттердің өлшемдерін таңдауға негізделген. Демек, CpG аралдарына жақын аймақтар ғана реттелген, ал алыстағы CpG аралдары бар аймақтар талдаудан шығарылады. Бисульфитті секвенирлеумен біріктірілген бұл процесс ДНҚ метилденуін жоғары ажыратымдылықпен анықтауға мүмкіндік береді және PE150 секвенирлеу тәсілі ортасынан емес, кірістірулердің ұштарына ерекше назар аударады, метилдену профилін жасау тиімділігін арттырады. RRBS - үнемді ДНҚ метилденуін зерттеуге мүмкіндік беретін және эпигенетикалық механизмдер туралы білімді жетілдіретін баға жетпес құрал.
