Геном эволюциясы
Сурет
Алтын балықдың эволюциялық және отандық тарихы (Карассиус Аврат)
Pacbio | Иллумина | Бионано генома картасы | HI-C Genome құрастыру | Генетикалық карта | GWAS | РНҚ-сек
Тармақтар
1.goldish геномы жоғары сапалы драйверлермен жаңартылды, оның ішінде 50 псевохромосомалардан тұрады, 95,75% контригтерден (Scafold N50 = 31,84 МБ). Екі субгеномалар ажыратылды.
2.Оңемлекеттік селекттердің аймақтарын таңдау кезінде селекциялық сыпырулар 201 жеке тұлғалардың қалпына келтіру мәліметтерінен анықталды, олар билік белгілерімен байланысты 390 кандидаттық геннен асып түседі.
3. Доральды алтын балық аулауға арналған отандастырылған алтын балық аулау 378 үміткердің гендерін анықтады. Тирросин-протеин Киназа репортері мөлдірлікпен байланысты кандидат гені ретінде анықталды
Кейінгі жақ
Алтын балық (Carasssius Auratus) - ежелгі Қытайдағы крестиялық тұқыдан отандық фермерлік балықтардың бірі. Оларға Чарльз Дарвин түсініктеме берді, өйткені «түстердің шексіз әртүрлілігімен өту, біз құрылымның ең ерекше түрлендірулерімен кездесеміз». Өте алуан түрлі ерекшеліктер мен үй шаруашылығының және асыл тұқымды тұқымдық алтын балық, балық физиологиясы мен эволюциясы үшін керемет генетикалық модельдік жүйе.
Жетістіктер
Голдиктер геномы
JАнықтамалық пакбио мен иллюминаны жұптармен талдауға арналған мәліметтерді талдауға арналған мәліметтер бастапқы 1.657 G жобасын береді (conig n50 = 474 Kb). Bionano оптикалық картасы құрастыруды 1,73 ГБ мөлшеріне дейін шығарды және түзетті (Genome мөлшері: 1,8 ГБ). Hi-C негізіндегі жинақ одан әрі 606 КБ-тан 31,84 МБ-ға дейін және 95,75% -ға (1,65 ГБ) қол жеткізді және бекітуге тапсырыс берді. Геномға 56,251 кодтау гендері және 10,098 ұзындық кодталмаған транскрипт кіреді. Сонымен қатар, 38 әлеуетті центромериялық аймақтар 50 хромосомадан алынды.
1-сурет алтын балық геномы
Tежелгі будандастыру оқиғасынан алынған 50 алтын балық хромосомаларында субгеномалардың жиынтығы анықталды. Алтын балық пен барчина арасында тураланған хромосомалар жиынтығы A (Chra01 ~ A25), яғни вентчинаға ортақ, яғни венчинамен ортақ, ал қалған бөліктері ретінде анықталды (CHRB01 ~ B25).
Үйлену және селективті сыпыру
AЖалпы 16 жабайы типтегі крест және 185 өкілді алтын балық нұсқалары шамамен 12.5x-тің орташа ұзартқыш тереңдігі шамамен 12.5x құрайды. Филогенетикалық қайта құру және PCA талдауы басқа алтын балыққа қарағанда кең таралған алтын балық және крестес тұқы арасындағы байланысын растады.
LD Шешу Төртіншіден жоғары, төрт субпопуляция бойынша талдау үйдің генетикалық бұзылуының барын және алтын балық аулау кезінде қатты жасанды іріктеуді қолдады. Генетикалық әртүрлілікті (π) кресьян тұқыдан бастап алтын балық пен жұмыртқа алтынффтарын одан әрі ұлғайтуды арттыру. Өкілдерден 25,2 МБ және 946 гендік 50 селективті жуық геномдық өңірлер (33 алтын және 16 крестиялық крап) таратылды. Талдауды кеңейту 201 адамға дейін, 393 гендер аяқталған аймақтарды көрсетті. Бұл гендер төмен әртүрліліктен табылды, бұл алтын балық аулаудың негізгі белгілерімен байланысты фенотиптерге ықпал етті.
3-сурет геномдық кең үйді оқытуға байланысты талдау
Үйдегі алтын балық
DOrsal Fin - бұл негізгі қасиет WEN алтын балықын жұмыртқа алтын баласынан ажыратады. Дорсальдық финнің ГВАС 96 ВЕНТТІГІ ЖӘНЕ 87 жұмыртқа алтын балық 13 хромосомада таралған 378 кандидаттық гендік гендер, ал осы гендердің таратылғаны байқалды. Осы үміткерлердің функционалды талдауы «Жасуша қабатын рецептор сигнализациясы», «Трансмембраналық тасымалдау», «Қаңқа жүйесін дамыту», т.б.
Үлкен алтын балықтардағы дорсальды фин гва
IN GWA Масштабты ауқымды белгілердің, біртұтас күшті қауымдастықтың біркелкі шыңы анықталды. Тирросин-ақуыздық кинозды кодтау кандидат аймақтарының бірінде анықталды.
5-суреттегі масштабты мөлдір белгілер
Сілтеме
CХен D және al. Алтын балықдың эволюциялық және отандық тарихы (Карассиус Аврат). PNAS (2020)
Жаңалықтар Биомаркерлік технологиялармен, ғылыми жетістіктермен, сондай-ақ зерттеу барысында қолданылатын көрнекті әдістермен танысқан ең соңғы сәтті істерді бөлісуге бағытталған.
POST уақыты: қаңтар-04-2022