Жалпы геномды резекциялау
Genomics SARS-COV-2 мониторингі SARS-COV-2 шешілмейді NSP1 Delection нұсқасы, модуляттар INTERON Reporte түрі
Nanopore | Иллумина | Жалпы геномды қалпына келтіру | Метагеномика | РНҚ-SEQ | Сұрау
Биомаркерлік технологиялар осы зерттеудегі үлгіні таңдау бойынша техникалық қолдау көрсетті.
Тармақтар
1.SARS-COV-2 геноценкинг және филogn-ді аралық талдау және филестидиялық талдау 35 қайталанатын миссияны, оның ішінде 31 SNP және 4 инсельдерді анықтайды.
2. 117 клиникалық фенотиппен бірге () 117 фенотиппен байланысты
маңызды мутациялар.
Δ500-532 NSP1 кодтау аймағында төменгі вирустармен байланысады
3. Жүктеу және сарысу Ifn-β.
4. IFN-i бағдарламасы төмен γ500-532 мутациясы барViral изоляттары
жұқтырған жасушалардағы жауап.
Тәжірибелік дизайн
Жетістіктер
1. Ковид-19 эпидемиологиялық және геномдық бақылау
Сычуань провинциясында Сычуань провинциясында Сычуань провинциясында, 2020 жылғы 20 қаңтардан бастап, 20.03.20-дан кейін капитал. Сычуаньдағы расталған істер экспоненциалды түрде өсті, 30 қаңтарда шыңы. Сондай-ақ, мәліметтерді әлеуметтік байланыстыру вирустың таралуын болдырмаудың негізгі факторы бола алады.
1-сурет. Сычуань провинциясындағы Ковид-19 эпидемиологиялық зерттеуі, Қытай
2. SARS-COV-2 геномдық құрылыс және варианттарды анықтау
Мультиплексті күшейтумен, содан кейін нанопорлық тізбекпен, барлығы 248 науқастың барлығы 248 науқастары өндірілді. Геномдардың 80% -ы 10 оқылады (орташа тереңдік: әр үлгі бойынша 0,39 м).
2-сурет. Сычуан когортындағы әр нұсқалардың жиілігі
Барлығы 104 SNPS және 18 Andels Sars-Cov-2 геномдарынан анықталды, оның ішінде 31 SNP және 4 Andels қайталанатын генетикалық нұсқалар ретінде анықталған. Оларды Вуханнан 169 үлгімен және 81,391 жоғары сапалы жариялаумен және GISAT-пен салыстырғанда, басқа континенттерде ұсынылған 35 нұсқалардың 29-ы. Төрт нұсқа, оның ішінде δ500-532, ACC18108at, δ72108 және T13243C, бұл нұсқаларда Вуханнан аулақ болғанын білдіретін, төрт нұсқа табылды, бұл нұсқалармен танысқаны туралы білді Науқастардың іссапарлары.
Эволюциялық талдау, максималды ықтималдылықпен (ML) әдісімен және Байесиялық молекулалық сағаттармен айналысады, ал басқа аймақтардан 88 жаңа Сфром және 250-і емленген геномдармен өңделді. Δ500-532 (NSP1 кодтау аймағындағы жою) геномдар (NSP1 кодтау аймағындағы жою) филогенетикалық ағашқа таратылды. NSP1 нұсқаларындағы гаплотипті талдау олардың 5-ін бірнеше қалалардан анықтады. Бұл нәтижелер δ500-532 бірнеше қалаларда болған және Вуханнан бірнеше рет импортталуы мүмкін деп болжайды.
Сурет 2. SASS-COV-2 геномдарындағы қайталанатын генетикалық нұсқалар мен филогенетикалық талдау
3. Клиникалық салдары бар қайталанатын генетикалық нұсқалар қауымдастығы
117 Клиникалық фенотиптер Ковид-19 ауырлық дәрежесімен байланысты болды, онда 19 ауырлыққа байланысты фенотиптер ауыр және ауыр емес қасиеттерге жіктелген. Осы белгілер мен 35 қайталанатын генетикалық нұсқалар арасындағы қарым-қатынас екі кластер емін қыздырды. GSEA-ға ұқсас байытуды талдау Талдау వ500-532-мен ESR-мен теріс байланыстырылған, қандағы IFN-β және CD8 + T ұяшықтары. Сонымен қатар, QPCR тесттері δ500-532 вирус-гаркорлық вирустық пациенттердің икемділігімен ауыратын науқастардың ең жоғары мәні, яғни вирустық жүктеме болды.
3-сурет. Клиникалық фенотиптері бар 35 қайталанатын генетикалық нұсқалардың қауымдастықтары
4. Вирустық мутациялық вирустық клиникалық фенотиптер туралы тексеру
NSP1 функциялары бойынша δ500-532 әсерін түсіну үшін, Hek239t ұяшықтары толық ұзындықты, WT NSP1 және мутант формаларын толықтырады. Әрбір өңделген Hek239t жасушаларының транскриптомды профильдері PCA талдауы үшін өңделді, делетон мутанттарының салыстырмалы түрде жақындап, WT NSP1-ден айтарлықтай ерекшеленді. Мутанттарда айтарлықтай көтерілген гендер негізінен «Пептид биосинтикалық процесінде», «рибонуклеоплеопиналды кешенді», «Мембранаға / ER» және т.с.с., т.с.с., екі делеует expssion expsion үлгісін көрсетті.
4-сурет. Hek239T ұяшықтарында транскриптомды талдау Wt NSP1 және сол
IFN-1 реакциясына қатысты жоюдың әсері шамадан тыс зерттеулерде де сыналды. Барлық сыналған жоюлар ХҚЕС-1 репсонын трансформациялы Heak239t және A549 ұяшығында транскриптомдық деңгейге де, ақуыз деңгейінде азайтуға арналған. Бір қызығы, «Вирусқа қарсы қорғаныс», «Вирустық геномдық репликация», «РНҚ полимеразы II» транскрипциясын реттеу »,« I II транскрипциясы »және« I II түріне жауап беру »,« Вирустық геномдық репликация »-да байқалды.
5-сурет. Δ500-532 мутантындағы интерферон сигнализация жолдарын төмендету
Осы зерттеуде бұл жоюдың вирусқа әсері вирустық инфекциямен расталды. Кейбір мутанттары бар вирустар клиникалық үлгілерден оқшауланған және Calu-3 жасушаларына жұқтырды. Вирустық инфекция бойынша зерттеу нәтижелерін қағазда оқуға болады.
Doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
Сілтеме
LIN J, Tang C, Wei H, де-де. SARS-COV-2 геномдық мониторингі Ашуланбаған NSP1 NSP1 жою нұсқасы INTERFERON реакциясы түрлендіреді [J]. Ұяшық хосты мен микроб, 2021.
Жаңалықтар мен маңызды оқиғалар Биомаркерлік технологиялармен, ғылыми жетістіктермен, сондай-ақ зерттеу барысында қолданылатын көрнекті әдістермен танысқан ең соңғы сәтті істерді бөлісуге бағытталған.
POST TIME: қаңтар-06-2022