●Кең көлемдегі сараптама және жарияланым жазбалары: GWAS-те жинақталған тәжірибесі бар BMKGene GWAS популяциясын зерттеуде жүздеген түр жобаларын аяқтады, зерттеушілерге 100-ден астам мақалаларды жариялауға көмектесті және жиынтық әсер ету коэффициенті 500-ге жетті.
● Жан-жақты биоинформатика талдауы: жұмыс процесі кандидат гендер жинағын және олардың сәйкес функционалдық аннотациясын жеткізетін SNP-белгілердің ассоциациясын талдауды қамтиды.
●Жоғары білікті биоинформатика командасы және қысқаша талдау циклі: озық геномикалық талдауда үлкен тәжірибесі бар BMKGene командасы жылдам өңдеу уақытымен жан-жақты талдаулар береді.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Тізбектеу түрі | Ұсынылатын популяция масштабы | Тізбектеу стратегиясы | Нуклеотидтерге қойылатын талаптар |
Тұтас геномды реттілік | 200 үлгі | 10x | Концентрация: ≥ 1 нг/ мкл Жалпы сома≥ 30 нг Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ |
Арнайы локусты күшейтілген фрагмент (SLAF) | Тег тереңдігі: 10x Тегтер саны: < 400 Мб: WGS ұсынылады < 1Гб: 100K тегтер 1 Гб > 2Гб: 300K тегтер Ең көбі 500 мың тег | Концентрация ≥ 5 нг/мкл Жалпы сомасы ≥ 80 нг Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Агароза гелі: деградация немесе ластану жоқ немесе шектеулі
|
Әртүрлі сорттар, кіші түрлер, жер нәсілдері/гендік банктер/аралас тұқымдастар/жабайы ресурстар
Әртүрлі сорттар, түршелер, ландрасалар
Жартылай отбасы/толық отбасы/жабайы ресурстар
Келесі талдауды қамтиды:
SNP-сипат ассоциациясының талдауы - Манхэттен сюжеті
SNP-сипат ассоциациясының талдауы – QQ сюжеті
BMKGene's de GWAS қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді жарияланымдар жинағы арқылы зерттеңіз:
Lv, L. et al. (2023) «Геномдық қауымдастықты зерттеу арқылы Sinonovacula constricta ұстарасының аммиак төзімділігінің генетикалық негіздерін түсіну»,Аквакультура, 569, б. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Ли, X. және т.б. (2022) «Түлкіқұйрық тарысының 398 қосылуының мульти-омикалық талдауы үй шаруашылығына, метаболиттік қасиеттерге және қабынуға қарсы әсерлерге байланысты геномдық аймақтарды анықтайды',Молекулярлық өсімдік, 15(8), 1367–1383 беттер. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Ли, Дж. және т.б. (2022) «Құрғақшылық ортадағы қабықсыз фенотиптердің кең геномдық ассоциациясының картасы»,Өсімдіктанудағы шекаралар, 13, б. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Чжао, X. және т.б. (2021) 'Сульфотрансферазаны кодтайтын GmST1 соя мозаикалық вирусының G2 және G3 штамдарына төзімділік береді',Өсімдік, жасуша және қоршаған орта, 44(8), 2777–2792 беттер. doi: 10.1111/PCE.14066.