De Novo саңырауқұлақ геномдық құрастыру
BMKGENE саңырауқұлақ геномдарына, әр түрлі зерттеу қажеттіліктерін қанағаттандыру және геномның толықтығын тамақтандыру үшін жан-жақты шешімдерді ұсынады. Қысқа оқылатын импульсинді пайдалану тек геномның жобасын жасауға мүмкіндік береді. Нанопорды немесе Pacbio көмегімен қысқа оқылған және ұзақ оқу реттегі ұзаққа созылған саңырауқұлақ геномы үшін біріктірілген. Сонымен қатар, Hi-C тізбегін біріктіру одан әрі хромосома деңгейіндегі геномның қол жеткізуге мүмкіндік беретін мүмкіндіктерді жақсартады.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
Геномның толықтығының қажетті дәрежесіне байланысты таңдаудың үш мүмкін нұсқасы:
● геномның жобасы Опция: Иллюминина ПЭ150 көмегімен қысқа оқылған реттілік.
● Саңырауқұлақ Жұқа геном опциясы:
Геномды зерттеу: Иллюмина Новак ПЭ150.
ЖАҢА ЖАСАУ: Пакбио Ревио (ХИФИ оқылады) немесе Nanopore Promehion 48.
● хромосома деңгейіндегі саңырауқұлақ геномы:
Геномды зерттеу: Иллюмина Новак ПЭ150.
ЖАҢА ЖАСАУ: Пакбио Ревио (ХИФИ оқылады) немесе Nanopore Promehion 48.
Hi-C құрастыруымен конверсияны бекіту.
Қызметтің артықшылықтары
●Бірнеше реттілік стратегиясы қол жетімді: Әр түрлі зерттеу мақсаттары мен геномның толықтығының талаптары үшін
●Толық биоинформатика жұмыс процесі:Бұған геномды жинау және бірнеше геномдық элементтерді, функционалды ген аннотациясын және контиганы бекітуді қамтиды.
●Кең сараптама: 12000-нан астам микроб геномдарымен жиналған, біз онжылдық тәжірибе, жоғары білікті талдау тобы, жан-жақты мазмұн және сатылымнан кейінгі керемет қолдау көрсетеміз.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемелеріміз жобаны аяқтағаннан кейін 3 айдан кейінгі қызмет көрсету мерзімін ұзартады. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез-келген сұраныстарды шешуге бағытталған, ақаулықтарды жою, ақаулықтарды жою, & A сессияларын ұсынамыз.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
| Қызмет көрсету | САЯСАТ САЯСАТЫ | Сапаны бақылау |
| Жобаның геномы | Иллюминина PE150 100x | Q30≥≥85% |
| Жұқа геном | Genome сауалнамасы: Illumina PE150 50 x Құрастыру: Pacbio Hifi 30x немесе Nanopore 100x | Conig N50 ≥1MB (Pacbio unicellular) Conig N50 ≥2MB (ont unicellular) Conig N50 ≥500Kb (Басқалары) |
| Хромосома деңгейіндегі геном | Genome сауалнамасы: Illumina PE150 50 x Құрастыру: Pacbio Hifi 30x немесе Nanopore 100x Hi-C құрастыру 100x | Кониганы бекіту коэффициенті> 90%
|
Қызмет көрсету талаптары
| Концентрация (NG / мкл) | Жалпы сома (мкг) | Көлемі (мкл) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Нанопор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Илумина | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Біріктірілмеген саңырауқұлақтар: ≥3.5x1010 Ұяшықтар
Макро саңырауқұлақтар: ≥10 г
Қызмет көрсету ағымы
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Жүйелі кідіріс
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
Genome сауалнамасы:
- Деректердің сапасын бақылау
- Геномды бағалау: мөлшері, гетерозиготос, қайталанатын элементтер
Жұқа геномды құрастыру:
- Деректердің сапасын бақылау
- De novoЖиналыс
- Геноментті компоненттерді талдау: CD-ді болжау және бірнеше геномдық элементтерді болжау
- Бірнеше жалпы мәліметтер базасымен (GO, KEGG және т.б.) және алдыңғы қатарлы мәліметтер базасымен функционалды аннотация (карта, VFDB және т.б.)
HI-C құрастыру:
- Хи-С кітапхананы бағалау.
- Кластерлеуді байлау, тапсырыс беру және бағдарлау
- Hi-C құрастыруды бағалау: геном және жылу картасына негізделген
Геномды зерттеу: K-Mer Тарату
Геномды құрастыру: ген гомологиялық аннотация (NR дерекқоры)
Геномды құрастыру: функционалды гендік аннотация (Go)
БҚКгеннің саңырауқұлақ геномдық құрастыру қызметтері жекелеген басылымдар жинағы арқылы жеңілдетілген жетістіктерді зерттеңіз.
Хао, Дж. Е.Т. (2023) 'Саңылаулы жағдайда дәрілік саңырауқұлақ интеоттық саңырауқұлақтарының интеграцияланған омбикалық профильдеу',BMC геномикасы, 24 (1), 1-12 бет. Doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / суреттер / 3.
LU, L. және al. (2023) «Геномды кезеңдер бидайдың эволюциясы мен патогендік механизмдерін анықтайды,Дақыл журналы, 11 (2), 405-416 бет. Doi: 10.1016 / j.cj.2022.07.07.024.
Чжан, Х.Т. (2023) «Төрт Кларирия түрлеріне арналған геномдық ресурстар» әр түрлі турфрассалардағы доллар дақтары пайда болды ',Өсімдік ауруы, 107 (3), 929-934 бет. Doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Чжан, С.С. және басқалар. (2023) 'жеуге болатын саңырауқұлақ грифола Fronnosa' тетраполярлы жұптасатын жүйенің генетикалық және молекулалық дәлелдері,Саңырауқұлақтар журналы, 9 (10), б. 959. Doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
