BMKMANU S3000_Кеңістіктік транскриптом
BMKMANU S3000 Кеңістіктік транскриптомның техникалық схемасы
Ерекше өзгешеліктері
- Ажыратымдылық: 3,5 мкм
- Дақ диаметрі: 2,5 мкм
- Дақтар саны: шамамен 4 миллион
- Түсіру аймағының 3 ықтимал пішімі: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм немесе 15 мм * 20 мм
- Әрбір штрих-кодталған моншақ 4 бөлімнен тұратын праймермен жүктеледі:
• мРНҚ дайындау және кДНҚ синтезі үшін поли(dT) құйрық,
• Күшейтудің ауытқуын түзету үшін бірегей молекулалық идентификатор (UMI).
• Кеңістіктік штрих-код
• Ішінара оқу 1 реттілік праймерінің байланыстыру тізбегі
- H&E және кесінділерді флуоресцентті бояу
- Жасушаны сегменттеу технологиясын қолдану мүмкіндігі: әрбір жасушаның шекарасын анықтау және әрбір жасушаға ген экспрессиясын дұрыс тағайындау үшін H&E бояуын, флуоресцентті бояуды және РНҚ секвенирлеуін біріктіру. Ұяшық қалтасына негізделген төменгі ағындағы кеңістіктік профильді талдауды өңдеу.
- Көпдеңгейлі ажыратымдылық талдауына қол жеткізу мүмкіндігі: Оңтайлы ажыратымдылықта әртүрлі ұлпа ерекшеліктерін шешу үшін 100um-ден 3,5 мм-ге дейінгі икемді көп деңгейлі талдау.
BMKMANU S3000 артықшылықтары
-Түсіру нүктелерін 4 миллионға дейін екі есеге арттыру: 3,5 uM жақсартылған ажыратымдылықпен, әрбір жасушаға ген мен UMI анықтауының жоғарылауына әкеледі. Бұл тіндердің құрылымына сәйкес келетін егжей-тегжейлі егжей-тегжейлі транскрипциялық профильдер негізінде жасушалардың жақсартылған кластерленуіне әкеледі.
- Жасуша асты ажыратымдылығы:Әрбір түсіру аймағында диаметрі 2,5 мкм және нүкте орталықтары арасындағы аралық 5 мкм болатын >2 миллион кеңістіктік штрих-кодталған нүктелер болды, бұл жасушааралық ажыратымдылықпен (5 мкм) кеңістіктік транскриптомды талдауға мүмкіндік береді.
-Көп деңгейлі ажыратымдылықты талдау:Оңтайлы ажыратымдылықта әртүрлі ұлпа ерекшеліктерін шешу үшін 100 мкм-ден 5 мкм-ге дейінгі икемді көп деңгейлі талдау.
-«Бір слайдта үш» ұяшықты сегменттеу технологиясын пайдалану мүмкіндігі:флуоресценциялық бояуды, H&E бояуын және бір слайдта РНҚ секвенирлеуін біріктіре отырып, біздің «үш-бірде» талдау алгоритмі жасушаға негізделген кейінгі транскриптомика үшін жасуша шекараларын анықтауға мүмкіндік береді.
-Бірнеше реттілік платформаларымен үйлесімді: NGS және ұзақ оқылатын реттілік қол жетімді.
-1-8 белсенді түсіру аймағының икемді дизайны: түсіру аймағының өлшемі икемді, 3 форматты (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм және 15 мм * 20 мм) пайдалануға болады.
-Бір терезе қызметі: криосексуация, бояу, тіндерді оңтайландыру, кеңістіктік штрих-кодтау, кітапхананы дайындау, реттілік және биоинформатиканы қоса алғанда, барлық тәжірибе мен дағдыларға негізделген қадамдарды біріктіреді.
-Кешенді биоинформатика және нәтижелердің пайдаланушыға ыңғайлы визуализациясы:пакет 29 талдау мен 100+ жоғары сапалы фигураларды қамтиды, олар ұяшықтарды бөлу мен нүктелік кластерлеуді визуализациялау және теңшеу үшін ішкі әзірленген бағдарламалық құралды пайдаланумен біріктірілген.
-Теңшелген деректерді талдау және визуализация: әртүрлі зерттеу сұраулары үшін қол жетімді
-Жоғары білікті техникалық команда: адам, тышқан, сүтқоректілер, балықтар және өсімдіктерді қоса алғанда, 250-ден астам ұлпа түрлерінде және 100-ден астам түрлерде тәжірибесі бар.
-Бүкіл жоба бойынша нақты уақыттағы жаңартулар: эксперименттік үлгерімді толық бақылаумен.
-Бір жасушалы мРНҚ секвенирлеуімен қосымша бірлескен талдау
Қызмет сипаттамалары
| Үлгіге қойылатын талаптар | Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| OCT енгізілген крио үлгілері (Оңтайлы диаметрі: шамамен. 6×6×6 мм³) Әр үлгіге 2 блок 1 эксперимент үшін, 1 резервтік көшірме үшін | S3000 cDNA кітапханасы | Illumina PE150 | 100υM (250 Гб) үшін 160K PE оқулары | RIN > 7 |
Үлгіні дайындау бойынша нұсқаулық және қызмет көрсету жұмыс процесі туралы қосымша мәліметтер алу үшін аBMKGENE сарапшысы
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні дайындау кезеңінде жоғары сапалы РНҚ алу мүмкіндігін қамтамасыз ету үшін РНҚ экстракциясының бастапқы көлемді сынағы орындалады. Тіндерді оңтайландыру сатысында бөлімдер боялады және визуалды түрде көрсетіледі және тіннен мРНҚ босату үшін өткізгіштік жағдайлары оңтайландырылған. Оңтайландырылған хаттама кітапхананы құру кезінде қолданылады, содан кейін реттілік және деректерді талдау.
Толық қызмет жұмыс процесі жобаның біркелкі орындалуын қамтамасыз ете отырып, жауап беретін кері байланыс циклін қолдау үшін нақты уақыттағы жаңартуларды және клиенттің растауларын қамтиды.
BMKMANU S3000 арқылы жасалған деректер ұяшық деңгейін және көп деңгейлі ажыратымдылық Ген экспрессиялық матрицасын генерациялай отырып, BMKGENE тәуелсіз құрастырған «BSTMatrix» бағдарламалық құралы арқылы талданады. Осы жерден деректер сапасын бақылауды, ішкі үлгілік талдауды және топ аралық талдауды қамтитын стандартты есеп жасалады.
- Деректер сапасын бақылау:
- Деректерді шығару және сапа ұпайларын бөлу
- Әр нүктеде генді анықтау
- Тіндерді жабу
- Ішкі үлгіні талдау:
- Гендік байлық
- Қысқартылған өлшемді талдауды қоса, нүктелік кластерлеу
- кластерлер арасындағы дифференциалды экспрессиялық талдау: маркер гендерін идентификациялау
- Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
- Топаралық талдау
- Екі үлгідегі дақтарды қайта біріктіру (мысалы, ауру және бақылау) және қайта кластер
- Әрбір кластер үшін маркер гендерін анықтау
- Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
- Топтар арасындағы бірдей кластердің дифференциалды өрнектелуі
Сонымен қатар, BMKGene әзірлеген «BSTViewer» пайдаланушыға әртүрлі ажыратымдылықтағы гендік экспрессияны және нүктелік кластерлеуді визуализациялауға мүмкіндік беретін ыңғайлы құрал болып табылады.
BMKGene дәл бір ұяшықты ажыратымдылықпен кеңістіктік профильдеу қызметтерін ұсынады (ұяшық қалтасына немесе 100um-ден 3,5um-ге дейінгі көп деңгейлі шаршы қалтаға негізделген).
S3000 слайдындағы тіндік бөлімдерден алынған кеңістіктік профильдеу деректері төмендегідей жақсы орындалды.
Жағдай 1: Тышқанның миы
S3000 бар тінтуірдің миының бөлімін талдау бір жасушада ~2000 геннің медианалық реттілігімен ~94 000 жасушаны анықтауға әкелді. 3,5 uM жақсартылған ажыратымдылық транскрипциялық үлгілерге негізделген жасушалардың өте егжей-тегжейлі кластерленуіне әкелді, жасушалар кластерлері мидың сараланған құрылымдарына еліктейді. Мұны олигодендроциттер мен микроглия жасушалары түрінде топтастырылған жасушалардың таралуын визуализациялау арқылы оңай байқауға болады, олар тек дерлік сұр және ақ заттарда орналасқан.
Жағдай 2: Тышқан эмбрионы
S3000 бар тінтуір эмбрионының бөлімін талдау әрбір жасушада ~1600 геннің медианалық реттілігімен ~2200 000 жасушаны анықтауға әкелді. 3,5 uM жақсартылған ажыратымдылық транскрипциялық үлгілерге негізделген жасушалардың өте егжей-тегжейлі кластерленуіне әкелді, көз аймағында 12 кластер және ми аймағында 28 кластер.
Ішкі үлгіні талдау ұяшықтарын кластерлеу:
Маркер гендерінің идентификациясы және кеңістікте таралуы:
- жоғары жасушалық ажыратымдылық: S1000 слайдымен салыстырғанда, S3000 әрбір түсіру аймағында диаметрі 2,5 мкм және нүкте орталықтары арасындағы қашықтық 3,5 мкм болатын >4 миллион кеңістіктік штрих-кодтық нүктелер бар, бұл жоғары жасушалық ажыратымдылықпен кеңістіктік транскриптомды талдауға мүмкіндік береді. (шаршы қалта: 3,5 мкм).
- Жоғары түсіру тиімділігі: S1000 слайдымен салыстырғанда, Median_UMI 30%-дан 70%-ға дейін, Median_Gene 30%-дан 60%-ға дейін артады
S1000 чипінің схемасы:
S3000 чипінің схемасы:
