BMKMANU S1000 кеңістіктік транскриптом
BMKMANU S1000 Кеңістіктік транскриптомның техникалық схемасы
Ерекше өзгешеліктері
● Ажыратымдылық: 5 мкм
● Дақ диаметрі: 2,5 мкм
● Дақтар саны: шамамен 2 миллион
● Түсіру аймағының 3 ықтимал пішімі: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм немесе 15 мм * 20 мм
● Әрбір штрих-кодталған моншақ 4 бөлімнен тұратын праймермен жүктеледі:
поли(дТ) мРНҚ-ны дайындауға және кДНҚ синтезіне арналған құйрық
Күшейтудің ауытқуын түзету үшін бірегей молекулалық идентификатор (UMI).
Кеңістіктік штрих-код
Ішінара оқылатын 1 реттілік праймерінің байланыстыру тізбегі
● Бөлімдерді H&E және флуоресцентті бояу
● пайдалану мүмкіндігіжасушаларды сегменттеу технологиясы: әрбір жасушаның шекарасын анықтау және әрбір жасушаға ген экспрессиясын дұрыс тағайындау үшін H&E бояуын, флуоресцентті бояуды және РНҚ ретін біріктіру.
BMKMANU S1000 артықшылықтары
●Ішкі ұяшықты ажыратымдылық: Әрбір түсіру аймағында диаметрі 2,5 мкм және нүкте орталықтары арасындағы аралық 5 мкм болатын >2 миллион кеңістіктік штрих-кодталған нүктелер болды, бұл жасушадан тыс ажыратымдылықпен (5 мкм) кеңістіктік транскриптомды талдауға мүмкіндік береді.
●Көп деңгейлі ажыратымдылықты талдау:Оңтайлы ажыратымдылықта әртүрлі ұлпа ерекшеліктерін шешу үшін 100 мкм-ден 5 мкм-ге дейінгі икемді көп деңгейлі талдау.
●«Бір слайдта үш» ұяшықты сегменттеу технологиясын пайдалану мүмкіндігі:Бір слайдта флуоресцентті бояуды, H&E бояуын және РНҚ ретін біріктіре отырып, біздің «үш-бірде» талдау алгоритмі жасушаға негізделген кейінгі транскриптомика үшін жасуша шекараларын анықтауға мүмкіндік береді.
●Бірнеше реттілік платформаларымен үйлесімді: NGS және ұзақ оқылатын реттілік қол жетімді.
●1-8 белсенді түсіру аймағының икемді дизайны: Түсіру аймағының өлшемі икемді, 3 форматты (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм және 15 мм * 20 мм) пайдалануға болады.
●Бір терезе қызметі: Ол барлық тәжірибе мен дағдыларға негізделген қадамдарды біріктіреді, соның ішінде крио-кесу, бояу, тіндерді оңтайландыру, кеңістіктік штрих-кодтау, кітапхананы дайындау, секвенирлеу және биоинформатика.
●Толық биоинформатика және нәтижелердің пайдаланушыға ыңғайлы визуализациясы:пакет 29 талдау мен 100+ жоғары сапалы фигураларды қамтиды, олар ұяшықтарды бөлу мен нүктелік кластерлеуді визуализациялау және теңшеу үшін ішкі әзірленген бағдарламалық құралды пайдаланумен біріктірілген.
●Теңшелген деректерді талдау және визуализация: әртүрлі зерттеу сұраулары үшін қол жетімді
●Жоғары білікті техникалық команда: адам, тышқан, сүтқоректілер, балықтар және өсімдіктерді қоса алғанда, 250-ден астам ұлпа түрлерінде және 100-ден астам түрлерде тәжірибесі бар.
●Бүкіл жоба бойынша нақты уақыттағы жаңартулар: эксперименттік үлгерімді толық бақылаумен.
●Бір жасушалы мРНҚ секвенирлеуімен қосымша бірлескен талдау
Қызмет сипаттамалары
|
Үлгі Талаптар
| Кітапхана |
Тізбектеу стратегиясы
| Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| OCT енгізілген крио үлгілері, әрбір үлгіге 3 блок | S1000 cDNA кітапханасы | Illumina PE150 (басқа платформалар қол жетімді) | 100 мкм үшін 100K PE көрсеткіші (60-150 Гб) | RIN>7 |
Үлгіні дайындау бойынша нұсқаулық және қызмет көрсету жұмыс процесі туралы қосымша мәліметтер алу үшін аBMKGENE сарапшысы
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні дайындау кезеңінде жоғары сапалы РНҚ алу мүмкіндігін қамтамасыз ету үшін РНҚ экстракциясының бастапқы көлемді сынағы орындалады. Тіндерді оңтайландыру сатысында бөлімдер боялады және визуалды түрде көрсетіледі және тіннен мРНҚ босату үшін өткізгіштік жағдайлары оңтайландырылған. Оңтайландырылған хаттама кітапхананы құру кезінде қолданылады, содан кейін реттілік және деректерді талдау.
Толық қызмет жұмыс процесі жобаның біркелкі орындалуын қамтамасыз ете отырып, жауап беретін кері байланыс циклін қолдау үшін нақты уақыттағы жаңартуларды және клиенттің растауларын қамтиды.
BMKMANU S1000 арқылы жасалған деректер BMKGENE тәуелсіз әзірлеген, гендік экспрессиялық матрицаны құрайтын «BSTMatrix» бағдарламалық құралы арқылы талданады. Осы жерден деректер сапасын бақылауды, ішкі үлгілік талдауды және топ аралық талдауды қамтитын стандартты есеп жасалады.
● Деректер сапасын бақылау:
Мәліметтерді шығару және сапа ұпайларын бөлу
Әр нүктеде генді анықтау
Тіндерді жабу
● Ішкі үлгі талдауы:
Гендік байлық
Қысқартылған өлшемді талдауды қоса, нүктелік кластерлеу
Кластерлер арасындағы дифференциалды экспрессиялық талдау: маркер гендерін идентификациялау
Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
● Топаралық талдау:
Екі үлгідегі дақтарды қайта біріктіру (мысалы, ауру және бақылау) және қайта кластер
Әрбір кластер үшін маркер гендерін анықтау
Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
Топтар арасындағы бірдей кластердің дифференциалды өрнектелуі
Сонымен қатар, BMKGENE әзірлеген «BSTViewer» пайдаланушыға гендік экспрессияны және әртүрлі ажыратымдылықтағы нүктелік кластерлерді визуализациялауға мүмкіндік беретін ыңғайлы құрал болып табылады.
BMKGene пайдаланушыға ыңғайлы визуализация үшін бағдарламалық құрал әзірледі
BSTViewer көп деңгейлі ажыратымдылықтағы нүктелік кластерлеу
BSTCellViewer: ұяшықтарды автоматты және қолмен бөлу
Ішкі үлгіні талдау
Нүктелік кластерлеу:
Маркер гендерінің идентификациясы және кеңістікте таралуы:
Топ аралық талдау
Екі топтың және қайта кластердің деректер комбинациясы:
Жаңа кластерлердің маркер гендері:
Осы таңдаулы басылымда BMKManu S1000 технологиясымен BMKGene кеңістіктік транскриптомика қызметтері көмектесетін жетістіктерді зерттеңіз:
Сонг, X. және т.б. (2023) «Кеңістіктік транскриптомика қызанақ каллусында өсінді регенерациясына ықпал ететін жарықпен индукцияланған хлоренхималық жасушаларды анықтайды»,Америка Құрама Штаттарының Ұлттық ғылым академиясының материалдары, 120(38), б. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Сіз, Y. және т.б. (2023) «Секвенирлеуге негізделген кеңістіктік транскриптомиялық әдістерді жүйелік салыстыру»,bioRxiv, б. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
