მთელი გენომის ბისულის თანმიმდევრობა (WGBs)
მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (WGBs) დგას, როგორც ოქროს სტანდარტის მეთოდოლოგია დნმ-მეთილაციის სიღრმისეული გამოკვლევისთვის, კერძოდ, მეხუთე პოზიცია ციტოზინში (5-MC), გენის გამოხატვისა და უჯრედული მოქმედების მნიშვნელოვანი რეგულატორი. WGB– ების ძირითადი პრინციპი გულისხმობს ბისულფიტის მკურნალობას, რაც იწვევს არაჰილტილირებული ციტოზინების ურაცილებად გადაქცევას (C– დან U), ხოლო მეთილირებული ციტოზინების უცვლელი ტოვებს. ეს ტექნიკა გთავაზობთ ერთსაფეხურიანი რეზოლუციას, რაც მკვლევარებს საშუალებას აძლევს სრულყოფილად გამოიკვლიონ მეთილომა და გამოავლინონ არანორმალური მეთილაციის ნიმუშები, რომლებიც დაკავშირებულია სხვადასხვა პირობებთან, განსაკუთრებით კიბოსთან. WGB– ების გამოყენებით, მეცნიერებს შეუძლიათ მიიღონ შეუდარებელი შეხედულებები გენომის მასშტაბით მეთილაციის ლანდშაფტებში, რაც უზრუნველყოფს ეპიგენეტიკური მექანიზმების ნიუანსირებულ გაგებას, რომლებიც ემყარება მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებსა და დაავადებებს.
მომსახურების თვისებები
● მოითხოვს საცნობარო გენომს.
● ლამბდა დნმ ემატება ბისულფიტის კონვერტაციის ეფექტურობის მონიტორინგს.
● თანმიმდევრობა Illumina Novaseq– ზე.
მომსახურების უპირატესობები
●ოქროს სტანდარტი დნმ -მეთილაციის კვლევისთვის: ამ სექსუალურ მეთილაციის კონვერტაციის დამუშავების ტექნოლოგიას აქვს მაღალი სიზუსტე და კარგი რეპროდუქცია.
●ფართო დაფარვა და ერთსაფეხურიანი რეზოლუცია:მეთილაციის ადგილების გამოვლენა გენომის ფართო დონეზე.
●სრული პლატფორმა:მიაწოდეთ ერთჯერადი შესანიშნავი მომსახურება ნიმუშის დამუშავებისგან, ბიბლიოთეკის მშენებლობისგან, თანმიმდევრობით, ბიოინფორმატიკის ანალიზამდე.
●ფართო ექსპერტიზა: WGBS– ის თანმიმდევრობის პროექტებით წარმატებით დასრულდა სახეობების მრავალფეროვანი ასორტიმენტი, Bmkgene მოაქვს ათწლეულ გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციური ანალიზის ჯგუფს, ყოვლისმომცველ შინაარსს და შესანიშნავი გაყიდვების მხარდაჭერას.
●ტრანსკრიპტომიკის ანალიზთან შეერთების შესაძლებლობა: WGB– ების ინტეგრირებული ანალიზის საშუალებას სხვა OMICS მონაცემებით, როგორიცაა RNA-Seq.
ნიმუშის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემთა გამომუშავება | ხარისხის კონტროლი |
| Bisulfite მკურნალობდა | Illumina PE150 | 30x სიღრმე | Q30 ≥ 85% ბისულფიტის კონვერტაცია> 99% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/μl) | მთლიანი თანხა (μg) | დამატებითი მოთხოვნები | |
| გენომი დნმ | ≥ 5 | 400 ნგ | შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება |
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ -ის მოპოვება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
მონაცემთა მიწოდება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლეული თანმიმდევრობის ხარისხის კონტროლი;
● რუქა გენომის მითითებისთვის;
● 5MC მეთილირებული ბაზების გამოვლენა;
● მეთილაციის განაწილებისა და ანოტაციის ანალიზი;
● განსხვავებულად მეთილირებული რეგიონების ანალიზი (DMRs);
● DMR– სთან დაკავშირებული გენების ფუნქციური ანოტაცია.
5MC მეთილაციის გამოვლენა: მეთილირებული ადგილების ტიპები
მეთილაციის რუკა. 5MC მეთილაციის გენომის ფართო განაწილება
უაღრესად მეთილირებული რეგიონების ანოტაცია
განსხვავებულად მეთილირებული რეგიონები: ასოცირებული გენები
განსხვავებულად მეთილირებული რეგიონები: ასოცირებული გენების ანოტაცია (გენის ონტოლოგია)
გამოიკვლიეთ კვლევის წინსვლები, რომლებიც ხელს უწყობს Bmkgene- ს მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობის სერვისებს პუბლიკაციების კურდღელი კოლექციის საშუალებით.
გულშემატკივარი, Y. et al. (2020) 'დნმ-მეთილაციის პროფილების ანალიზი ცხვრის ჩონჩხის კუნთების განვითარების დროს, მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობის გამოყენებით',BMC Genomics, 21 (1), გვ. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'რომანი დეოქსირიბონუკლეინის მჟავას მეთილაციის შეფერხებები ვინილის ქლორიდის მიმართ დაქვემდებარებულ მუშებში',ტოქსიკოლოგია და სამრეწველო ჯანმრთელობა, 38 (7), გვ 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'ურთიერთობები გენომის მეთილაციას შორის, არა-კოდირების რნმ-ის, mRNA- ებისა და მეტაბოლიტების დონის მომატება პომიდვრის ხილის მომწიფებაში ",მცენარეთა ჟურნალი, 103 (3), გვ. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
