სპეციფიკური ლოკუსის გამაძლიერებელი ფრაგმენტის თანმიმდევრობა (SLAF-SEQ)
სამუშაო ნაკადი
ტექნიკური სქემა
მომსახურების თვისებები
● თანმიმდევრობა Novaseq– ზე PE150– ით.
● ბიბლიოთეკის მომზადება ორმაგი შტრიხკოდით, რაც საშუალებას იძლევა 1000 -ზე მეტი ნიმუშის გაერთიანება.
● ეს ტექნიკა შეიძლება გამოყენებულ იქნას საცნობარო გენომის გარეშე, ან მის გარეშე, თითოეული შემთხვევაში სხვადასხვა ბიოინფორმატული მილსადენებით:
საცნობარო გენომით: SNP და INDEL DISCOVERY
საცნობარო გენომის გარეშე: ნიმუშის კლასტერიზაცია და SNP აღმოჩენა
●სილიკოშიწინასწარი დიზაინის ეტაპი მრავალჯერადი შეზღუდვის ფერმენტის კომბინაციებშია ნაჩვენები, რომ იპოვოთ ის, ვინც გენომის გასწვრივ წარმოქმნის SLAF ტეგების ერთგვაროვან განაწილებას.
● წინასწარი ექსპერიმენტული დროს, ფერმენტის სამი კომბინაცია ტესტირება ხდება 3 ნიმუშში, 9 SLAF ბიბლიოთეკის შესაქმნელად, და ეს ინფორმაცია გამოიყენება პროექტისთვის ოპტიმალური შეზღუდვის ფერმენტის კომბინაციის არჩევისთვის.
მომსახურების უპირატესობები
●მაღალი გენეტიკური მარკერის აღმოჩენა: მაღალი გამტარუნარიანობის ორმაგი შტრიხკოდების სისტემის ინტეგრირება საშუალებას იძლევა დიდი პოპულაციების ერთდროული თანმიმდევრობა, ხოლო ლოკუსის სპეციფიკური გამაძლიერებელი აძლიერებს ეფექტურობას, რაც უზრუნველყოფს ტეგების რიცხვებს დააკმაყოფილებს სხვადასხვა კვლევითი კითხვების მრავალფეროვან მოთხოვნებს.
● დაბალი დამოკიდებულება გენომზე: ის შეიძლება გამოყენებულ იქნას სახეობებზე, რომელთაც აქვთ საცნობარო გენომი.
●მოქნილი სქემის დიზაინი: ერთჯერადი ფერმენტის, ორმაგი ფერმენტის, მრავალ ფერმენტის მონელება და სხვადასხვა ტიპის ფერმენტები შეიძლება შეირჩეს სხვადასხვა კვლევითი მიზნების ან სახეობის მოსაგვარებლად. განსაზღვრული არსილიკოშიწინასწარი დიზაინი ხორციელდება ფერმენტის ოპტიმალური დიზაინის უზრუნველსაყოფად.
● მაღალი ეფექტურობა ფერმენტული მონელების დროს: გამტარობასილიკოშიწინასწარი დიზაინი და წინასწარი ექსპერიმენტის უზრუნველყოფა ოპტიმალურ დიზაინზე, SLAF ტეგების თანაბრად განაწილებით ქრომოსომაზე (1 SLAF TAG/4KB) და განმეორებითი თანმიმდევრობის შემცირებით (<5%).
●ფართო ექსპერტიზა: ჩვენს გუნდს აქვს უამრავი გამოცდილება ყველა პროექტში, რომელშიც მოცემულია 5000-ზე მეტი SLAF-SEQ პროექტის დახურვის ჩანაწერი ასობით სახეობის, მათ შორის მცენარეების, ძუძუმწოვრების, ფრინველების, მწერების და წყლის ორგანიზმების ჩათვლით.
● თვითგანვითარებული ბიოინფორმაციული სამუშაო ნაკადი: Bmkgene- მა შეიმუშავა ინტეგრირებული ბიოინფორმაციული სამუშაო ნაკადი SLAF-SEQ– სთვის, რათა უზრუნველყოს საბოლოო გამომუშავების საიმედოობა და სიზუსტე.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| ანალიზის ტიპი | რეკომენდებული მოსახლეობის მასშტაბები | თანმიმდევრობის სტრატეგია | |
| ტეგის თანმიმდევრობის სიღრმე | საკვანძო ნომერი | ||
| გენეტიკური რუქები | 2 მშობელი და> 150 შთამომავლობა | მშობლები: 20x WGS Offsping: 10x | გენომის ზომა: <400 მბ: რეკომენდებულია WGS <1GB: 100K ტეგები 1-2 GB :: 200K ტეგები > 2 GB: 300K ტეგები მაქსიმალური 500K ტეგები |
| გენომის მასშტაბური ასოციაციის კვლევები (GWAS) | ≥200 ნიმუშები | 10x | |
| გენეტიკური ევოლუცია | ≥30 ნიმუშები, თითოეული ქვეჯგუფიდან> 10 ნიმუშით | 10x | |
მომსახურების მოთხოვნები
კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/μl
მთლიანი თანხა ≥ 80 ნგ
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
აგაროზის გელი: არა ან შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილის
(ნიმუშების უმეტესობისთვის, ჩვენ გირჩევთ არ შეინარჩუნოთ ეთანოლში)
ნიმუშის ეტიკეტირება: ნიმუშები აშკარად უნდა იყოს ეტიკეტირებული და იდენტურია წარდგენილი ნიმუშის ინფორმაციის ფორმით.
გადაზიდვა: მშრალი ყინულის: ნიმუშები უნდა შეფუთონ ჩანთებში და დაკრძალონ მშრალ ყინულებში.
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუში QC
საპილოტე ექსპერიმენტი
SLAF-Experiment
ბიბლიოთეკის მომზადება
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- მონაცემების თანმიმდევრობა QC
- SLAF ტეგის განვითარება
რუქა გენომის მითითებისთვის
საცნობარო გენომის გარეშე: მტევანი
- SLAF ტეგების ანალიზი: სტატისტიკა, განაწილება გენომის მასშტაბით
- Marker Discovery: SNP, Indel, SNV, CV ზარი და ანოტაცია
SLAF ტეგების განაწილება ქრომოსომებზე:
SNP– ების განაწილება ქრომოსომებზე:
SNP ანოტაცია
| წელი | ჟურნალი | IF | ტიტული | პროგრამები |
| 2022 | ბუნების კომუნიკაციები | 17.694 | გიგა-ქრომოსომების გენომური საფუძველი და ხის პეონის გიგა-გენომი პეონია | SLAF-GWAS |
| 2015 | ახალი ფიტოლოგი | 7.433 | საშინაო ნაკვალევი, რომელიც აგრონომიული მნიშვნელობის გენომიური რეგიონებია სოიოს | SLAF-GWAS |
| 2022 | მოწინავე კვლევის ჟურნალი | 12.822 | Gossypium Barbadense- ის გენომის მასშტაბური ხელოვნური ინტრაგენსები G. Hirsutum- ში გამოავლინეთ უმაღლესი ადგილები ბამბის ბოჭკოვანი ხარისხის და მოსავლიანობის ერთდროული გაუმჯობესებისთვის თვისებები | SLAF- ევოლუციური გენეტიკა |
| 2019 | მოლეკულური მცენარე | 10.81 | მოსახლეობის გენომიური ანალიზი და დე ნოვოს ასამბლეა ცხადყოფს სარეველების წარმოშობას ბრინჯი, როგორც ევოლუციური თამაში | SLAF- ევოლუციური გენეტიკა |
| 2019 | ბუნების გენეტიკა | 31.616 | გენომის თანმიმდევრობა და საერთო კობრის გენეტიკური მრავალფეროვნება, კვიპინუს კარბიო | SLAF- კავშირის რუკა |
| 2014 | ბუნების გენეტიკა | 25.455 | კულტივირებული არაქისის გენომი უზრუნველყოფს პარკოსანი კაროტიპების, პოლიპლოიდების შესახებ ევოლუცია და მოსავლის შინაარსი. | SLAF- კავშირის რუკა |
| 2022 | მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი | 9.803 | ST1- ის იდენტიფიცირება ცხადყოფს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიის დარტყმას და ნავთობის შემცველობა სოიოს შინაარსის დროს | SLAF-MARKER განვითარება |
| 2022 | მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი | 6.208 | იდენტიფიკაცია და დნმ-ის მარკერის განვითარება ხორბლის-ლეიმუს მოლის 2NS (2D) დიზომიური ქრომოსომის ჩანაცვლება | SLAF-MARKER განვითარება |
| წელი | ჟურნალი | IF | ტიტული | პროგრამები |
| 2023 | საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში | 6.735 | QTL რუქა და შაქრის შემცველობის ტრანსკრიპციული ანალიზი პირუსის პირიფოლიის ხილის მომწიფების დროს | გენეტიკური რუკა |
| 2022 | მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი | 8.154 | ST1- ის იდენტიფიცირება ცხადყოფს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიისა და ზეთის შემცველობას სოიოს შინაარსის დროს
| SNP დარეკვა |
| 2022 | საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში | 6.623 | გვალვის გარემოში ძლივს ფენოტიპების გენომის ფართო ასოციაციის რუქა.
| გვა |
