მცირე რნმ-ის თანმიმდევრობა-ილუმინა
მახასიათებლები
● ბიბლიოთეკის მომზადება მოიცავს ზომის შერჩევის საფეხურს
● ბიოინფორმაციული ანალიზი ორიენტირებულია miRNA პროგნოზისა და მათი მიზნების გარშემო
სერვისის უპირატესობები
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკის ანალიზი:როგორც ცნობილი, ისე ახალი miRNA-ების იდენტიფიკაციის ჩართვა, miRNA-ების სამიზნეების იდენტიფიკაცია და შესაბამისი ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება მრავალი მონაცემთა ბაზებით (KEGG, GO)
●მკაცრი ხარისხის კონტროლი: ჩვენ ვნერგავთ ძირითად საკონტროლო წერტილებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული თანმიმდევრობით და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული. ეს ზედმიწევნითი მონიტორინგი უზრუნველყოფს თანმიმდევრულად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
●ვრცელი ექსპერტიზა: მრავალი sRNA პროექტის წარმატებით დახურვის გამოცდილება, რომელიც მოიცავს 300-ზე მეტ სახეობას სხვადასხვა კვლევის დომენში, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | პლატფორმა | რეკომენდებული მონაცემები | მონაცემთა QC |
| ზომა არჩეულია | ილუმინა SE50 | 10M-20M იკითხება | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1,2გრ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავი: 450 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთი: 600 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1,5გრ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 9გრ
კიბოსნაირნი: 450 მგ
● მთელი სისხლი: 2 ტუბი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
● შრატი და პლაზმა:6 მლ
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● sRNA კლასიფიკაცია
● საცნობარო გენომთან გასწორება
● ცნობილი და ახალი miRNA-ს იდენტიფიკაცია
● დიფერენციალური miRNA ექსპრესიის ანალიზი
● miRNA სამიზნეების ფუნქციური ანოტაცია
miRNA-ს იდენტიფიკაცია: სტრუქტურა და სიღრმე
miRNA-ს დიფერენციალური გამოხატულება - იერარქიული კლასტერირება
დიფერენციალურად გამოხატული miRNA-ების სამიზნის ფუნქციური ანოტაცია
გამოიკვლიეთ კვლევის წინსვლა, რომელიც ხელს უწყობს BMKGene' sRNA თანმიმდევრობის სერვისებს პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
ჩენი, ჰ. და სხვ. (2023) 'ვირუსული ინფექციები აფერხებს საპონინის ბიოსინთეზს და ფოტოსინთეზს Panax notoginseng-ში', მცენარეთა ფიზიოლოგია და ბიოქიმია, 203, გვ. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. და სხვ. (2023) "მცენარის FYVE დომენის შემცველი პროტეინი FREE1 ასოცირდება მიკროპროცესორულ კომპონენტებთან miRNA ბიოგენეზის დასათრგუნად", EMBO იუწყება, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. და სხვ. (2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p აკონტროლებს ლარვის პუპის განვითარებას ეპიდერმული ზრდის ფაქტორის მსგავსი დომენების 8 გენის (megf8) მიზნად ისახავს მიზნად ისახავს Honeybee, Apis mellifera', მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24(6), გვ. . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
ჟანგი, მ. და სხვ. (2018) 'MiRNA-სა და ხორცის ხარისხთან დაკავშირებული გენების ინტეგრირებული ანალიზი ცხადყოფს, რომ Gga-MiR-140-5p გავლენას ახდენს ცხიმის კუნთებში დეპონირებაზე ქათმებში', უჯრედული ფიზიოლოგია და ბიოქიმია, 46(6), გვ. 2421-2433. დოი: 10.1159/000489649.
