Exclusive Agency for Korea

条形 ბანერი -03

პროდუქტები

ერთჯერადი ბირთვების რნმ-ის თანმიმდევრობა

ერთუჯრედიანი აღების და საბაჟო ბიბლიოთეკის მშენებლობის ტექნიკის შემუშავებამ, რომელიც თან ახლავს მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობას, რევოლუცია მოახდინა გენის გამოხატვის კვლევებში უჯრედების დონეზე. ეს მიღწევა საშუალებას იძლევა უფრო ღრმა და უფრო სრულყოფილი ანალიზი მოახდინოთ უჯრედების რთული პოპულაციების შესახებ, დაძლიოს შეზღუდვები, რომლებიც დაკავშირებულია გენის გამოხატულებასთან შედარებით ყველა უჯრედზე და შეინარჩუნებს ჭეშმარიტ ჰეტეროგენურობას ამ პოპულაციებში. მიუხედავად იმისა, რომ ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა (SCRNA-Seq) აქვს უდავო უპირატესობები, ის წააწყდება გამოწვევებს გარკვეულ ქსოვილებში, სადაც ერთუჯრედიანი სუსპენზიის შექმნა რთულია და მოითხოვს ახალ ნიმუშებს. Bmkgene- ში, ჩვენ მივმართავთ ამ დაბრკოლებას, გთავაზობთ ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობას (snRNA-seq), რომელიც იყენებს თანამედროვე 10x Genomics Chromium Technology. ეს მიდგომა აფართოებს ნიმუშების სპექტრს, რომელიც ექვემდებარება ტრანსკრიპციულ ანალიზს ერთუჯრედულ დონეზე.

ბირთვების იზოლაცია ხდება ინოვაციური 10x გენომიკის ქრომის ჩიპით, რომელშიც მოცემულია რვა არხიანი მიკროფლუიდიკის სისტემა, რომელსაც აქვს ორმაგი გადასასვლელი. ამ სისტემის შიგნით, გელის მძივები, რომლებიც მოიცავს შტრიხკოდებს, პრაიმერებს, ფერმენტებს და ერთ ბირთვს, ნანოლიტერის ზომის ზეთის წვეთებში იწევს, ქმნის გელის მძივ-ემულსიას (GEM). GEM- ის წარმოქმნის შემდეგ, უჯრედების ლიზისა და შტრიხკოდების განთავისუფლება ხდება თითოეულ ძვირფასი ქვის შიგნით. შემდგომში, mRNA მოლეკულები განიცდიან საპირისპირო ტრანსკრიპციას cDNA- ში, რომელშიც შედის 10x შტრიხ -კოდი და უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორები (UMIS). ამ cDNA– ს შემდეგ ექვემდებარება სტანდარტული თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკის კონსტრუქციას, რაც ხელს უწყობს გენის გამოხატვის პროფილების ძლიერი და ყოვლისმომცველი შესწავლას ერთუჯრედიან დონეზე.

პლატფორმა: 10 × Genomics Chromium და Illumina Novaseq პლატფორმა


მომსახურების დეტალები

ბიოინფორმატიკა

დემო შედეგები

გამორჩეული პუბლიკაციები

ტექნიკური სქემა

ბირთვების იზოლაცია მიიღწევა 10 × Genomics Chromium ™, რომელიც მოიცავს რვა არხიანი მიკროფლუიდიკის სისტემას ორმაგი გადასასვლელით. ამ სისტემაში, გელის მძივები შტრიხკოდებითა და პრაიმერით, ფერმენტებითა და ერთი ბირთვით არის ჩაფლული ნანოლიტერის ზომის ნავთობის ვარდნაში, წარმოქმნის გელის მძივს-ემულსიას (GEM). GEM- ის ჩამოყალიბების შემდეგ, თითოეულ ძვირფასი ქვაში ხორციელდება უჯრედების ლიზი და შტრიხკოდების განთავისუფლება. mRNA არის საპირისპირო გადაწერა cDNA მოლეკულებში 10 × შტრიხკოდებითა და UMI- ით, რომლებიც კიდევ უფრო ექვემდებარება სტანდარტულ თანმიმდევრობას ბიბლიოთეკის მშენებლობას.

_1737445364188

თვისებები

● გაყინული ქსოვილებისგან ერთჯერადი ბუნების სუსპენზიის მომზადება

● გელის მძივ-ემულსიის (GEM) ფორმირება, რასაც მოჰყვება cDNA სინთეზი

● Gem- ში თითოეული მძივი დატვირთულია პრაიმერებით, რომლებიც შედგება 4 განყოფილებისგან:

პოლი (DT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის,

უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გასწორების მიზნით

10X შტრიხ -კოდი

ნაწილობრივი წაკითხვის 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის სავალდებულო თანმიმდევრობა

უპირატესობები

ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობა გარშემოწერილობს ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობის შეზღუდვებს, რაც საშუალებას იძლევა:

Frozen გაყინული ნიმუშების გამოყენება და არა მხოლოდ ახალი ნიმუშებით შემოიფარგლება

Frozen გაყინული უჯრედების დაბალი სტრესი, როდესაც შედარებულია სუფთა უჯრედების ფერმენტულ მკურნალობასთან, რაც ასახულია ტრანსკრიპციულ მონაცემებში ნაკლებად სტრესით გამოწვეული გენების სახით

● არ არის საჭირო სისხლის წითელი უჯრედების წინასწარი ამოღება

● შეუზღუდავი უჯრედის დიამეტრი

● ნიმუშების დიდი მასივი, რომლებიც ანალიზს ექვემდებარება, მათ შორის რთული და მყიფე ქსოვილების ტიპები, რომლებიც მიდრეკილნი არიან უჯრედების დაჭიმვის ან განადგურების დროს ქსოვილის დისოციაციის დროს

ნიმუშები, რომელთა გაანალიზება შეუძლებელია ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობით და უფლებამოსილია ცალკეული ბირთვების რნმ-ის თანმიმდევრობით:

უჯრედი / ქსოვილი

მიზეზი

გაყინული ქსოვილი

შეუძლებელია ახალი ან გრძელი დაზოგული ორგანიზაციების მიღება

კუნთების უჯრედი, მეგაკარიოციტი, ცხიმი

უჯრედის დიამეტრი ძალიან დიდია ინსტრუმენტში შესასვლელად

ღვიძლი

ძალიან მყიფეა შესვენება, ვერ განასხვავებს ცალკეულ უჯრედებს

ნეირონის უჯრედი, ტვინი

უფრო მგრძნობიარე, მარტივი სტრესი, შეცვლის თანმიმდევრობის შედეგებს

პანკრეასი, ფარისებრი

მდიდარი ენდოგენური ფერმენტებით, რაც გავლენას ახდენს ერთჯერადი უჯრედის სუსპენზიის წარმოებაზე

ერთჯერადი ბირთვი ერთუჯრედული

ერთჯერადი ბირთვი

ერთუჯრედიანი

შეუზღუდავი უჯრედის დიამეტრი

უჯრედის დიამეტრი: 10-40 μm

მასალა შეიძლება გაყინული ქსოვილი იყოს

მასალა უნდა იყოს ახალი ქსოვილი

გაყინული უჯრედების დაბალი სტრესი

ფერმენტის მკურნალობამ შეიძლება გამოიწვიოს უჯრედების სტრესის რეაქცია

სისხლის წითელი უჯრედების ამოღება არ არის საჭირო

სისხლის წითელი უჯრედების ამოღება საჭიროა

ბირთვული გამოხატავს ბიოინფორმაციას

მთელი უჯრედი გამოხატავს ბიოინფორმაციას

სპეციფიკაციები

ნიმუშის მოთხოვნები

ბიბლიოთეკა

თანმიმდევრობის სტრატეგია

რეკომენდებულია მონაცემები

ხარისხის კონტროლი

ცხოველური ქსოვილი ≥ 200 მგ

მცენარეთა ქსოვილი ≥ 400 მგ

10x Genomics Sn cDNA ბიბლიოთეკა

Illumina PE150

100K PE კითხულობს თითო უჯრედზე

(100-200 GB)

მიკროსკოპის ქვეშ დაფიქსირებული 700-1200 ბირთვი/μl და ბირთვების მთლიანობა

დამატებითი ინფორმაციისთვის ნიმუშის მომზადების სახელმძღვანელოსა და მომსახურების სამუშაოების შესახებ, გთხოვთ, თავისუფლად ისაუბროთ ა

სამსახურის სამუშაო ნაკადი

117

  • წინა:
  • შემდეგი:

  • WPS_DOC_9

     

    მოიცავს შემდეგ ანალიზს:

     

    ● ხარისხის კონტროლი: უჯრედების რაოდენობა, გენის გამოვლენა, უჯრედების ზუსტი იდენტიფიკაცია, რნმ მოლეკულები და გამოხატვის რაოდენობრივი მაჩვენებელი

    ● შიდა ნიმუშის ანალიზი:

    უჯრედების კლასტერული და კასეტური ანოტაცია

    დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: მტევნებში DEG- ების იდენტიფიცირება

    ფუნქციური ანოტაცია და კასეტური DEG– ების გამდიდრება

    ● ჯგუფის ანალიზი:

    მონაცემთა კომბინაცია

    დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: ჯგუფებში DEG– ების იდენტიფიცირება

    ჯგუფური DEG– ების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება

    ● მოწინავე ანალიზი:

    უჯრედული ციკლის ანალიზი

    ფსევდოტიმის ანალიზი

    უჯრედების კომუნიკაციის ანალიზი (CellphonedB)

    გენის ნაკრები გამდიდრების ანალიზი (GSEA)

    შიდა ნიმუშის ანალიზი

    უჯრედის კლასტერიზაცია:

    WPS_DOC_10

     

    დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: კასეტური degs

    图片 9

     

    ჯგუფური ანალიზი

    დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: ჯგუფური DEGS

    图片 10 

    მოწინავე ანალიზი:

    ფსევდოტიმის ანალიზი:

    图片 11

     

     

    უჯრედული ციკლის ანალიზი:

    图片 12

     

    გამოიკვლიეთ BMKGENE- ის ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობის სერვისების მიერ ხელშემწყობი წინსვლები ამ გამორჩეულ პუბლიკაციებში:

     

    Wang, L. et al. (2021) 'ერთუჯრედიანი ტრანსკრიპტიკური ანალიზი ცხადყოფს ფილტვების იმუნურ ლანდშაფტს სტეროიდული მდგრადი ასთმის გამწვავებაში',ამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შრომები, 118 (2), გვ. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

    ჟენგი, ჰ. და სხვ. (2022) ”გლობალური მარეგულირებელი ქსელი დისრეგულირებული გენის გამოხატვისა და იმუნურ უჯრედებში არანორმალური მეტაბოლური სიგნალიზაციისთვის, გრეივსის დაავადების მიკრო გარემოშიიმუნოლოგიაში საზღვრები, 13, გვ. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/Bibtex.

    Tian, ​​H. et al. (2023) 'ერთუჯრედიანი ტრანსკრიპციული ასახავს ლეიკოციტების ჰეტეროგენურობას და ლეიკოციტების იმუნურ რეაქციებს ინაქტივირებული ედვარდსელელა ტარდასთან ვაქცინაციის შემდეგ, ფლიუნდში (Paralichthys Olivaceus)',,აკვაკულტურა, 566, გვ. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

    Yu, Y. et al. (2023) 'ფოტოდინამიკური თერაპია აუმჯობესებს იმუნური გამშვები პუნქტის ინჰიბიტორების შედეგს, სიმსივნის საწინააღმდეგო იმუნიტეტის გადაკეთების გზით, პაციენტებში, რომლებსაც აქვთ კუჭის კიბო',,კუჭის კიბო, 26 (5), გვ. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/მეტრიკა.

     

    მიიღეთ ციტირება

    დაწერე შენი შეტყობინება აქ და გამოგვიგზავნე

    გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: