ბირთვების იზოლაცია მიიღწევა 10 × Genomics Chromium ™, რომელიც მოიცავს რვა არხიანი მიკროფლუიდიკის სისტემას ორმაგი გადასასვლელით. ამ სისტემაში, გელის მძივები შტრიხკოდებითა და პრაიმერით, ფერმენტებითა და ერთი ბირთვით არის ჩაფლული ნანოლიტერის ზომის ნავთობის ვარდნაში, წარმოქმნის გელის მძივს-ემულსიას (GEM). GEM- ის ჩამოყალიბების შემდეგ, თითოეულ ძვირფასი ქვაში ხორციელდება უჯრედების ლიზი და შტრიხკოდების განთავისუფლება. mRNA არის საპირისპირო გადაწერა cDNA მოლეკულებში 10 × შტრიხკოდებითა და UMI- ით, რომლებიც კიდევ უფრო ექვემდებარება სტანდარტულ თანმიმდევრობას ბიბლიოთეკის მშენებლობას.
● გაყინული ქსოვილებისგან ერთჯერადი ბუნების სუსპენზიის მომზადება
● გელის მძივ-ემულსიის (GEM) ფორმირება, რასაც მოჰყვება cDNA სინთეზი
● Gem- ში თითოეული მძივი დატვირთულია პრაიმერებით, რომლებიც შედგება 4 განყოფილებისგან:
პოლი (DT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის,
უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გასწორების მიზნით
10X შტრიხ -კოდი
ნაწილობრივი წაკითხვის 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის სავალდებულო თანმიმდევრობა
ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობა გარშემოწერილობს ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობის შეზღუდვებს, რაც საშუალებას იძლევა:
Frozen გაყინული ნიმუშების გამოყენება და არა მხოლოდ ახალი ნიმუშებით შემოიფარგლება
Frozen გაყინული უჯრედების დაბალი სტრესი, როდესაც შედარებულია სუფთა უჯრედების ფერმენტულ მკურნალობასთან, რაც ასახულია ტრანსკრიპციულ მონაცემებში ნაკლებად სტრესით გამოწვეული გენების სახით
● არ არის საჭირო სისხლის წითელი უჯრედების წინასწარი ამოღება
● შეუზღუდავი უჯრედის დიამეტრი
● ნიმუშების დიდი მასივი, რომლებიც ანალიზს ექვემდებარება, მათ შორის რთული და მყიფე ქსოვილების ტიპები, რომლებიც მიდრეკილნი არიან უჯრედების დაჭიმვის ან განადგურების დროს ქსოვილის დისოციაციის დროს
უჯრედი / ქსოვილი | მიზეზი |
გაყინული ქსოვილი | შეუძლებელია ახალი ან გრძელი დაზოგული ორგანიზაციების მიღება |
კუნთების უჯრედი, მეგაკარიოციტი, ცხიმი | უჯრედის დიამეტრი ძალიან დიდია ინსტრუმენტში შესასვლელად |
ღვიძლი | ძალიან მყიფეა შესვენება, ვერ განასხვავებს ცალკეულ უჯრედებს |
ნეირონის უჯრედი, ტვინი | უფრო მგრძნობიარე, მარტივი სტრესი, შეცვლის თანმიმდევრობის შედეგებს |
პანკრეასი, ფარისებრი | მდიდარი ენდოგენური ფერმენტებით, რაც გავლენას ახდენს ერთჯერადი უჯრედის სუსპენზიის წარმოებაზე |
ერთჯერადი ბირთვი | ერთუჯრედიანი |
შეუზღუდავი უჯრედის დიამეტრი | უჯრედის დიამეტრი: 10-40 μm |
მასალა შეიძლება გაყინული ქსოვილი იყოს | მასალა უნდა იყოს ახალი ქსოვილი |
გაყინული უჯრედების დაბალი სტრესი | ფერმენტის მკურნალობამ შეიძლება გამოიწვიოს უჯრედების სტრესის რეაქცია |
სისხლის წითელი უჯრედების ამოღება არ არის საჭირო | სისხლის წითელი უჯრედების ამოღება საჭიროა |
ბირთვული გამოხატავს ბიოინფორმაციას | მთელი უჯრედი გამოხატავს ბიოინფორმაციას |
ნიმუშის მოთხოვნები | ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
ცხოველური ქსოვილი ≥ 200 მგ მცენარეთა ქსოვილი ≥ 400 მგ | 10x Genomics Sn cDNA ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 | 100K PE კითხულობს თითო უჯრედზე (100-200 GB) | მიკროსკოპის ქვეშ დაფიქსირებული 700-1200 ბირთვი/μl და ბირთვების მთლიანობა |
დამატებითი ინფორმაციისთვის ნიმუშის მომზადების სახელმძღვანელოსა და მომსახურების სამუშაოების შესახებ, გთხოვთ, თავისუფლად ისაუბროთ აBmkgene ექსპერტი
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ხარისხის კონტროლი: უჯრედების რაოდენობა, გენის გამოვლენა, უჯრედების ზუსტი იდენტიფიკაცია, რნმ მოლეკულები და გამოხატვის რაოდენობრივი მაჩვენებელი
● შიდა ნიმუშის ანალიზი:
უჯრედების კლასტერული და კასეტური ანოტაცია
დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: მტევნებში DEG- ების იდენტიფიცირება
ფუნქციური ანოტაცია და კასეტური DEG– ების გამდიდრება
● ჯგუფის ანალიზი:
მონაცემთა კომბინაცია
დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: ჯგუფებში DEG– ების იდენტიფიცირება
ჯგუფური DEG– ების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
● მოწინავე ანალიზი:
უჯრედული ციკლის ანალიზი
ფსევდოტიმის ანალიზი
უჯრედების კომუნიკაციის ანალიზი (CellphonedB)
გენის ნაკრები გამდიდრების ანალიზი (GSEA)
შიდა ნიმუშის ანალიზი
უჯრედის კლასტერიზაცია:
დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: კასეტური degs
ჯგუფური ანალიზი
დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი: ჯგუფური DEGS
მოწინავე ანალიზი:
ფსევდოტიმის ანალიზი:
უჯრედული ციკლის ანალიზი:
გამოიკვლიეთ BMKGENE- ის ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობის სერვისების მიერ ხელშემწყობი წინსვლები ამ გამორჩეულ პუბლიკაციებში:
Wang, L. et al. (2021) 'ერთუჯრედიანი ტრანსკრიპტიკური ანალიზი ცხადყოფს ფილტვების იმუნურ ლანდშაფტს სტეროიდული მდგრადი ასთმის გამწვავებაში',ამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შრომები, 118 (2), გვ. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
ჟენგი, ჰ. და სხვ. (2022) ”გლობალური მარეგულირებელი ქსელი დისრეგულირებული გენის გამოხატვისა და იმუნურ უჯრედებში არანორმალური მეტაბოლური სიგნალიზაციისთვის, გრეივსის დაავადების მიკრო გარემოშიიმუნოლოგიაში საზღვრები, 13, გვ. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/Bibtex.
Tian, H. et al. (2023) 'ერთუჯრედიანი ტრანსკრიპციული ასახავს ლეიკოციტების ჰეტეროგენურობას და ლეიკოციტების იმუნურ რეაქციებს ინაქტივირებული ედვარდსელელა ტარდასთან ვაქცინაციის შემდეგ, ფლიუნდში (Paralichthys Olivaceus)',,აკვაკულტურა, 566, გვ. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'ფოტოდინამიკური თერაპია აუმჯობესებს იმუნური გამშვები პუნქტის ინჰიბიტორების შედეგს, სიმსივნის საწინააღმდეგო იმუნიტეტის გადაკეთების გზით, პაციენტებში, რომლებსაც აქვთ კუჭის კიბო',,კუჭის კიბო, 26 (5), გვ. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/მეტრიკა.