შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (RRBS)
შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (RRBS) გაჩნდა, როგორც მთლიანი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობის (WGBS) ხარჯთეფექტური და ეფექტური ალტერნატივა დნმ-ის მეთილაციის კვლევაში. მიუხედავად იმისა, რომ WGBS იძლევა ყოვლისმომცველ შეხედულებებს მთელი გენომის ერთი ბაზის რეზოლუციით შესწავლით, მისი მაღალი ღირებულება შეიძლება იყოს შემზღუდველი ფაქტორი. RRBS სტრატეგიულად ამცირებს ამ გამოწვევას გენომის წარმომადგენლობითი ნაწილის შერჩევითი ანალიზით. ეს მეთოდოლოგია ეყრდნობა CpG კუნძულებით მდიდარი რეგიონების გამდიდრებას MspI გაყოფით, რასაც მოჰყვება 200-500/600 bps ფრაგმენტების ზომის შერჩევა. შესაბამისად, მხოლოდ CpG კუნძულების პროქსიმალური რეგიონები არის დაჯგუფებული, ხოლო შორეული CpG კუნძულების მქონე რეგიონები გამორიცხულია ანალიზიდან. ეს პროცესი, ბისულფიტის თანმიმდევრობასთან ერთად, იძლევა დნმ-ის მეთილაციის მაღალი გარჩევადობის გამოვლენის საშუალებას, ხოლო თანმიმდევრობის მიდგომა, PE150, ფოკუსირებულია სპეციალურად ჩანართების ბოლოებზე და არა შუაზე, რაც ზრდის მეთილაციის პროფილირების ეფექტურობას. RRBS არის ფასდაუდებელი ინსტრუმენტი, რომელიც საშუალებას აძლევს დნმ-ის მეთილაციის ეფექტურ კვლევას და აუმჯობესებს ცოდნას ეპიგენეტიკური მექანიზმების შესახებ.
სერვისის მახასიათებლები
● საჭიროებს საცნობარო გენომს.
● ლამბდა დნმ გამოიყენება ბისულფიტის გარდაქმნის ეფექტურობის მონიტორინგისთვის.
● MspI საჭმლის მონელების ეფექტურობის მონიტორინგიც ხდება.
● ორმაგი ფერმენტის მონელება მცენარეთა ნიმუშებისთვის.
● თანმიმდევრობა Illumina NovaSeq-ზე.
სერვისის უპირატესობები
●ეფექტური და ეფექტური ალტერნატივა WGBS: საშუალებას იძლევა, რომ ანალიზი ჩატარდეს უფრო დაბალ ფასად და უფრო დაბალი ნიმუშის მოთხოვნებით.
●სრული პლატფორმა:უზრუნველყოს ერთჯერადი შესანიშნავი სერვისი ნიმუშების დამუშავებიდან, ბიბლიოთეკის აგებიდან და თანმიმდევრობით ბიოინფორმატიკის ანალიზამდე.
●ვრცელი ექსპერტიზა: RRBS თანმიმდევრობის პროექტებით, რომლებიც წარმატებით დასრულდა სახეობების მრავალფეროვან დიაპაზონში, BMKGENE მოაქვს ათწლეულზე მეტი ხნის გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციურ ანალიზის გუნდს, ყოვლისმომცველ შინაარსს და გაყიდვების შემდგომ შესანიშნავ მხარდაჭერას.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებული მონაცემების გამომავალი | ხარისხის კონტროლი |
| MspI დამუშავებული და ბისულფიტით დამუშავებული ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 8 გბ | Q30 ≥ 85% ბისულფიტის კონვერტაცია > 99% MspI ჭრის ეფექტურობა > 95% |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | მთლიანი რაოდენობა (მკგ) |
| |
| გენომის დნმ | ≥ 30 | ≥ 1 | შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება |
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლეულის თანმიმდევრობის ხარისხის კონტროლი;
● საცნობარო გენომზე რუქა;
● 5mC მეთილირებული ფუძის გამოვლენა და მოტივის იდენტიფიკაცია;
● მეთილაციის განაწილების ანალიზი და ნიმუშის შედარება;
● დიფერენციალურად მეთილირებული რეგიონების (DMRs) ანალიზი;
● DMR-ებთან დაკავშირებული გენების ფუნქციური ანოტაცია.
ხარისხის კონტროლი: საჭმლის მონელების ეფექტურობა (გენომის რუკებში)
ხარისხის კონტროლი: ბისულფიტის კონვერტაცია (მეთილაციის ინფორმაციის მოპოვებაში)
მეთილაციის რუკა: 5mC მეთილაციის გენომის გავრცელება
ნიმუშის შედარება: ძირითადი კომპონენტის ანალიზი
დიფერენციალურად მეთილირებული რეგიონების (DMRs) ანალიზი: სითბოს რუკა
გამოიკვლიეთ კვლევის წინსვლა, რომელსაც ხელი შეუწყო BMKGene-ის მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობის სერვისებით, პუბლიკაციების კურირებული კოლექციით.
Li, Z. და სხვ. (2022) "მაღალი ერთგულების რეპროგრამირება ლეიდიგის მსგავს უჯრედებში CRISPR გააქტიურებით და პარაკრინული ფაქტორებით",PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
ტიანი, ჰ. და სხვ. (2023) "სხეულის შემადგენლობის გენომის დნმ-ის მეთილაციის ანალიზი ჩინურ მონოზიგოტურ ტყუპებში",კლინიკური გამოძიების ევროპული ჟურნალი, 53(11), გვ. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
ვუ, ი. და სხვ. (2022) "დნმ-ის მეთილაცია და წელის-თეძოს თანაფარდობა: ეპიგენომის მასშტაბური ასოციაციის კვლევა ჩინურ მონოზიგოტურ ტყუპებში",ენდოკრინოლოგიური გამოკვლევის ჟურნალი, 45 (12), გვ 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
