პროკარიოტული რნმ -ის თანმიმდევრობა
თვისებები
● რნმ -ის ნიმუშის დამუშავება მოიცავს rRNA– ს დაქვეითებას, რასაც მოჰყვება მიმართულების რნმ ბიბლიოთეკის მომზადება.
● ბიოინფორმაციული ანალიზი, რომელიც დაფუძნებულია საცნობარო გენომის შესაბამისობაში
● ანალიზი მოიცავს გენის გამოხატვას და DEG- ს, მაგრამ ასევე ტრანსკრიპციის სტრუქტურას და sRNA ანალიზს
მომსახურების უპირატესობები
●მკაცრი ხარისხის კონტროლი: ჩვენ ვასრულებთ ძირითადი საკონტროლო წერტილებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან თანმიმდევრობით და ბიოინფორმატიკით. ეს დეტალური მონიტორინგი უზრუნველყოფს თანმიმდევრულად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
●სტრიქონის სპეციფიკური თანმიმდევრობის მონაცემები: რნმ-ის ბიბლიოთეკის მომზადების გამო, მიმართულებით, ანტი-გრძნობის ანტი-ჩანაწერების იდენტიფიცირებით.
●სრული ანალიზი, რომელიც მორგებულია პროკარიოტულ ტრანსკრიპტომებზე: ბიოინფორმატული მილსადენი მოიცავს არა მხოლოდ გენის გამოხატვის ანალიზს, არამედ ტრანსკრიპციის სტრუქტურის ანალიზს, მათ შორის ოპერაციების, UTR- ების და პრომოუტერების იდენტიფიკაციას. იგი ასევე მოიცავს sRNA- ს ანალიზს, კერძოდ ანოტაციას და მეორადი სტრუქტურისა და სამიზნეების პროგნოზირებას.
●გაყიდვების მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების მიღმა, 3 თვიანი გაყიდვის სერვისის პერიოდის განმავლობაში. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომი შემდგომი, პრობლემების გადაჭრის დახმარებას და Q&A სესიებს, რომ მოგვმართოს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვა.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| rRNA გაფუჭებული მიმართულების ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
| Conc. (ნგ/μl) | თანხა (μg) | სიწმინდე | პატიოსნება |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 გელზე ნაჩვენები ცილის ან დნმ -ის დაბინძურება. | Rin≥6.5 |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილის (კალის კილიტა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის ეტიკეტირება: ჯგუფი+განმეორება EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინა: ნიმუშები უნდა შეფუთონ ჩანთებში და დაკრძალონ მშრალ ყინულებში.
2. Rnastable მილები: RNA ნიმუშები შეიძლება გამხმარი იყოს RNA სტაბილიზაციის მილში (მაგ. Rnastable®) და გაიგზავნება ოთახის ტემპერატურაზე.
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
ბიოინფორმაციული ანალიზის სამუშაო ნაკადი
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● მითითების გენომის შესაბამისობა
● ბიბლიოთეკის ხარისხის შეფასება: რნმ -ის ფრაგმენტაციის შემთხვევითობა, ჩასმა ზომა და თანმიმდევრობის გაჯერება
● პროგნოზირებული კოდირების გენების ფუნქციური ანოტაცია
● გამოხატვის ანალიზი: კორელაცია და ძირითადი კომპონენტის ანალიზი (PCA)
● დიფერენციალური გენის გამოხატულება (DEGS)
● ფუნქციური ანოტაცია და DEG– ების გამდიდრება
● sRNA ანალიზი: პროგნოზი, ანოტაცია, სამიზნე და მეორადი სტრუქტურის პროგნოზი
● ტრანსკრიპციის სტრუქტურის ანალიზი: ოპერაციები, საწყისი და დასრულების პოზიციები, არანორმირებული რეგიონი (UTS), პრომოუტერი და SNP/INDEL ანალიზი
თანმიმდევრობის გაჯერება
კოდირების გენების ფუნქციური ანოტაცია
კორელაცია ნიმუშებს შორის
დიფერენციალური გამოხატული გენების (DEGS) ანალიზი
გამდიდრების ფუნქციური ანალიზი
sRNA ანოტაცია
გამოიკვლიეთ BMKGENE- ის ნანოპორის სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობის სერვისების ხელშემწყობი წინსვლები ამ გამორჩეულ პუბლიკაციაში.
გუანი, CP et al. (2018) 'ბიოფილმური ფორმირების სტაფილოკოკის ეპიდერმიდის გლობალური ტრანსკრიპციული ცვლილებები, რომლებიც რეაგირებენ სოფორას ალოპეკუროიდების მთლიანი ალკალოიდების შესახებ',,მიკრობიოლოგიის პოლონური ჟურნალი, 67 (2), გვ. 223. Doi: 10.21307/PJM-2018-024.
