-
BMKMANU S3000_სივრცითი ტრანსკრიპტომა
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა დგას მეცნიერული ინოვაციების სათავეში, რაც მკვლევარებს აძლევს უფლებას ჩაუღრმავდნენ ქსოვილებში გენის ექსპრესიის რთულ შაბლონებს მათი სივრცითი კონტექსტის შენარჩუნებით. სხვადასხვა პლატფორმების ფონზე, BMKGene-მა შეიმუშავა BMKManu S3000 სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი, რომელიც გამოირჩევა 3.5 μm გაუმჯობესებული გარჩევადობით, აღწევს უჯრედულ დიაპაზონს და უზრუნველყოფს მრავალ დონის გარჩევადობის პარამეტრებს. S3000 ჩიპი, რომელიც შეიცავს დაახლოებით 4 მილიონ ლაქას, იყენებს მიკრობებს, რომლებიც ფენით არის დატვირთული მძივებით დატვირთული სივრცითი შტრიხკოდირებით დაჭერის ზონდებით. cDNA ბიბლიოთეკა, გამდიდრებული სივრცითი შტრიხკოდებით, მომზადებულია S3000 ჩიპიდან და შემდგომში დახარისხებულია Illumina NovaSeq პლატფორმაზე. სივრცითი შტრიხკოდირებული ნიმუშების და UMI-ების კომბინაცია უზრუნველყოფს გენერირებული მონაცემების სიზუსტესა და სპეციფიკას. BMKManu S3000 ჩიპი არის ძალიან მრავალმხრივი, გთავაზობთ მრავალ დონის გარჩევადობის პარამეტრებს, რომლებიც შეიძლება წვრილად იყოს მორგებული სხვადასხვა ქსოვილებზე და დეტალების სასურველ დონეებზე. ეს ადაპტირება აყალიბებს ჩიპს, როგორც გამორჩეულ არჩევანს მრავალფეროვანი სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის კვლევებისთვის, რაც უზრუნველყოფს ზუსტი სივრცის კლასტერირებას მინიმალური ხმაურით. უჯრედების სეგმენტაციის ტექნოლოგიის გამოყენება BMKManu S3000-თან ერთად იძლევა ტრანსკრიპციული მონაცემების დელიმიტაციას უჯრედების საზღვრამდე, რის შედეგადაც ხდება ანალიზი, რომელსაც აქვს პირდაპირი ბიოლოგიური მნიშვნელობა. გარდა ამისა, S3000-ის გაუმჯობესებული გარჩევადობა იწვევს უჯრედზე გამოვლენილი გენების და UMI-ების უფრო მეტ რაოდენობას, რაც საშუალებას იძლევა ბევრად უფრო ზუსტი ანალიზის სივრცითი ტრანსკრიფციის შაბლონები და უჯრედების კლასტერირება.
-
ერთი ბირთვის რნმ თანმიმდევრობა
ერთუჯრედიანი დაჭერისა და ბიბლიოთეკის პერსონალური აგების ტექნიკის შემუშავებამ, მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობით, მოახდინა რევოლუცია უჯრედის დონეზე გენის ექსპრესიის კვლევებში. ეს გარღვევა იძლევა უჯრედების რთული პოპულაციების უფრო ღრმა და ყოვლისმომცველი ანალიზის საშუალებას, გადალახოს შეზღუდვები, რომლებიც დაკავშირებულია საშუალოდ გენის ექსპრესიასთან ყველა უჯრედზე და შეინარჩუნოს ნამდვილი ჰეტეროგენულობა ამ პოპულაციებში. მიუხედავად იმისა, რომ ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა (scRNA-seq) აქვს უდაო უპირატესობები, ის ხვდება გამოწვევებს გარკვეულ ქსოვილებში, სადაც ერთუჯრედიანი სუსპენზიის შექმნა რთულია და საჭიროებს ახალ ნიმუშებს. BMKGene-ში ამ დაბრკოლებას ვთავაზობთ ერთბირთვიან რნმ-ის თანმიმდევრობის (snRNA-seq) უახლესი 10X Genomics Chromium ტექნოლოგიის გამოყენებით. ეს მიდგომა აფართოებს ნიმუშების სპექტრს, რომლებიც ექვემდებარება ტრანსკრიპტომის ანალიზს ერთუჯრედიან დონეზე.
ბირთვების იზოლაცია მიიღწევა ინოვაციური 10X Genomics Chromium ჩიპის მეშვეობით, რომელიც აღჭურვილია რვა არხიანი მიკროსლუიდური სისტემით ორმაგი გადაკვეთით. ამ სისტემის ფარგლებში, გელის მარცვლები, რომლებიც შეიცავს შტრიხკოდებს, პრაიმერებს, ფერმენტებს და ერთ ბირთვს, ჩასმულია ნანოლიტრის ზომის ზეთის წვეთებში და წარმოქმნის Gel Bead-in-Emulsion (GEM). GEM-ის ფორმირების შემდეგ, უჯრედების ლიზისი და შტრიხკოდის გათავისუფლება ხდება თითოეულ GEM-ში. შემდგომში, mRNA მოლეკულები განიცდიან საპირისპირო ტრანსკრიფციას cDNA-ში, აერთიანებს 10X შტრიხკოდებს და უნიკალურ მოლეკულურ იდენტიფიკატორებს (UMI). ეს cDNA შემდეგ ექვემდებარება სტანდარტული თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკის მშენებლობას, რაც ხელს უწყობს გენის ექსპრესიის პროფილების მყარ და ყოვლისმომცველ კვლევას ერთუჯრედიან დონეზე.
პლატფორმა: 10× Genomics Chromium და Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპტომა
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა არის უახლესი ტექნოლოგია, რომელიც მკვლევარებს საშუალებას აძლევს გამოიკვლიონ გენის ექსპრესიის შაბლონები ქსოვილებში, მათი სივრცითი კონტექსტის შენარჩუნებით. ამ დომენის ერთ-ერთი ძლიერი პლატფორმა არის 10x Genomics Visium ერთად Illumina თანმიმდევრობით. 10X Visium-ის პრინციპი დევს სპეციალიზირებულ ჩიპზე დანიშნულ ადგილას, სადაც ქსოვილის სექციებია განთავსებული. დაჭერის ეს ზონა შეიცავს შტრიხკოდირებულ ლაქებს, თითოეული შეესაბამება უნიკალურ სივრცულ მდებარეობას ქსოვილში. ქსოვილიდან დატყვევებული რნმ-ის მოლეკულები შებრუნებული ტრანსკრიფციის პროცესის დროს იარლიყება უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორებით (UMIs). ეს შტრიხკოდირებული ლაქები და UMI-ები იძლევა ზუსტ სივრცულ რუკს და გენის ექსპრესიის რაოდენობრივ განსაზღვრას ერთუჯრედიან რეზოლუციით. სივრცითი შტრიხკოდირებული ნიმუშების და UMI-ების კომბინაცია უზრუნველყოფს გენერირებული მონაცემების სიზუსტესა და სპეციფიკას. სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ამ ტექნოლოგიის გამოყენებით, მკვლევარებს შეუძლიათ უფრო ღრმად გაიგონ უჯრედების სივრცითი ორგანიზება და ქსოვილებში მომხდარი რთული მოლეკულური ურთიერთქმედება, რაც გვთავაზობს ფასდაუდებელ ცოდნას მრავალ სფეროში ბიოლოგიური პროცესების საფუძველში არსებული მექანიზმების შესახებ, მათ შორის ონკოლოგია, ნეირომეცნიერება, განვითარების ბიოლოგია, იმუნოლოგია. და ბოტანიკური კვლევები.
პლატფორმა: 10X Genomics Visium და Illumina NovaSeq
