მცენარეთა/ცხოველთა მთელი გენომის თანმიმდევრობა
სერვისის მახასიათებლები
● ბიბლიოთეკის მომზადება შეიძლება იყოს სტანდარტული ან PCR-ის გარეშე
● ხელმისაწვდომია 4 თანმიმდევრობის პლატფორმაში: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ან PacBio Revio.
● ბიოინფორმაციული ანალიზი ორიენტირებულია ვარიანტების გამოვლენაზე: SNP, InDel, SV და CNV
სერვისის უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზა და გამოქვეყნების ჩანაწერები: 1000-ზე მეტი სახეობის გენომის თანმიმდევრობის დაგროვების გამოცდილებამ გამოიწვია 1000-ზე მეტი გამოქვეყნებული შემთხვევა, კუმულაციური ზემოქმედების ფაქტორით 5000-ზე მეტი.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკის ანალიზი: ვარიაციის გამოძახების და ფუნქციის ანოტაციის ჩათვლით.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
●ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას, რათა ფუნქციურად ჩავწეროთ გენები იდენტიფიცირებული ვარიაციებით და ჩავატაროთ შესაბამისი გამდიდრების ანალიზი, რაც გვაწვდის ინფორმაციას მრავალ კვლევით პროექტზე.
სერვისის სპეციფიკაციები
| განსახილველი ვარიანტები | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებული სიღრმე |
| SNP და InDel | Illumina NovaSeq PE150 ან MGI T7 | 10x |
| SV და CNV (ნაკლებად ზუსტი) | 30x | |
| SV და CNV (უფრო ზუსტი) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV და CNV | PacBio Revio | 10x |
ნიმუშის მოთხოვნები
| ქსოვილის ან მოპოვებული ნუკლეინის მჟავები | Illumina/MGI | ნანოპორი | პაკბიო
| ||
| ცხოველის შინაგანი ორგანოები | 0,5-1 გ | ≥ 3,5 გ
| ≥ 3,5 გ
| ||
| ცხოველის კუნთი | ≥ 5 გ
| ≥ 5 გ
| |||
| ძუძუმწოვრების სისხლი | 1,5 მლ | ≥ 0,5 მლ
| ≥ 5 მლ
| ||
| ფრინველის/თევზის სისხლი | ≥ 0.1 მლ
| ≥ 0,5 მლ
| |||
| მცენარე - ახალი ფოთოლი | 1-2 გ | ≥ 2 გ
| ≥ 5 გ
| ||
| კულტივირებული უჯრედები |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| მწერების რბილი ქსოვილი/ინდივიდუალური | 0,5-1 გ | ≥ 1 გ
| ≥ 3 გ
| ||
| ამოღებული დნმ
| კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/მლ რაოდენობა: ≥ 30 ნგ შეზღუდულია ან არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება
| კონცენტრაცია თანხა
OD260/280
OD260/230
შეზღუდულია ან არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება
| ≥ 40 ნგ/მკლ 4 მკგ/ნაკადის უჯრედი/ნიმუში
1.7-2.2
≥1.5 | კონცენტრაცია თანხა
OD260/280
OD260/230
შეზღუდულია ან არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება | ≥ 50 ნგ/მლ 10 მკგ/ნაკადის უჯრედი/ნიმუში
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| PCR-ის გარეშე ბიბლიოთეკის მომზადება: კონცენტრაცია≥ 40 ნგ/მლ რაოდენობა≥ 500 ნგ | |||||
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
დნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
მონაცემთა მიწოდება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- ნედლეული მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
- საცნობარო გენომთან გასწორების სტატისტიკა
- ვარიანტის იდენტიფიკაცია: SNP, InDel, SV და CNV
- ვარიანტების ფუნქციური ანოტაცია
საცნობარო გენომთან გასწორების სტატისტიკა – თანმიმდევრობის სიღრმის განაწილება
SNP გამოძახება მრავალ ნიმუშს შორის
InDel-ის იდენტიფიკაცია – InDel-ის სიგრძის სტატისტიკა CDS რეგიონში და გენომის მთელ რეგიონში
ვარიანტის განაწილება გენომის მასშტაბით - ცირკის ნაკვეთი
გენების ფუნქციური ანოტაცია იდენტიფიცირებული ვარიანტებით – გენის ონტოლოგია
ჩაი, ქ. და სხვ. (2023) 'გლუტათიონ S-ტრანსფერაზა GhTT19 განსაზღვრავს ყვავილის ფურცლების პიგმენტაციას ბამბაში ანთოციანინის დაგროვების რეგულირების გზით', Plant Biotechnology Journal, 21(2), გვ. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
ჩენგი, ჰ. და სხვ. (2023) "ქრომოსომის დონის ველური Hevea brasiliensis გენომი უზრუნველყოფს ახალ ინსტრუმენტებს გენომის დახმარებით გამრავლებისთვის და ღირებული ლოკუსებისთვის რეზინის მოსავლიანობის ასამაღლებლად", Plant Biotechnology Journal, 21(5), გვ. 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. და სხვ. (2021) 'ესთუარის ხამანწკის გენომი გვაწვდის ინფორმაციას კლიმატზე ზემოქმედებისა და ადაპტაციური პლასტიურობის შესახებ', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), გვ. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. და სხვ. (2022) 'გენომისა და მეთილაციის ცვლილებების ანალიზი ჩინურ ძირძველ ქათმებში დროთა განმავლობაში იძლევა ხედვას სახეობების კონსერვაციაზე', Communications Biology, 5(1), გვ. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
