PacBio 2+3 სრულმეტრაჟიანი mRNA ხსნარი
მახასიათებლები
● სასწავლო დიზაინი:
გაერთიანებული ნიმუში დაყოფილია PacBio-ით ტრანსკრიპტის იზოფორმების იდენტიფიცირებისთვის
ცალკე ნიმუშები (განმეორებები და შესამოწმებელი პირობები) თანმიმდევრობითNGS ტრანსკრიპტის გამოხატვის რაოდენობრივი დასადგენად
● PacBio თანმიმდევრობა CCS რეჟიმში, HiFi წაკითხვის გენერირება
● სრულმეტრაჟიანი ჩანაწერების თანმიმდევრობა
● ანალიზი არ საჭიროებს საცნობარო გენომის არსებობას; თუმცა, ის შეიძლება იყოს დასაქმებული
● ბიოინფორმატიული ანალიზი მოიცავს არა მხოლოდ ექსპრესიას გენისა და იზოფორმის დონეზე, არამედ lncRNA, გენების შერწყმას, პოლიადენილაციას და გენის სტრუქტურას.
უპირატესობები
● მაღალი სიზუსტე: HiFi იკითხება სიზუსტით >99,9% (Q30), NGS-თან შედარებით
● ალტერნატიული Splicing ანალიზი: ყველა ტრანსკრიპტის თანმიმდევრობა იძლევა იზოფორმის იდენტიფიკაციას და დახასიათებას.
● PacBio და NGS Strengths-ის კომბინაცია: საშუალებას აძლევს გამოხატვის რაოდენობრივ განსაზღვრას იზოფორმის დონეზე, გამოავლინა ცვლილება, რომელიც შეიძლება შენიღბული იყოს მთელი გენის ექსპრესიის ანალიზისას
● ვრცელი ექსპერტიზა: PacBio-ს 1100-ზე მეტი სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომის პროექტის შესრულებისა და 2300-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილებასთან ერთად, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| PolyA გამდიდრებული mRNA CCS ბიბლიოთეკა | PacBio გაგრძელება II PacBio Revio | 20/40 გბ 5/10 მ CCS | Q30≥85% |
| პოლი A გამდიდრებული | ილუმინა PE150 | 6-10 გბ | Q30≥85% |
ნუკლეოტიდები
|
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ილუმინას ბიბლიოთეკა | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
| PacBio ბიბლიოთეკა | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეები: RIN≥7.5 ცხოველები: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი-ყინული:ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
შერწყმის ტრანსკრიპტის ანალიზი
ალტერნატიული Splicing ანალიზი
საორიენტაციო Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) ანალიზი
ახალი ტრანსკრიპტის ანალიზი: კოდირების თანმიმდევრობის (CDS) პროგნოზირება და ფუნქციური ანოტაცია
lncRNA ანალიზი: lncRNA და სამიზნეების პროგნოზირება
მიკროსატელიტის იდენტიფიკაცია (SSR)
დიფერენციალურად გამოხატული ტრანსკრიპტების (DETs) ანალიზი
დიფერენციალურად გამოხატული გენების (DEGs) ანალიზი
DEG და DET-ების ფუნქციური ანოტაცია
BUSCO ანალიზი
ალტერნატიული Splicing ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
დიფერენციალურად გამოხატული გენები (DEGs) და ტრანსკრიპტები (DETs9 ანალიზი
DET-ების და DEG-ების პროტეინ-პროტეინის ურთიერთქმედების ქსელები
გამოიკვლიეთ წინსვლა, რომელსაც ხელი შეუწყო BMKGene-ის PacBio 2+3 სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობით, პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
ჩაო, ქ. და სხვ. (2019) 'Populus ღეროს ტრანსკრიპტომის განვითარების დინამიკა', მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 17(1), გვ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
დენგი, ჰ. და სხვ. (2022) 'ასკორბინის მჟავის შემცველობის დინამიური ცვლილებები Actinidia latifolia (ასკორბატით მდიდარი ხილის მოსავალი) და ასოცირებული მოლეკულური მექანიზმების ნაყოფის განვითარებისა და მომწიფების დროს', მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 23(10), გვ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. და სხვ. (2022) "ბიოსინთეზური გზის გენების ეფექტური პროგნოზირება, რომლებიც მონაწილეობენ ბიოაქტიურ პოლიფილინებში პარიზის პოლიფილაში", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), გვ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ლიუ, მ. და სხვ. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), გვ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ვანგი, ლიჯუნი და სხვ. (2019) "ტრანსკრიპტომის სირთულის კვლევა PacBio-ს ერთმოლეკულის რეალურ დროში ანალიზის გამოყენებით, კომბინირებული Illumina RNA თანმიმდევრობით Ricinus communis-ში რიცინოლეინის მჟავის ბიოსინთეზის უკეთ გასაგებად", BMC Genomics, 20(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ფიგურები/7.
