არარეფერენცირებული mRNA Sequencing-NGS
მახასიათებლები
● პოლი mRNA-ს დაჭერა ბიბლიოთეკის მომზადებამდე
● ნებისმიერი საცნობარო გენომისგან დამოუკიდებელი: ტრანსკრიპტების დე ნოვო შეკრების საფუძველზე, უნიგენების სიის გენერირება, რომლებიც ანოტირებულია მრავალი მონაცემთა ბაზებით (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● გენის ექსპრესიისა და ტრანსკრიპტის სტრუქტურის ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზი
სერვისის უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზა: BMKGENE-ში 600,000-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილება, რომელიც მოიცავს სხვადასხვა ტიპის ნიმუშებს, როგორიცაა უჯრედული კულტურები, ქსოვილები და სხეულის სითხეები, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში. ჩვენ წარმატებით დავხურეთ 100000-ზე მეტი mRNA-Seq პროექტი სხვადასხვა კვლევის დომენში.
●მკაცრი ხარისხის კონტროლი: ჩვენ ვახორციელებთ ძირითად საკონტროლო წერტილებს ყველა ეტაპზე, ნიმუშისა და ბიბლიოთეკის მომზადებიდან დაწყებული თანმიმდევრობით და ბიოინფორმატიკით დამთავრებული. ეს ზედმიწევნითი მონიტორინგი უზრუნველყოფს თანმიმდევრულად მაღალი ხარისხის შედეგების მიწოდებას.
● ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას დიფერენციალურად გამოხატული გენების (DEGs) ფუნქციური ანოტაციისთვის და შესაბამისი გამდიდრების ანალიზების ჩასატარებლად, რაც გვაწვდის ინფორმაციას ტრანსკრიპტომის პასუხის საფუძვლად არსებულ უჯრედულ და მოლეკულურ პროცესებზე.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| პოლი A გამდიდრებული | ილუმინა PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 გბ | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥4.0; ცხოველებისთვის: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1,2გრ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავი: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთი: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთელი სისხლი: 1 ტუბი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
ბიოინფორმატიკა
ტრანსკრიპტომის შეკრება და უნიგენის შერჩევა
Unigene ანოტაცია
ბიოლოგიური რეპლიკების ნიმუშების კორელაცია და შეფასება
დიფერენციალურად გამოხატული გენები (DEG)
DEG-ების ფუნქციური ანოტაცია
DEG-ების ფუნქციური გამდიდრება
შეისწავლეთ BMKGene-ის ეუკარიოტული NGS mRNA თანმიმდევრობის სერვისების მიღწევები პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
შენ, ფ. და სხვ. (2020) 'De novo ტრანსკრიპტომის შეკრება და სქესზე მიკერძოებული გენის გამოხატულება ამურის კატის გონადებში (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), გვ. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. და სხვ. (2016) 'საქაროზას მეტაბოლიზმის ტრანსკრიპტომული ანალიზი ხახვში ბოლქვის შეშუპებისა და განვითარების დროს (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (სექტემბერი), გვ. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. და სხვ. (2017) 'De novo კრება, დახასიათება და ანოტაცია Sarcocheilichthys sinensis-ის ტრანსკრიპტომისთვის', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. და სხვ. (2021) 'De novo ტრანსკრიპტომის ანალიზი იძლევა ხედვას Podocarpus macrophyllus-ის მარილის ტოლერანტობის შესახებ მარილიანობის სტრესის პირობებში', BMC Plant Biology, 21(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/ფიგურები/9.
