mRNA-seq (NGS) საცნობარო გენომით

mRNA-seq (NGS) საცნობარო გენომით

RNA-Seq არის სტანდარტული ინსტრუმენტი სიცოცხლისა და მოსავლის მეცნიერებებში, რომელიც ხვდება უფსკრული გენომებსა და პროტეომებს შორის. მისი სიძლიერე მდგომარეობს ახალი ჩანაწერების აღმოჩენისა და მათი გამოხატვის ერთ გამოკვლევაში. იგი ფართოდ გამოიყენება შედარებითი ტრანსკრიპტიკური კვლევებისთვის, სხვადასხვა თვისებებთან ან ფენოტიპებთან დაკავშირებული გენების შუქზე, მაგალითად, მუტანტებთან შედარებით ველური ტიპების შედარება ან გენის გამოხატვის გამოვლენა სპეციფიკურ პირობებში. BMKCloud mRNA (Reference) აპლიკაცია აერთიანებს გამოხატვის რაოდენობრივ რაოდენობას, დიფერენციალურ გამოხატვის ანალიზს (DEG) და თანმიმდევრობის სტრუქტურის ანალიზს mRNA-seq (NGS) ბიოინფორმატიკაში მილსადენში და ამალაგირებს მსგავსი პროგრამული უზრუნველყოფის სიძლიერეს, რაც უზრუნველყოფს მოხერხებულობას და მომხმარებლის კეთილდღეობას. მომხმარებლებს შეუძლიათ ატვირთონ თავიანთი RNA-Seq მონაცემები ღრუბელში, სადაც აპლიკაცია გთავაზობთ ყოვლისმომცველ, ერთსაფეხურიანი ბიოინფორმაციული ანალიზის გადაწყვეტას. გარდა ამისა, იგი უპირატესობას ანიჭებს მომხმარებელთა გამოცდილებას, გთავაზობთ პერსონალიზებულ ოპერაციებს, რომლებიც მორგებულია მომხმარებლების სპეციფიკურ საჭიროებებზე. მომხმარებლებს შეუძლიათ შექმნან პარამეტრები და თავად წარუდგინონ მილსადენის მისია, შეამოწმონ ინტერაქტიული ანგარიში, დაათვალიერონ მონაცემები/დიაგრამები და მონაცემების სრული მოპოვება, მაგალითად: სამიზნე გენის შერჩევა, ფუნქციური კლასტერიზაცია, დიაგრამა და ა.შ.

დემო შედეგები

მონაცემთა მოპოვება

იმპორტის მოთხოვნა

ძირითადი ანალიზი

მითითება

დემო შედეგები

მონაცემთა მოპოვება

იმპორტის მოთხოვნა

პლატფორმა:ილუმინა, მგი
სტრატეგია:რნმ-სეკი
გამოფენა: Paried, სუფთა მონაცემები.
ბიბლიოთეკის ტიპი:fr-unstranded, fr-firststrand ან fr-secondstrand
წაიკითხეთ სიგრძე:150 bp
ფაილის ტიპი:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ან *.fq.gz. სისტემა იქნებაავტომატურად დააკოპირეთ .affastQ ფაილები მათი ფაილის სახელების მიხედვით,მაგ. *_1.fastq დაწყვილებული *._ 2. სწრაფი.
ნიმუშების რაოდენობა:არ არსებობს შეზღუდვები ნომერზენიმუშების, მაგრამ ანალიზის დრო გაიზრდება, როგორც რაოდენობანიმუშები იზრდება.
რეკომენდებული მონაცემების თანხა:6 გ თითო ნიმუშზე

ძირითადი ანალიზი

MRNA-seq (მითითება) ძირითადი ანალიზი და ბიოინფორმაციული საშუალებებიმილსადენი შემდეგია:

1. RawData ხარისხის კონტროლი:

• დაბალი ხარისხის მიმდევრობის მოცილება, ადაპტერის თანმიმდევრობები,და ა.შ.

• ინსტრუმენტები: შიდა განვითარებული მილსადენი;

2. მონაცემთა განლაგება საცნობარო გენომთან:

• წაკითხული წაკითხული ალგორითმითსაცნობარო გენომი.

• ინსტრუმენტები:Hisat2, Samtools

3. ბიბლიოთეკის ხარისხის ანალიზი:

• ჩადეთ სიგრძის ანალიზი, თანმიმდევრობის გაჯერების ანალიზი და ა.შ.

• ინსტრუმენტები:Samtools;

4. თანმიმდევრობის სტრუქტურის ანალიზი:

• ალტერნატიული გაჟონვის ანალიზი, გენის სტრუქტურის ოპტიმიზაცია,რომანის გენის პროგნოზი და ა.შ.

• ინსტრუმენტები:სიმებიანი, GFFCompare, გეტკი,ალმასი, ინტერპროსცანიდაჰმმერ.

5. დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი:

• DEG სკრინინგი, თანადაფინანსების ანალიზი, ფუნქციონალურიგამდიდრება;

•ვიზუალიზაციის სხვადასხვა შედეგები;

•R-ითSegseeq, DESEQ2, ggplot2, Dexseq

მითითება

1. კიმ, დაჰვანი და სხვ. ”გრაფიკზე დაფუძნებული გენომის გასწორება დაგენოტიპია HISAT2- სა და HISAT- გენოტიპთან. ”ბუნებაბიოტექნოლოგია37 (2019): 907 - 915.

2. მაკკენა, აარონი და სხვ. ”გენომის ანალიზის ინსტრუმენტები: აMapReduce ჩარჩო შემდეგი თაობის დნმ-ის ანალიზისთვისმონაცემების თანმიმდევრობა. ”გენომის კვლევა20 9 (2010): 1297-303.

3. ლი, ჰენგ და სხვ. ”თანმიმდევრობის განლაგება/რუქის ფორმატი დაSamtools. ”ბიოინფორმატიკა25 (2009): 2078 - 2079.

4. პერეა, მიჰელა და სხვ. ”სიმებიანი გაუმჯობესების საშუალებას იძლევარნმ-სეკიდან ტრანსკრიპციის რეკონსტრუქცია იკითხება. ”ბუნებაბიოტექნოლოგია33 (2015): 290-295.

5. სიყვარული, მაიკლ I. et al. ”ზომიერი შეფასება და შეცვლის ცვლილებები დადისპერსია RNA-Seq მონაცემებისთვის DESEQ2- ით. ”გენომიბიოლოგია15 (2014): n. პაგ.

6. ედი, შონ რ .. "დაჩქარებული პროფილის HMM ძებნა."პლოსი გამოთვლითი ბიოლოგია7 (2011): n. პაგ.

mRNA-seq (NGS) საცნობარო გენომით

mRNA-seq (NGS) საცნობარო გენომით

მიიღეთ ციტირება

გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: