Exclusive Agency for Korea

条形 ბანერი -03

ახალი ამბები

გენომის ევოლუცია, პანგენომა

რა არის პან-გენომი?

დაგროვილი მტკიცებულებები აჩვენებს, რომ სახეობის სხვადასხვა შტამებს შორის ცვალებადობა შეიძლება იყოს უზარმაზარი. ერთი გენომი შორს არის საკმარისად, რომ მოიპოვოს ერთი სახეობის გენეტიკური ინფორმაციის მთელი სურათი. პან-გენომის შესწავლის მიზანია სახეობის უფრო ყოვლისმომცველი გენომიური გრაფიკის მოპოვება და მახასიათებლებსა და გენეტიკურ კოდებს შორის ურთიერთობების გაშიფვრა მრავალი შტამების გენომის დე-ნოვოს ასამბლეის ჩატარებით, რაც საშუალებას იძლევა ვარიაციების უფრო ღრმა და ფართო მოპოვება.

პან-გენომის შესწავლის ტენდენციები

1

სურათი 1 პან-გენომის გამოქვეყნებული კვლევითი ნაშრომების ტენდენციები.
შენიშვნა: ფიგურა გვიჩვენებს "პან-გენომის" მიღების შედეგს, როგორც მთავარ სიტყვას ბუნების, უჯრედებისა და სამეცნიერო სერიების ჟურნალებში გამოქვეყნებული სტატიების სათაურების მოსაძებნად

ა. მრავალი ნიმუშიდან ნათქვამია, რომ მითითებაა და დაუსაბუთებელი პირები იკრიბებიან რომანში. ამ რომანის საწყის საწყის თანმიმდევრობით დამატებით, შეიძლება აშენდეს პანგენომის მითითება. დისპენსაციური რეგიონები განისაზღვრება პანგენომისკენ მიმავალი რუქის საფუძველზე.

ბ. მრავალჯერადი მიერთების გენომის დე -ნოვო შეკრება საშუალებას იძლევა მთელი გენომის გასწორების მიდგომები, რათა დადგინდეს დისპენსაციური გენომიური რეგიონები.

გ. პან-გენომის გრაფიკი შეიძლება აშენდეს მთელი გენომის განლაგებიდან ან De Novo Graph Assembly- ის მიერ, რომელიც ეფექტურად ინახავს გრაფიკულ რეგიონებში არსებულ ვარიანტებს, როგორც უნიკალურ გზებს გრაფიკის საშუალებით.

როგორ ავაშენოთ პან-გენომი?

2

სურათი 2 პან-გენომის მიდგომების შედარება1

ა. მრავალი ნიმუშიდან ნათქვამია, რომ მითითებაა და დაუსაბუთებელი პირები იკრიბებიან რომანში. ამ რომანის საწყის საწყის თანმიმდევრობით დამატებით, შეიძლება აშენდეს პანგენომის მითითება. დისპენსაციური რეგიონები განისაზღვრება პანგენომისკენ მიმავალი რუქის საფუძველზე.

ბ. მრავალჯერადი მიერთების გენომის დე -ნოვო შეკრება საშუალებას იძლევა მთელი გენომის გასწორების მიდგომები, რათა დადგინდეს დისპენსაციური გენომიური რეგიონები.

გ. პან-გენომის გრაფიკი შეიძლება აშენდეს მთელი გენომის განლაგებიდან ან De Novo Graph Assembly- ის მიერ, რომელიც ეფექტურად ინახავს გრაფიკულ რეგიონებში არსებულ ვარიანტებს, როგორც უნიკალურ გზებს გრაფიკის საშუალებით.

ახლახან გამოქვეყნდა პან-გენომები

● გაუპატიურების პან-გენომები2

3

● ტომატის პან-გენომები 3

4

● ბრინჯის პან -გენომი4

5

● მზესუმზირის პან-გენომი5

6

● სოიოს პან-გენომი 6

7

● ბრინჯის პან-გენომი7

8

● ქერის პან-გენომი8

9

● ხორბლის პან-გენომი9

10

● Sorghum პან-გენომი10

11

● ფიტოპლანქტონის პან-გენომი11

12

მითითება

1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edvard D. Plant Pan-Genomes არის ახალი მითითება. Nat მცენარეები. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0

2. სიმღერა JM, Guan Z, Hu J, et al. რვა მაღალი ხარისხის გენომი ცხადყოფს პან-გენომის არქიტექტურას და Brassica Napus- ის ეკოტიპების დიფერენციაციას. Nat მცენარეები. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7

3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. პომიდვრის პან-გენომი აღმოაჩენს ახალ გენებს და იშვიათ ალელს, რომელიც არეგულირებს ხილის არომატს. NAT GENET. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2

4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. პან-გენომის ანალიზი ხაზს უსვამს კულტივირებულ და ველურ ბრინჯში გენომიური ცვალებადობის სიდიდეს [გამოქვეყნებული კორექტირება ჩნდება NAT Genet- ში. 2018 წლის აგვისტო; 50 (8): 1196]. NAT GENET. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-Z

5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. მზესუმზირის პან-გენომის ანალიზმა აჩვენა, რომ ჰიბრიდიზაციამ შეცვალა გენის შემცველობა და დაავადების წინააღმდეგობა. Nat მცენარეები. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0

6. Liu Y, Du H, Li P, et al. ველური და კულტივირებული სოიოს პან-გენომი. უჯრედი. 2020; 182 (1): 162-176.E13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023

7. Qin P, Lu H, Du H, et al. 33 გენეტიკურად მრავალფეროვანი ბრინჯის დაშვების პან-გენომის ანალიზი ცხადყოფს ფარული გენომიური ცვალებადობას [გამოქვეყნებულია ინტერნეტით დაბეჭდვის წინ, 2021 წლის 25 მაისი]. უჯრედი. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046

8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. ქერის პან-გენომი ავლენს მუტაციის მეცხოველეობის ფარული მემკვიდრეობას. ბუნება. 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. ხორბლის მრავალჯერადი გენომი ცხადყოფს გლობალურ ცვალებადობას თანამედროვე მეცხოველეობაში. ბუნება. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x

10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. ფართო ცვალებადობა კულტივირებული და ველური სორგუმის პან-გენომში [გამოქვეყნებულია ინტერნეტით დაბეჭდვის წინ, 2021 წლის 20 მაისი]. Nat მცენარეები. 2021; 10.1038 / S41477-021-00925-X. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x

11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Phytoplankton Pangenome ცხადყოფს მრავალფეროვანი ფუნქციების ფართო პროკარიოტული ჰორიზონტალური გენის გადაცემას. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. გამოქვეყნდა 2020 წლის 29 აპრილი. Doi: 10.1126/sciadv.aba0111


პოსტის დრო: იან -04-2022

გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: