Hi-C დაფუძნებული ქრომატინის ურთიერთქმედება
მომსახურების თვისებები
● თანმიმდევრობა Illumina Novaseq– ზე PE150– ით.
● მომსახურებას მოითხოვს ქსოვილის ნიმუშები, მოპოვებული ნუკლეინის მჟავების ნაცვლად, ფორმალდეჰიდთან ჯვარედინი კავშირის და დნმ-პროტეინების ურთიერთქმედებების შესანარჩუნებლად.
● Hi-C ექსპერიმენტი გულისხმობს წებოვანი ბოლოების შეზღუდვას და დასრულების შეკეთებას ბიოტინთან, რასაც მოჰყვება შედეგად მიღებული ბლაგვის ცირკულაცია, ურთიერთქმედების შენარჩუნებისას. დნმ შემდეგ ჩამოიშალა სტრეპტავიდინის მძივებით და გაწმენდილია ბიბლიოთეკის შემდგომი მომზადებისთვის.
მომსახურების უპირატესობები
●ოპტიმალური შეზღუდვის ფერმენტის დიზაინი: უზრუნველყოს მაღალი HI-C ეფექტურობის სხვადასხვა სახეობებზე, 93% -მდე მოქმედი ურთიერთქმედების წყვილი.
●ვრცელი ექსპერტიზა და პუბლიკაციის ჩანაწერები:Bmkgene- ს აქვს დიდი გამოცდილება> 2000 HI-C თანმიმდევრობის პროექტები 800 სხვადასხვა სახეობიდან და სხვადასხვა პატენტიდან. 100 -ზე მეტი გამოქვეყნებული შემთხვევა, 900 -ზე მეტი დაგროვილი ზემოქმედების ფაქტორით.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი:შიდა პატენტებითა და პროგრამული უზრუნველყოფის საავტორო უფლებების დაცვით HI-C ექსპერიმენტებისა და მონაცემთა ანალიზისა და თვითგანვითარებული ვიზუალიზაციის მონაცემთა პროგრამით.
●გაყიდვების მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების მიღმა 3 თვის განმავლობაში გაყიდვის სერვისის პერიოდთან ერთად. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომი შემდგომი, პრობლემების გადაჭრის დახმარებას და Q&A სესიებს, რომ მოგვმართოს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვა.
●ყოვლისმომცველი ანოტაცია: ჩვენ ვიყენებთ მრავალ მონაცემთა ბაზას, რათა განვსაზღვროთ გენები გამოვლენილი ვარიაციებით და შევასრულოთ შესაბამისი გამდიდრების ანალიზი, რაც უზრუნველყოფს მრავალ კვლევითი პროექტის შესახებ.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემთა გამომუშავება | Hi-C სიგნალის რეზოლუცია |
| Hi-C ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 | ქრომატინის მარყუჟი: 150x ტადი: 50x | ქრომატინის მარყუჟი: 10KB ტადი: 40KB |
მომსახურების მოთხოვნები
| ნიმუშის ტიპი | საჭირო თანხა |
| ცხოველური ქსოვილი | ≥2 გ |
| მთელი სისხლი | ≥2ml |
| სოკო | ≥11 გ |
| მცენარეთა- ახალგაზრდა ქსოვილი | 1 გ/ალიკოტი, რეკომენდებულია 2-4 ალიკოტი |
| კულტივირებული უჯრედები | ≥1x107 |
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლეული მონაცემები QC;
● რუქა და HI-C ბიბლიოთეკა QC: მოქმედი ურთიერთქმედების წყვილი და ურთიერთქმედების დაშლის ექსპონენტები (IDEs);
● გენომის ფართო ურთიერთქმედების პროფილირება: cis/ტრანს ანალიზი და Hi-C ურთიერთქმედების რუკა;
● A/B განყოფილების განაწილების ანალიზი;
Tad TADS და ქრომატინის მარყუჟების იდენტიფიცირება;
● დიფერენციალური ანალიზი 3D ქრომატინის სტრუქტურის ელემენტებზე ნიმუშებს შორის და ასოცირებული გენების შესაბამისი ფუნქციური ანოტაცია.
დსთ და ტრანს -პროპორციული განაწილება
ნიმუშებს შორის ქრომოსომული ურთიერთქმედების სითბო
A/B განყოფილებების გენომის ფართო განაწილება
ქრომატინის მარყუჟების გენომის ფართო განაწილება
TADS– ის ვიზუალიზაცია
გამოიკვლიეთ BMKGene– ის HI-C– ის თანმიმდევრობის სერვისების მიერ განხორციელებული კვლევის წინსვლები პუბლიკაციების განკურნებული კოლექციის საშუალებით.
მენგი, ტ. Et al. (2021) 'შედარებითი ინტეგრირებული მულტი-ომიკის ანალიზი განსაზღვრავს CA2- ს, როგორც ახალკორდომის ახალ მიზანს',ნეირო-ონკოლოგია, 23 (10), გვ. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. (2021) '3D გენომის დეზორგანიზაცია და გადაკეთება გთავაზობთ NAFLD- ის პათოგენეზს ინტეგრირებული Hi-C, Nanopore და RNA თანმიმდევრობით ",Acta pharmaceutica sinica b, 11 (10), გვ 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.
