გენომის მასშტაბური ასოციაციის ანალიზი
სამუშაო ნაკადი
მომსახურების უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზა და პუბლიკაციის ჩანაწერები: დაგროვილი გამოცდილებით GWAS– ში, Bmkgene– მა დაასრულა ასობით სახეობის პროექტი მოსახლეობის GWAS– ის კვლევაში, დაეხმარა მკვლევარებს 100 - ზე მეტი სტატიის გამოქვეყნებაში, ხოლო კუმულაციური ზემოქმედების ფაქტორმა მიაღწია 500 - ს.
● ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკის ანალიზი: Workflow მოიცავს SNP- ის თვისებების ასოციაციის ანალიზს, კანდიდატის გენების ერთობლიობას და მათ შესაბამის ფუნქციურ ანოტაციას.
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლი: Genomics– ის მოწინავე ანალიზის დიდი გამოცდილებით, Bmkgene– ის გუნდი აწვდის ყოვლისმომცველ ანალიზს სწრაფი შემობრუნების დროით.
●გაყიდვების მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების მიღმა 3 თვის განმავლობაში გაყიდვის სერვისის პერიოდთან ერთად. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომი შემდგომი, პრობლემების გადაჭრის დახმარებას და Q&A სესიებს, რომ მოგვმართოს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვა.
მომსახურების სპეციფიკაციები და მოთხოვნები
| თანმიმდევრობის ტიპი | რეკომენდებული მოსახლეობის მასშტაბები | თანმიმდევრობის სტრატეგია | ნუკლეოტიდის მოთხოვნები |
| მთელი გენომის თანმიმდევრობა | 200 ნიმუში | 10x | კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/ μl მთლიანი თანხა 30ng შეზღუდული ან არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება |
| სპეციფიკური ლოკუსის გამაძლიერებელი ფრაგმენტი (SLAF) | ტეგის სიღრმე: 10x ტეგების რაოდენობა: <400 მბ: რეკომენდებულია WGS <1GB: 100K ტეგები 1 გბ > 2 GB: 300K ტეგები მაქსიმალური 500K ტეგები | კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/μl მთლიანი თანხა ≥ 80 ნგ Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 აგაროზის გელი: არა ან შეზღუდული დეგრადაცია ან დაბინძურება
|
მასალების შერჩევა
სხვადასხვა ჯიშები, ქვესახეობები, მიწის ნაკვეთები/ჯენბანკები/შერეული ოჯახები/ველური რესურსები
სხვადასხვა ჯიშები, ქვესახეობები, მიწის ნაკვეთები
ნახევრად SIB ოჯახი/სრული SIB ოჯახი/ველური რესურსები
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ -ის მოპოვება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- გენომის მასშტაბური ასოციაციის ანალიზი: LM, LMM, Emmax, FastLMM მოდელი
- კანდიდატის გენების ფუნქციური ანოტაცია
SNP- თვისების ასოციაციის ანალიზი-მანჰეტენის ნაკვეთი
SNP- თვისების ასოციაციის ანალიზი-QQ ნაკვეთი
გამოიკვლიეთ Bmkgene's de GWAS სერვისების მიერ ხელშემწყობი წინსვლები პუბლიკაციების განკურნებული კოლექციის საშუალებით:
LV, L. et al. (2023) 'ამიაკის ტოლერანტობის გენეტიკური საფუძვლის შესახებ razor clam sinonovacula constricta- ში გენომის მასშტაბით ასოციაციის შესწავლით',აკვაკულტურა, 569, გვ. 739351. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) ”398 ფოლტილის ფეტვის მიერთების მრავალჯერადი ანალიზები ცხადყოფს გენომიურ რეგიონებს, რომლებიც დაკავშირებულია შინაარსთან, მეტაბოლიტის თვისებებთან და ანთების საწინააღმდეგო ეფექტებთან”,,მოლეკულური მცენარე, 15 (8), გვ. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
ლი, ჯ. Et al. (2022) 'გენომის მასშტაბური ასოციაციის რუქა გვალვის გარემოში ძლივს ფენოტიპების რუქა',საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში, 13, გვ. 924892. Doi: 10.3389/fpls.2022.924892/Bibtex.
Zhao, X. et al. (2021) 'GMST1, რომელიც დაშიფვრავს სულფოტრანსფერაზას, იძლევა წინააღმდეგობას სოიოს მოზაიკის ვირუსის შტამებს G2 და G3',მცენარე, უჯრედი და გარემო, 44 (8), გვ. 2777–2792. doi: 10.1111/pce.14066.
