De novo სოკოვანი გენომის ასამბლეა
Bmkgene გთავაზობთ მრავალმხრივ გადაწყვეტილებებს სოკოვანი გენომებისთვის, მრავალფეროვანი კვლევითი საჭიროებებისა და გენომის სასურველი სისრულე. მოკლემეტრაჟიანი Illumina თანმიმდევრობის გამოყენება მარტო საშუალებას იძლევა გენომის პროექტი. მოკლე წაკითხული და გრძელი წაკითხვის თანმიმდევრობა ნანოპორის ან PACBIO გამოყენებით შერწყმულია უფრო დახვეწილი სოკოვანი გენომისთვის, უფრო გრძელი კონტექსტით. უფრო მეტიც, HI-C– ის თანმიმდევრობის ინტეგრირება კიდევ უფრო აძლიერებს შესაძლებლობებს, რაც საშუალებას იძლევა მიიღოთ სრული ქრომოსომის დონის გენომის მიღწევა.
მომსახურების თვისებები
სამი შესაძლო ვარიანტით, რომ აირჩიოთ გენომის სისრულის სასურველი ხარისხიდან გამომდინარე:
● გენომის ვარიანტი: მოკლე წაკითხვის თანმიმდევრობა Illumina novaseq PE150- ით.
● სოკოვანი ჯარიმა გენომის ვარიანტი:
გენომის კვლევა: Illumina Novaseq PE150.
გენომის ასამბლეა: Pacbio Revio (Hifi Reads) ან Nanopore Promethion 48.
● ქრომოსომის დონის სოკოვანი გენომი:
გენომის კვლევა: Illumina Novaseq PE150.
გენომის ასამბლეა: Pacbio Revio (Hifi Reads) ან Nanopore Promethion 48.
Contig Anchoring ერთად Hi-C ასამბლეა.
მომსახურების უპირატესობები
●მრავალჯერადი თანმიმდევრობის სტრატეგია ხელმისაწვდომია: სხვადასხვა კვლევითი მიზნებისათვის და გენომის სისრულის მოთხოვნებისთვის
●სრული ბიოინფორმატიკის სამუშაო ნაკადი:ეს მოიცავს გენომის ასამბლეას და მრავალჯერადი გენომიური ელემენტის პროგნოზირებას, გენის ფუნქციური ანოტაციას და კონფიგურაციის წამყვანობას.
●ფართო ექსპერტიზა: 12,000-ზე მეტი მიკრობული გენომით შეიკრიბა, ჩვენ მოვიყვანთ ათწლეულის გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციური ანალიზის ჯგუფს, ყოვლისმომცველ შინაარსს და შესანიშნავი გაყიდვების მხარდაჭერას.
●გაყიდვების მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების მიღმა 3 თვის განმავლობაში გაყიდვის სერვისის პერიოდთან ერთად. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომი შემდგომი, პრობლემების გადაჭრის დახმარებას და Q&A სესიებს, რომ მოგვმართოს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვა.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| მომსახურება | თანმიმდევრობის სტრატეგია | ხარისხის კონტროლი |
| გენომის პროექტი | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| მშვენიერი გენომი | გენომის კვლევა: Illumina PE150 50 x ასამბლეა: Pacbio Hifi 30x ან Nanopore 100x | Contig n50 ≥1mb （pacbio unicellular contig n50 ≥2mb （ont unicellular Contig N50 ≥500KB （სხვები |
| ქრომოსომის დონის გენომი | გენომის კვლევა: Illumina PE150 50 x ასამბლეა: Pacbio Hifi 30x ან Nanopore 100x Hi-C ასამბლეა 100x | Contig Anchoring თანაფარდობა> 90%
|
მომსახურების მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/μl) | მთლიანი თანხა (μg) | მოცულობა (μl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| პაკბიო | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ნანოპორი | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ილუმინა | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
უჯრედული სოკოები: ≥3.5x1010 უჯრედები
მაკრო სოკოები: ≥10 გ
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
გენომის კვლევა:
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლის თანმიმდევრობა
- გენომის შეფასება: ზომა, ჰეტეროზიგოზი, განმეორებადი ელემენტები
შესანიშნავი გენომის ასამბლეა:
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლის თანმიმდევრობა
- დე ნოვოშეკრება
- გენომის კომპონენტის ანალიზი: CD- ების და მრავალი გენომის ელემენტების პროგნოზი
- ფუნქციური ანოტაცია მრავალჯერადი ზოგადი მონაცემთა ბაზით (GO, KEGG და ა.შ.) და მოწინავე მონაცემთა ბაზები (ბარათი, VFDB და ა.შ.)
Hi-C ასამბლეა:
- Hi-C ბიბლიოთეკის შეფასება.
- დაპირისპირება კლასტერების, შეკვეთისა და ორიენტაციის საწინააღმდეგოდ
- Hi-C ასამბლეის შეფასება: მითითების გენომისა და სითბოს რუქაზე დაყრდნობით
გენომის კვლევა: k-mer განაწილება
გენომის ასამბლეა: გენის ჰომოლოგიური ანოტაცია (NR მონაცემთა ბაზა)
გენომის ასამბლეა: ფუნქციური გენის ანოტაცია (GO)
გამოიკვლიეთ BMKGENE- ის სოკოვანი გენომის ასამბლეის სერვისების მიერ განხორციელებული წინსვლები პუბლიკაციების განკურნებული კოლექციის საშუალებით.
Hao, J. et al. (2023) 'სამკურნალო სოკოს ინტეგრირებული omic პროფილირება წყალქვეშა პირობებშიBMC Genomics, 24 (1), გვ. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/ფიგურები/3.
ლუ, ლ. Et al. (2023) 'გენომის თანმიმდევრობა ცხადყოფს ხორბლის მკვეთრი თვალის პათოგენის რიზოკტონიის მარცვლეულის ევოლუციას და პათოგენურ მექანიზმებს',მოსავლის ჟურნალი, 11 (2), გვ. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
ჟანგი, ჰ. და სხვ. (2023) 'გენომის რესურსები Clarireedia- ს ოთხი სახეობისთვისმცენარეთა დაავადება, 107 (3), გვ. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-ა
ჟანგი, სს და სხვ. (2023) 'ტეტრაპოლარული შეჯვარების სისტემის გენეტიკური და მოლეკულური მტკიცებულება საკვები სოკოს გრიფოლა ფრონდოსაში',სოკოების ჟურნალი, 9 (10), გვ. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
