სრული სიგრძის mRNA თანმიმდევრობა-ნანოპური
მახასიათებლები
● პოლი-A mRNA-ს დაჭერა, რასაც მოჰყვება cDNA სინთეზი და ბიბლიოთეკის მომზადება
● სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა
● ბიოინფორმაციული ანალიზი, რომელიც დაფუძნებულია საცნობარო გენომთან გასწორებაზე
● ბიოინფორმატიული ანალიზი მოიცავს არა მხოლოდ ექსპრესიას გენის და იზოფორმის დონეზე, არამედ lncRNA, გენების შერწყმას, პოლიადენილაციას და გენის სტრუქტურას.
სერვისის უპირატესობები
●გამოხატვის რაოდენობრივი განსაზღვრა იზოფორმის დონეზე: დეტალური და ზუსტი გამოხატვის ანალიზის ჩართვა, ცვლილების გამოვლენა, რომელიც შეიძლება შენიღბული იყოს მთელი გენის ექსპრესიის ანალიზისას
●მონაცემთა შემცირებული მოთხოვნა:შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის (NGS) შედარებით, Nanopore თანმიმდევრობა ავლენს მონაცემთა უფრო ნაკლებ მოთხოვნებს, რაც იძლევა გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი გაჯერების ექვივალენტურ დონეებს მცირე მონაცემებით.
●გამოხატვის რაოდენობრივი სიზუსტე უფრო მაღალია: როგორც გენის, ასევე იზოფორმის დონეზე
●დამატებითი ტრანსკრიპტომიური ინფორმაციის იდენტიფიცირება: ალტერნატიული პოლიადენილაცია, შერწყმის გენები და lcnRNA და მათი სამიზნე გენები
●ვრცელი ექსპერტიზა: ჩვენს გუნდს მოაქვს დიდი გამოცდილება ყველა პროექტში, რომელმაც დაასრულა 850-ზე მეტი Nanopore სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომის პროექტი და დაამუშავა 8000-ზე მეტი ნიმუში.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| პოლი A გამდიდრებული | ილუმინა PE150 | 6/12 გბ | საშუალო ხარისხის ქულა: Q10 |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥7.0; ცხოველებისთვის: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1,2გრ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავი: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთი: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთელი სისხლი: 1 ტუბი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნუკლეოტიდები:
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ქსოვილი:
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
● ნედლი მონაცემთა დამუშავება
● ტრანსკრიპტის იდენტიფიკაცია
● ალტერნატიული შერწყმა
● ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა გენის დონეზე და იზოფორმის დონეზე
● დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი
● ფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრება (DEG და DET)
ალტერნატიული შერწყმის ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
lncRNA პროგნოზი
ახალი გენების ანოტაცია
DET-ების კლასტერირება
პროტეინ-პროტეინის ქსელები DEG-ებში
შეისწავლეთ BMKGene-ის Nanopore-ის სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობის სერვისების მიღწევები, პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
გონგი, ბ. და სხვ. (2023) 'სეკრეტორული კინაზა FAM20C, როგორც ონკოგენის ეპიგენეტიკური და ტრანსკრიპციული აქტივაცია გლიომაში', ჟურნალი გენეტიკა და გენომიკა, 50(6), გვ. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ის, ზ. და სხვ. (2023) 'ლიმფოციტების სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა, რომელიც პასუხობს IFN-γ-ზე, ავლენს Th1-დახრილ იმუნურ პასუხს ფლაუნდერში (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, გვ. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. და სხვ. (2023) 'PacBio და ONT RNA თანმიმდევრობის მეთოდების შედარებითი ანალიზი Nemopilema Nomurai-ის შხამის იდენტიფიკაციისთვის', Genomics, 115(6), გვ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. და სხვ. (2023) 'ნანო-seq ანალიზი ავლენს განსხვავებულ ფუნქციურ ტენდენციას ეგზოსომებსა და მიკროვეზიკულებს შორის, რომლებიც წარმოიქმნება hUMSC-დან', ღეროვანი უჯრედების კვლევა და თერაპია, 14(1), გვ. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
