ევკარიოტული mRNA ანალიზი (ხელმისაწვდომია მითითების საფუძველზე და ახალი ვარიანტები)
ეს მილსადენი იყენებს NGS RNA-Seq მონაცემებს შეყვანად და აწარმოებს შედეგებს მრავალი ქვედა დინების ანალიზიდან, მათ შორის, მაგრამ არ შემოიფარგლება ამით: თანმიმდევრობით მონაცემთა ხარისხის შეფასება,დე ნოვოტრანსკრიპციის ადგილის ანოტაცია, ცვლადი სპლაისინგის ანალიზი, დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი, ფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრების ანალიზი.
ხანგრძლივი არა-კოდირების რნმ ანალიზი
გრძელი არაკოდიციური რნმ (lncRNA) არის არაკოდირების ტრანსკრიპტები, რომელთა სიგრძე 200 ნტ-ზე მეტია და ცნობილია, რომ როლს ასრულებს ქრომატინის ორგანიზაციასა და რეგულირებაში. მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ტექნოლოგიებმა და ბიოინფორმატიკულმა საშუალება მოგვცა გვესმოდეს lncRNA თანმიმდევრობები და პოზიციონირების ინფორმაცია, რათა განვსაზღვროთ lncRNA გადამწყვეტი მარეგულირებელი ფუნქციებით. ეს მილსადენი უზრუნველყოფს lncRNA ანალიზს ევკარიოტული mRNA ანალიზის მილსადენში აღნიშნული ანალიზების გარდა.
16S/18S/ITS ამპლიკონის თანმიმდევრობა
Amplicon Sequencing მიკრობული მრავალფეროვნების ანალიზის მილსადენი შეიქმნა მიკრობული მრავალფეროვნების პროექტის ანალიზის მრავალწლიანი გამოცდილების საფუძველზე. მილსადენი შეიცავს სტანდარტიზებულ საბაზისო ანალიზს, რომელიც მოიცავს მიმდინარე მიკრობული კვლევისა და პერსონალიზებული ანალიზის ძირითადი ანალიზის შინაარსს. ანალიზის ანგარიში მდიდარი და ყოვლისმომცველია, მრავალფეროვანი პირადი ანალიზის ჩატარების შესაძლებლობით. გარდა ამისა, ნიმუშები და ჯგუფები შეიძლება შეიცვალოს ფრენის დროს დამატებითი პერსონალიზაციისა და კონტროლისთვის.
თოფის მეტაგენომიკის ანალიზი
თოფის მეტაგენომიური ანალიზის მილსადენი იყენებს NGS მონაცემებს შერეული გენომის მასალებიდან, რომლებიც ამოღებულია გარემოს ნიმუშებიდან. ჩართული ანალიზები იძლევა დეტალურ ინფორმაციას სახეობების მრავალფეროვნებისა და სიმრავლის, პოპულაციის სტრუქტურის, ფილოგენეტიკური ურთიერთობის, ფუნქციური გენების და გარემო ფაქტორებთან კორელაციის ქსელების შესახებ.
NGS-WGS ვარიანტის ანალიზი
NGS-WGS Variant Analysis არის ინტეგრირებული ვარიანტის გამოვლენის მილსადენი, რომელიც ახორციელებს მონაცემთა ხარისხის კონტროლს, თანმიმდევრობის გასწორებას, ანოტაციას და გენის მუტაციის ანალიზს. მილსადენი მიჰყვება GATK-ის საუკეთესო პრაქტიკას SNP-ისა და InDel-ის გამოვლენისთვის და იყენებს Manta-ს სტრუქტურული ვარიანტის გამოძახებისთვის.
გენომის ფართო ასოციაციის კვლევა (GWAS)
GWAS მილსადენი არის ქვედა დინების ანალიზი, რომელიც იღებს ადრე გენერირებულ VCF ფაილებს და შესაბამის ფენოტიპის მონაცემებს ინდივიდების ჯგუფისთვის. სპეციფიკური სტატისტიკური მეთოდოლოგიების გამოყენებით, GWAS მიზნად ისახავს გამოავლინოს გენომის მასშტაბით ნუკლეოტიდური ვარიაციები, რომლებიც დაკავშირებულია ფენოტიპურ განსხვავებებთან. ის გადამწყვეტ როლს თამაშობს ფუნქციური გენების შესწავლაში, რომლებიც დაკავშირებულია ადამიანის რთულ დაავადებებთან და მცენარეებსა და ცხოველებში არსებულ რთულ მახასიათებლებთან.
ნაყარი სეგრეგაციის ანალიზი (BSA)
BSA ანალიზი მოიცავს ექსტრემალური ფენოტიპური მახასიათებლების მქონე ინდივიდების გაერთიანებას სეგრეგირებული პოპულაციისგან. გაერთიანებულ ნიმუშებს შორის დიფერენციალური ადგილების შედარებით, ეს მიდგომა სწრაფად ავლენს მჭიდროდ დაკავშირებულ მოლეკულურ მარკერებს, რომლებიც დაკავშირებულია სამიზნე გენებთან. ფართოდ გამოიყენება მცენარეებისა და ცხოველების გენეტიკურ რუკებში, ის არის ღირებული ინსტრუმენტი მარკერის დახმარებით.
ევოლუციური გენეტიკური ანალიზი
ევოლუციური გენეტიკური ანალიზის სამუშაო ნაკადი იყენებს BMKGENE-ის ფართო გამოცდილებას გენეტიკური ევოლუციის პროექტებში და მოიცავს ფილოგენეტიკური ხის აგებას, კავშირის დისბალანსის ანალიზს, გენეტიკური მრავალფეროვნების შეფასებას, შერჩევითი სპექტაკლის იდენტიფიკაციას, ნათესაობის ანალიზს, ძირითადი კომპონენტების ანალიზს და პოპულაციის სტრუქტურის დახასიათებას.
